Accurate mass measurements in proteomics

Chemical Reviews

Volumn 107, Issue 8, 2007, Pages 3621-3653

  Liu, Tao ^a   Belov, Mikhail E ^a   Jaitly, Navdeep ^a   Qian, Wei Jun ^a   Smith, Richard D ^a  

^a PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOCHEMISTRY; DATA REDUCTION; MASS SPECTROMETRY; MICROFLUIDICS; MOLECULAR MASS;

ELECTRODYNAMIC ION FUNNEL; FALSE DISCOVERY RATE; PROTEIN COMPLEX; PROTEOMICS;

PROTEINS;

PROTEIN;

ALGORITHM; ANIMAL; BIOLOGY; CHEMISTRY; HUMAN; INSTRUMENTATION; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY; MOLECULAR WEIGHT; PROTEOMICS; REVIEW;

ALGORITHMS; ANIMALS; COMPUTATIONAL BIOLOGY; HUMANS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR WEIGHT; PROTEINS; PROTEOMICS;

EID: 34548291476     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr068288j     Document Type: Review

References (434)

1. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64.
2. Karas, M.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1988, 60, 2299.
3. Tanaka, K.; Waki, H.; Ido, Y.; Akita, S.; Yoshida, Y.; Yoshida, T.; Matsuo, T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1988, 2, 151.
4. Baldwin, M. A. Methods Enzymol. 2005, 402, 3.
5. Domon, B.; Aebersold, R. Science 2006, 312, 212.
6. Aebersold, R.; Goodlett, D. R. Chem. Rev. 2001, 101, 269.
7. Aebersold, R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 685.
8. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198.
9. Patterson, S. D.; Aebersold, R. H. Nat. Genet. 2003, 33, 311.
10. Mann, M.; Hendrickson, R. C.; Pandey, A. Annu. Rev. Biochem. 2001, 70, 437.
11. Ferguson, P. L.; Smith, R. D. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32, 399.
12. Yates, J. R. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004, 33, 297.
13. Peng, J. M.; Gygi, S. P. J. Mass Spectrom. 2001, 36, 1083.
14. Pandey, A.; Mann, M. Nature 2000, 405, 837.
15. Gygi, S. P.; Aebersold, R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2000, 4, 489.
16. Lambert, J. P.; Ethier, M.; Smith, J. C.; Figeys, D. Anal. Chem. 2005, 77, 3771.
17. McCormack, A. L.; Schieltz, D. M.; Goode, B.; Yang, S.; Barnes, G.; Drubin, D.; Yates, J. R. Anal. Chem. 1997, 69, 767.
18. O'Farrell, P. J. Biol. Chem. 1975, 250, 4007.
19. Klose, J. Humangenetik 1975, 26, 231.
20. Scheele, G. A. J. Biol. Chem. 1975, 250, 5375.
21. Patterson, S. D.; Aebersold, R. Electrophoresis 1995, 16, 1791.
22. Henzel, W. J.; Billeci, T. M.; Stults, J. T.; Wong, S. C.; Grimley, C.; Watanabe, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 5011.
23. James, P.; Quadroni, M.; Carafoli, E.; Gonnet, G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1993, 195, 58.
24. Yates, J. R.; Speicher, S.; Griffin, P. R.; Hunkapiller, T. Anal. Biochem. 1993, 214, 397.
25. Pappin, D. J.; Hojrup, P.; Bleasby, A. J. Curr. Biol. 1993, 3, 327.
26. Mann, M.; Hojrup, P.; Roepstorff, P. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22, 338.
27. McLafferty, F. W. Science 1981, 214, 280.
28. Hunt, D. F.; Yates, J. R.; Shabanowitz, J.; Winston, S.; Hauer, C. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 6233.
29. Biemann, K. Methods Enzymol. 1990, 193, 886.
30. Roepstorff, P.; Fohlman, J. Biomed. Mass Spectrom. 1984, 11, 601.
31. Perkins, D. N.; Pappin, D. J. C.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551.
32. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976.
33. Mann, M.; Wilm, M. Anal. Chem. 1994, 66, 4390.
34. Qin, J.; Fenyo, D.; Zhao, Y. M.; Hall, W. W.; Chao, D. M.; Wilson, C. J.; Young, R. A.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1997, 69, 3995.
35. Clauser, K. R.; Baker, P.; Burlingame, A. L. Anal. Chem. 1999, 71, 2871.
36. Gras, R.; Muller, M. Curr. Opin. Mol. Ther. 2001, 3, 526.
37. Sadygov, R. G.; Cociorva, D.; Yates, J. R. Nat. Methods 2004, 1, 195.
38. Edman, P.; Begg, G. Eur. J. Biochem. 1967, 1, 80.
39. Kelleher, N. L.; Lin, H. Y.; Valaskovic, G. A.; Aaserud, D. J.; Fridriksson, E. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 806.
40. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265.
41. Reid, G. E.; Shang, H.; Hogan, J. M.; Lee, G. U.; McLuckey, S. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7353.
42. McAlister, G. C.; Phanstiel, D.; Good, D. M.; Berggren, W. T.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2007, 79, 3525.
43. Anderson, N. L.; Anderson, N. G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 845.
44. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 301.
45. Zhang, H.; Li, X. J.; Martin, D. B.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 660.
46. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994.
47. Liu, T.; Qian, W. J.; Strittmatter, E. F.; Camp, D. G., 2nd; Anderson, G. A.; Thrall, B. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2004, 76, 5345.
48. Wolters, D. A.; Washburn, M. P.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2001, 73, 5683.
49. Washburn, M. P.; Wolters, D.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 242.
50. Mann, M. J. Protein Chem. 1994, 13, 506.
51. Conrads, T. P.; Anderson, G. A.; Veenstra, T. D.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 3349.
52. Takach, E. J.; Hines, W. M.; Patterson, D. H.; Juhasz, P.; Falick, A. M.; Vestal, M. L.; Martin, S. A. J. Protein Chem. 1997, 16, 363.
53. Zubarev, R. A.; Hakansson, P.; Sundqvist, B. Anal. Chem. 1996, 68, 4060.
54. Berndt, P.; Hobohm, U.; Langen, H. Electrophoresis 1999, 20, 3
55. Sleno, L.; Volmer, D. A.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 183.
56. Gorshkov, M. V.; Zubarev, R. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 3755.
57. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 5383.
58. Qian, W. J.; Liu, T.; Monroe, M. E.; Strittmatter, E. F.; Jacobs, J. M.; Kangas, L. J.; Petritis, K.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2005, 4, 53.
59. Liu, T.; Qian, W. J.; Gritsenko, M. A.; Xiao, W. Z.; Moldawer, L. L.; Kaushal, A.; Monroe, M. E.; Varnum, S. M.; Moore, R. J.; Purvine, S. O.; Maier, R. V.; Davis, R. W.; Tompkins, R. G.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1899.
60. Peng, J. M.; Elias, J. E.; Thoreen, C. C.; Licklider, L. J.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2003, 2, 43.
61. Nesvizhskii, A. I.; Keller, A.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2003, 75, 4646.
62. Anderson, D. C.; Li, W.; Payan, D. G.; Noble, W. S. J. Proteome Res. 2003, 2, 137.
63. MacCoss, M. J.; Wu, C. C.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2002, 74, 5593.
64. Moore, R. E.; Young, M. K.; Lee, T. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 378.
65. Eriksson, J.; Fenyo, D. Proteomics 2002, 2, 262.
66. Olsen, J. V.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 13417.
67. Beausoleil, S. A.; Jedrychowski, M.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Villen, J.; Li, J. X.; Cohn, M. A.; Cantley, L. C.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 12130.
68. Nielsen, M. L.; Savtski, M. M.; Zubarev, R. A. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 835.
69. He, F.; Emmett, M. R.; Hakansson, K.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. J. Proteome Res. 2004, 3, 61.
70. Haas, W.; Faherty, B. K.; Gerber, S. A.; Elias, J. E.; Beausoleil, S. A.; Bakalarski, C. E.; Li, X.; Villen, J.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1326.
71. Smith, R. D.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Shen, Y. F.; Conrads, T. P.; Veenstra, T. D.; Udseth, H. R. Proteomics 2002, 2, 513.
72. Zubarev, R.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2007, 6, 377.
73. Comisarow, M. B.; Marshall, A. G. J. Chem. Phys. 1976, 64, 110.
74. Dodonov, A. F.; Chemushevich, I. V.; Dodonova, T. F.; Raznikov, V. V.; Talrose, V. L. Method of Mass-spectrometric Analysis for Time-Of-Flight of Uninterrupted Beam of Ions. U.S.S.R. Patent 1681340, September 30, 1991.
75. Dawson, J. H. J.; Guilhaus, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1989, 3, 155.
76. Makarov, A. Anal. Chem. 2000, 72, 1156.
77. Sommer, H.; Thomas, H. A.; Hipple, J. A. Phys. Rev. 1949, 76, 1877.
78. Comisarow, M. B.; Marshall, A. G. Chem. Phys. Lett. 1974, 25, 282.
79. Wilkins, C. L.; Chowdhury, A. K.; Nuwaysir, L. M.; Coates, M. L. Mass Spectrom. Rev. 1989, 8, 67.
80. Dienes, T.; Pastor, S. J.; Schurch, S.; Scott, J. R.; Yao, J.; Cui, S. L.; Wilkins, C. L. Mass Spectrom. Rev. 1996, 15, 163.
81. Marshall, A. G.; Hendrickson, C. L.; Jackson, G. S. Mass Spectrom. Rev. 1998, 17, 1.
82. Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 200, 331.
83. Marshall, A. G.; Hendrickson, C. L. Int. J. Mass Spectrom. 2002, 215, 59.
84. Zhang, L. K.; Rempel, D.; Pramanik, B. N.; Gross, M. L. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 286.
85. Holliman, C. L.; Rempel, D. L.; Gross, M. L. NATO ASI Ser., Series C: Math. Phys. Sci. 1996, 475, 147.
86. Amster, I. J. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 1325.
87. Wilkins, C. L. Trends Anal. Chem. 1994, 13 Special Issue: Fourier Transform Mass Spectrometry) 223.
88. Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1996, 157/158 (Special Issue: Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometry), 1.
89. Buchanan, M. V. Fourier Transform Mass Spectrometry: Evolution, Innovation, and Applications; ACS Symposium Series 359; Oxford University Press: New York, 1987.
90. Marshall, A. G.; Verdun, F. R. Fourier Transforms in NMR, Optical and Mass Spectrometry: A User's Handbook; Elsevier: Amsterdam, 1990.
91. Bogdanov, B.; Smith, R. D. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 168.
92. Page, J. S.; Masselon, C. D.; Smith, R. D. Curr. Opin. Biotechnol. 2004, 15, 3.
93. Shi, S. D. H.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 11532.
94. Marshall, A. G.; Wang, T. C. L.; Ricca, T. L. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 7893.
95. Shi, S. D. H.; Drader, J. J.; Freitas, M. A.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 196, 591.
96. Rakov, V. S.; Futrell, J. H.; Denisov, E. V.; Nikolaev, E. N. Eur. J. Mass Spectrom. 2000, 6, 299.
97. Rodgers, R. P.; White, F. M.; Hendrickson, C. L.; Marshall, A. G.; Andersen, K. V. Anal. Chem. 1998, 70, 4743.
98. Peurrung, A. J.; Kouzes, R. T.; Barlow, S. E. Int. J. Mass Spectrom. 1996, 158, 39.
99. White, W. D.; Malmberg, J. H.; Driscoll, C. F. Phys. Rev. Lett. 1982, 49, 1822.
100. Jeffries, J. B.; Barlow, S. E.; Dunn, G. H. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1983, 54, 169.
101. Beachamp, J. L.; Armstrong, J. T. Rev. Sci. Instrum. 1969, 40, 123.
102. Jackson, J. D. Classical Electrodynamics, 2nd ed.; John Wiley and Sons: New York, 1975.
103. Gorshkov, M. V.; Nikolaev, E. N. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1993, 125, 1.
104. Schweikhard, L.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 433.
105. Nikolaev, E. N.; Miluchihin, N. V.; Inoue, M. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1995, 148, 145.
106. Mitchell, D. W.; Smith, R. D. Phys. Rev. E 1995, 52, 4366.
107. Francl, T. J.; Sherman, M. G.; Hunter, R. L.; Locke, M. J.; Bowers, W. D.; McIver, R. T. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1983, 54, 189.
108. Ledford, E. B.; Rempel, D. L.; Gross, M. L. Anal. Chem. 1984, 56, 2744.
109. Easterling, M. L.; Mize, T. H.; Amster, I. J. Anal. Chem. 1999, 71, 624.
110. Laude, D. A., Jr.; Beu, S. C. Anal. Chem. 1989, 61, 2422.
111. Schweikhard, L.; Guan, S. H.; Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1992, 120, 71.
112. Speir, J. P.; Gorman, G. S.; Pitsenberger, C. C.; Turner, C. A.; Wang, P. P.; Amster, I. J. Anal. Chem. 1993, 65, 1746.
113. OConnor, P. B.; Speir, J. P.; Wood, T. D.; Chorush, R. A.; Guan, Z. Q.; McLafferty, F. W. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 555.
114. Bruce, J. E.; Anderson, G. A.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1996, 68, 534.
115. Bruce, J. E.; Anderson, G. A.; Brands, M. D.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 416.
116. Masselon, C.; Tolmachev, A. V.; Anderson, G. A.; Harkewicz, R.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 99.
117. Wineland, D. J.; Dehmelt, H. G. J. Appl. Phys. 1975, 46, 919.
118. Hannis, J.; Muddiman, D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 876.
119. Chalmers, M. J.; Quinn, J. P.; Blakney, G. T.; Emmett, M. R.; Mischak, H.; Gaskell, S. J.; Marshall, A. G. J. Proteome Res. 2003, 2, 373.
120. Wu, S.; Kaiser, N. K.; Meng, D.; Anderson, G. A.; Zhang, K.; Bruce, J. E. J. Proteome Res. 2005, 4, 1434.
121. Kloster, M. B. G.; Hannis, J. C.; Muddiman, D. C.; Farrell, N. Biochemistry 1999, 38, 14731.
122. Palmer, M. E.; Clench, M. R.; Tetler, L. W.; Little, D. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 256.
123. Henry, K. D.; Williams, E. R.; Wang, B. H.; McLafferty, F. W.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 9075.
124. Henry, K. D.; Quinn, J. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5447.
125. O'Connor, P. B.; Costello, C. E. Anal. Chem. 2000, 72, 5881.
126. Brock, A.; Horn, D. M.; Peters, E. C.; Shaw, C. M.; Ericson, C.; Phung, Q. T.; Salomon, A. R. Anal. Chem. 2003, 75, 3419.
127. Witt, M.; Fuchser, J.; Baykut, G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 553.
128. Flora, J. W.; Hannis, J. C.; Muddiman, D. C. Anal. Chem. 2001, 73, 1247.
129. Nepomuceno, A. I.; Muddiman, D. C.; Bergen, H. R.; Craighead, J. R.; Burke, M. J.; Caskey, P. E.; Allan, J. A. Anal. Chem. 2003, 75, 3411.
130. Schwartz, J. C.; Zhou, X. G.; Bier, M. E. Method and Apparatus of Increasing Dynamic Range and Sensitivity of A Mass Spectrometer. U.S. Patent 5,572,022, November 5, 1996.
131. Belov, M. E.; Zhang, R.; Strittmatter, E. F.; Prior, D. C.; Tang, K.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003, 75, 4195.
132. Senko, M. W.; Hendrickson, C. L.; Pasatolic, L.; Marto, J. A.; White, F. M.; Guan, S. H.; Marshall, A. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 1824.
133. Gorshkov, M. V.; Tolic, L. P.; Udseth, H. R.; Anderson, G. A.; Huang, B. M.; Bruce, J. E.; Prior, D. C.; Hofstadler, S. A.; Tang, L. A.; Chen, L. Z.; Willett, J. A.; Rockwood, A. L.; Sherman, M. S.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 692.
134. Syka, J. E. P.; Marto, J. A.; Bai, D. L.; Horning, S.; Senko, M. W.; Schwartz, J. C.; Ueberheide, B.; Garcia, B.; Busby, S.; Muratore, T.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. J. Proteome Res. 2004, 3, 621.
135. Peterman, S. M.; Mulholland, J. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 168.
136. Lee, S. W.; Berger, S. J.; Martinovic, S.; Pasa-Tolic, L.; Anderson, G. A.; Shen, Y. F.; Zhao, R.; Smith, R. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5942.
137. Bruce, J. E.; Anderson, G. A.; Wen, J.; Harkewicz, R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1999, 71, 2595.
138. Tolmachev, A. V.; Monroe, M. E.; Jaitly, N.; Petyuk, V. A.; Adkins, I. N.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2006, 78, 8374.
139. Caravatti, P.; Allemann, M. Org. Mass Spectrom. 1991, 26, 514.
140. Beu, S. C.; Laude, D. A. Anal. Chem. 1992, 64, 177.
141. Barlow, S. E.; Tinkle, M. D. Rev. Sci. Instrum. 2002, 73, 4185.
142. Kingdon, K. H. Phys. Rev. 1923, 21, 408.
143. Knight, R. D. Appl. Phys. Lett. 1981, 38, 221.
144. Makarov, A. A. Mass Spectrometer. U.S. Patent 5,886,346, March 23, 1999.
145. Gall, I. N.; Golikov, Y. K.; Aleksandrov, M. L.; Pechalina, Y. E.; Holin, N. A. Time-Of-Flight Mass Spectrometer. U.S.S.R. Patent 1247973, July 30, 1986.
146. Hardman, M.; Makarov, A. A. Anal. Chem. 2003, 75, 1699.
147. Schwartz, J. C.; Senko, M. W.; Syka, J. E. P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 659.
148. Horning, S.; Makarov, A. A.; Denisov, E.; Wieghaus, A.; Malek, R.; Lange, O.; Senko, M. 53rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Applied Topics, San Antonio, TX, 2005.
149. Yates, J. R.; Cociorva, D.; Liao, L. J.; Zabrouskov, V. Anal. Chem. 2006, 78, 493.
150. Olsen, J. V.; de Godoy, L. M. F.; Li, G. Q.; Macek, B.; Mortensen, P.; Pesch, R.; Makarov, A.; Lange, O.; Horning, S.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 2010.
151. Makarov, A.; Denisov, E.; Lange, O.; Horning, S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 977.
152. Makarov, A.; Denisov, E.; Kholomeev, A.; Balschun, W.; Lange, O.; Strupat, K.; Horning, S. Anal. Chem. 2006, 78, 2113.
153. Cameron, A. E.; Eggers, D. F. Rev. Sci. Instrum. 1948, 19, 605.
154. Wiley, W. C.; McLaren, I. H. Rev. Sci. Instrum. 1955, 26, 1150.
155. Colby, S. M.; King, T. B.; Reilly, J. P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1994, 8, 865.
156. Whittal, R. M.; Li, L. Anal. Chem. 1995, 67, 1950.
157. Brown, R. S.; Lennon, J. J. Anal. Chem. 1995, 67, 1998.
158. Vestal, M. L.; Juhasz, P.; Martin, S. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 1044.
159. Mamyrin, B. A.; Karatev, D. V.; Schmikk, D. V. Sov. Phys. JETP 1973, 37, 45.
160. Bergmann, T.; Martin, T. P.; Schaber, H. Rev. Sci. Instrum. 1989, 60, 792.
161. Price, D.; Milnes, G. J. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1990, 99, 1.
162. Deleted in proof.
163. Boyle, J. G.; Whitehouse, C. M. Anal. Chem. 1992, 64, 2084.
164. Mirgorodskaya, O. A.; Shevchenko, A. A.; Chernushevich, I. V.; Dodonov, A. F.; Miroshnikov, A. I. Anal. Chem. 1994, 66, 99.
165. Verentchikov, A. N.; Ens, W.; Standing, K. G. Anal. Chem. 1994, 66, 126.
166. Lewin, M.; Guilhaus, M.; Wildgoose, J.; Hoyes, J.; Bateman, B. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 609.
167. Dodonov, A. F.; Kozlovski, V. I.; Soulimenkov, I. V.; Raznikov, V. V.; Loboda, A. V.; Zhen, Z.; Horwath, T.; Wollnik, H. Eur. J. Mass Spectrom. 2000, 6, 481.
168. Piyadasa, C. K. G.; Hakansson, P.; Ariyaratne, T. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 620.
169. Cotter, R. J. Time-Of-Flight Mass Spectrometry: Instrumentation and Application in Biological Research; ACS Professional Reference Books; American Chemical Society: Washington, DC, 1997.
170. Wollnik, H. Mass Spectrom. Rev. 1993, 12, 89.
171. Guilhaus, M.; Selby, D.; Mlynski, V. Mass Spectrom. Rev. 2000, 19, 65.
172. Beavis, R. C.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1990, 62, 1836.
173. Cotter, R. J. Anal. Chem. 1992, 64, A1027.
174. Whittal, R. M.; Schriemer, D. C.; Li, L. Anal. Chem. 1997, 69, 2734.
175. Edmondson, R. D.; Russell, D. H. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1996, 7, 995.
176. Zhou, J.; Ens, W.; Standing, K. G.; Verentchikov, A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1992, 6, 671.
177. Krutchinsky, A. N.; Loboda, A. V.; Spicer, V. L.; Dworschak, R.; Ens, W.; Standing, K. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1998, 12, 508.
178. O'Connor, P. B.; Costello, C. E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1862.
179. Laiko, V. V.; Baldwin, M. A.; Burlingame, A. L. Anal. Chem. 2000, 72, 652.
180. Baykut, G.; Jertz, R.; Witt, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1238.
181. Loboda, A. V.; Krutchinsky, A. N.; Bromirski, M.; Ens, W.; Standing, K. G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1047.
182. Loboda, A. V.; Ackloo, S.; Chernushevich, I. V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 2508.
183. Cao, P.; Moini, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1998, 12, 864.
184. Bahr, U.; Karas, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 1052.
185. Jiang, L. F.; Moini, M. Anal. Chem. 2000, 72, 20.
186. Eckers, C.; Wolff, J. C.; Haskins, N. J.; Sage, A. B.; Giles, K.; Bateman, R. Anal. Chem. 2000, 72, 3683.
187. de Biasi, V.; Haskins, N.; Organ, A.; Bateman, R.; Giles, K.; Jarvis, S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1999, 13, 1165.
188. Zhou, F.; Shui, W. Q.; Lu, Y.; Yang, P. Y.; Gu, Y. L. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2002, 16, 505.
189. Tyler, A. N.; Clayton, E.; Green, B. N. Anal. Chem. 1996, 68, 3561.
190. Blom, K. F. Anal. Chem. 2001, 73, 715.
191. Kofeler, H. C.; Gross, M. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 406.
192. Colombo, M.; Sirtori, F. R.; Rizzo, V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 511.
193. Strittmatter, E. F.; Rodriguez, N.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003, 75, 460.
194. Boguski, M. S.; Lowe, T. M. J.; Tolstoshev, C. M. Nat. Genet. 1993, 4, 332.
195. Tonella, L.; Walsh, B. J.; Sanchez, J. C.; Ou, K. L.; Wilkins, M. R.; Tyler, M.; Frutiger, S.; Gooley, A. A.; Pescaru, I.; Appel, R. D.; Yan, J. X.; Bairoch, A.; Hoogland, C.; Morch, F. S.; Hughes, G. J.; Williams, K. L.; Hochstrasser, D. F. Electrophoresis 1998, 19, 1960.
196. Oconnell, K. L.; Stults, J. T. Electrophoresis 1997, 18, 349.
197. Joubert, R.; Strub, J. M.; Zugmeyer, S.; Kobi, D.; Carte, N.; Van, Dorsselaer, A.; Boucherie, H.; Jaquet-Gutfreund, L. Electrophoresis 2001, 22, 2969.
198. Langen, H.; Berndt, P.; Roder, D.; Cairns, N.; Lubec, G.; Fountoulakis, M. Electrophoresis 1999, 20, 907.
199. Shevchenko, A.; Jensen, O. N.; Podtelejnikov, A. V.; Sagliocco, F.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mortensen, P.; Shevchenko, A.; Boucherie, H.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 14440.
200. Jungblut, P.; Thiede, B. Mass Spectrom. Rev. 1997, 16, 145.
201. Gras, R.; Muller, M.; Gasteiger, E.; Gay, S.; Binz, P. A.; Bienvenut, W.; Hoogland, C.; Sanchez, J. C.; Bairoch, A.; Hochstrasser, D. F.; Appel, R. D. Electrophoresis 1999, 20, 3535.
202. Samuelsson, J.; Dalevi, D.; Levander, F.; Rognvaldsson, T. Bioinformatics 2004, 20, 3628.
203. Breen, E. J.; Hopwood, F. G.; Williams, K. L.; Wilkins, M. R. Electrophoresis 2000, 21, 2243.
204. Schmidt, F.; Schmid, M.; Jungblut, P. R.; Mattow, J.; Facius, A.; Pleissner, K. P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 943.
205. Rognvaldsson, T.; Hakkinen, J.; Lindberg, C.; Marko-Varga, G.; Potthast, F.; Samuelsson, J. J. Chromatogr., B 2004, 807, 209.
206. Levander, F.; Rognvaldsson, T.; Samuelsson, J.; James, P. Proteomics 2004, 4, 2594.
207. Dodds, E. D.; An, H. J.; Hagerman, P. J.; Lebrilla, C. B. J. Proteome Res. 2006, 5, 1195.
208. Fenyo, D.; Qin, J.; Chait, B. T. Electrophoresis 1998, 19, 998.
209. Jensen, O. N.; Podtelejnikov, A.; Mann, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996, 10, 1371.
210. Beavis, R. C.; Chait, B. T. Chem. Phys. Lett. 1991, 181, 479.
211. Pan, Y.; Cotter, R. J. Org. Mass Spectrom. 1992, 27, 3.
212. Wong, R. L.; Amster, I. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 205.
213. Eriksson, J.; Chait, B. T.; Fenyo, D. Anal. Chem. 2000, 72, 999.
214. Sechi, S.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1998, 70, 5150.
215. Goodlett, D. R.; Bruce, J. E.; Anderson, G. A.; Rist, B.; Pasa-Tolic, L.; Fiehn, O.; Smith, R. D.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2000, 72, 1112.
216. Hernandez, H.; Niehauser, S.; Boltz, S. A.; Gawandi, V.; Phillips, R. S.; Amster, I. J. Anal. Chem. 2006, 78, 3417.
217. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676.
218. Dongre, A. R.; Jones, J. L.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8365.
219. Tsaprailis, G.; Nair, H.; Somogyi, A.; Wysocki, V. H.; Zhong, W. Q.; Futrell, J. H.; Summerfield, S. G.; Gaskell, S. J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5142.
220. Wysocki, V. H.; Tsaprailis, G.; Smith, L. L.; Breci, L. A. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1399.
221. Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1993, 65, 425.
222. Schwartz, B. L.; Bursey, M. M. Biol. Mass Spectrom. 1992, 21, 92.
223. Breci, L. A.; Tabb, D. L.; Yates, J. R.; Wysocki, V. H. Anal. Chem 2003, 75, 1963.
224. Gu, C. G.; Tsaprailis, G.; Breci, L.; Wysocki, V. H. Anal. Chem. 2000, 72, 5804.
225. Yu, W.; Vath, J. E.; Huberty, M. C.; Martin, S. A. Anal. Chem. 1993, 65, 3015.
226. Qin, J.; Chait, B. T. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5411.
227. Tabb, D. L.; Smith, L. L.; Breci, L. A.; Wysocki, V. H.; Lin, D.; Yates, J. R. Anal. Chem. 2003, 75, 1155.
228. Qin, J.; Chait, B. T. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 191, 313.
229. Steen, H.; Mann, M. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2004, 5, 699.
230. Susin, S. A.; Lorenzo, H. K.; Zamzami, N.; Marzo, I.; Snow, B. E.; Brothers, G. M.; Mangion, J.; Jacotot, E.; Costantini, P.; Loeffler, M.; Larochette, N.; Goodlett, D. R.; Aebersold, R.; Siderovski, D. P.; Penninger, J. M.; Kroemer, G. Nature 1999, 397, 441.
231. Davis, M. T.; Lee, T. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 1059.
232. Ducret, A.; Van Oostveen, I.; Eng, J. K.; Yates, J. R.; Aebersold, R. Protein Sci. 1998, 7, 706.
233. Havilio, M.; Haddad, Y.; Smilansky, Z. Anal. Chem. 2003, 75, 435.
234. Elias, J. E.; Gibbons, F. D.; King, O. D.; Roth, F. P.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 214.
235. Chernushevich, I. V.; Loboda, A. V.; Thomson, B. A. J. Mass Spectrom. 2001, 36, 849.
236. Masselon, C.; Anderson, G. A.; Harkewicz, R.; Bruce, J. E.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 1918.
237. Li, L. J.; Masselon, C. D.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.; Lee, S. W.; Shen, Y. F.; Zhao, R.; Lipton, M. S.; Conrads, T. P.; Tolic, N.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 3312.
238. Baldwin, M. A. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1.
239. Carr, S.; Aebersold, R.; Baldwin, M.; Burlingame, A.; Clauser, K.; Nesvizhskii, A. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 531.
240. Olsen, J. V.; Ong, S. E.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 608.
241. Lasonder, E.; Ishihama, Y.; Andersen, J. S.; Vermunt, A. M. W.; Pain, A.; Sauerwein, R. W.; Eling, W. M. C.; Hall, N.; Waters, A. P.; Stunnenberg, H. G.; Mann, M. Nature 2002, 419, 537.
242. Williams, J. D.; Flanagan, M.; Lopez, L.; Fischer, S.; Miller, L. A. D. J. Chromatogr., A 2003, 1020, 11.
243. Masselon, C.; Pasa-Tolic, L.; Li, L. J.; Anderson, G. A.; Harkewicz, R.; Smith, R. D. Proteomics 2003, 3, 1279.
244. Schlosser, A.; Lehmann, W. D. Proteomics 2002, 2, 524.
245. Ji, C. J.; Lo, A.; Marcus, S.; Li, L. J. Proteome Res. 2006, 5, 2567.
246. Dieguez-Acuna, F. J.; Gerber, S. A.; Kodama, S.; Elias, J. E.; Beausoleil, S. A.; Faustman, D.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1459.
247. Denison, C.; Rudner, A. D.; Gerber, S. A.; Bakalarski, C. E.; Moazed, D.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 246.
248. Pilch, B.; Mann, M. Genome Biol. 2006, 7, 10.
249. Everley, P. A.; Bakalarski, C. E.; Elias, J. E.; Waghorne, C. G.; Beausoleil, S. A.; Gerber, S. A.; Faherty, B. K.; Zetter, B. R.; Gygi, S. P. J. Proteome Res. 2006, 5, 1224.
250. Chait, B. T.; Wang, R.; Beavis, R. C.; Kent, S. B. H. Science 1993, 262, 89.
251. Cagney, G.; Emili, A. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 163.
252. Keough, T.; Lacey, M. P.; Youngquist, R. S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 2348.
253. Lindh, I.; Hjelmqvist, L.; Bergman, T.; Sjovall, A.; Griffiths, W. J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 673.
254. Keough, T.; Youngquist, R. S.; Lacey, M. P. Anal. Chem. 2003, 75, 156A.
255. Shevchenko, A.; Chernushevich, I.; Ens, W.; Standing, K. G.; Thomson, B.; Wilm, M.; Mann, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 1015.
256. Qin, J.; Herring, C. J.; Zhang, X. L. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1998, 12, 209.
257. Munchbach, M.; Quadroni, M.; Miotto, G.; James, P. Anal. Chem. 2000, 72, 4047.
258. Gu, S.; Pan, S. Q.; Bradbury, E. M.; Chen, X. Anal. Chem. 2002, 74, 5774.
259. Snijders, A. P. L.; de Vos, M. G. J.; Wright, P. C. J. Proteome Res. 2005, 4, 578.
260. Fu, Q.; Li, L. J. Anal. Chem. 2005, 77, 7783.
261. Dancik, V.; Addona, T. A.; Clauser, K. R.; Vath, J. E.; Pevzner, P. A. J. Comput. Biol. 1999, 6, 327.
262. Chen, T.; Kao, M. Y.; Tepel, M.; Rush, J.; Church, G. M. J. Comput. Biol. 2001, 8, 325.
263. Fernandez-de-Cossio, J.; Gonzalez, J.; Satomi, Y.; Shima, T.; Okumura, N.; Besada, V.; Betancourt, L.; Padron, G.; Shimonishi, Y.; Takao, T. Electrophoresis 2000, 21, 1694.
264. Ma, B.; Zhang, K. Z.; Hendrie, C.; Liang, C. Z.; Li, M.; Doherty-Kirby, A.; Lajoie, G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 2337.
265. Taylor, J. A.; Johnson, R. S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1997, 11, 1067.
266. Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Kjeldsen, F.; Zubarev, R. A. J. Proteome Res. 2005, 4, 2348.
267. Frank, A.; Pevzner, P. Anal. Chem. 2005, 77, 964.
268. Searle, B. C.; Dasari, S.; Turner, M.; Reddy, A. P.; Choi, D.; Wilmarth, P. A.; McCormack, A. L.; David, L. L.; Nagalla, S. R. Anal. Chem. 2004, 76, 2220.
269. Spengler, B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 703.
270. Olson, M. T.; Epstein, J. A.; Yergey, A. L. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 1041.
271. Taylor, J. A.; Johnson, R. S. Anal. Chem. 2001, 73, 2594.
272. Wielsch, N.; Thomas, H.; Surendranath, V.; Waridel, P.; Frank, A.; Pevzner, P.; Shevchenko, A. J. Proteome Res. 2006, 5, 2448.
273. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 10313.
274. Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1180.
275. Zhang, Z. Q.; McElvain, J. S. Anal. Chem. 2000, 72, 2337.
276. Frank, A. M.; Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A.; Pevzner, P. A. J. Proteome Res. 2007, 6, 114.
277. Hunter, T. Cell 2000, 100, 113.
278. Nielsen, M. L.; Savitski, M. M.; Zubarev, R. A. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 2384.
279. Mann, M.; Ong, S. E.; Gronborg, M.; Steen, H.; Jensen, O. N.; Pandey, A. Trends Biotechnol. 2002, 20, 261.
280. Mann, M.; Jensen, O. N. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 255.
281. Peng, J. M.; Schwartz, D.; Elias, I E.; Thoreen, C. C.; Cheng, D. M.; Marsischky, G.; Roelofs, J.; Finley, D.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 921.
282. Wohlschlegel, J. A.; Johnson, E. S.; Reed, S. I.; Yates, J. R. J. Biol. Chem. 2004, 279, 45662.
283. Wohlschlegel, J. A.; Johnson, E. S.; Reed, S. I.; Yates, J. R. J. Proteome Res. 2006, 5, 761.
284. Pevzner, P. A.; Dancik, V.; Tang, C. L. J. Comput. Biol. 2000, 7, 777.
285. Tsur, D.; Tanner, S.; Zandi, E.; Bafna, V.; Pevzner, P. A. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 1562.
286. Pevzner, P. A.; Mulyukov, Z.; Dancik, V.; Tang, C. L. Genome Res. 2001, 11, 290.
287. Han, Y.; Ma, B.; Zhang, K. J. Bioinf. Comput. Biol. 2005, 3, 697.
288. Bandeira, N.; Tsur, D.; Frank, A.; Pevzner, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 6140.
289. Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 935.
290. Kocher, T.; Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. J. Proteome Res. 2006, 5, 659.
291. Cooper, J. A.; Sefton, B. M.; Hunter, T. Methods Enzymol. 1983, 99, 387.
292. DeGnore, J. P.; Qin, J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 1175.
293. Zhang, X. L.; Herring, C. J.; Romano, P. R.; Szczepanowska, J.; Brzeska, H.; Hinnebusch, A. G.; Qin, J. Anal. Chem. 1998, 70, 2050.
294. Marshall, A. G.; Hendrickson, C. L.; Shi, S. D. H. Anal. Chem. 2002, 74, 253A.
295. Bossio, R. E.; Marshall, A. G. Anal. Chem. 2002, 74, 1674.
296. Huddleston, M. J.; Annan, R. S.; Bean, M. F.; Carr, S. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1993, 4, 710.
297. Covey, T. R.; Huang, E. C.; Henion, J. D. Anal. Chem. 1991, 63, 1193.
298. Wilm, M.; Neubauer, G.; Mann, M. Anal. Chem. 1996, 68, 527.
299. Carr, S. A.; Huddleston, M. J.; Annan, R. S. Anal. Biochem. 1996, 239, 180.
300. Neubauer, G.; Mann, M. Anal. Chem. 1999, 71, 235.
301. Zhou, H. L.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 375.
302. Oda, Y.; Nagasu, T.; Chait, B. T. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 379.
303. Goshe, M. B.; Conrads, T. P.; Panisko, E. A.; Angell, N. H.; Veenstra, T. D.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 2578.
304. Qian, W. J.; Gosche, M. B.; Camp, D. G.; Yu, L. R.; Tang, K. Q.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003, 75, 5441.
305. McLachlin, D. T.; Chait, B. T. Anal. Chem. 2003, 75, 6826.
306. Beausoleil, S. A.; Villen, J.; Gerber, S. A.; Rush, J.; Gygi, S. P. Nat. Biotechnol. 2006, 24, 1285.
307. King, J. B.; Gross, J.; Lovly, C. M.; Rohrs, H.; Piwnica-Worms, H.; Townsend, R. R. Anal. Chem. 2006, 78, 2171.
308. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528.
309. Apweiler, R.; Hermjakob, H.; Sharon, N. Biochim. Biophys. Acta 1999, 1473, 4.
310. Hart, G. W. Annu. Rev. Biochem. 1997, 66, 315.
311. Dell, A.; Morris, H. R. Science 2001, 291, 2351.
312. Carr, S. A.; Huddleston, M. J.; Bean, M. F. Protein Sci. 1993, 2, 183.
313. Huddleston, M. J.; Bean, M. F.; Carr, S. A. Anal. Chem. 1993, 65, 877.
314. Jebanathirajah, J.; Steen, H.; Roepstorff, P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 777.
315. Wells, L.; Vosseller, K.; Cole, R. N.; Cronshaw, J. M.; Matunis, M. J.; Hart, G. W. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 791.
316. Zhang, H.; Yi, E. C.; Li, X. J.; Mallick, P.; Kelly-Spratt, K. S.; Masselon, C. D.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D.; Kemp, C. J.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 144.
317. Liu, T.; Qian, W. J.; Gritsenko, M. A.; Camp, D. G., 2nd; Monroe, M. E.; Moore, R. J.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2005, 4, 2070.
318. Kuster, B.; Mann, M. Anal. Chem. 1999, 71, 1431.
319. Medzihradszky, K. F.; Besman, M. J.; Burlingame, A. L. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1998, 12, 472.
320. Lehmann, W. D.; Bohne, A.; von der Lieth, C. W. J. Mass Spectrom. 2000, 35, 1335.
321. Qian, W. J.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. Expert Rev. Proteomics 2004, 1, 87.
322. Pasa-Tolic, L.; Masselon, C.; Barry, R. C.; Shen, Y. F.; Smith, R. D. BioTechniques 2004, 37, 621.
323. Norbeck, A. D.; Monroe, M. E.; Adkins, J. N.; Anderson, K. K.; Daly, D. S.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1239.
324. Zimmer, J. S. D.; Monroe, M. E.; Qian, W. J.; Smith, R. D. Mass Spectrom. Rev. 2006, 25, 450.
325. Jaffe, J. D.; Mani, D. R.; Leptos, K. C.; Church, G. M.; Gillette, M. A.; Carr, S. A. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1927.
326. Lipton, M. S.; Pasa-Tolic, L.; Anderson, G. A.; Anderson, D. J.; Auberry, D. L.; Battista, K. R.; Daly, M. J.; Fredrickson, J.; Hixson, K. K.; Kostandarithes, H; Masselon, C.; Markillie, L. M.; Moore, R. J.; Romine, M. F.; Shen, Y. F.; Stritmatter, E.; Tolic, N.; Udseth, H. R.; Venkateswaran, A.; Wong, L. K.; Zhao, R.; Smith, R. D. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 2002, 99, 11049.
327. Qian, W. J.; Monroe, M. E.; Liu, T.; Jacobs, J. M.; Anderson, G. A.; Shen, Y. F.; Moore, R. J.; Anderson, D. J.; Zhang, R.; Calvano, S. E.; Lowry, S. F.; Xiao, W. Z.; Moldawer, L. L.; Davis, R. W.; Tompkins, R. G.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 700.
328. Smith, R. D.; Pasa-Tolic, L.; Lipton, M. S.; Jensen, P. K.; Anderson, G. A.; Shen, Y. F.; Conrads, T. P.; Udseth, H. R.; Harkewicz, R.; Belov, M. E.; Masselon, C.; Veenstra, T. D. Electrophoresis 2001, 22, 1652.
329. Cargile, B. J.; Talley, D. L.; Stephenson, J. L. Electrophoresis 2004, 25, 936.
330. Petritis, K.; Kangas, L. J.; Ferguson, P. L.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.; Lipton, M. S.; Auberry, K. J.; Strittmatter, E. F.; Shen, Y. F.; Zhao, R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003, 75, 1039.
331. Petritis, K.; Kangas, L. J.; Yan, B.; Monroe, M. E.; Strittmatter, E. F.; Qian, W. J.; Adkins, J. N.; Moore, R. J.; Xu, Y.; Lipton, M. S.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. Anal. Chem. 2006, 78, 5026.
332. Qian, W. J.; Jacobs, J. M.; Liu, T.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1727.
333. Petyuk, V. A.; Qian, W. J.; Chin, M. H.; Wang, H. X.; Livesay, E. A.; Monroe, M. E.; Adkins, J. N.; Jaitly, N.; Anderson, D. J.; Camp, D. G.; Smith, D. J.; Smith, R. D. Genome Res. 2007, 17, 328.
334. Palmblad, M.; Ramstrom, M.; Markides, K. E.; Hakansson, P.; Bergquist, J. Anal. Chem. 2002, 74, 5826.
335. Wang, W.; Zhou, H.; Lin, H.; Roy, S.; Shaler, T. A.; Hill, L. R.; Norton, S.; Kumar, P.; Anderle, M.; Becker, C. H. Anal. Chem. 2003, 75, 4818.
336. Chen, S. S.; Deutsch, E. W.; Yi, E. C.; Li, X. J.; Goodlettt, D. R.; Aebersold, R. J. Proteome Res. 2005, 4, 2174.
337. Prakash, A.; Mallick, P.; Whiteaker, J.; Zhang, H. D.; Paulovich, A.; Flory, M.; Lee, H.; Aebersold, R.; Schwikowski, B. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 423.
338. Bellew, M.; Coram, M.; Fitzgibbon, M.; Igra, M.; Randolph, T.; Wang, P.; May, D.; Eng, J.; Fang, R. H.; Lin, C. W.; Chen, J. Z.; Goodlett, D.; Whiteaker, J.; Paulovich, A.; McIntosh, M. Bioinformatics 2006, 22, 1902.
339. Leptos, K. C.; Sarracino, D. A.; Jaffe, J. D.; Krastins, B.; Church, G. M. Proteomics 2006, 6, 1770.
340. Jaitly, N.; Monroe, M. E.; Petyuk, V. A.; Clauss, T. R. W.; Adkins, J. N.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2006, 78, 7397.
341. Smith, C. A.; Want, E. J.; O'Maille, G.; Abagyan, R.; Siuzdak, G. Anal. Chem. 2006, 78, 779.
342. Ong, S. E.; Mann, M. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 252.
343. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovski, N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1154.
344. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad Sci. U.S.A. 1999, 96, 6591.
345. Pasa-Tolic, L.; Jensen, P. K.; Anderson, G. A.; Lipton, M. S.; Peden, K. K.; Martinovic, S.; Tolic, N.; Bruce, J. E.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 7949.
346. Mirgorodskaya, O. A.; Kozmin, Y. P.; Titov, M. I.; Korner, R.; Sonksen, C. P.; Roepstorff, P. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1226.
347. Stewart, I.; Thomson, T.; Figeys, D. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 2456.
348. Yao, X. D.; Freas, A.; Ramirez, J.; Demirev, P. A.; Fenselau, C. Anal. Chem. 2001, 73, 2836.
349. Heller, M.; Mattou, H.; Menzel, C.; Yao, X. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003, 14, 704.
350. Yu, L. R.; Conrads, T. P.; Uo, T.; Issaq, H. J.; Morrison, R. S.; Veenstra, T. D. J. Proteome Res. 2004, 3, 469.
351. Chakraborty, A.; Regnier, F. E. J. Chromatogr., A 2002, 949, 173.
352. Chelius, D.; Bondarenko, P. V. J. Proteome Res. 2002, 1, 317.
353. Fang, R. H.; Elias, D. A.; Monroe, M. E.; Shen, Y. F.; McIntosh, M.; Wang, P.; Goddard, C. D.; Callister, S. J.; Moore, R. J.; Gorby, Y. A.; Adkins, J. N.; Fredrickson, J. K.; Lipton, M. S.; Smith, R. D. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 714.
354. Smith, R. D.; Shen, Y. F.; Tang, K. Q. Acc. Chem. Res. 2004, 37, 269.
355. Johnson, J. M.; Castle, J.; Garrett-Engele, P.; Kan, Z. Y.; Loerch, P. M.; Armour, C. D.; Santos, R.; Schadt, E. E.; Stoughton, R.; Shoemaker, D. D. Science 2003, 302, 2141.
356. Stamm, S.; Ben-Ari, S.; Rafalska, I.; Tang, Y. S.; Zhang, Z. Y.; Toiber, D.; Thanaraj, T. A.; Soreq, H. Gene 2005, 344, 1.
357. Resch, A.; Xing, Y.; Modrek, B.; Gorlick, M.; Riley, R.; Lee, C. J. Proteome Res. 2004, 3, 76.
358. Godovac-Zimmermann, J.; Kleiner, O.; Brown, L. R.; Drukier, A. K. Proteomics 2005, 5, 699.
359. Reid, G. E.; McLuckey, S. A. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 663.
360. Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2004, 76, 196A.
361. Loo, J. A.; Edmonds, C. G.; Smith, R. D. Science 1990, 248, 201.
362. Reiber, D. C.; Grover, T. A.; Brown, R. S. Anal. Chem. 1998, 70, 673.
363. Cargile, B. J.; McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L. Anal. Chem. 2001, 73, 1277.
364. Rai, D. K.; Griffiths, W. J.; Landin, B.; Wild, B. J.; Alvelius, G.; Green, B. N. Anal. Chem. 2003, 75, 1978.
365. Kelleher, N. L.; Senko, M. W.; Siegel, M. M.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 380.
366. Marshall, A. G. Physica B 2004, 346, 503.
367. Marshall, A. G.; Seriko, M. W.; Li, W. Q.; Li, M.; Dillon, S.; Guan, S. H.; Logan, T. M. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 433.
368. Belov, M. E.; Gorshkov, M. V.; Udseth, H. R.; Anderson, G. A.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2000, 72, 2271.
369. Valaskovic, G. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. Science 1996, 273, 1199.
370. Veenstra, T. D.; Martinovic, S.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 78.
371. Martinovic, S.; Veenstra, T. D.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.; Smith, R. D. J. Mass Spectrom. 2002, 37, 99.
372. Jensen, P. K.; Pasa-Tolic, L.; Peden, K. K.; Martinovic, S.; Lipton, M. S.; Anderson, G. A.; Tolic, N.; Wong, K. K.; Smith, R. D. Electrophoresis 2000, 21, 1372.
373. Jensen, P. K.; Pasa-Tolic, L.; Anderson, G. A.; Horner, J. A.; Lipton, M. S.; Bruce, J. E.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1999, 71, 2076.
374. MacNair, J. E.; Lewis, K. C.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 1997, 69, 983.
375. MacNair, J. E.; Patel, K. D.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 1999, 71, 700.
376. Tolley, L.; Jorgenson, J. W.; Moseley, M. A. Anal. Chem. 2001, 73, 2985.
377. Eschelbach, J. W.; Jorgenson, J. W. Anal. Chem. 2006, 78, 1697.
378. Shen, Y. F.; Tolic, N.; Zhao, R.; Pasa-Tolic, L.; Li, L. J.; Berger, S. J.; Harkewicz, R.; Anderson, G. A.; Belov, M. E.; Smith, R. D. Anal Chem. 2001, 73, 3011.
379. Gauthier, J. W.; Trautman, T. R.; Jacobson, D. B. Anal. Chim. Acta 1991, 246, 211.
380. Little, D. P.; Speir, J. P.; Senko, M. W.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 1994, 66, 2809.
381. Price, W. D.; Schnier, P. D.; Williams, E. R. Anal. Chem. 1996, 68, 859.
382. Baba, T.; Hashimoto, Y.; Hasegawa, H.; Hirabayashi, A.; Waki, I. Anal. Chem. 2004, 76, 4263.
383. Silivra, O. A.; Kjeldsen, F.; Ivonin, I. A.; Zubarev, R. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 22.
384. Ding, L.; Brancia, F. L. Anal. Chem. 2006, 78, 1995.
385. Zubarev, R. A.; Kruger, N. A.; Fridriksson, E. K.; Lewis, M. A.; Horn, D. M.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2857.
386. Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.; Kruger, N. A.; Lewis, M. A.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 563.
387. Cerda, B. A.; Horn, D. M.; Breuker, K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9287.
388. Ge, Y.; Lawhorn, B. G.; ElNaggar, M.; Strauss, E.; Park, J. H.; Begley, T. P.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 672.
389. Savitski, M. M.; Kjeldsen, F.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 5301.
390. Tsybin, Y. O.; Hakansson, P.; Wetterhall, M.; Markides, K. E.; Bergquist, J. Eur. J. Mass Spectrom. 2002, 8, 389.
391. Boyne, M. T.; Pesavento, J. J.; Mizzen, C. A.; Kelleher, N. L. J. Proteome Res. 2006, 5, 248.
392. Siuti, N.; Roth, M. J.; Mizzen, C. A.; Kelleher, N. L.; Pesavento, J. J. J. Proteome Res. 2006, 5, 233.
393. Sze, S. K.; Ge, Y.; Oh, H.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1774.
394. Sze, S. K.; Ge, Y.; Oh, H. B.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2003, 75, 1599.
395. Mortz, E.; O'Connor, P. B.; Roepstorff, P.; Kelleher, N. L.; Wood, T. D.; McLafferty, F. W.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8264.
396. Meng, F. Y.; Cargile, B. J.; Miller, L. M.; Forbes, A. J.; Johnson, J. R.; Kelleher, N. L. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 952.
397. Coon, J. J.; Ueberheide, B.; Syka, J. E. P.; Dryburst, D. D.; Ausio, J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 9463.
398. Chi, A.; Bai, D. L.; Geer, L. Y.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Int. J. Mass Spectrom. 2007, 259, 197.
399. Liang, X. R.; Xia, Y.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2006, 78, 3208.
400. Xia, Y.; Chrisman, P. A.; Erickson, D. E.; Liu, J.; Liang, X. R.; Londry, F. A.; Yang, M. J.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2006, 78, 4146.
401. Huang, T. Y.; Emory, J. F.; O'Hair, R. A. J.; McLuckey, S. A. Anal. Chem. 2006, 78, 7387.
402. Macek, B.; Waanders, L. F.; Olsen, J. V.; Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 949.
403. Forbes, A. J.; Mazur, M. T.; Kelleher, N. L.; Patel, H. M.; Walsh, C. T. Eur. J. Mass Spectrom. 2001, 7, 81.
404. Forbes, A. J.; Mazur, M. T.; Patel, H. M.; Walsh, C. T.; Kelleher, N. L. Proteomics 2001, 1, 927.
405. Han, X. M.; Jin, M.; Breuker, K.; McLafferty, F. W. Science 2006, 314, 109.
406. Kubinyi, H. Anal. Chim. Acta 1991, 247, 107.
407. Rockwood, A. L.; Vanorden, S. L.; Smith, R. D. Anal. Chem. 1995, 67, 2699.
408. Yergey, J. A. Int. J. Mass Spectrom. Ion Phys. 1983, 52, 337.
409. Du, P. C.; Angeletti, R. H. Anal. Chem. 2006, 78, 3385.
410. Horn, D. M.; Zubarev, R. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 320.
411. Senko, M. W.; Beu, S. C.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 229.
412. Katajamaa, M.; Miettinen, J.; Oresic, M. Bioinformatics 2006, 22, 634.
413. Ferrige, A. G.; Seddon, M. J.; Skilling, J.; Ordsmith, N. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1992, 6, 765.
414. Mann, M.; Meng, C. K.; Fenn, J. B. Anal. Chem. 1989, 61, 1702.
415. Zhang, Z. Q.; Marshall, A. G. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1998, 9, 225.
416. Senko, M. W.; Beu, S. C.; McLafferty, F. W. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1995, 6, 52.
417. Radulovic, D.; Jelveh, S.; Ryu, S.; Hamilton, T. G.; Foss, E.; Mao, Y.; Emili, A. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 984.
418. Andreev, V. P.; Rejtar, T.; Chen, H. S.; Moskovets, E. V.; Ivanov, A. R.; Karger, B. L. Anal. Chem. 2003, 75, 6314.
419. Craig, R.; Beavis, R. C. Bioinformatics 2004, 20, 1466.
420. Tanner, S.; Shu, H.; Frank, A.; Wang, L. C.; Zandi, E.; Mumby, M.; Pevzner, P. A.; Bafna, V. Anal. Chem. 2005, 77, 4626.
421. Gibbons, F. D.; Elias, J. E.; Gygi, S. P.; Roth, F. P. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 910.
422. Zhang, Z. Anal. Chem. 2005, 77, 6364.
423. Li, X. J.; Yi, E. C.; Kemp, C. J.; Zhang, H.; Aebersold, R. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1328.
424. Silva, J. C.; Denny, R.; Dorschel, C. A.; Gorenstein, M.; Kass, I. J.; Li, G. Z.; McKenna, T.; Nold, M. J.; Richardson, K.; Young, P.; Geromanos, S. Anal. Chem. 2005, 77, 2187.
425. Bylund, D.; Danielsson, R.; Malmquist, G.; Markides, K. E. J. Chromatogr., A 2002, 961, 237.
426. Listgarten, J.; Neal, R. M.; Roweis, S. T.; Emili, A. Advances in Neural Information Processing Systems; MIT Press: Cambridge, MA, 2005.
427. Pierce, K. M.; Wood, L. F.; Wright, B. W.; Synovec, R. E. Anal. Chem. 2005, 77, 7735.
428. Prince, J. T.; Marcotte, E. M. Anal. Chem. 2006, 78, 6140.
429. Strittmatter, E. F.; Kangas, L. J.; Petritis, K.; Mottaz, H. M.; Anderson, G. A.; Shen, Y. F.; Jacobs, J. M.; Camp, D. G.; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2004, 3, 760.
430. Nielsen, N. P. V.; Carstensen, J. M.; Smedsgaard, J. J. Chromatogr., A 1998, 805, 17.
431. Hastie, T.; Tibshirani, R.; Friedman, J. H. The Elements of Statistical Learning: Data Mining, Inference and Prediction; Springer: New York, 2001.
432. Hood, L.; Perlmutter, R. M. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1215.
433. Hood, L.; Heath, J. R.; Phelps, M. E.; Lin, B. Y. Science 2004, 306, 640.
434. Rifai, N.; Gillette, M. A.; Carr, S. A. Nat. Biotechnol. 2006, 24, 971.