Atomistic simulation of the DNA helix-coil transition

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 111, Issue 49, 2007, Pages 12349-12354

  Piana, Stefano ^a,b  

^a CURTIN UNIVERSITY   (Australia)

^b D E SHAW RESEARCH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMISTIC SIMULATION; DNA HEXAMERS;

COMPUTER SIMULATION; DNA; FREE ENERGY; SPECTROSCOPIC ANALYSIS;

MOLECULAR DYNAMICS;

DNA;

ARTICLE; CHEMISTRY; CONFORMATION;

DNA; NUCLEIC ACID CONFORMATION;

EID: 38049160763     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0756552     Document Type: Article

References (30)

1. Vandeven, F. J. M.; Hilbers, C. W. Eur. J. Biochem. 1988, 178 (1), 1-38.
2. Gueron, M.; Leroy, J. L. Methods Enzymol. 1995, 267, 383-413.
3. Tran-Dinh, S.; Neumann, J. M.; Huynh-Dihn, T.; Lallemand, J. Y.; Igolen, J. Nucleic Acids Res. 1982, 10, 5319-5332.
4. Tran-Dinh, S.; Neumann, J. M.; Huynh-Dinh, T.; Geniessel, B.; Igolen, J.; Simonnot, G. Eur. J. Biochem. 1982, 124, 415-425.
5. Patel, D. J.; Hilbers, C. W. Biochemistry 1975, 14 (12), 2651-2656.
6. Patel, D. J.; Kozlowski, S. A.; Marky, L. A.; Broka, C.; Rice, J. A.; Itakura, K.; Breslaner, K. J. Biochemistry 1982, 27, 428-436.
7. Hansmann, U. H. E. Chem. Phys. Lett 1997, 287, 140-150.
8. Piana, S.; Laio, A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4553-4559.
9. Perez, A.; Marchan, I.; Svozil, D.; Sponer, J.; Cheatham, T. E., III.; Laughton, C. A.; Orozco, M. Biophys. J. 2007, 92, 3817-3829.
10. Lindhal, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Mod. 2001, 7, 306-317.
11. Wang, J.; Cieplack, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 27, 1049-1074.
12. Cornell, W. D.; Cieplack, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
13. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, T.; Homak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER, 8; University of California: San Francisco, 2004.
14. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. P. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
15. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen. H. J. C.; Fraaije, G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 78, 1463-1472.
16. Essman, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T. A.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
17. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 57, 1695-1697.
18. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 87, 3684-3690.
19. Piana, S.; Laio, A.; Marinelli, F.; Van Troys, M.; Bourry, D.; Ampe, C.; Martins, J. C. J. Mol. Biol. 2007, doi:10.1016/j.jmb.2007.10/020.
20. Hüber, T.; Torda, A. E.; van Gunsteren, W. F. J. Comput. Aided. Mol. Des. 1994, 8, 695-708.
21. Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12562-12566.
22. Mitsutake, A.; Sugita, Y.; Okamoto, Y. Biopolymers 2001, 60, 96-123.
23. Laio, A.; Rodriguez-Fortea, A.; Gervasio, F.; Ceccarelli, M.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6714-6721.
24. Hukushima, K.; Nemoto, K. J. Phys. Soc. Jpn. 1996, 65, 1604-1608.
25. Seibert, M. M.; Patriksson, A.; Hess. B.; van der Spoel, D. J. Mol. Biol. 2005, 354 (1), 173-183.
26. Dixit, S. B.; Beveridge, D. L.; Case, D. A.; Cheatham, T. E., III; Giudice, E.; Lankas, F.; Lavery, R.; Maddocks, J. H.; Osman, R.; Sklenar, H.; Thayer, K. M.; Varnai, P. Biophys. J. 2005, 89, 3721-3740.
27. Varnai, P.; Djuranovic, D.; Lavery, R.; Hartmann, B. Nucleic Acid Res. 2002, 30, (24), 5398-5406.
28. Rich, A.; Nordheim, A.; Wang, A. H. J. Annu. Rev. Biochem. 1984, 53, 791-846.
29. Baucom, J.; Transue, T.; Fuentes-Cabrera, M.; Krahn, J. M.; Darden, T. A.; Sagui, C. J. Chem. Phys. 2004, 121 (14), 6998-7008.
30. Babin, V.; Baucom, J.; Darden, T. A.; Sagui, C. J. Phys. Chem. B. Condens. Matter. Mater. Surf. Interfaces Biophys. 2006, 110 (23), 11571-11581.