Computer-aided structure elucidation of organic compounds: Recent advances;Elucidação estrutural de substâncias orgânicas com auxílio de computador: evoluções recentes

Quimica Nova

Volumn 30, Issue 5, 2007, Pages

  Stefani, Ricardo ^a   Nascimento, Paulo Gustavo Barboni Dantas ^a   Da Costa, Fernando Batista ^a  

^a UNIVERSITY OF SÃO PAULO   (Brazil)

Author keywords

Artificial intelligence; Computer programmes; Organic compounds

Indexed keywords

EID: 36148951356     PISSN: 01004042     EISSN: 16787064     Source Type: Journal    
DOI: 10.1590/s0100-40422007000500048     Document Type: Review

References (69)

1. Ciência que trata da organização, busca e extração de informação de forma automatizada através do uso de um computador; não é sinônimo de computação.
2. Morgan, H. L.; J. Chem. Doc. 1965, 5, 107.
3. Lindsay, R.; Buchanan, B. G.; Feigenbaum, E. A.; Ledberg, J.; Applications of Artificial Intelligence in Organic Chemistry: The Dendral Project, McGraw-Hill: Nova York, 1980.
4. É a descrição, de forma lógica, de um conjunto finito de passos a serem executados no cumprimento de determinada tarefa; uma receita para um pocesso computacional.
5. Gray, N. A. B.; Nourse, J. G.; Crandell, C. W.; Smith, D. H.; Djerassi, C.; Org. Mag. Reson. 1981, 15, 375.
6. Masinter, L. M.; Sridharan, N. S.; Ledeberg, J.; Smith, D. H.; J. Am. Chem. Soc. 1974, 96, 7702.
7. Carhart, R. E.; Smith, D. H.; Gray, N. A. B.; Nourse, J. G.; Djerassi, C.; J. Org. Chem. 1981, 46, 1708.
8. Dubois, J.-E.; Sobel, Y.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1985, 25, 326.
9. Dubois, J.-E.; Carabedian, M.; Dagane, I.; Anal. Chim. Acta 1984, 158, 217.
10. Shelley, C. A.; Munk, M. E.; Anal. Chem. 1982, 54, 516.
11. Shelley, C. A.; Hays, T. R.; Munk, M. E.; Roman, R. V.; Anal. Chim. Acta 1978, 103, 121.
12. Madison, M. S.; Schulz, K. P.; Korytko, A. A.; Munk, M. E.; Internet J. Chem. 1998, 1, 34.
13. Korytko, A.; Schulz, K. P.; Madison, M. S.; Munk, M. E.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003, 32, 1434.
14. Kalchhauser, H.; Robien, W.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1985, 25, 103.
15. Bremser, W.; Anal. Chim. Acta 1978, 103, 355.
16. Jargão de informática; significa que o sistema é capaz de inferir ou calcular novos dados durante a execução do programa a partir de dados préexistentes em um banco.
17. Kudo, Y.; Sasaki, S.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1976, 16, 43.
18. Bremser, W.; Fachinger, W.; Magn. Reson. Chem. 1985, 23, 1056.
19. Gastmans, J. P.; Furlan, M.; Lopes, M. N.; Borges, J. H. G.; Emerenciano, V. P.; Quim. Nova 1990, 13, 10.
20. Gastmans, J. P.; Furlan, M.; Lopes, M. N.; Borges, J. H. G.; Emerenciano, V. P.; Quim. Nova 1990, 13, 75.
21. Alvarenga, S. A. V.; Rodrigues, G. V.; Gastmans, J. P.; Emerenciano, V. P.; Nat. Prod. Lett. 1995, 7, 133.
22. Alvarenga, S. A. V.; Gastmans, J. P.; Rodrigues, G. V.; Brandt, A. J. C.; Emerenciano, V. P.; J. Braz. Chem. Soc. 2003, 14, 369.
23. Ferreira, M. J. P.; Brandt, A. J. C.; Rodrigues, G. V.; Emerenciano, V. P.; Anal. Chim. Acta 2001, 429, 151.
24. Fromanteau, D. L. G.; Gastmans, J. P.; Vestri, S. A.; Emerenciano, V. P.; Borges, J. H. G.; Comput. Chem. 1993, 17, 369.
25. Rufino, A. R.; Brandt, A. J. C.; Santos, J. B. O.; Ferreira, M. J. P.; Emerenciano, V. P.; J. Chem. Inf. Model. 2005, 45, 645.
26. Weiniger, D.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1988, 28, 31.
27. Nomenclatura química para a representação de estruturas, mais especificamente um modelo de valência altamente simplificado e compactado; descreve uma estrutura química como uma notação de linha.
28. Ctfile Formats. MDL Information Systems, http://www.mdli.com, San Leandro, 2002.
29. Masinter, L. M.; Shriodharan, N. S.; Lederberg, J.; Smith, D. H.; J. Am. Chem. Soc. 1974, 96, 7702.
30. Bradley, D. C.; Munk, M. E.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1988, 28, 87.
31. Fontana, P.; Pretsch, E.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 614.
32. Kerber, A.; Laue, R.; Grüner, T.; Meringer, M.; Match 1998, 37, 205.
33. Faulon, J. L.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1994, 34, 1204.
34. Meiler, J.; Will, M.; J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1868.
35. Will, M.; Fachinger, W.; Richert, J. R.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1996, 36, 221,
36. Pople, J. A.; Nesbet, R. K.; J. Chem. Phys. 1954, 22, 571.
37. Chesnut, D. B.; Phung, C. G.; Chem. Phys. 1990, 147, 91.
38. Chesnut, D. B.; Ann. Rep. NMR Spectrosc. 1994, 29, 71.
39. Fileti, E. E.; Canuto, S.; Int. J. Quantum Chem. 2005, 102, 554.
40. Wolinski, K.; Hilton, J. F.; Pulay, P.; J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 8251.
41. Keith, T. A.; Bader, R. F. W.; Chem. Phys. Lett. 1992, 194, 1.
42. Schindler, M.; Kutzelnigg, W.; Mol. Phys. 1983, 48, 781.
43. Hansen, A. E.; Bouman, T. D.; J . Chem. Phys. 1989, 91, 3552.
44. nd ed., 1999.
45. Munk, M. E.; Madison, M. S.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 1996, 36, 231.
46. Gasteiger, J.; Chem. Intell. Lab. Syst., no prelo.
47. Tetko, I. V.; Vsevold, Y. T.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2002, 42, 1136.
48. Filho, P. A. C.; Poppi, R. J.; Quim. Nova 1999, 22, 405.
49. Termo em inglês para designar um software disponível gratuitamente.
50. Em inglês: free software; a palavra free em inglês tem duplo sentido e depende muito do contexto; pode significar tanto "livre" no sentido de liberdade ou "livre" no sentido de obter-se algo de forma gratuita, ou seja, grátis; por isso, o termo vem sendo rapidamente substituido por opensource.
51. Hodgson, J.; Nat. Biotechnol. 1996, 14, 690.
52. Steinbeck, C.; Youngquan, H.; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighangem, E.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2003, 43, 493.
53. Steinbeck, C.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2001, 41, 1500.
54. Steinbeck, C.; Kuhn, S.; Krause, S.; J. Chem. Inf. Comput Sci. 2003, 45, 1733.
55. Baderstcher, M.; Korytko, A.; Schulz, K. P.; Madison, M.; Munk, M. E.; Portmann, P.; Junghans, M.; Fontana, P.; Pretsch, E.; Chem. Intell. Lab. Syst. 2000, 51, 73.
56. Magri, F. M. M.; Militão, J. S. L.; Ferreira, M. J. P.; Brandt, A. J. C.; Emerenciano, V. P.; Spectroscopy 2001, 15, 99.
57. Meiler, J.; Maier, W.; Will, M.; Meusinger, R.; J. Magn. Reson. 2002, 157, 242.
58. Elyashberg, M. E.; Blinov, K. A.; Willians, A. J.; Molodtsov, S. G.; Martin, G. E.; Martirosian, E. R.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 771.
59. Sumurnyy, Y. D.; Elyashberg, M. E.; Blinov, K. A.; Lefbrvre, B. A.; Martin, G. E.; Williams, A. J.; Tetrahedron 2005, 61, 9980.
60. Han, Y.; Steinbeck, C.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 489.
61. Elyashber, M. E.; Blinov, K. A.; Williams, A. J.; Martinrosian, E. R.; Molodtsov, S. G.; J. Nat. Prod. 2002, 65, 693.
62. Steinbeck, C.; Nat. Prod. Rep. 2004, 21, 512.
63. Aires-de-Sousa, J.; Hemmer, M. C.; Gasteiger, J.; Anal. Chem. 2002, 74, 80.
64. Binev, Y.; Aires-de-Sousa, J.; J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 940.
65. Do inglês Connection Table (CT): dentre várias outras, é a forma predominante de representação de estruturas químicas em programas de computador, baseada em uma matriz com uma lista de átomos e outra de ligações químicas que fornece as conexões entre os átomos.
66. Sadowski, J.; Gasteiger, J.; Chem. Rev. 1993, 93, 2567.
67. Steinbeck, C.; Kuhn, S.; Phytochemistry 2004, 65, 2711.
68. Bindseil, K. U.; Jakupovic, J.; Wolf, D.; Lavayre, J.; Leboul, J.; Pyl, D.; Drug Disc. Today 2001, 16, 840.
69. Wolf, C.; Villalobos, C. N.; Cummings, P. G.; Kennedy-Gabbs, S.; Olsen, M. A.; Trescher, G.; J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 2005, 16, 553.