Meso-tetrakis(N-methylpyridinium-4-yl)porphyrin at the minor groove of contiguous adenine-thymine base pairs

Bulletin of the Korean Chemical Society

Volumn 28, Issue 12, 2007, Pages 2203-2208

  Chae, Youn Hee ^a   Jin, Bio ^a   Kim, Jong Ki ^b   Sung, Wook Han ^c   Kim, Seog K ^a   Hyun, Mee Lee ^a  

^a Yeungnam University   (South Korea)

^b Catholic University of Daegu   (South Korea)

^c Kyungwoon University   (South Korea)

Author keywords

DNA; Meso tetrakis(N methylpyridinium 4 yl)porphyrin; Minor groove; Molecular dynamics

Indexed keywords

BINDING SITES; DNA; FUNCTIONAL GROUPS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR INTERACTIONS;

BINDING MODES; MINOR GROOVE BINDING; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION )MD); PYRIDINIUM MOIETIES;

PYRENE;

EID: 38049144940     PISSN: 02532964     EISSN: 12295949     Source Type: Journal    
DOI: 10.5012/bkcs.2007.28.12.2203     Document Type: Article

References (35)

1. Marzilli, L. G.; Banville, L. D.; Zon, G.; Wilson, W. D. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 4188-4192.
2. Strickland, J. A.; Marzilli, L. G.; Wilson, W. D. Biopolymers 1990, 29, 1307-1323.
3. Guliaev, A. B.; Leontis, N. B. Biochemistry 1999, 28, 15425-15437.
4. Lee, Y.-A.; Lee, S.; Cho, T.-S.; Kim, C.; Han, S. W.; Kim, S. K. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 11351-11355.
5. Sehlstedt, U.; Kim, S. K.; Carter, P.; Goodisman, J.; Vollano, J. K.; Nordén, B.; Dabrowiak, J. C. Biochemistry 1994, 33, 417-426.
6. Schneider, H. J.; Wang, M. J. Org. Chem. 1994, 59, 7473-7478.
7. Yun, B. H.; Jeon, S. H.; Cho, T.-S.; Yi, Y.; Sehlstedt, U.; Kim, S. K. Biophys. Chem. 1998, 70, 1-10.
8. Lee, S.; Heon, S. H.; Kim, B. J.; Han, S. W.; Jang, H. G.; Kim, S. K. Biophys. Chem. 2001, 92, 35-45.
9. Lee, S.; Lee, Y.-A.; Lee, H. M.; Lee, J. Y.; Kim, D. H.; Kim, S. K. Biophys. J. 2002, 83, 371-381.
10. Jin, B.; Lee, H. M.; Lee, Y.-A.; Ko, J. H.; Kim, C.; Kim, S. K. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2417-2424.
11. Lee, Y.-A.; Kim, J.-O.; Cho, T.-S.; Song, R.; Kim, S. K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8106-8107.
12. Kim, J.-O.; Lee, Y.-A.; Yun, B. H.; Han, S. W.; Kwag, S. T.; Kim, S. K. Biophys. J. 2004, 86, 1012-1017.
13. Arnaud, P.; Zakrzewska, K.; Meunier, B. J. Comput. Chem. 2003, 24, 797-805.
14. Ford, K. G.; Pearl, L. H.; Neidle, S. Nucleic Acids Res. 1987, 15, 6553-6562.
15. Phan, A. T.; Kuryavyi, V.; Gaw, H. Y.; Patel, D. J. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 167-173.
16. Hui, X.; Gresh, N.; Pullman, B. Nucleic Acids Res. 1990, 18, 1109-1114.
17. Frich, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakzewski, V. G.; Montgomery, Jr. J. A.; Stratman, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Morokuma, Q.; Cui, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, J. V.; Ortiz, B. B.; Liashenko, G.; Liu, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen. M. W.; Wong, J. L.; Andres, W.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, Revision A. 3.; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
18. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280.
19. Cieplak, P. I.; Cornell, W. D.; Bayly, C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1357-1377.
20. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E. III.; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmering, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER7; University of California: San Francisco, 2002.
21. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
22. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092.
23. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
24. Laver, R.; Sklenar, H. CURVES 5.3; Laboratorie de Biochimie Theorique CNRS, Institu de Biologie Physico-Chimique: Paris, France, 1990.
25. Humphrey, W.; Dalke, A.; Shulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38.
26. Srinivasan, J.; Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9401-9409.
27. Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889-897.
28. Levitt, M. Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1978, 75, 640-644.
29. Ohyama, T.; Mara, H.; Yamamoto, Y. Biophys. Chem. 2005, 113, 53-59.
30. Arnaud, P.; Zakrzewska, K.; Meunier, B. J. Comput. Chem. 2003, 24, 797-805.
31. Larsen, T. A.; Goodsell, D. S.; Cascio, D.; Grzeskowiak, K.; Dikerson, R. E. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 7, 477-491.
32. Mohan, S.; yathindra, N. J. Biomol. Struct. Dyn. 1991, 9, 695-704.
33. Eriksson, S.; Kim, S. K.; Kubista, M.; Nordén, B. Biochemistry 1993, 32, 2987-2998.
34. Kim, H.-K.; Kim, J. M.; Kim, S. K.; Rodger, A.; Nordén, B. Biochemistry 1996, 35, 1187-1194.
35. Vlieghe, D.; Sponer, J.; Van meervelt, L. Biochemistry 1999, 38, 16443-16451.