Improving the performance of the coupled reference interaction site model-hyper-netted chain (RISM-HNC)/simulation method for free energy of solvation

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 8, 2008, Pages 2340-2348

  Freedman, Holly ^a   Le, Ly ^b   Tuszynski, Jack A ^a   Truong, Thanh N ^b  

^a UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

^b UNIVERSITY OF UTAH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DISTRIBUTION FUNCTIONS; MOLECULAR DYNAMICS; MONTE CARLO METHODS; SOLVATION;

ATOMIC SOLUTE SITES; LINEAR RESPONSE EXPRESSION; METHYLAMINE; THERMODYNAMIC INTEGRATION;

FREE ENERGY;

EID: 40549141129     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp077179l     Document Type: Article

References (57)

1. Orozco, M.; Luque, F. J. Chem. Rev. 2000, 100, 4187.
2. Simkin, B. Y.; Sheikhet, I. I. Quantum chemical and statistical theory of solutions: a computational approach; Ellis Horwood Limited: London, 1995.
3. Agarwal, A.; Brown, F.; Reddy, M. R. Relative solvation energies calculated using explicit solvent. In Free Energy Calculations in Rational Drug Design; Reddy, M. R., Erion, M. D., Eds.; Kluwer Academic/Plenum Publishers: New York, 2001.
4. Shirts, M. R.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2005, 122, 134508.
5. Pitera, J. W.; van Gunsteren, W. F. Mol. Simul. 2002, 28, 45.
6. Deng, Y.; Roux, B. J. Phys. Chem. B. 2004, 108, 16567.
7. Beutler, T. C.; Mark, A. E.; van Schaik, R. C.; Gerber, P. R.; van Gunsteren, W. F. Chem. Phvs. Lett. 1994, 222, 529.
8. Kast, S. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 5087.
9. Freedman, H.; Truong, T. N. Chem. Phys. Lett. 2003, 381, 362.
10. Freedman, H.; Truong, T. N. J. Chem. Phys. 2004, 121, 2187.
11. Freedman, H.; Truong, T. N. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 4726.
12. Freedman, H.; Nguyen, H. N.; Truong, T. N. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 19043.
13. Freedman, H.; Truong, T. N. J. Chem. Phys. 2004, 121, 12447.
14. Andersen, H. C.; Chandler, D. J. Chem. Phys. 1972, 57, 1918.
15. Chandler, D.; Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 1972, 57, 1930.
16. Hansen, J. P.; McDonald, I. R. Theory of simple liquids, 2nd ed.; Academic Press: London, 1986.
17. Hirata, F.; Pettitt, B. M.; Rossky, P. J. J. Chem. Phys. 1982, 77, 509.
18. Hirata, F.; Rossky, P. J. Chem. Phys. Lett. 1981, 83, 329.
19. Kinoshita, M.; Okamoto, Y.; Hirata, F. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 1855.
20. Kinoshita, M.; Okamoto, Y.; Hirata, F. J. Chem. Phys. 1999, 110, 4090.
21. Mitsutake, A.; Kinoshita, M.; Okamoto, Y.; Hirata, F. Chem. Phys. Lett. 2000, 329, 295.
22. Pettitt, B. M.; Karplus, M.; Rossky, P. J. J. Phys. Chem. 1986, 90, 6335.
23. Smith, P. E.; Pettitt, B. M. J. Phys. Chem. 1993, 97, 6907.
24. Singer. S. J.; Chandler, D. Mol. Phys. 1985, 55, 621
25. Duh, D.-M.; Haymet, A. D. J. J. Chem. Phys. 1995, 103, 2625.
26. Duh, D.-M.; Henderson, D. J. Chem. Phys. 1996, 104, 6742.
27. Duh, D. M.; Haymet, A. D. J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 7716.
28. Zichi, D. A.; Rossky, P. A. J. Chem. Phys. 1985, 84, 1712.
29. Hiroike, K. J. Phys. Soc. Jpn. 1960, 15, 771.
30. Gilson, M.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Comput. Chem. 1988, 9, 327.
31. Born, M. Z. Phys. 1920, 1, 221.
32. Sham, Y.; Chu, Z. T.; Tao, H.; Warshel, A. Proteins: Struct. Func. Gen. 2000, 39, 393.
33. Lee, F. S.; Warshel, A. J. Chem. Phys 1992, 97, 3100.
34. Carlsson, J.; Ander, M.; Nervall, M.; Aqvist, J. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 12034.
35. Chandler, D.; Singh, Y.; Richardson, D. J. Chem. Phys. 1984, 81, 1975.
36. Ten-no, S. J. Chem. Phys. 2001, 115, 3724.
37. Ten-no, S.; Iwata, S. J. Chem. Phys. 1999, 111, 4865.
38. Imai, T.; Kovalenko, A.; Hirata, F. Chem. Phys. Lett. 2004, 395, 1.
39. Du, Q.; Beglov, D.; Roux, B. J. Phys. Chem. B. 2000, 104, 796.
40. Sato, K.; Chuman, H.; Ten-No, S. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 17290.
41. Wan, S.; Stole, R. H.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 2004, 121, 9539.
42. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E. I.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, K. M.; Merz, K. M.; Wang, D. A.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8; University of California: San Francisco, 2004.
43. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A.11; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
44. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, R. L.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B, 1998, 102, 3586.
45. Yu, H.-A.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 5706.
46. Kaminski, G.; Duffy, E. M.; Matsui, T.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. 1994, 98, 13077.
47. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657.
48. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157.
49. Jorgensen, W. L. BOSS, 4.2 ed.; Yale University: New Haven, CT, 2000.
50. Verlet, L. Phys. Rev. 1967, 159, 98.
51. Hansen, J. P.; MacDonald, I. R. Phys. Rev. A 1975, 11, 2111.
52. Steinbrecher, T.; Mobley, D. L.; Case, D. A., submitted, 2007.
53. Connoly, M. L. J. Appl. Cryst. 1983, 16, 548.
54. Mobley, D. L.; Dumont, E.; Chodera, J. D.; Dill, K. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 2242.
55. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269.
56. Boresch, S.; Karplus, M. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 119.
57. Wolfenden, R. Biochemistry 1978, 17, 201.