Molecular dynamics simulations of Cu(II) and the PHGGGWGQ octapeptide

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 35, 2007, Pages 10529-10537

  Riihimäki, Eva Stina ^a   Martínez, José Manuel ^b   Kloo, Lars ^a  

^a ROYAL INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (Sweden)

^b UNIVERSITY OF SEVILLE   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL BONDS; COMPUTER SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS; PEPTIDES; POSITIVE IONS;

EQUATORIAL COORDINATION; IMIDAZOLE; INDOLE RINGS; OCTAPEPTIDES;

COPPER;

EID: 34548858451     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp072672i     Document Type: Article

References (47)

1. Sigel, A.; Sigel, H.; Sigel, R. K. O. Metal Ions in Life Sciences. Neurodegenerative Diseases and Metal Ions; John Wiley & Sons Ltd.: West Sussex, England, 2006; Vol. 1.
2. Pan, K. M.; Baldwin, M.; Nguyen, J.; Gasset, M.; Serban, A.; Groth, D.; Mehlhorn, I.; Huang, Z.; Fletterick, R. J.; Cohen, F. E.; Prusiner, S. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 10962-10966.
3. Brown, D. R.; Qin, K.; Herms, J. W.; Madlung, A.; Manson, J.; Strome, R.; Fraser. P. E.; Kruck, T.; von Bohlen, A.; Schulz-Schaeffer, W.; Giese. A.; Westaway, D.; Kretzschmar, H. Nature 1997, 390, 684-687.
4. Hornshaw, M. P.; McDermott, J. R.; Candy, J. M. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1995, 207, 621-629.
5. Hornshaw, M. P.; McDermott, J. R.; Candy, J. M.; Lakey, J. H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1995, 214, 993-999.
6. Wopfner, F.; Weidenhofer, G.; Schneider, R.; von Brunn, A.; Gilch, S.; Schwarz, T. F.; Werner, T.; Schatzl, H. M. J. Mol. Biol. 1999, 289, 1163-1178.
7. Millhauser, G. L. Acc. Chem. Res. 2004, 37, 79-85.
8. Aronoff-Spencer, E.; Burns, C. S.; Avdievich, N. I.; Gerten, G. J.; Peisach, J.; Antholine, W. E.; Ball, H. L.; Cohen, F. E.; Prusiner, S. B.; Millhauser, G. L. Biochemistry 2000, 39, 13760-13771.
9. Bonomo, R. P.; Cucinotta, V.; Giuffrida, A.; Impellizzeri, G.; Magri, A.; Pappalardo, G.; Rizzarelli, E.; Santoro, A. M.; Tabbi, G.; Vagliasindi. L. I. J. Chem. Soc. Dalton Trans. 2005, 150-158.
10. Bonomo, R. P.; Impellizzeri, G.; Pappalardo, G.; Rizzarelli, E.; Tabbi, G. Chem. Eur. J. 2000, 6, 4195-4202.
11. Burns, C. S.; Aronoff-Spencer, E.; Dunham, C. M.; Lario, P.; Avdievich, N. I.; Antholine, W. E.; Olmstead, M. M.; Vrielink, A.; Gerfen, G. J.; Peisach. J.; Scott, W. G.; Millhauser, G. L. Biochemistry 2002, 41, 3991-4001.
12. Chattopadhyay, M.; Walter, E. D.; Newell, D. J.; Jackson, P. J.; Aronoff-Spencer, E.; Peisach, J.; Gerfen, G. J.; Bennett, B.; Antholine, W. E.; Millhauser, G. L. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12647-12656.
13. Luczkowski, M.; Kozlowski, H.; Stawikowski, M.; Rolka, K.; Gaggelli, E.; Valensin, D.; Valensin, G. J. Chem. Soc. Dalton Trans. 2002, 2269-2274.
14. Mentler, M.; Weiss, A.; Grantner, K.; Pino, P.; Deluca, D.; Fiori, S.; Renner, C.; Klaucke, W. M.; Moroder, L.; Bertsch, U.; Kretzschmar, H. A.; Tavan, P.; Parak, F. G. Eur. Biophys. J. 2005, 34, 97-112.
15. Miura, T.; Hori-i, A.; Mototani, H.; Takeuchi, H. Biochemistry 1999, 38, 11560-11569.
16. Pushie, M. J.; Rauk, A. J. Biol. Inorg. Chem. 2003, 8, 53-65.
17. Redecke, L.; Meyer-Klaucke, W.; Koker, M.; Clos, J.; Georgieva, D.; Genov, N.; Echner, H.; Kalbacher, H.; Perbandt, M.; Bredehorst, R.; Voelter, W.; Betzel, C. J. Biol. Chem. 2005, 280, 13987-13992.
18. Furlan, S.; La Penna. G.; Guerrieri, F.; Morante, S.; Rossi, G. C. J. Biol. Inorg. Chem. 2007, 12, 571-583.
19. Marino, T.; Russo, N.; Toscano, M. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 635-640.
20. Smith, W.; Leslie, M.; Forester, T. W. DL_POLY 2.14; CCLRC, Daresbury Laboratory: Daresbury, U.K., 2003.
21. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
22. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269-6271.
23. Riihimäki, E.-S.; Kloo, L. Inorg. Chem. 2006, 45, 8509-8516.
24. Riihimäki, E.-S.; Martinez, J. M.; Kloo, L. J. Mol. Struct. (THEOCHEM) 2006, 760, 91-98.
25. Martinez, J. M.; Martinez, L. J. Comput. Chem. 2003, 24, 819-825.
26. Hoover, W. G. Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1985, 31, 1695.
27. Babu, C. S.; Lim, C. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 691-699.
28. Åqvist, J. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8021-8024.
29. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280.
30. Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Bayly, C.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1357-1377.
31. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollmann, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9620-9631.
32. Pigache, A.; Cieplak, P.; Dupradeau, F.-Y. 227th National Meeting of the American Chemical Society, Anaheim, CA, March 28 to April 1, 2004; http://q4md-forcefieldtools.org/RED.
33. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda. Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian. H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
34. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B: Condens. Matter 1988, 37, 785-789.
35. Pavelka, M.; Simanek, M.; Sponer, J.; Burda, J. V. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 4795-4809.
36. Sigfridsson, E.; Ryde, U. J. Comput. Chem. 1998, 19, 377-395.
37. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
38. Reichert, D. E.; Norrby, P.-O.; Welch, M. J. Inorg. Chem. 2001, 40, 5223-5230.
39. Balbuena, P. B.; Seminario, J. M. Molecular Dynamics From Classical to Quantum Methods; Elsevier: Amsterdam, 1999.
40. Martinez, J. M.; Merkling, P. J.; Pappalardo, R. R.; Refson, K.; Marcos, E. S. Theor. Chem. Acc. 2004, 111, 101-109.
41. Impey, R. W.; Madden, P. A.; McDonald, I. R. J. Phys. Chem. 1983, 87, 5071-5083.
42. Martinez, J. M.; Torrico, F.; Pappalardo, R. R.; Marcos, E. S. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 15851-15855.
43. Schwenk, C. F.; Hofer, T. S.; Randolf, B. R.; Rode, B. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 1669-1673.
44. Burley, S. K.; Petsko, G. A. Science 1985, 229, 23-28.
45. McGaughey, G. B.; Gagne, M.; Rappe, A. K. J. Biol. Chem. 1998, 273, 15458-15463.
46. Shiraki, K.; Norioka, S.; Li, S.; Yokota, K.; Sakiyama, F. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 4152-4158.
47. Garnett, A. P.; Jones, C. E.; Viles, J. H. J. Chem. Soc., Dalton Trans. 2006, 509-518.