Volatilities of codons and its application in similarity analysis of biological sequences

Journal of Mathematical Chemistry

Volumn 43, Issue 2, 2008, Pages 864-873

  Zhang, Yi ^a   Wang, Jun ^a  

^a DALIAN UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (China)

Author keywords

Distance; Mutation frequency; Similarity; Volatilities of codons

Indexed keywords

EID: 38549170322     PISSN: 02599791     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1007/s10910-007-9235-9     Document Type: Article

References (30)

1. Staden R. (1986). Nucleic Acids Res. 14: 217-231
2. Hamori E., Ruskin J. (1983). J. Biol. Chem. 258: 1318-1327
3. Hamori E. (1989). BioTechniques 7: 710-720
4. Randic M., Balaban A.T. (2003). J. Chem. Inf. Comput. Sci. 43: 532-539
5. Guo X.F., Randic M., Basak S.C. (2001). Chem. Phys. Lett. 350: 106-112
6. Zhang R., Zhang C.T. (1994). J. Biomo. Struct. Dyn. 11: 767-782
7. Gates M.A. (1986). J. Theor. Biol. 119: 319-328
8. Nandy A. (1994). Curr. Sci. 66: 309-314
9. Nandy A. (1994). Curr. Sci. 66: 821
10. Leong P.M., Mogenthaler S. (1995). Comput. Appl. Biosci. 12: 503-511
11. Guo X., Nandy A. (2003). Chem. Phys. Lett. 369: 361-366
12. Wu Y., Liew A.W., Yan H., Yang M.S. (2003). Chem. Phys. Lett. 367: 170-176
13. Nandy A., Nandy P. (2003). Chem. Phys. Lett. 368: 102-107
14. Randic M., Vracko M., Lers N., Plavsic D. (2003). Chem. Phys. Lett. 368: 1-6
15. Randic M., Vracko M., Lers N., Plavsic D. (2003). Chem. Phys. Lett. 371: 202-207
16. Randic M. (2000). Chem. Phys. Lett. 317: 29-34
17. Randic M., Guo X.F., Basak S.C. (2001). J. Chem. Inf. Comput. Sci. 41: 619-626
18. He P., Wang J. (2002). Internet Electron. J. Mol. Des. 1: 668-674
19. He P., Wang J. (2002). J. Chem. Inf. Comput. Sci. 42: 1080-1085
20. Liu Y. (2002). Internet Electron. J. Mol. Des. 1: 675-684
21. Randic M., Krilov G. (1999). Int. J. Quantum. Chem. 75: 1017-1026
22. Li C., Wang J. (2003). Comb. Chem. High Throughput Screen. 6: 795-799
23. Wang J., Zhang Y. (2006). Chem. Phys. Lett. 423: 50-53
24. Randic M. (2004). SAR QSAR Environ. Res. 15(3): 147-157
25. Randic M., Zupan J. (2004). SAR QSAR Environ. Res. 15(3): 191-205
26. Randic M., Zupan J., Balaban A.T. (2004). Chem. Phys. Lett. 397: 247-252
27. Plotkin J.B., Dushoff J., Fraser H.B. (2004). Nature 428: 942-945
28. Luo L., Li X. (2002). Biosystem 65: 83-97
29. Grantham R.A. (1974). Sceince 185: 862-864
30. stoletzki N., Welch J., Hermisson J., Walker A.E. (2005). Mol. Biol. Evol. 22(10): 2022-2026