Yeast genomics and drug target identification

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 10, Issue 8, 2007, Pages 618-634

  Bharucha, Nikë ^a   Kumar, Anuj ^a  

^a UNIVERSITY OF MICHIGAN   (United States)

Author keywords

DNA microarray; Genomics; Proteomics; Synthetic interaction; Two hybrid assay; Yeast

Indexed keywords

6 ANILINO 5,8 QUINOLINEQUINONE; ADENOSINE TRIPHOSPHATE; ALVERINE CITRATE; ANTIBIOTIC G 418; ANTIFUNGAL AGENT; ANTINEOPLASTIC AGENT; BENOMYL; CISPLATIN; COMPACTIN; CYCLINE; CYCLOHEXIMIDE; CYCLOSPORIN A; CYTOCHROME C OXIDASE; DEXAMETHASONE; DYCLONINE; ETHIONINE; FK 506 BINDING PROTEIN; FUNGAL DNA; GLUCOCORTICOID RECEPTOR; HYDROXYMETHYLGLUTARYL COENZYME A REDUCTASE INHIBITOR; HYGROMYCIN; METHOTREXATE; PROTEIN KINASE C; RNA; STEROL 14ALPHA DEMETHYLASE; TACROLIMUS; TARGET OF RAPAMYCIN KINASE; TUNICAMYCIN; UNINDEXED DRUG; WORTMANNIN;

COMBINATORIAL CHEMISTRY; DNA DAMAGE; DNA MICROARRAY; DRUG SCREENING; DRUG TARGETING; FUNGAL GENETICS; GENE DELETION; GENE DISRUPTION; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE IDENTIFICATION; GENE INSERTION; GENOMICS; HIGH THROUGHPUT SCREENING; HUMAN; OPEN READING FRAME; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; REVIEW; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; TRANSPOSON;

COMBINATORIAL CHEMISTRY TECHNIQUES; DRUG DELIVERY SYSTEMS; DRUG EVALUATION, PRECLINICAL; GENE EXPRESSION PROFILING; GENOME, FUNGAL; GENOMICS; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; PROTEOMICS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; TWO-HYBRID SYSTEM TECHNIQUES;

EUKARYOTA; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SACCHAROMYCETALES;

EID: 36048953476     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138620707782507340     Document Type: Review

References (74)

1. Goffeau, A.; Barrell, B.G.; Bussey, H.; Davis, R.W.; Dujon, B.; Feldmann, H.; Galibert, F.; Hoheisel, J.D.; Jacq, C.; Johnston, M.; Louis, E.J.; Mewes, H.W.; Murakami, Y.; Philippsen, P.; Tettelin, H.; Oliver, S.G. Science, 1996, 274, 546, 563-7.
2. Kumar, A.; Snyder, M. Nat. Rev. Genet., 2001, 2, 302-12.
3. Scherens, B.; Goffeau, A. Genome Biol., 2004, 5, 229.
4. Suter, B.; Auerbach, D.; Stagljar, I. Biotechniques, 2006, 40, 625-44.
5. Melese, T.; Hieter, P. Trends Pharmacol. Sci., 2002, 23, 544-547.
6. Outeiro, T.F.; Giorgini, F. Biotechnol. J., 2006, 1, 258-69.
7. Auerbach, D.; Arnoldo, A.; Bogdan, B.; Fetchko, M.; Stagljar, I. Curr. Proteomics, 2005, 2, 1-13.
8. Burns, N.; Grimwade, B.; Ross-Macdonald, P.B.; Choi, E.Y.; Finberg, K.; Roeder, G. S.; Snyder, M. Genes Dev., 1994, 8, 1087-105.
9. Kumar, A.; des Etages, S.A.; Coelho, P.S.; Roeder, G.S.; Snyder, M. Methods Enzymol., 2000, 328, 550-74.
10. Ross-Macdonald, P.; Coelho, P.S.; Roemer, T.; Agarwal, S.; Kumar, A.; Jansen, R.; Cheung, K.H.; Sheehan, A.; Symoniatis, D.; Umansky, L.; Heidtman, M.; Nelson, F.K.; Iwasaki, H.; Hager, K.; Gerstein, M.; Miller, P.; Roeder, G.S.; Snyder, M. Nature, 1999, 402, 413-8.
11. Kumar, A.; Seringhaus, M.; Biery, M.C.; Sarnovsky, R.J.; Umansky, L.; Piccirillo, S.; Heidtman, M.; Cheung, K.H.; Dobry, C.J.; Gerstein, M.B.; Craig, N.L.; Snyder, M. Genome Res., 2004, 14, 1975-86.
12. Craig, N.L. Annu. Rev. Biochem., 1997, 66, 437-74.
13. Hoekstra, M.F.; Burbee, D.; Singer, J.; Mull, E.; Chiao, E.; Heffron, F. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1991, 88, 5457-61.
14. Biery, M.C.; Stewart, F.J.; Stellwagen, A.E.; Raleigh, E.A.; Craig, N.L. Nucleic Acids Res., 2000, 28, 1067-77.
15. Ross-Macdonald, P.; Sheehan, A.; Roeder, G.S.; Snyder, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997, 94, 190-5.
16. Winzeler, E.A.; Shoemaker, D.D.; Astromoff, A.; Liang, H.; Anderson, K.; Andre, B.; Bangham, R.; Benito, R.; Boeke, J.D.; Bussey, H.; Chu, A.M.; Connelly, C.; Davis, K.; Dietrich, F.; Dow, S.W.; El Bakkoury, M.; Foury, F.; Friend, S.H.; Gentalen, E.; Giaever, G.; Hegemann, J.H.; Jones, T.; Laub, M.; Liao, H.; Liebundguth, N.; Lockhart, D.J.; Lucau-Danila, A.; Lussier, M.; M'Rabet, N.; Menard, P.; Mittmann, M.; Pai, C.; Rebischung, C.; Revuelta, J.L.; Riles, L.; Roberts, C.J.; Ross-MacDonald, P.; Scherens, B.; Snyder, M.; Sookhai-Mahadeo, S.; Storms, R.K.; Veronneau, S.; Voet, M.; Volckaert, G.; Ward, T.R.; Wysocki, R.; Yen, G.S.; Yu, K.; Zimmermann, K.; Philippsen, P.; Johnston, M.; Davis, R.W. Science, 1999, 285, 901-6.
17. Baudin, A.; Ozier-Kalogeropoulos, O.; Denouel, A.; Lacroute, F.; Cullin, C. Nucleic Acids Res., 1993, 21, 3329-30.
18. Wach, A.; Brachat, A.; Pohlmann, R.; Philippsen, P. Yeast, 1994, 10, 1793-808.
19. Shoemaker, D.D.; Lashkari, D.A.; Morris, D.; Mittmann, M.; Davis, R.W. Nat. Genet., 1996, 14, 450-6.
20. Giaever, G.; Chu, A.M.; Ni, L.; Connelly, C.; Riles, L.; Veronneau, S.; Dow, S.; Lucau-Danila, A.; Anderson, K.; Andre, B.; Arkin, A.P.; Astromoff, A.; El-Bakkoury, M.; Bangham, R.; Benito, R.; Brachat, S.; Campanaro, S.; Curtiss, M.; Davis, K.; Deutschbauer, A.; Entian, K.D.; Flaherty, P.; Foury, F.; Garfinkel, D.J.; Gerstein, M.; Gotte, D.; Guldener, U.; Hegemann, J.H.; Hempel, S.; Herman, Z.; Jaramillo, D.F.; Kelly, D.E.; Kelly, S.L.; Kotter, P.; LaBonte, D.; Lamb, D.C.; Lan, N.; Liang, H.; Liao, H.; Liu, L.; Luo, C.; Lussier, M.; Mao, R.; Menard, P.; Ooi, S.L.; Revuelta, J.L.; Roberts, C.J.; Rose, M.; Ross-Macdonald, P.; Scherens, B.; Schimmack, G.; Shafer, B.; Shoemaker, D.D.; Sookhai-Mahadeo, S.; Storms, R.K.; Strathern, J.N.; Valle, G.; Voet, M.; Volckaert, G.; Wang, C.Y.; Ward, T.R.; Wilhelmy, J.; Winzeler, E.A.; Yang, Y.; Yen, G.; Youngman, E.; Yu, K.; Bussey, H.; Boeke, J.D.; Snyder, M.; Philippsen, P.; Davis, R.W.; Johnston, M. Nature, 2002, 418, 387-91.
21. Tucker, C.L.; Fields, S. Comp. Funct. Genomics, 2004, 5, 216-224.
22. Veal, E.A.; Ross, S.J.; Malakasi, P.; Peacock, E.; Morgan, B.A. J. Biol. Chem., 2003, 278, 30896-904.
23. Biteau, B.; Labarre, J.; Toledano, M.B. Nature, 2003, 425, 980-4.
24. Chan, T.F.; Carvalho, J.; Riles, L.; Zheng, X.F. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000, 97, 13227-32.
25. Zewail, A.; Xie, M.W.; Xing, Y.; Lin, L.; Zhang, P.F.; Zou, W.; Saxe, J.P.; Huang, J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2003, 100, 3345-50.
26. Cutler, N.S.; Heitman, J.; Cardenas, M.E. J. Biol. Chem., 1997, 272, 27671-7.
27. Giaever, G.; Shoemaker, D.D.; Jones, T.W.; Liang, H.; Winzeler, E.A.; Astromoff, A.; Davis, R.W. Nat. Genet., 1999, 21, 278-83.
28. Barnes, G.; Hansen, W.J.; Holcomb, C.L.; Rine, J. Mol. Cell Biol., 1984, 4, 2381-8.
29. Rine, J.; Hansen, W.; Hardeman, E.; Davis, R.W. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1983, 80, 6750-4.
30. Lum, P.Y.; Armour, C.D.; Stepaniants, S.B.; Cavet, G.; Wolf, M.K.; Butler, J.S.; Hinshaw, J.C.; Garnier, P.; Prestwich, G.D.; Leonardson, A.; Garrett-Engele, P.; Rush, C.M.; Bard, M.; Schimmack, G.; Phillips, J.W.; Roberts, C.J.; Shoemaker, D.D. Cell, 2004, 116, 121-37.
31. Giaever, G.; Flaherty, P.; Kumm, J.; Proctor, M.; Nislow, C.; Jaramillo, D.F.; Chu, A.M.; Jordan, M.I.; Arkin, A.P.; Davis, R.W. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004, 101, 793-8.
32. Baetz, K.; McHardy, L.; Gable, K.; Tarling, T.; Reberioux, D.; Bryan, J.; Andersen, R.J.; Dunn, T.; Hieter, P.; Roberge, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2004, 101, 4525-30.
33. Roskelley, C.D.; Williams, D.E.; McHardy, L.M.; Leong, K.G.; Troussard, A.; Karsan, A.; Andersen, R.J.; Dedhar, S.; Roberge, M. Cancer Res., 2001, 61, 6788-94.
34. Williams, D.E.; Craig, K.S.; Patrick, B.; McHardy, L.M.; van Soest, R.; Roberge, M.; Andersen, R.J. J. Org. Chem., 2002, 67, 245-58.
35. Hughes, T.R.; Roberts, C.J.; Dai, H.; Jones, A.R.; Meyer, M.R.; Slade, D.; Burchard, J.; Dow, S.; Ward, T.R.; Kidd, M.J.; Friend, S.H.; Marton, M.J. Nat. Genet., 2000, 25, 333-7.
36. Tong, A.H.; Evangelista, M.; Parsons, A.B.; Xu, H.; Bader, G.D.; Page, N.; Robinson, M.; Raghibizadeh, S.; Hogue, C.W.; Bussey, H.; Andrews, B.; Tyers, M.; Boone, C. Science, 2001, 294, 2364-8.
37. Parsons, A.B.; Brost, R.L.; Ding, H.; Li, Z.; Zhang, C.; Sheikh, B.; Brown, G.W.; Kane, P.M.; Hughes, T.R.; Boone, C. Nat. Biotechnol., 2004, 22, 62-9.
38. Pan, X.; Yuan, D.S.; Ooi, S.L.; Wang, X.; Sookhai-Mahadeo, S.; Meluh, P.; Boeke, J.D. Methods, 2007, 41, 206-21.
39. Pan, X.; Yuan, D.S.; Xiang, D.; Wang, X.; Sookhai-Mahadeo, S.; Bader, J.S.; Hieter, P.; Spencer, F.; Boeke, J.D. Mol. Cell, 2004, 16, 487-96.
40. Sopko, R.; Huang, D.; Preston, N.; Chua, G.; Papp, B.; Kafadar, K.; Snyder, M.; Oliver, S.G.; Cyert, M.; Hughes, T.R.; Boone, C.; Andrews, B. Mol. Cell, 2006, 21, 319-30.
41. Mnaimneh, S.; Davierwala, A.P.; Haynes, J.; Moffat, J.; Peng, W.T.; Zhang, W.; Yang, X.; Pootoolal, J.; Chua, G.; Lopez, A.; Trochesset, M.; Morse, D.; Krogan, N.J.; Hiley, S. L.; Li, Z.; Morris, Q.; Grigull, J.; Mitsakakis, N.; Roberts, C.J.; Greenblatt, J.F.; Boone, C.; Kaiser, C.A.; Andrews, B.J.; Hughes, T.R. Cell, 2004, 118, 31-44.
42. Davierwala, A.P.; Haynes, J.; Li, Z.; Brost, R.L.; Robinson, M.D.; Yu, L.; Mnaimneh, S.; Ding, H.; Zhu, H.; Chen, Y.; Cheng, X.; Brown, G.W.; Boone, C.; Andrews, B.J.; Hughes, T.R. Nat. Genet., 2005, 37, 1147-52.
43. Luesch, H.; Wu, T.Y.; Ren, P.; Gray, N.S.; Schultz, P.G.; Supek, F. Chem. Biol., 2005, 12, 55-63.
44. Kuo, S.C.; Lampen, J.O. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1974, 58, 287-95.
45. Endo, A.; Kuroda, M.; Tanzawa, K. FEBS Lett., 1976, 72, 323-6.
46. Lombardini, J.B.; Talalay, P. Mol. Pharmacol., 1970, 6, 481-99.
47. Launhardt, H.; Hinnen, A.; Munder, T. Yeast, 1998, 14, 935-42.
48. Butcher, R.A.; Bhullar, B.S.; Perlstein, E.O.; Marsischky, G.; LaBaer, J.; Schreiber, S.L. Nat. Chem. Biol., 2006, 2, 103-9.
49. Schena, M.; Shalon, D.; Davis, R.W.; Brown, P.O. Science, 1995, 270, 467-70.
50. DeRisi, J.L.; Iyer, V.R.; Brown, P.O. Science, 1997, 278, 680-6.
51. Lashkari, D.A.; DeRisi, J.L.; McCusker, J.H.; Namath, A.F.; Gentile, C.; Hwang, S. Y.; Brown, P.O.; Davis, R.W. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997, 94, 13057-62.
52. Gasch, A.P.; Spellman, P.T.; Kao, C.M.; Carmel-Harel, O.; Eisen, M.B.; Storz, G.; Botstein, D.; Brown, P.O. Mol. Biol. Cell, 2000, 11, 4241-57.
53. Marton, M.J.; DeRisi, J.L.; Bennett, H.A.; Iyer, V.R.; Meyer, M.R.; Roberts, C.J.; Stoughton, R.; Burchard, J.; Slade, D.; Dai, H.; Bassett, D.E., Jr.; Hartwell, L.H.; Brown, P.O.; Friend, S.H. Nat. Med., 1998, 4, 1293-301.
54. Hughes, T.R.; Marton, M.J.; Jones, A.R.; Roberts, C.J.; Stoughton, R.; Armour, C. D.; Bennett, H.A.; Coffey, E.; Dai, H.; He, Y.D.; Kidd, M.J.; King, A.M.; Meyer, M.R.; Slade, D.; Lum, P.Y.; Stepaniants, S.B.; Shoemaker, D.D.; Gachotte, D.; Chakraburtty, K.; Simon, J.; Bard, M.; Friend, S.H. Cell, 2000, 102, 109-26.
55. Daum, G.; Lees, N.D.; Bard, M.; Dickson, R. Yeast, 1998, 14, 1471-510.
56. Watanabe, C.M.; Supekova, L.; Schultz, P.G. Chem. Biol., 2002, 9, 245-51.
57. Kung, C.; Kenski, D.M.; Dickerson, S.H.; Howson, R.W.; Kuyper, L.F.; Madhani, H.D.; Shokat, K.M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2005, 102, 3587-92.
58. Benton, M.G.; Somasundaram, S.; Glasner, J.D.; Palecek, S.P. BMC Genomics, 2006, 7, 305.
59. Fields, S.; Song, O. Nature, 1989, 340, 245-6.
60. Ito, T.; Chiba, T.; Ozawa, R.; Yoshida, M.; Hattori, M.; Sakaki, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2001, 98, 4569-74.
61. Uetz, P.; Giot, L.; Cagney, G.; Mansfield, T.A.; Judson, R.S.; Knight, J.R.; Lockshon, D.; Narayan, V.; Srinivasan, M.; Pochart, P.; Qureshi-Emili, A.; Li, Y.; Godwin, B.; Conover, D.; Kalbfleisch, T.; Vijayadamodar, G.; Yang, M.; Johnston, M.; Fields, S.; Rothberg, J.M. Nature, 2000, 403, 623-7.
62. Vidal, M.; Brachmann, R.K.; Fattaey, A.; Harlow, E.; Boeke, J.D. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93, 10315-20.
63. Huang, J.; Schreiber, S.L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997, 94, 13396-401.
64. Gyuris, J.; Golemis, E.; Chertkov, H.; Brent, R. Cell, 1993, 75, 791-803.
65. Licitra, E.J.; Liu, J.O. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93, 12817-21.
66. Henthorn, D.C.; Jaxa-Chamiec, A.A.; Meldrum, E. Biochem. Pharmacol., 2002, 63, 1619-28.
67. Baker, K.; Sengupta, D.; Salazar-Jimenez, G.; Cornish, V.W. Anal. Biochem., 2003, 315, 134-7.
68. Johnsson, N.; Varshavsky, A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1994, 91, 10340-4.
69. Aronheim, A.; Zandi, E.; Hennemann, H.; Elledge, S.J.; Karin, M. Mol. Cell Biol., 1997, 17, 3094-102.
70. Broder, Y.C.; Katz, S.; Aronheim, A. Curr. Biol., 1998, 8, 1121-4.
71. Miller, J.P.; Lo, R.S.; Ben-Hur, A.; Desmarais, C.; Stagljar, I.; Noble, W.S.; Fields, S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2005, 102, 12123-8.
72. Stagljar, I.; Korostensky, C.; Johnsson, N.; te Heesen, S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1998, 95, 5187-92.
73. Stagljar, I.; Fields, S. Trends Biochem. Sci., 2002, 27, 559-63.
74. Tucker, C. Drug Discov. Today, 2002, 7, S125-30.