Combined QM/MM molecular dynamics study on a condensed-phase SN2 reaction at nitrogen: The effect of explicitly including solvent polarization

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 3, Issue 4, 2007, Pages 1499-1509

  Geerke, Daan P ^a   Thiel, Stephan ^b   Thiel, Walter ^b   Van Gunsteren, Wilfred F ^a  

^a ETH ZURICH   (Switzerland)

^b MAX PLANCK INSTITUT FÜR KOHLENFORSCHUNG   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 35648931010     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct7000123     Document Type: Article

References (55)

1. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227.
2. Warshel, A. Computer Modeling of Chemical Reactions in Enzymes and Solutions; John Wiley: New York, 1991.
3. Senn, H. M.; Thiel, W. Top. Curr. Chem. 2007, 268, 173.
4. Lin, H.; Truhlar, D. G. Theor. Chim. Acc. 2007, 117, 185.
5. Liu, H. Y.; Müller-Plathe, F.; van Gunsteren, W. F. Chem. Eur. J. 1996, 2, 191.
6. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 718.
7. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700.
8. Sherwood, P.; de Vries, A. H.; Guest, M. F.; Schreckenbach, G.; Catlow, C. R. A.; French, S. A.; Sokol, A. A.; Bromley, S. T.; Thiel, W.; Turner, A. J.; Billeter, S.; Terstegen, F.; Thiel, S.; Kendrick, J.; Rogers, S. C.; Casci, J.; Watson, M.; King, F.; Karlsen, E.; Sjovoll, M.; Fahmi, A.; Schafer, A.; Lennartz, C. J. Mol. Struct. (Theochem) 2003, 632, 1.
9. Glukhovtsev, M. N.; Pross, A.; Radom, L. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 9012.
10. Thompson, M. A.; Schenter, G. K. J. Phys. Chem. 1995, 99, 6374.
11. Thompson, M. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 14492.
12. Bryce, R. A.; Buesnel, R.; Hillier, I. H.; Burton, N. A. Chem. Phys. Lett. 1997, 279, 367.
13. Field, M. J. Mol. Phys. 1997, 91, 835.
14. Dupuis, M.; Aida, M.; Kawashima, Y.; Hirao, K. J. Chem. Phys. 2002, 117, 1242.
15. Vesely, F. J. J. Comput. Phys. 1977, 24, 361.
16. van Belle, D.; Couplet, I.; Prevost, M.; Wodak, S. J. J. Mol. Biol. 1987, 198, 721.
17. Rappe, A. K.; Goddard, W. A. J. Phys. Chem. 1991, 95, 3358.
18. Rick, S. W.; Smart, S. J.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1994, 101, 6141.
19. Drude, P. The Theory of Optics; Longmans, Green, and Co.: New York, 1902.
20. Born, M.; Huang, K. Dynamic Theory of Crystal Lattices; Oxford University Press: Oxford, UK, 1954.
21. Straatsma, T. P.; McCammon, J. A. Mol. Simul. 1990, 5, 181.
22. Yu, H. B.; Hansson, T.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 2003, 118, 221.
23. van Gunsteren, W. F.; Billeter, S. R.; Eising, A. A.; Hünenberger, P. H.; Krüger, P.; Mark, A. E.; Scott, W. R. P.; Tironi, I. G. Biomolecular Simulation: The GROMOS96 Manual and User Guide; vdf Hochschulverlag: ETH Zürich, Switzerland, 1996.
24. Scott, W. R. P.; Hünenberger, P. H.; Tironi, I. G.; Mark, A. E.; Billeter, S. R.; Fennen, J.; Torda, A. E.; Huber, T.; Krüger, P.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 3596.
25. van der Vegt, N. F. A.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 1056.
26. van der Vegt, N. F. A.; Trzesniak, D.; Kasumaj, B.; van Gunsteren, W. F. Chem. Phys. Chem. 2004, 5, 144.
27. Trzesniak, D.; van der Vegt, N. F. A.; van Gunsteren, W. F. Phys. Chem. Chem. Phys. 2004, 6, 697.
28. Lee, M. E.; van der Vegt, N. F. A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 4948.
29. van der Vegt, N. F. A.; Lee, M. E.; Trzesniak, D.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 12852.
30. Yu, H. A.; Karplus, M. J. Chem. Phys. 1988, 89, 2366.
31. Yu, H. B.; van Gunsteren, W. F. Comput. Phys. Commun. 2005, 172, 69.
32. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269.
33. Billeter, S. R.; Turner, A. J.; Thiel, W. Phys. Chem. Chem. Phys. 2000, 2, 2177.
34. Thiel, W. MNDO99, V 6.1 ed.; Max-Planck-Institut für Kohlenforschung: Mülheim an der Ruhr, Germany, 2003.
35. Miller, K. J. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 8533.
36. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684.
37. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
38. Tironi, I. G.; Sperb, R.; Smith, P. E.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 1995, 102, 5451.
39. Maass, O.; Booner, E. H. J. Am. Chem. Soc. 1922, 44, 1709.
40. Neumann, M. Mol. Phys. 1983, 50, 841.
41. Senn, H. M.; Thiel, S.; Thiel, W. J. Chem. Theory Comput. 2005, 1, 494.
42. Beveridge, D. L.; DiCapua, F. M. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1989, 18, 431.
43. Carter, E. A.; Ciccotti, G.; Hynes, J. T.; Kapral, R. Chem. Phys. Lett. 1989, 156, 472.
44. Ciccotti, G.; Ferrario, M.; Hynes, J. T.; Kapral, R. Chem. Phys. 1989, 129, 241.
45. Paci, E.; Ciccotti, G.; Ferrario, M.; Kapral, R. Chem. Phys. Lett. 1991, 176, 581.
46. Billeter, S. R.; van Gunsteren, W. F. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 3276.
47. Sprik, M.; Ciccotti, G. J. Chem. Phys. 1998, 109, 7737.
48. den Otter, W. K.; Briels, W. J. J. Chem. Phys. 1998, 109, 4139.
49. Schlitter, J.; Klahn, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 2057.
50. Schlitter, J.; Klahn, M. Mol. Phys. 2003, 101, 3439.
51. Trzesniak, D.; Kunz, A. P. E.; van Gunsteren, W. F. Chem. Phys. Chem. 2007, 8, 162.
52. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Oxford University Press: New York, 1987.
53. Zwanzig, R. W. J. Chem. Phys. 1954, 22, 1420.
54. Kennedy, R. M.; Sagenkahn, M.; Aston, J. G. J. Am. Chem. Soc. 1941, 63, 2267.
55. Olmstead, W. N.; Brauman, J. I. J. Am. Chem. Soc. 1977, 99, 4219.