Protein annotation at genomic scale: The current status

Chemical Reviews

Volumn 107, Issue 8, 2007, Pages 3448-3466

  Frishman, Dmitrij ^a,b  

^a TECHNICAL UNIVERSITY OF MUNICH   (Germany)

^b INSTITUTE OF EPIDEMIOLOGY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTATIONAL METHODS; DNA SEQUENCES; PROTEINS; SOFTWARE DESIGN;

PROTEIN ANNOTATION; PROTEIN FUNCTION;

GENES;

PROTEIN;

ANIMAL; BIOLOGICAL MODEL; CLASSIFICATION; COMPUTER SIMULATION; GENETICS; GENOME; GENOMICS; HUMAN; METABOLISM; METHODOLOGY; REVIEW; SYSTEMS BIOLOGY;

ANIMALS; COMPUTER SIMULATION; GENOME; GENOMICS; HUMANS; MODELS, GENETIC; PROTEINS; SYSTEMS BIOLOGY;

EID: 34548246519     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr068303k     Document Type: Review

References (239)

1. George, D. G.; Barker, W. C.; Hunt, L. T. Nucleic Acids Res. 1986, 14, 11.
2. Bairoch, A.; Boeckmann, B. Nucleic Acids Res. 199, 19 Suppl, 2247.
3. Tateno, Y.; Miyazaki, S.; Ota, M.; Sugawara, H.; Gojobori, T. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 24.
4. Choi, I. G.; Kim, S. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2006, 103, 14056.
5. Metzker, M. L. Genome Res. 2005, 15, 1767.
6. Service, R. F. Science 2006, 311, 1544.
7. Shendure, J.; Mitra, R. D.; Varma, C.; Church, G. M. Nat. Rev. Genet. 2004, 5, 335.
8. Riley, M.; Abe, T.; Arnaud, M. B.; Berlyn, M. K.; Blattner, F. R.; Chaudhuri, R. R.; Glasner, J. D.; Horiuchi, T.; Keseler, I. M.; Kosuge, T.; Mori, H.; Perna, N. T.; Plunkett, G., III; Rudd, K. E.; Serres, M. H.; Thomas, G. H.; Thomson, N. R.; Wishart, D.; Wanner, B. L. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 1.
9. Collins, J. E.; Goward, M. E.; Cole, C. G.; Smink, L. J.; Huckle, E. J.; Knowles, S.; Bye, J. M.; Beare, D. M.; Dunham, I. Genome Res. 2003, 13, 27.
10. Jensen, L. J.; Saric, J.; Bork, P. Nat. Rev. Genet. 2006, 7, 119.
11. Zhang, Z.; Gerstein, M. Curr. Opin. Genet. Dev. 2004, 14, 328.
12. Brown, J. R.; Sanseau, P. Drug Discovery Today 2005, 10, 595.
13. Rajewsky, N. Nat. Genet. 2006, 38 Suppl, S8.
14. Werner, T. Brief. Bioinform. 2003, 4, 22.
15. Gelfand, M. S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 420.
16. Saghatelian, A.; Cravatt, B. F. Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 130.
17. Ureta-Vidal, A.; Ettwiller, L.; Birney, E. Nat. Rev. Genet. 2003, 4, 251.
18. Stein, L. D. Nat. Rev. Genet. 2003, 4, 337.
19. Guigo, R. Comput. Chem. 1997, 21, 215.
20. Guigo, R.; Reese, M. G. Nat. Methods 2005, 2, 575.
21. Korf, I.; Flicek, P.; Duan, D.; Brent, M. R. Bioinformatics 2001, 17 Suppl 1, 140.
22. Nielsen, P.; Krogh, A. Bioinformatics 2005, 21, 4322.
23. Brent, M. R. Genome Res. 2005, 15, 1777.
24. Besemer, J.; Borodovsky, M. Gene finding. In Systems Biology, Volume 1, Genomics; Rigoutsos, I., Stephanopoulos, G., Eds.; Oxford University Press: Oxford, U.K., 2006; pp 118.
25. Brent, M. R.; Guigo, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 264.
26. Ashurst, J. L.; Chen, C. K.; Gilbert, J. G.; Jekosch, K.; Keenan, S.; Meidl, P.; Searle, S. M.; Stalker, J.; Storey, R.; Trevanion, S.; Wilming, L.; Hubbard, T. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 459.
27. Chen, N.; Lawson, D.; Bradnam, K.; Harris, T. W.; Stein, L. D. Genome Res. 2004, 14, 2155.
28. Schoof, H.; Ernst, R.; Nazarov, V.; Pfeifer, L.; Mewes, H. W.; Mayer, K. F. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 373.
29. Misra, S.; Crosby, M. A.; Mungall, C. J.; Matthews, B. B.; Campbell, K. S.; Hradecky, P.; Huang, Y.; Kaminker, J. S.; Millburn, G. H.; Prochnik, S. E.; Smith, C. D.; Tupy, J. L.; Whitfied, E. J.; Bayraktaroglu, L.; Berman, B. P.; Bettencourt, B. R.; Celniker, S. E.; de Grey, A. D.; Drysdale, R. A.; Harris, N. L.; Richter, J.; Russo, S.; Schroeder, A. J.; Shu, S. Q.; Stapleton, M.; Yamada, C.; Ashburner, M.; Gelbart, W. M.; Rubin, G. M.; Lewis, S. E. Genome Biol. 2002, 3, RESEARCH0083.
30. Curwen, V.; Eyras, E.; Andrews, T. D.; Clarke, L.; Mongin, E.; Searle, S. M.; Clamp, M. Genome Res. 2004, 14, 942.
31. Shah, S. P.; McVicker, G. P.; Mackworth, A. K.; Rogic, S.; Ouellette, B. F. Bioinformatics 2003, 19, 1296.
32. Burge, C.; Karlin, S. J. Mol. Biol. 1997, 268, 78.
33. Krogh, A. Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol. 1997, 5, 179.
34. Allen, J. E.; Salzberg, S. L. Bioinformatics 2005, 21, 3596.
35. Hubbard, T.; Birney, E. Nature 2000, 403, 825.
36. Wilkerson, M. D.; Schlueter, S. D.; Brendel, V. Genome Biol. 2006, 7, R58.
37. Frishman, D.; Mironov, A.; Mewes, H. W.; Gelfand, M. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 2941.
38. Delcher, A. L.; Harmon, D.; Kasif, S.; White, O.; Salzberg, S. L. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 4636.
39. Besemer, J.; Lomsadze, A.; Borodovsky, M. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 2607.
40. Lomsadze, A.; Ter-Hovhannisyan, V.; Chernoff, Y. O.; Borodovsky, M. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 6494.
41. Birney, E.; Clamp, M.; Durbin, R. Genome Res. 2004, 14, 988.
42. Mironov, A. A.; Novichkov, P. S.; Gelfand, M. S. Bioinformatics 2001, 17, 13.
43. Schiex, T.; Gouzy, J.; Moisan, A.; de, O. Y. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3738.
44. Lottaz, C.; Iseli, C.; Jongeneel, C. V.; Bucher, P. Bioinformatics 2003, 19 Suppl 2, 103.
45. Dwight, S. S.; Balakrishnan, R.; Christie, K. R.; Costanzo, M. C.; Dolinski, K.; Engel, S. R.; Feierbach, B.; Fisk, D. G.; Hirschman, J.; Hong, E. L.; Issel-Tarver, L.; Nash, R. S.; Sethuraman, A.; Starr, B.; Theesfeld, C. L.; Andrada, R.; Binkley, G.; Dong, Q.; Lane, C.; Schroeder, M.; Weng, S.; Botstein, D.; Cherry, J. M. Brief. Bioinform. 2004, 5, 9.
46. Salimi, N.; Vita, R. PLoS Comput. Biol. 2006, 2, e125.
47. Ashburner, M.; Bergman, C. M. Genome Res. 2005, 15, 1661.
48. Winsor, G. L.; Lo, R.; Sui, S. J.; Ung, K. S.; Huang, S.; Cheng, D.; Ching, W. K.; Hancock, R. E.; Brinkman, F. S. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 338.
49. Keseler, I. M.; Collado-Vides, J.; Gama-Castro, S.; Ingraham, J.; Paley, S.; Paulsen, I. T.; Peralta-Gil, M.; Karp, P. D. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 334.
50. Guldener, U.; Munsterkotter, M.; Kastenmuller, G.; Strack, N.; van Helden, J.; Lemer, C.; Richelles, J.; Wodak, S. J.; Garcia-Martinez, J.; Perez-Ortin, J. E.; Michael, H.; Kaps, A.; Talla, E.; Dujon, B.; Andre, B.; Souciet, J. L.; De, M. J.; Bon, E.; Gaillardin, C.; Mewes, H. W. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D364.
51. Liolios, K.; Tavernarakis, N.; Hugenholtz, P.; Kyrpides, N. C. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D332.
52. Salwinski, L.; Miller, C. S.; Smith, A. J.; Pettit, F. K.; Bowie, J. U.; Eisenberg, D. Nucleic Acids Res. 2004, 32, D449.
53. Guldener, U.; Munsterkotter, M.; Oesterheld, M.; Pagel, P.; Ruepp, A.; Mewes, H. W.; Stumpflen, V. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D436.
54. von Meting, C.; Krause, R.; Snel, B.; Cornell, M.; Oliver, S. G.; Fields, S.; Bork, P. Nature 2002, 417, 399.
55. Jansen, R.; Yu, H.; Greenbaum, D.; Kluger, Y.; Krogan, N. J.; Chung, S.; Emili, A.; Snyder, M.; Greenblatt, J. F.; Gerstein, M. Science 2003, 302, 449.
56. Pagel, P.; Wong, P.; Frishman, D. J. Mol. Biol. 2004, 344, 1331.
57. Mishra, G. R.; Suresh, M.; Kumaran, K.; Kannabiran, N.; Suresh, S.; Bala, P.; Shivakumar, K.; Anuradha, N.; Reddy, R.; Raghavan, T. M.; Menon, S.; Hanumanthu, G.; Gupta, M.; Upendran, S.; Gupta, S.; Mahesh, M.; Jacob, B.; Mathew, P.; Chatterjee, P.; Arun, K. S.; Sharma, S.; Chandrika, K. N.; Deshpande, N.; Palvankar, K.; Raghavnath, R.; Krishnakanth, R.; Karathia, H.; Rekha, B.; Nayak, R.; Vishnupriya, G.; Kumar, H. G.; Nagini, M.; Kumar, G. S.; Jose, R.; Deepthi, P.; Mohan, S. S.; Gandhi, T. K.; Harsha, H. C.; Deshpande, K. S.; Sarker, M.; Prasad, T. S.; Pandey, A. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D411.
58. Bard, J. B.; Rhee, S. Y. Nat. Rev. Genet. 2004, 5, 213.
59. Riley, M. Microbiol. Rev. 1993, 57, 862.
60. Serres, M. H.; Riley, M. Microb. Comp. Genomics 2000, 5, 205.
61. Mewes, H. W.; Albermann, K.; Bahr, M.; Frishman, D.; Gleissner, A.; Hani, J.; Heurnann, K.; Kleine, K.; Maierl, A.; Oliver, S. G.; Pfeiffer, F.; Zollner, A. Nature 1997, 387, 7.
62. Ruepp, A.; Zollner, A.; Maier, D.; Albermann, K.; Hani, J.; Mokrejs, M.; Tetko, I.; Guldener, U.; Mannhaupt, G.; Munsterkotter, M.; Mewes, H. W. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 5539.
63. Ashburner, M.; Ball, C. A.; Blake, J. A.; Botstein, D.; Butler, H.; Cherry, J. M.; Davis, A. P.; Dolinski, K.; Dwight, S. S.; Eppig, J. T.; Harris, M. A.; Hill, D. P.; Issel-Tarver, L.; Kasarskis, A.; Lewis, S.; Matese, J. C.; Richardson, J. E.; Ringwald, M.; Rubin, G. M.; Sherlock, G. Nat. Genet. 2000, 25, 25.
64. Camon, E.; Magrane, M.; Bartell, D.; Lee, V.; Dimmer, E.; Maslen, J.; Binns, D.; Harte, N.; Lopez, R.; Apweiler, R. Nucleic Acids Res. 2004, 32, D262.
65. Beissbarth, T. Methods Enzymol. 2006, 411, 340.
66. Wu, C. H.; Apweiler, R.; Bairoch, A.; Natale, D. A.; Barker, W. C.; Boeckmann, B.; Ferro, S.; Gasteiger, E.; Huang, H.; Lopez, R.; Magrane, M.; Martin, M. J.; Mazumder, R.; O'Donovan, C.; Redaschi, N.; Suzek, B. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D187.
67. Emanuelsson, O.; Nielsen, H.; Brunak, S.; von Heijne, G. J. Mol. Biol. 2000, 300, 1005.
68. Nakai, K.; Horton, P. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 34.
69. Rey, S.; Acab, M.; Gardy, J. L.; Laird, M. R.; deFays, K.; Lambert, C.; Brinkman, F. S. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D164.
70. Wiwatwattana, N.; Kumar, A. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D598.
71. Schomburg, I.; Chang, A.; Ebeling, C.; Gremse, M.; Heldt, C.; Huhn, G.; Schomburg, D. Nucleic Acids Res. 2004, 32, D431.
72. Kanehisa, M.; Goto, S.; Hattori, M.; oki-Kinoshita, K. F.; Rob, M.; Kawashima, S.; Katayama, T.; Araki, M.; Hirakawa, M. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D354.
73. Caspi, R.; Foerster, H.; Fulcher, C. A.; Hopkinson, R.; Ingraham, J.; Kaipa, P.; Krummenacker, M.; Paley, S.; Pick, J.; Rhee, S. Y.; Tissier, C.; Zhang, P.; Karp, P. D. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D511.
74. Joshi-Tope, G.; Gillespie, M.; Vastrik, I.; D'Eustachio, P.; Schmidt, E.; de Bono, B.; Jassal, B.; Gopinath, G. R.; Wu, G. R.; Matthews, L.; Lewis, S.; Bimey, E.; Stein, L. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D428.
75. Tatusov, R. L.; Fedorova, N. D.; Jackson, J. D.; Jacobs, A. R.; Kiryutin, B.; Koonin, E. V.; Krylov, D. M.; Mazurader, R.; Mekhedov, S. L.; Nikolskaya, A. N.; Rao, B. S.; Smirnov, S.; Sverdlov, A. V.; Vasudevan, S.; Wolf, Y. I.; Yin, J. J.; Natale, D. A. BMC Bioinf. 2003, 4, 41.
76. Hartwell, L. H.; Hopfield, J. J.; Leibler, S.; Murray, A. W. Nature 1999, 402, C47-C52.
77. Hofmann, K. P.; Spahn, C. M.; Heinrich, R.; Heinemann, U. Trends Biochem. Sci. 2006, 31, 497.
78. Gavin, A. C.; Aloy, P.; Grandi, P.; Krause, R.; Boesche, M.; Marzioch, M.; Rau, C.; Jensen, L. J.; Bastuck, S.; Dumpelfeld, B.; Edelmann, A.; Heurtier, M. A.; Hoffman, V.; Hoefert, C.; Klein, K.; Hudak, M.; Michon, A. M.; Schelder, M.; Schirle, M.; Remor, M.; Rudi, T.; Hooper, S.; Bauer, A.; Bouwmeester, T.; Casari, G.; Drewes, G.; Neubauer, G.; Rick, J. M.; Kuster, B.; Bork, P.; Russell, R. B.; Superti-Furga, G. Nature 2006, 440, 631.
79. Snel, B.; Huynen, M. A. Genome Res. 2004, 14, 391.
80. Pereira-Leal, J. B.; Teichmann, S. A. Genome Res. 2005, 15, 552.
81. Spirin, V.; Gelfand, M. S.; Mironov, A. A.; Mirny, L. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 8774.
82. Chen, Y.; Dokholyan, N. V. Trends Genet. 2006, 22, 416.
83. Mewes, H. W.; Frishman, D.; Mayer, K. F.; Munsterkotter, M.; Noubibou, O.; Pagel, P.; Rattei, T.; Oesterheld, M.; Ruepp, A.; Stumpflen, V. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D169.
84. Snel, B.; Bork, P.; Huynen, M. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 5890.
85. Spirin, V.; Mirny, L. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 12123.
86. Yu, H.; Zhu, X.; Greenbaum, D.; Karro, J.; Gerstein, M. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 329.
87. Tanay, A.; Sharan, R.; Kupiec, M.; Shamir, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 2981.
88. Antonov, A. V.; Tetko, I. V.; Mewes, H. W. Nucleic Acids Res. 2006, 34, e6.
89. Petti, A. A.; Church, G. M. Genome Res. 2005, 15, 1298.
90. Overbeek, R.; Begley, T.; Butler, R. M.; Choudhuri, J. V.; Chuang, H. Y.; Cohoon, M.; de Crecy-Lagard, V.; Diaz, N.; Disz, T.; Edwards, R.; Fonstein, M.; Frank, E. D.; Gerdes, S.; Glass, E. M.; Goesmann, A.; Hanson, A.; Iwata-Reuyl, D.; Jensen, R.; Jamshidi, N.; Krause, L.; Kubal, M.; Larsen, N.; Linke, B.; McHardy, A. C.; Meyer, F.; Neumeger, H.; Olsen, G.; Olson, R.; Osterman, A.; Portnoy, V.; Pusch, G. D.; Rodionov, D. A.; Ruckert, C.; Steiner, J.; Stevens, R.; Thiele, I.; Vassieva, O.; Ye, Y.; Zagnitko, O.; Vonstein, V. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 5691.
91. Bork, P. Genome Res. 2000, 10, 398.
92. Siew, N.; Fischer, D. Structure 2003, 11, 7.
93. Roberts, R. J. PLoS Biol. 2004, 2, E42.
94. Galperin, M. Y.; Koonin, E. V. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 5452.
95. Smialowski, P.; Martin-Galiano, A. J.; Cox, J.; Frishman, D. Curr. Protein Pept. Sci. 2007, 8, 121.
96. Brenner, S. E. Nat. Struct. Biol. 2000, 7 Suppl, 967.
97. Karp, P. D. Genome Biol. 2004, 5, 401.
98. Kolker, E.; Picone, A. F.; Galperin, M. Y.; Romine, M. F.; Higdon, R.; Makarova, K. S.; Kolker, N.; Anderson, G. A.; Qiu, X.; Auberry, K. J.; Babnigg, G.; Beliaev, A. S.; Edlefsen, P.; Elias, D. A.; Gorby, Y. A.; Holzman, T.; Klappenbach, J. A.; Konstantinidis, K. T.; Land, M. L.; Lipton, M. S.; McCue, L. A.; Monroe, M.; Pasa-Tolic, L.; Pinchuk, G.; Purvine, S.; Serres, M. H.; Tsapin, S.; Zakrajsek, B. A.; Zhu, W.; Zhou, J.; Larimer, F. W.; Lawrence, C. E.; Riley, M.; Collart, F. R.; Yates, J. R., III; Smith, R. D.; Giometti, C. S.; Nealson, K. H.; Fredrickson, J. K.; Tiedje, J. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2099.
99. Encode project consortium. Science 2004, 306, 636.
100. Brzoska, P. M.; Brown, C.; Cassel, M.; Ceccardi, T.; Di, F. V.; Dubman, A.; Evans, J.; Fang, R.; Harris, M.; Hoover, J.; Hu, F.; Larry, C.; Li, P.; Malicdem, M.; Maltchenko, S.; Shannon, M.; Perkins, S.; Poulter, K.; Webster-Laig, M.; Xiao, C.; Young, S.; Spier, G.; Guegler, K.; Gilbert, D.; Samaha, R. R. Genomics 2006, 87, 437.
101. Altschul, S. F.; Madden, T. L.; Schaffer, A. A.; Zhang, J.; Zhang, Z.; Miller, W.; Lipman, D. J. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 3399.
102. Pearson, W. R. Methods Enzymol. 1990, 183, 63.
103. Tcherepanov, V.; Ehlers, A.; Upton, C. BMC Genomics 2006, 7, 150.
104. Sander, C.; Schneider, R. Proteins 1991, 9, 56.
105. Abagyan, R. A.; Batalov, S. J. Mol. Biol. 1997, 273, 355.
106. Wilson, C. A.; Kreychman, J.; Gerstein, M. J. Mol. Biol. 2000, 297, 233.
107. Devos, D.; Valencia, A. Proteins 2000, 41, 98.
108. Hegyi, H.; Gerstein, M. Genome Res. 2001, 11, 1632.
109. Rost, B. J. Mol. Biol. 2002, 318, 595.
110. Tian, W.; Skolnick, J. J. Mol. Biol. 2003, 333, 863.
111. Todd, A. E.; Orengo, C. A.; Thornton, J. M. Structure 2002, 10, 1435.
112. Koonin, E. V. Annua. Rev. Genet. 2005, 39, 309.
113. Storm, C. E.; Sonnhammer, E. L. Bioinformatics 2002, 18, 92.
114. O'Brien, K. P.; Remm, M.; Sonnhammer, E. L. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D476.
115. Hulsen, T.; Huynen, M. A.; de Vlieg, J.; Groenen, P. M. Genome Biol. 2006, 7, R31.
116. Yuan, Y. P.; Eulenstein, O.; Vingron, M.; Bork, P. Bioinformatics 1998, 14, 285.
117. Eisen, J. A. Genome Res. 1998, 8, 163.
118. Sjölander, K. Bioinformatics 2004, 20, 170.
119. Brown, D.; Sjölander, K. PLoS Comput. Biol. 2006, 2, e77.
120. Engelhardt, B. E.; Jordan, M. I.; Muratore, K. E.; Brenner, S. E. PLoS Comput. Biol. 2005, 1, e45.
121. Gouret, P.; Vitiello, V.; Balandraud, N.; Gilles, A.; Pontarotti, P.; Danchin, E. G. BMC Bioinf. 2005, 6, 198.
122. Zehetner, G. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3799.
123. Hennig, S.; Groth, D.; Lehrach, H. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3712.
124. Xie, H.; Wasserman, A.; Levine, Z.; Novik, A.; Grebinskiy, V.; Shoshan, A.; Mintz, L. Genome Res. 2002, 12, 785.
125. Vinayagam, A.; del Val, C.; Schubert, F.; Eils, R.; Glatting, K. H.; Suhai, S.; Konig, R. BMC Bioinf. 2006, 7, 161.
126. Tian, W.; Arakaki, A. K.; Skolnick, J. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 6226.
127. Raychaudburi, S.; Chang, J. T.; Sutphin, P. D.; Altman, R. B. Genome Res. 2002, 12, 203.
128. Camon, E. B.; Barrell, D. G.; Dimmer, E. C.; Lee, V.; Magrane, M.; Maslen, J.; Binns, D.; Apweiler, R. BMC Bioinf. 2005, 6 Suppl 1, S17.
129. Jensen, L. J.; Gupta, R.; Blom, N.; Devos, D.; Tamames, J.; Kesmir, C.; Nielsen, H.; Staerfeldt, H. H.; Rapacki, K.; Workman, C.; Andersen, C. A.; Knudsen, S.; Krogh, A.; Valencia, A.; Brunak, S. J. Mol. Biol. 2002, 319, 1257.
130. Jensen, L. J.; Gupta, R.; Staerfeldt, H. H.; Brunak, S. Bioinformatics 2003, 19, 635.
131. Barutcuoglu, Z.; Schapire, R. E.; Troyanskaya, O. G. Bioinformatics 2006, 22, 830.
132. Khan, S.; Situ, G.; Decker, K.; Schmidt, C. J. Bioinformatics 2003, 19, 2484.
133. Martin, D. M.; Berriman, M.; Barton, G. J. BMC Bioinf. 2004, 5, 178.
134. Verspoor, K.; Cohn, J.; Mniszewski, S.; Joslyn, C. Protein Sci. 2006, 15, 1544.
135. Schwikowski, B.; Uetz, P.; Fields, S. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1257.
136. Hishigaki, H.; Nakai, K.; Ono, T.; Tanigami, A.; Takagi, T. Yeast 2001, 18, 523.
137. Nabieva, E.; Jim, K.; Agarwal, A.; Chazelle, B.; Singh, M. Bioinformatics 2005, 21 Suppl 1, 1302.
138. McDermott, J.; Bumgarner, R.; Samudrala, R. Bioinformatics 2005, 21, 3217.
139. Vazquez, A.; Flammini, A.; Maritan, A.; Vespignani, A. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 697.
140. Massjouni, N.; Rivera, C. G.; Murali, T. M. Nucleic Acids Res. 2006, 34, W340.
141. Karaoz, U.; Murali, T. M.; Letovsky, S.; Zheng, Y.; Ding, C.; Cantor, C. R.; Kasif, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 2888.
142. Dandekar, T.; Snel, B.; Huynen, M.; Bork, P. Trends Biochem. Sci. 1998, 23, 324.
143. Overbeek, R.; Fonstein, M.; D'Souza, M.; Pusch, G. D.; Maltsev, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2896.
144. Pellegrini, M.; Marcotte, E. M.; Thompson, M. J.; Eisenberg, D.; Yeates, T. O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 4285.
145. Enright, A. J.; Iliopoulos, I.; Kyrpides, N. C.; Ouzounis, C. A. Nature 1999, 402, 86.
146. van Noort, V.; Snel, B.; Huynen, M. A. Trends Genet. 2003, 19, 238.
147. Zheng, Y.; Anton, B. P.; Roberts, R. J.; Kasif, S. BMC Bioinf. 2005, 6, 243.
148. Barker, D.; Pagel, M. PLoS Comput. Biol. 2005, 1, e3.
149. Pawson, T.; Nash, P. Science 2003, 300, 445.
150. Pasek, S.; Bergeron, A.; Risler, J. L.; Louis, A.; Ollivier, E.; Raffinot, M. Genome Res. 2005, 15, 867.
151. Mellor, J. C.; Yanai, I.; Clodfelter, K. H.; Mintseris, J,; DeLisi, C. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 306.
152. Bowers, P. M.; Pellegrini, M.; Thompson, M. J.; Fierro, J.; Yeates, T. O.; Eisenberg, D. Genome Biol. 2004, 5, R35.
153. Enault, F.; Suhre, K.; Claverie, J. M. BMC Bioinf 2005, 6, 247.
154. von Mering, C.; Jensen, L. J.; Snel, B.; Hooper, S. D.; Krupp, M.; Foglierini, M.; Jouffre, N.; Huynen, M. A.; Bork, P. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D433.
155. Wolf, Y. I.; Rogozin, I. B.; Kondrashov, A. S.; Koonin, E. V. Genome Res. 2001, 11, 356.
156. Doerks, T.; von Mering, C.; Bork, P. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 6321.
157. Osterman, A.; Overbeek, R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 238.
158. Chen, L.; Vitkup, D. Genome Biol. 2006, 7, R17.
159. Date, S. V.; Marcotte, E. M. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 1055.
160. Korbel, J. O.; Doerks, T.; Jensen, L. J.; Perez-Iratxeta, C.; Kaczanowski, S.; Hooper, S. D.; Andrade, M. A.; Bork, P. PLoS Biol. 2005, 3, e134.
161. Bork, P.; Bairoch, A. Trends Genet. 1996, 12, 425.
162. Galperin, M. Y.; Koonin, E. V. In Silico Biol. 1998, 1, 55.
163. Gilks, W. R.; Audit, B.; de Angelis, D.; Tsoka, S.; Ouzounis, C. A. Bioinformatics 2002, 18, 1641.
164. Brenner, S. E. Trends Genet. 1999, 15, 132.
165. Mi, H.; Vandergriff, J.; Campbell, M.; Narechania, A.; Majoros, W.; Lewis, S.; Thomas, P. D.; Ashburner, M. Genome Res. 2003, 13, 2118.
166. Mi, H.; Lazareva-Ulitsky, B.; Loo, R.; Kejariwal, A.; Vandergriff, J.; Rabkin, S.; Guo, N.; Muruganujan, A.; Doremieux, O.; Campbell, M. J.; Kitano, H.; Thomas, P. D. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D284.
167. Andrade, M. A.; Brown, N. P.; Leroy, C.; Hoersch, S.; de Daruvar, A.; Reich, C.; Franchini, A.; Tamames, J.; Valencia, A.; Ouzounis, C.; Sander, C. Bioinformatics 1999, 15, 391.
168. Iliopoulos, I.; Tsoka, S.; Andrade, M. A.; Enright, A. J.; Carroll, M.; Poullet, P.; Promponas, V.; Liakopoulos, T.; Palaios, G.; Pasquier, C.; Hamodrakas, S.; Tamames, J.; Yagnik, A. T.; Tramontano, A.; Devos, D.; Blaschke, C.; Valencia, A.; Brett, D.; Martin, D.; Leroy, C.; Rigoutsos, I.; Sander, C.; Ouzounis, C. A. Bioinformatics 2003, 19, 717.
169. Tetko, I. V.; Brauner, B.; Dunger-Kaltenbach, I.; Frishman, G.; Montrone, C.; Fobo, G.; Ruepp, A.; Antonov, A. V.; Surmeli, D.; Mewes, H. W. Bioinformatics 2005, 21, 2520.
170. Mulder, N. J.; Apweiler, R.; Attwood, T. K.; Bairoch, A.; Bateman, A.; Binns, D.; Bradley, P.; Bork, P.; Bucher, P.; Cerutti, L.; Copley, R.; Courcelle, E.; Das, U.; Durbin, R.; Fleischmann, W.; Gough, J.; Haft, D.; Harte, N.; Hulo, N.; Kahn, D.; Kanapin, A.; Krestyaninova, M.; Lonsdale, D.; Lopez, R.; Letunic, I.; Madera, M.; Maslen, J.; McDowall, J.; Mitchell, A.; Nikolskaya, A. N.; Orchard, S.; Pagni, M.; Ponting, C. P.; Quevillon, E.; Selengut, J.; Sigrist, C. J.; Silventoinen, V.; Studholme, D. J.; Vaughan, R.; Wu, C. H. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D201.
171. Kaplan, N.; Vaaknin, A.; Linial, M. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5617.
172. Kaplan, N.; Linial, M. BMC Bioinf. 2005, 6, 46.
173. Kunin, V.; Ouzounis, C. A. BMC Bioinf. 2005, 6, 24.
174. Hu, Z. Z.; Narayanaswamy, M.; Ravikumar, K. E.; Vijay-Shanker, K.; Wu, C. H. Bioinformatics 2005, 21, 2759.
175. Tamames, J. BMC Bioinf. 2005, 6 Suppl 1, S10.
176. Michailidis, G.; Shedden, K. J. Comput. Biol. 2003, 10, 689.
177. Eisenhaber, F.; Bork, P. Bioinformatics 1999, 15, 528.
178. Yu, G. X. J. Bioinf. Comput. Biol. 2004, 2, 615.
179. Yu, G. X.; Glass, E. M.; Karonis, N. T.; Maltsev, N. Proteins 2005, 61, 907.
180. Fleischmann, W.; Moller, S.; Gateau, A.; Apweiler, R. Bioinformatics 1999, 15, 228.
181. Gattiker, A.; Michoud, K.; Rivoire, C.; Auchincloss, A. H.; Coudert, E.; Lima, T.; Kersey, P.; Pagni, M.; Sigrist, C. J.; Lachaize, C.; Veuthey, A. L.; Gasteiger, E.; Bairoch, A. Comput. Biol. Chem. 2003, 27, 49.
182. Wu, C. H.; Huang, H.; Yeh, L. S.; Barker, W. C. Comput. Biol. Chem. 2003, 27, 37.
183. Kasukawa, T.; Furuno, M.; Nikaido, L; Bono, H.; Hume, D. A.; Bult, C.; Hill, D. P.; Baldarelli, R.; Gough, J.; Kanapin, A.; Matsuda, H.; Schriml, L. M.; Hayashizaki, Y.; Okazaki, Y.; Quackenbush, J. Genome Res. 2003, 13, 1542.
184. Kretschmann, E.; Fleischmann, W.; Apweiler, R. Bioinformatics 2001, 17, 920.
185. Wieser, D.; Kretschmann, E.; Apweiler, R. Bioinformatics 2004, 20 Suppl 1, I342.
186. Agrawal, R.; Srikant, R. Fast algorithms for mining association rules; Proc. of the 20th International Conference on Very Large Databases, 1994, pp 487-499.
187. Bodenreider, O.; Aubry, M.; Burgun, A. Pac. Symp. Biocomput. 2005, 91.
188. Creighton, C.; Hanash, S. Bioinformatics 2003, 19, 79.
189. Satou, K.; Shibayama, G.; Ono, T.; Yamamura, Y.; Furuichi, E.; Kuhara, S.; Takagi, T. Pac. Symp. Biocomput. 1997, 397.
190. Artamonova, I. I.; Frishman, G.; Gelfand, M. S.; Frishman, D. Bioinformatics 2005, 21, iii49.
191. D'Ascenzo, M. D.; Collmer, A.; Martin, G. B. Nucleic Acids Res. 2004, 32, 3124.
192. Stein, L. D.; Mungall, C.; Shu, S.; Caudy, M.; Mangone, M.; Day, A.; Nickerson, E.; Stajich, J. E.; Harris, T. W.; Arva, A.; Lewis, S. Genome Res. 2002, 12, 1599.
193. Dowell, R. D.; Jokerst, R. M.; Day, A.; Eddy, S. R.; Stein, L. BMC Bioinf. 2001, 2, 7.
194. Hammond, M. P.; Birney, E. Trends Genet. 2004, 20, 268.
195. Reeves, G. A.; Thornton, J. M. Hum. Mol. Genet. 2006, 15 Spec No 1, R81.
196. Searle, S. M.; Gilbert, J.; Iyer, V.; Clamp, M. Genome Res. 2004, 14, 963.
197. Glasner, J. D.; Liss, P.; Plunkett, G., III; Darling, A.; Prasad, T.; Rusch, M.; Byrnes, A.; Gilson, M.; Biehl, B.; Blattner, F. R.; Perna, N. T. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 147.
198. Rutherford, K.; Parkhill, J.; Crook, J.; Horsnell, T.; Rice, P.; Rajandream, M. A.; Barrell, B. Bioinformatics 2000, 16, 944.
199. Lewis, S. E.; Searle, S. M.; Harris, N.; Gibson, M.; Lyer, V.; Richter, J.; Wiel, C.; Bayraktaroglir, L.; Birney, E.; Crosby, M. A.; Kaminker, J. S.; Matthews, B. B.; Prochnik, S. E.; Smithy, C. D.; Tupy, J. L.; Rubin, G. M.; Misra, S.; Mungall, C. J.; Clamp, M. E. Genome Biol. 2002, 3, RESEARCH0082.
200. Bork, P.; Ouzounis, C.; Sander, C.; Scharf, M.; Schneider, R.; Sonnhammer, E. Protein Sci. 1992, 1, 1677.
201. Scharf, M.; Schneider, R.; Casari, G.; Bork, P.; Valencia, A.; Ouzounis, C.; Sander, C. Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol. 1994, 2, 348.
202. Gaasterland, T.; Sensen, C. W. Trends Genet. 1996, 12, 76.
203. Frishman, D.; Mewes, H. W. Trends Genet. 1997, 13, 415.
204. Harris, N. L. Genome Res. 1997, 7, 754.
205. Stein, L. D.; Thierry-Mieg, J. Comput. Sci. Eng. 1999, 1, 44.
206. Overbeek, R.; Larsen, N.; Pusch, G. D.; D'Souza, M.; Selkov, E.; Kyrpides, N.; Fonstein, M.; Maltsev, N.; Selkov, E., Jr. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 123.
207. Maltsev, N.; Glass, E.; Sulakhe, D.; Rodriguez, A.; Syed, M. H.; Bompada, T.; Zhang, Y.; D'Souza, M. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D369.
208. Hinrichs, A. S.; Karolchik, D.; Baertsch, R.; Barber, G. P.; Bejerano, G.; Clawson, H.; Diekhans, M.; Furey, T. S.; Harte, R. A.; Hsu, F.; Hillman-Jackson, J.; Kuhn, R. M.; Pedersen, J. S.; Pohl, A.; Raney, B. J.; Rosenbloom, K. R.; Siepel, A.; Smith, K. E.; Sugnet, C. W.; Sultan-Quffaie, A.; Thomas, D. J.; Trumbower, H.; Weber, R. J.; Weirauch, M.; Zweig, A. S.; Haussler, D.; Kent, W. J. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D590.
209. Bimey, E.; Andrews, D.; Caccamo, M.; Chen, Y.; Clarke, L.; Coates, G.; Cox, T.; Cunningham, F.; Curwen, V.; Cutts, T.; Down, T.; Durbin, R.; Fernandez-Suarez, X. M.; Flicek, P.; Graf, S.; Hammond, M.; Herrero, J.; Howe, K.; Iyer, V.; Jekosch, K.; Kahari, A.; Kasprzyk, A.; Keefe, D.; Kokocinski, F.; Kulesha, E.; London, D.; Longden, I.; Melsopp, C.; Meidl, P.; Overduin, B.; Parker, A.; Proctor, G.; Prlic, A.; Rae, M.; Rios, D.; Redmond, S.; Schuster, M.; Sealy, I.; Searle, S.; Severin, J.; Slater, G.; Smedley, D.; Smith, J.; Stabenau, A.; Stalker, J.; Trevanion, S.; Ureta-Vidal, A.; Vogel, J.; White, S.; Woodwark, C.; Hubbard, T. J. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D556.
210. Peterson, J. D.; Umayam, L. A.; Dickinson, T.; Hickey, E. K.; White, O. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 123.
211. Meyer, F.; Goesmann, A.; McHardy, A. C.; Bartels, D.; Bekel, T.; Clausen, J.; Kalinowski, J.; Linke, B.; Rupp, O.; Giegerich, R.; Puhler, A. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 2187.
212. Alm, E. J.; Huang, K. H.; Price, M. N.; Koche, R. P.; Keller, K.; Dubchak, I. L.; Arkin, A. P. Genome Res. 2005, 15, 1015.
213. Zhou, C. L.; Lam, M. W.; Smith, J. R.; Zemla, A. T.; Dyer, M. D.; Kuczmarski, T. A.; Vitalis, E. A.; Slezak, T. R. BMC Bioinf. 2006, 7, 459.
214. Vallenet, D.; Labarre, L.; Rouy, Z.; Barbe, V.; Bocs, S.; Cruveiller, S.; Lajus, A.; Pascal, G.; Scarpelli, C.; Medigue, C. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 53.
215. Bryson, K.; Loux, V.; Bossy, R.; Nicolas, P.; Chaillou, S.; van de Guchte, M.; Penaud, S.; Magnin, E.; Hoebeke, M.; Bessieres, P.; Gibrat, J. F. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 3533.
216. Tanaka, N.; Abe, T.; Miyazaki, S.; Sugawara, H. BMC Bioinf. 2006, 7, 368.
217. Markowitz, V. M.; Korzeniewski, F.; Palaniappan, K.; Szeto, E.; Werner, G.; Padki, A.; Zhao, X.; Dubchak, I.; Hugenholtz, P.; Anderson, I.; Lykidis, A.; Mavromatis, K.; Ivanova, N.; Kyrpides, N. C. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D344.
218. Markowitz, V. M.; Ivanova, N.; Palaniappan, K.; Szeto, E.; Korzeniewski, F.; Lykidis, A.; Anderson, I.; Mavromatis, K.; Kunin, V.; Garcia, M. H.; Dubchak, I.; Hugenholtz, P.; Kyrpides, N. C. Bioinformatics 2006, 22, e359.
219. Liang, F.; Holt, I.; Pertea, G.; Karamycheva, S.; Salzberg, S. L.; Quackenbush, J. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 3657.
220. Ayoubi, P.; Jin, X.; Leite, S.; Liu, X.; Martajaja, J.; Abduraham, A.; Wan, Q.; Yan, W.; Misawa, E.; Prade, R. A. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 4761.
221. Hotz-Wagenblatt, A.; Hankeln, T.; Ernst, P.; Glatting, K. H.; Schmidt, E. R.; Suhai, S. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 3716.
222. Huntley, D.; Hummerich, H.; Smedley, D.; Kittivoravitkul, S.; McCarthy, M.; Little, P.; Sergot, M. Genome Res. 2003, 13, 2195.
223. Van Domselaar, G. H.; Stothard, P.; Shrivastava, S.; Cruz, J. A.; Guo, A.; Dong, X.; Lu, P.; Szafron, D.; Greiner, R.; Wishart, D. S. Nucleic Acids Res. 2005, 33, W455.
224. Hoon, S.; Ratnapu, K. K.; Chia, J. M.; Kumarasamy, B.; Juguang, X.; Clamp, M.; Stabenau, A.; Potter, S.; Clarke, L.; Stupka, E. Genome Res. 2003, 13, 1904.
225. Deevi, S. V.; Martin, A. C. Bioinformatics 2006, 22, 291.
226. Palsson, B. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1218.
227. Bork, P.; Serrano, L. Cell 2005, 121, 507.
228. Reed, J. L.; Famili, I.; Thiele, I.; Palsson, B. O. Nat. Rev. Genet. 2006, 7, 130.
229. Palsson, B. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 1147.
230. Feist, A. M.; Scholten, J. C.; Palsson, B. O.; Brockman, F. J.; Ideker, T. Mol. Syst. Biol. 2006, 2, 2006.
231. Moszer, I.; Jones, L. M.; Moreira, S.; Fabry, C.; Danchin, A. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 62.
232. Chisholm, R. L.; Gaudet, P.; Just, E. M.; Pilcher, K. E.; Fey, P.; Merchant, S. N.; Kibbe, W. A. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D423.
233. Schwarz, E. M.; Antoshechkin, I.; Bastiani, C.; Bieri, T.; Blasiar, D.; Canaran, P.; Chan, J.; Chen, N.; Chen, W. J.; Davis, P.; Fiedler, T. J.; Girard, L.; Harris, T. W.; Kenny, E. E.; Kishore, R.; Lawson, D.; Lee, R.; Muller, H. M.; Nakamura, C.; Ozersky, P.; Petcherski, A.; Rogers, A.; Spooner, W.; Tuh, M. A.; Van, A. K.; Wang, D.; Durbin, R.; Spieth, J.; Stein, L. D.; Sternberg, P. W. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D475.
234. Grumbling, G.; Strelets, V. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D484.
235. Blake, J. A.; Eppig, J. T.; Bult, C. J.; Kadin, J. A.; Richardson, J. E. Nucleic Acids Res. 2006, 34, D562.
236. de la Cruz, N.; Bromberg, S.; Pasko, D.; Shimoyama, M.; Twigger, S.; Chen, J.; Chen, C. F.; Fan, C.; Foote, C.; Gopinath, G. R.; Harris, G.; Hughes, A.; Ji, Y.; Jin, W.; Li, D.; Mathis, J.; Nenasheva, N.; Nie, J.; Nigam, R.; Petri, V.; Reilly, D.; Wang, W.; Wu, W.; Zuniga-Meyer, A.; Zhao, L.; Kwitek, A.; Tonellato, P.; Jacob, H. Nucleic Acids Res. 2005, 33, D485.
237. Rhee, S. Y.; Beavis, W.; Berardini, T. Z.; Chen, G.; Dixon, D.; Doyle, A.; Garcia-Hernandez, M.; Huala, E.; Lander, G.; Montoya, M.; Miller, N.; Mueller, L. A.; Mundodi, S.; Reiser, L.; Tacklind, J.; Weems, D. C.; Wu, Y.; Xu, I.; Yoo, D.; Yoon, J.; Zhang, P. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 224.
238. Riley, L.; Schmidt, T.; Wagner, C.; Volz, A.; Artamonova, I.; Heumann, K.; Mewes, H. W.; Frishman, D. PEDANT genome database: ten years online. Nucleic Acids Res. 35 (Database issue), D354.
239. Collins, F. S.; Morgan, M.; Patrinos, A. Science 2003, 300, 286.