Identifying receptor-ligand interactions through an ab initio approach

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 4, 2008, Pages 1290-1292

  Salazar, Pablo F ^a   Seminario, Jorge M ^a  

^a Texas AandM University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHARGE TRANSFER; COMPLEXATION; ELECTRIC PROPERTIES; MOLECULAR INTERACTIONS;

BINDING INTERACTIONS; RECEPTOR-LIGAND INTERACTIONS;

MOLECULAR STRUCTURE;

EID: 39149122145     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0768569     Document Type: Article

References (24)

1. Nienhaus, G. U. Computer Simulation of Protein-Ligand Interactions. In Protein-Ligand Interactions: Methods and Applications; Nienhaus, G. U., Ed.; Humana Press: Ulm, Germany, 2005.
2. Böhm, H. J.; Schneider, G. Introduction to molecular recognition models. In Protein-Ligand Interactions; Böhm, H. J., Schneider, G., Eds.; Wiley: New York, 2003.
3. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
4. Foloppe, N.; MacKerell, A. D. J. J. Comput. Chem. 2000, 21, 86.
5. Böhm, H.-J. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1992, 6, 61.
6. Rarey, M.; Wefing, S.; Lengauer, T. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1996, 10, 41.
7. Venkatachalam, C. M.; Jiang, X.; Oldfield, T.; Waldman, M. J. Mol. Graphics Modell. 2003, 21, 289.
8. Gehlhaar, D. K.; Verkhivker, G. M.; Rejto, P. A.; Sherman, C. J.; Fogel, D. R.; Fogel, L. J.; Freer, S. T. Chem. Biol. 1995, 2, 317.
9. Muegge, I.; Martin, Y. C. J. Med. Chem. 1999, 42, 791.
10. Landauer, R. IBM J. Res. Dev. 1957, 1, 223.
11. Landauer, R. Philos. Mag. 1970, 21, 863.
12. Büttiker, M.; Imry, Y.; Landauer, R.; Pinhas, S. Phys. Rev. B 1985, 31, 6207.
13. Seminario, J. M.; Cordova, L. E.; Derosa, P. A. Proc. IEEE 2003, 91, 1958.
14. Seminario, J. M.; De La Cruz, C. E.; Derosa, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5616.
15. Seminario, J. M.; Yan, L. M. Int. J. Quantum Chem. 2005, 102, 711.
16. Sotelo, J. C.; Yan, L.; Wang, M.; Seminario, J. M. Phys. Rev. A 2007, 75, 022511.
17. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
18. Perdew, J. P.; Wang, Y. Phys. Rev. B 1992, 45, 13244.
19. Salazar, P. F.; Seminario, J. M. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 11160.
20. Sotelo, J. A.; Yan, L.; Wang, M.; Seminario, J. M. Phys. Rev. A 2007, 75, 022511 (13 pages).
21. Agapito, L. A.; Bautista, E. J.; Seminario, J. M. Phys. Rev. B 2007, 76, 115316 1.
22. Seminario, J. M.; Maffei, M. G.; Agapito, L. A.; Salazar, P. F. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 1060.
23. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J, A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H,; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian-2003, Revision C.2; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 2003.
24. Barbier, J.; Lamy, E.; Outiki, O. React. Kinet. Catal. Lett. 1982, 18, 127.