Single-molecule fluorescence resonance energy transfer in nanopipets: Improving distance resolution and concentration range

Analytical Chemistry

Volumn 79, Issue 19, 2007, Pages 7367-7375

  Vogelsang, Jan ^a   Doose, Sören ^a   Sauer, Markus ^a   Tinnefeid, Philip ^b  

^a BIELEFELD UNIVERSITY   (Germany)

^b UNIVERSITY OF MUNICH   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHROMOPHORES; CONFORMATIONS; DNA; ENERGY TRANSFER; LASER EXCITATION; SHOT NOISE;

CONFORMATIONAL DYNAMICS; ELECTROKINETIC FORCES; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER (FRET); PHOTOINDUCED DARK STATES;

NANOSTRUCTURED MATERIALS;

FLUORESCENT DYE;

ALTERNATING LASER EXCITATION; ARTICLE; CHROMATOPHORE; CONCENTRATION RESPONSE; CONFORMATIONAL TRANSITION; EXCITATION; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; HISTOGRAM; LIGHT ABSORPTION; MOLECULAR INTERACTION; MONTE CARLO METHOD; POPULATION DISTRIBUTION; STATISTICS;

BASE SEQUENCE; DNA PRIMERS; EQUIPMENT AND SUPPLIES; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; NANOTECHNOLOGY;

EID: 35349008440     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac071176n     Document Type: Article

References (46)

1. Weiss, S. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 724-729.
2. Ha, T. Single Mol. 2001, 2, 283-284.
3. Tinnefeld, P.; Sauer, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 2642-2671.
4. Kapanidis, A. N.; Laurence, T. A.; Lee, N. K.; Margeat, E.; Kong, X.; Weiss, S. Acc. Chem. Res. 2005, 38, 523-533.
5. Deniz, A. A.; Laurence, T. A.; Dahan, M.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Annu. Rev. Phys. Chem. 2001, 52, 233-253.
6. Lee, N. K.; Kapanidis, A. N.; Wang, Y.; Michalet, X.; Mukhopadhyay, J.; Ebright, R. H.; Weiss, S. Biophys. J. 2005, 88, 2939-2953.
7. Deniz, A. A.; Laurence, T. A.; Beligere, G. S.; Dahan, M.; Martin, A. B.; Chemla, D. S.; Dawson, P. E.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 5179-5184.
8. Schuler, B.; Lipman, E. A.; Eaton, W. A. Nature 2002, 419, 743-747.
9. Antonik, M.; Felekyan, S.; Gaiduk, A.; Seidel, C. A. M. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 6970-6978.
10. Nir, E.; Michalet, X.; Hamadani, K. M.; Laurence, T. A.; Neuhauser, D.; Kovchegov, Y.; Weiss, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 22103-22124.
11. Watkins, L. P.; Chang, H. Y.; Yang, H. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 5191-5203.
12. Watkins, L. P.; Yang, H. Biophys. J. 2004, 86, 4015-4029.
13. Gopich, I.; Szabo, A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 0147071-01470718.
14. Werner, J. H.; McCarney, E. R.; Keller, R. A.; Plaxco, K. W.; Goodwin, P. M. Anal. Chem. 2007, 79, 3509-3513.
15. Foquet, M.; Korlach, J.; Zipfel, W.; Webb, W. W.; Craighead, H. G. Anal. Chem. 2002, 74, 1415-1422.
16. Mannion, J. T.; Craighead, H. G. Biopolymers 2007, 85, 131-143.
17. Laurence, T. A.; Kong, X.; Jager, M.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17348-17353.
18. Laurence, T. A.; Weiss, S. Science 2003, 299, 667.
19. Levene, M. J.; Korlach, J.; Turner, S. W.; Foquet, M.; Craighead, H. G.; Webb, W. W. Science 2003, 299, 682-686.
20. Garcia-Parajo, M. F.; de Bakker, B. I.; Koopman, M.; Cambi, A.; de Lange, F.; Figdor, C. G.; van Hulst, N. F. Nanobiotechnology 2005, 1, 113-120.
21. Fore, S.; Yuen, Y.; Hesselink, L.; Huser, T. Nano Lett. 2007, 7, 1749-1756.
22. Foquet, M.; Korlach, J.; Zipfel, W. R.; Webb, W. W.; Craighead, H. G. Anal. Chem. 2004, 76, 1618-1626.
23. Kastrup, L.; Blom, H.; Eggeling, C.; Hell, S. W. Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 178104.
24. Blom, H.; Kastrup, L.; Eggeling, C. Curr. Pharm. Biotech. 2006, 7, 51-66 and references therein.
25. Sauer, M.; Angerer, B.; Ankenbauer, W.; Foldes-Papp, Z.; Gobel, F.; Han, K. T.; Rigler, R.; Schulz, A.; Wolfrum, J.; Zander, C. J. Biotechnol. 2001, 86, 181-201.
26. Sauer, M.; Angerer, B.; Han, K. T.; Zander, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 1999, 1, 2471-2477.
27. Zander, C.; Drexhage, K. H.; Han, K. T.; Wolfrum, J.; Sauer, M. Chem. Phys. Lett. 1998, 286, 457-465.
28. Ying, L.; Bruckbauer, A.; Rothery, A. M.; Korchev, Y. E.; Klenerman, D. Anal. Chem. 2002, 74, 1380-1385.
29. White, S. S.; Ying, L. M.; Balasubramanian, S.; Klenerman, D. Angew. Chem., Int. Ed. 2004, 43, 5926-5930.
30. Ying, L. M.; Bruckbauer, A.; Zhou, D. J.; Gorelik, J.; Shevehuk, A.; Lab, M.; Korchev, Y.; Klenerman, D. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 2859-2866.
31. Ying, L.; White, S. S.; Bruckbauer, A.; Meadows, L.; Korchev, Y. E.; Klenerman, D. Biophys. J. 2004, 86, 1018-1027.
32. Heilemann, M.; Margeat, E.; Kasper, R.; Sauer, M.; Tinriefeld, P. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 3801-3806.
33. Kapanidis, A. N.; Lee, N. K.; Laurence, T. A.; Doose, S.; Margeat, E.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 8936-8941.
34. Eggeling, C.; Berger, S.; Brand, L.; Fries, J. R.; Schaffer, J.; Volkmer, A.; Seidel, C. A. M. J. Biotechnol. 2001, 86, 163-180.
35. Doose, S.; Tsay, J. M.; Pinaud, F.; Weiss, S. Anal. Chem. 2005, 77, 2235-2242.
36. Neuweiler, H.; Doose, S.; Sauer, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 16650-16655.
37. Tinnefeld, P.; Herten, D. P.; Sauer, M. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 7989-8003.
38. Schuler, B.; Lipman, E. A.; Steinbach, P. J.; Kumke, M.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2754-2759.
39. Hillisch, A.; Lorenz, M.; Diekmann, S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 201-207.
40. Norman, D. G.; Grainger, R. J.; Uhrin, D.; Lilley, D. M. J. Biochemistry 2000, 39, 6317-6324.
41. Heilemann, M.; Kasper, R.; Tinnefeld, P.; Sauer, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 16864-16875.
42. Melnikov, S. M.; Yeow, E. K.; Uji-i, H.; Cotlet, M.; Mullen, K.; De Schryver, F. C.; Enderlein, J.; Hofkens, J. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 708-719.
43. Tinnefeld, P.; Buschmann, V.; Weston, K. D.; Sauer, M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 323-327.
44. Clarke, R. W.; Piper, J. D.; Ying, L. M.; Klenerman, D. Phys. Rev. Lett. 2007, 98, 198102.
45. Cohen, A. E.; Moerner, W. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 4362-4365.
46. Millhauser, G. L.; Fiori, W. R.; Miick, S. M. Biochem. Spectrosc. 1995, 246, 589-610.