Atomic force microscopy imaging of DNA under macromolecular crowding conditions

Biomacromolecules

Volumn 8, Issue 12, 2007, Pages 3712-3717

  Pastré, David ^a   Hamon, Loïc ^a   Mechulam, Alain ^a   Sorel, Isabelle ^a   Baconnais, Sonia ^b,c   Curmi, Patrick A ^a   Le Cam, Eric ^b,c   Piétrement, Olivier ^b,c  

^a UNIVERSITÉ D EVRY VAL D ESSONNE   (France)

^b UMR 8126   (France)

^c UNIVERSITÉ PARIS SACLAY   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMIC FORCE MICROSCOPY; BIOMOLECULES; IONIC STRENGTH; MACROMOLECULES; POLYETHYLENE GLYCOLS; SODIUM CHLORIDE;

MOLECULAR CROWDING; MONOVALENT SALT;

DNA;

DOUBLE STRANDED DNA; MACROGOL; MICA; NICKEL CHLORIDE; SODIUM CHLORIDE;

ADSORPTION; ARTICLE; ATOMIC FORCE MICROSCOPY; CONCENTRATION (PARAMETERS); CONTROLLED STUDY; DNA CONFORMATION; IONIC STRENGTH; MACROMOLECULE; MOLECULAR IMAGING; PRIORITY JOURNAL;

ADSORPTION; ALUMINUM SILICATES; DNA; MACROMOLECULAR SUBSTANCES; MICROSCOPY, ATOMIC FORCE; PROTEIN CONFORMATION; SURFACE PROPERTIES;

EID: 38049031852     PISSN: 15257797     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/bm700856u     Document Type: Article

References (46)

1. Zimmerman, S. B.; Minton, A. P. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1993, 22, 27-65.
2. Minton, A. P. J. Biol. Chem. 2001, 276, 10577-10580.
3. Ellis, R. J. Trends Biochem. Sci. 2001, 26, 597-604.
4. Rivas, G.; Ferrone, F.; Herzfeld, J. EMBO Rep. 2004, 5, 23-27.
5. Zimmerman, S. B.; Harrison, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 1871-1875.
6. Naimushin, A. N.; Quach, N.; Fujimoto, B. S.; Schurr, J. M. Biopolymers 2001, 58, 204-217.
7. Ellis, R. J.; Minton, A. P. Nature 2003, 425, 27-28.
8. Terry, B. J.; Jack, W, E.; Rubin, R. A.; Modrich, P. J. Biol. Chem. 1983, 258, 9820-9825.
9. von Hippel, P. H.; Berg, O. G. J. Biol. Chem. 1989, 264, 675-678.
10. Parsegian, V. A.; Rand, R. P.; Rau, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 3987-3992.
11. Mel'nikov, S. M.; Khan, M, O.; Lindman, B.; Jonsson, B. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 1130-1136.
12. Cunha, S.; Woldringh, C. L.; Odijk, T. J. Struct. Biol. 2001, 136, 53-66.
13. Louie, D.; Serwer, P. J. Mol. Biol. 1994, 242, 547-559.
14. Erijman, L.; Clegg, R. M. Biophys. J. 1998, 75, 543-462.
15. Sanders, G. M.; Kassavetis, G. A.; Geiduschek, E. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 7703-7707.
16. Goobes, R.; Cohen, O.; Minsky, A. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 2154-2161.
17. Zimmerman, S. B.; Murphy, L. D. FEBS Lett. 1996, 390, 245-248.
18. Kleideiter, G.; Nordmeiner, E. Polymer 1999, 40, 4013-4023.
19. Katsura, S.; Hirano, K.; Matsuzawa, Y.; Yoshikawa, K.; Mizuno, A. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 4943-4945.
20. Veaute, X.; Jeusset, J.; Soustelle, C.; Kowalczykowski, S. C.; Le Cam, E.; Fabre, F. Nature 2003, 423, 309-312.
21. Frenkiel-Krispin, D.; Levin-Zaidman, S.; Shimoni, E.; Wolf, S. G.; Wachtel, E. J.; Arad, T.; Finkel, S. E.; Kolter, R.; Minsky, A. EMBO J. 2001, 20, 1184-1191.
22. Hud, N. V. Biophys. J. 1995, 69, 1355-1362.
23. Murphy, L. D.; Zimmerman, S. B. J. Struct. Biol. 1997, 119, 336-346.
24. Mangenot, S.; Leforestier, A.; Durand, D.; Livolant, F. J. Mol. Biol. 2003, 333, 907-916.
25. Thundat, T.; Allison, D. P.; Warmack, R. J.; Brown, G. M.; Jacobson, K. B.; Schrick, J. J.; Ferrell, T. L. Scanning Microsc. 1992, 6, 911-918.
26. Thomson, N. H.; Kasas, S.; Smith, B. L.; Hansma, H. G.; Hansma, P. K. Langmuir 1996, 12, 5905-5908.
27. Piétrement, O.; Pastré, D.; Fusil, S.; Jeusset, J.; David, M.-O.; Landousy, F.; Harnon, L.; Zozime, A.; Le Cain, E. Langmuir 2003, 19, 2536-2539.
28. Bezanilla, M.; Drake, B.; Nudler, E.; Kashlev, M.; Hansma, P. K.; Hansma, H. G. Biophys. J. 1994, 67, 2454-2459.
29. Hegner, M.; Wagner, P.; Semenza, G. FEBS Lett. 1993, 336, 452-456.
30. Mou, J.; Czajkowsky, D. M.; Zhang, Y.; Shao, Z. FEBS Lett. 1995, 371, 279-282.
31. Hansma, H. G. Annu. Rev. Phys. Chem. 2001, 52, 71-92.
32. Pastré, D.; Piétrement, O.; Fusil, S.; Landousy, F.; Jeusset, J.; David, M. O.; Hamon, L.; Le Cam, E.; Zozime, A. Biophys. J. 2003, 85, 2507-2518.
33. van Noort, S. J.; van der Werf, K. O.; Eker, A. P.; Wyman, C.; de Grooth, B. G.; van Hulst, N. F.; Greve, J. Biophys. J. 1998, 74, 2840-2949.
34. Pastré, D.; Hamon, L.; Landousy, F.; Sorel, I.; David, M. O.; Zozime, A.; Le Cam, E.; Pietrement, O. Langmuir 2006, 22, 6651-6660.
35. Fang, Y.; Hoh, J. H. Nucl. Acids. Res. 1998, 26, 589-593.
36. Ellis, J. S.; Abdelhady, H. G.; Allen, S.; Davies, M. C.; Roberts, C. J.; Tendlers, S. J. B.; Willams, P. M. J. Microsc. 2004, 215, 297-301.
37. Sushko, M. L.; Shluger, A. L.; Rivetti, C. Langmuir 2006, 22, 7678-7688.
38. Rouzina, I.; Bloomfield, V. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 4292-4304.
39. Hansma, H. G.; Laney, D. E. Biophys. J. 1996, 70, 1933-1939.
40. Lau, A. W. C.; Pincus, P. Eur. Phys. J. B 1999, 10, 175-180.
41. Bloomfield, V. A.; Wilson, R. W.; Rau, D. C. Biophys. Chem. 1980, 11, 339-343.
42. Sottas, P. E.; Larquet, E.; Stasiak, A.; Dubochet, J. Biophys. J. 1999, 77, 1858-1870.
43. Pastré, D.; Piétrement, O.; Zozime, A.; Le Cam, E. Biopolymers 2005, 77, 53-62.
44. de Vries, R. Biophys. J. 2001, 80, 1186-1194.
45. Zinchenko, A. A.; Yoshikawa, K. Biophys. J. 2005, 88, 4118-4123.
46. Besteman, K.; Vilfan, K. v. E.; Vilfan, I. D.; Ziese, U. Lemay, S. G. Biopolymers.