Nonequilibrium dynamics simulations of nitric oxide release: Comparative study of nitrophorin and myoglobin

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 31, 2007, Pages 9244-9252

  Kondrashov, Dmitry A ^a,b   Montfort, William R ^a  

^a UNIVERSITY OF ARIZONA   (United States)

^b UNIVERSITY OF WISCONSIN MADISON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR MODELING; PH EFFECTS; PROTEINS;

CONFORMATIONAL REARRANGEMENT; KINETIC MODELS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS;

NITRIC OXIDE;

EID: 34548028263     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp071136n     Document Type: Article

References (47)

1. Montfort, W. R.; Weichsel, A.; Andersen, J. F. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1482, 110.
2. Walker, F. A. J. Inorg. Biochem. 2005, 99, 216.
3. Andersen, J. F.; Gudderra, N. P.; Francischetti, I. M.; Valenzuela, J. G.; Ribeiro, J. M. Biochemistry 2004, 43, 6987.
4. Champagne, D. E.; Nussenzvieg, R. H.; Ribeiro, J. M. C. J. Biol. Chem. 1995, 270, 8691.
5. Andersen, J. F.; Ding, X. D.; Balfour, C.; Shokhireva, T. K.; Champagne, D. E.; Walker, F. A.; Montfort, W. R. Biochemistry 2000, 39, 10118.
6. Weichsel, A.; Andersen, J. F.; Roberts, S. A.; Montfort, W. R. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 551.
7. Roberts, S. A.; Weichsel, A.; Qiu, Y.; Shelnutt, J. A.; Walker, F. A.; Montfort, W. R. Biochemistry 2001, 40, 11327.
8. Kondrashov, D. A.; Roberts, S. A.; Weichsel, A.; Monfort, W. R. Biochemistry 2004, 43, 13637.
9. Maes, E. M.; Weichsel, A.; Andersen, J. F.; Shepley, D.; Montfort, W. R. Biochemistry 2004, 43, 6679.
10. Menyhard, D. K.; Keseru, G. M. FEBS Lett. 2005, 579, 5392.
11. Austin, R. H.; Beeson, K. W.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Gunsalus, I. C. Biochemistry 1975, 14, 5355.
12. Brunori, M.; Gibson, Q. H. EMBO Rep. 2001, 2, 674.
13. Agmon, N.; Hopfield, J. J. J. Chem. Phys. 1983, 78, 6947.
14. Steinbach, P. J.; Ansari, A.; Berendzen, J.; Braunstein, D.; Chu, K.; Cowen, B. R.; Ehrenstein, D.; Frauenfelder, H.; Johnson, J. B.; Lamb, D. C.; Luck, S.; Mourant, J. R.; Nienhaus, G. U.; Ormos, P.; Philipp, R.; Xie, A. H.; Young, R. D. Biochemistry 1991, 30, 3988.
15. Srajer, V.; Ren, Z.; Teng, T. Y.; Schmidt, M.; Ursby, T.; Bourgeois, D.; Pradervand, C.; Schildkamp, W.; Wulff, M.; Moffat, K. Biochemistry 2001, 40, 13802.
16. Schotte, F.; Lim, M.; Jackson, T. A.; Smirnov, A. V.; Soman, J.; Olson, J. S.; Phillips, G. N.; Jr.; Wulff, M.; Anfinrud, P. A. Science 2003, 300, 1944.
17. Aranda, R. t.; Levin, E. J.; Schotte, F.; Anfinrud, P. A.; Phillips, G. N., Jr. Acta. Crystallogr., Sect. D 2006, 62, 116.
18. Brunori, M.; Vallone, B.; Cutruzzola, F.; Travaglini-Allocatelli, C.; Berendzen, J.; Chu, K.; Sweet, R. M.; Schlichting, I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 2058.
19. Ostermann, A.; Waschipky, R.; Parak, F. G.; Nienhaus, G. U. Nature 2000, 404, 205.
20. Nienhaus, K.; Deng, P.; Kriegl, J. M.; Nienhaus, G. U. Biochemistry 2003, 42, 9633.
21. Tilton, R. F., Jr.; Kuntz, I. D., Jr.; Petsko, G. A. Biochemistry 1984, 23, 2849.
22. Scott, E. E.; Gibson, Q. H.; Olson, J. S. J. Biol. Chem. 2001, 276, 5177.
23. Schmidt, M.; Nienhaus, K.; Pahl, R.; Krasselt, A.; Anderson, S.; Parak, F.; Nienhaus, G. U.; Srajer, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 11704.
24. Nienhaus, K.; Maes, E. M.; Weichsel, A.; Montfort, W. R.; Nienhaus, G. U. J. Biol. Chem. 2004, 279, 39401.
25. Meuwly, M.; Becker, O. M.; Stote, R.; Karplus, M. Biophys. Chem. 2002, 98, 183.
26. Elber, R.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9161.
27. Bossa, C.; Anselmi, M.; Roccatano, D.; Amadei, A.; Vallone, B.; Brunori, M.; Di Nola, A. Biophys. J. 2004, 56, 3855.
28. Cohen, J.; Arkhipov, A.; Braun, R.; Schulten, K. Biophys. J. 2006, 91, 1844.
29. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 7.0; University of California, 2002.
30. Kachalova, G. S.; Popov, A. N.; Bartunik, H. D. Science 1999, 254, 473.
31. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049.
32. Harris, D. L. Int. J. Quantum Chem. 2002, 88, 183.
33. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.
34. DeLano, W. L. The PyMOL Molecular Graphics System. In http://www.pymol.org, 2002.
35. Hummer, G.; Schotte, F.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 15330.
36. Laverman, L. E.; Wanat, A.; Oszajca, J.; Stochel, G.; Ford, P. C.; van Eldik, R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 285.
37. Nienhaus, K.; Deng, P.; Olson, J. S.; Warren, J. J.; Nienhaus, G. U. J. Biol. Chem. 2003, 278, 42532.
38. Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11.
39. Nienhaus, K.; Deng, P.; Kriegl, J. M.; Nienhaus, G. U. Biochemistry 2003, 42, 9647.
40. Alberding, N.; Austin, R. H.; Chan, S. S.; Eisenstein, L.; Frauen-felder, H.; Gunsalus, I. C.; Nordlund, T. M. J. Chem. Phys. 1976, 65, 4701.
41. Doster, W.; Beece, D.; Bowne, S. F.; Dilorio, E. E.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Reinisch, L.; Shyamsunder, E.; Winterhalter, K. H.; Yue, K. T. Biochemistry 1982, 21, 4831.
42. McMahon, B. H.; Stojkovic, B. P.; Hay, P. J.; Martin, R. L.; Garcia, A. E. J. Chem. Phys. 2000, 113, 6831.
43. Radding, W.; Phillips, G. N., Jr. Bioessays 2004, 26, 422.
44. Ribeiro, J. M. C.; Walker, F. A. J. Exp. Med. 1994, 180, 2251.
45. Weichsel, A.; Andersen, J. F.; Champagne, D. E.; Walker, F. A.; Montfort, W. R. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 304.
46. Poulos, T. L. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 736.
47. Hoshino, M.; Ozawa, K.; Seki, H.; Ford, P. C. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9568.