Continuous fractional component Monte Carlo: An adaptive biasing method for open system atomistic simulations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 3, Issue 4, 2007, Pages 1451-1463

  Shi, Wei ^a   Maginn, Edward J ^a  

^a University of Notre Dame   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 36048951034     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct7000039     Document Type: Article

References (58)

1. Potoff, J. J.; Siepmann, J. I. AIChE J. 2001, 47, 1676.
2. Gao, G. T.; Wang, W. C. Fluid Phase Equil. 1997, 130, 157.
3. Martin, M. G. Fluid Phase Equil. 2006, 248, 50.
4. Crozier, P. S.; Rowley, R. L. Fluid Phase Equil. 2002, 193, 53.
5. Morrow, T. I.; Maginn, E. J. J. Chem. Phys. 2005, 122, 54504.
6. Anwar, J.; Frenkel, D.; Noro, M. G. J. Chem. Phys. 2003, 118, 728.
7. Agrawal, P. M.; Rice, B. M.; Thompson, D. L. J. Chem. Phys. 2003, 119, 9617.
8. Eike, D. M.; Maginn, E. J. J. Chem. Phys. 2006, 124, 164503.
9. Chen, B.; Siepmann, J. I.; Klein, M. K. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9840.
10. Zhao, X. S.; Chen, B.; Karaborni, S.; Siepmann, J. I. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5368.
11. Kofke, D. A.; Cummings, P. T. Fluid Phase Equil. 1998, 150, 41.
12. Kofke, D. A. Fluid Phase Equil. 2005, 228, 41.
13. Snurr, R. Q.; Bell, A. T.; Theodorou, D. N. J. Phys. Chem. 1993, 97, 13742.
14. Mezei, M. Mol. Phys. 1980, 40, 901.
15. Siepmann, J. I.; Frenkel, D. Mol. Phys. 1992, 75, 59-70.
16. Mooij, G. C. A. M.; Frenkel, D.; Smit, B. J. Phys.: Condens. Matter 1992, 4, L255-L259.
17. Laso, M.; de Pablo, J. J.; Suter, U. W. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2817-2819.
18. Berg, B. A.; Neuhaus, T. Phys. Rev. Lett. 1992, 68, 9.
19. Orkoulas, G.; Panagiotopoulos, A. Z. J. Chem. Phys. 1999, 110, 1581.
20. Yan, Q. L.; de Pablo, J. J. J. Chem. Phys. 1999, 111, 9509.
21. Fenwick, M. K.; Escobedo, F. A. J. Chem. Phys. 2003, 119, 11998.
22. De Pablo, J. J.; Prausnitz, J. M. Fluid Phase Equil. 1989, 53, 177.
23. Martin, M. G.; Siepmann, J. I. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 8921.
24. Chen, B.; Siepmann, J. I.; Klein, M. L. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12232.
25. Wick, C. D.; Siepmann, J. I.; Theodorou, D. N. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12338.
26. Çaǧin, T.; Pettitt, B. M. Mol. Phys. 1991, 72, 169-175.
27. Çaǧin, T.; Pettitt, B. M. Mol. Simul. 1991, 6, 5.
28. Ji, J.; Çaǧin, T.; Pettitt, B. M. J. Chem. Phys. 1992, 96, 1333-1342.
29. Lo, C. M.; Palmer, B. J. Chem. Phys. 1995, 102, 925-931.
30. Shroll, R. M.; Smith, D. E. J. Chem. Phys. 1999, 111, 9025-9033.
31. Lísal, M.; Smith, W. R.; Kolafa, J. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 12956-12965.
32. Theodorou, D. N. J. Chem. Phys. 2006, 124, 34109.
33. Uhlherr, A.; Theodorou, D. N. J. Chem. Phys. 2006, 125, 84107.
34. Escobedo, F. A.; de Pablo, J. J. J. Chem. Phys. 1996, 105, 4391-4394.
35. Boinepalli, S.; Attard, P. J. Chem. Phys. 2003, 119, 12769-12775.
36. Lynch, G. C.; Pettitt, B. M. J. Chem. Phys. 1997, 107, 8594-8610.
37. Lyubartsev, A. P.; Martsinovski, A. A.; Shevkunov, S. V.; Vorontsov-Velyaminov, P. N. J. Chem. Phys. 1992, 96, 1776-17837.
38. Rosso, L.; Minary, P.; Zhu, Z.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 2002, 116, 4389.
39. Wang, F.; Landau, D. P. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 2050-2053.
40. Macedonia, M. D.; Maginn, E. J. Mol. Phys. 1999, 96, 1375-1390.
41. June, R. L.; Bell, A. T.; Theodorou, D. N. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8232.
42. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Clarendon: Oxford, 1987.
43. Frenkel, D.; Smit, B. Understanding Molecular Simulation; Academic Press: San Diego, 2002.
44. Duane, S.; Kennedy, A. D.; Pendleton, B. J.; Roweth, D. Phys. Lett. B 1987, 195, 216-222.
45. Errington, J. R.; Panagiotopoulos, A. Z. J. Chem. Phys. 1999, 111, 9731.
46. Spyriouni, T.; Economou, I. G.; Theodorou, D. N. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 4466-4469.
47. Banaszak, B. J.; Faller, R.; de Pablo, J. J. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11304.
48. Zervopoulou, E.; Mavrantzas, V. G.; Theodorou, D. N. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2860.
49. Beutler, T. C.; Mark, A. E.; van Schaik, R. C.; Gerber, P. R.; van Gunsteren, W. F. Chem. Phys. Lett. 1994, 222, 529-539.
50. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote. R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
51. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. In Intermolecular Forces; Dordrecht: The Netherlands, 1981.
52. Mezei, M. Mol. Phys. 1987, 61, 565-582.
53. Mezei, M. Mol. Phys. 1989, 67, 1207-1208.
54. Smith, G. R.; Bruce, A. D. J. Phys. A 1995, 28, 6623-6643.
55. Industrial Fluid Properties Simulation Challenge. http://fluidproperties. org (accessed January 4, 2007).
56. Cichowski, E. C.; Schmidt, T. R.; Errington, J. R. Fluid Phase Equil. 2005, 236, 58.
57. Zhang, L.; Siepmann, J. I. Theor. Chem. Acc. 2006, 115, 391.
58. Johnson, J. K.; Zollweg, J. A.; Gubbins, K. E. Mol. Phys. 1993, 78, 591-618.