Peptide reagent design based on physical and chemical properties of amino acid residues

Journal of Computational Chemistry

Volumn 28, Issue 12, 2007, Pages 2043-2050

  Du, Qi Shi ^a,b,c   Huang, Ri Bi ^a,d   Wei, Yu Tuo ^a   Wang, Cheng Hua ^a   Chou, Kuo Chen ^c  

^a GUANGXI UNIVERSITY   (China)

^b TIANJIN NORMAL UNIVERSITY   (China)

^c GORDON LIFE SCIENCE INSTITUTE   (United States)

^d NATIONAL ENGINEERING RESEARCH CENTER FOR NON FOOD BIOREFINERY   (China)

Author keywords

Amino acids; Class I MHC; Drug design; Peptides; QSAR; SARS

Indexed keywords

AMINO ACIDS; BINDING ENERGY; BIOINFORMATICS; DATA STRUCTURES; FREE ENERGY; LINEAR EQUATIONS; MOLECULAR STRUCTURE;

DRUG DESIGN; PEPTIDE LIGAND; PHYSICOCHEMICAL PROPERTIES;

PEPTIDES;

AMINO ACID; DYES, REAGENTS, INDICATORS, MARKERS AND BUFFERS; PEPTIDE;

ARTICLE; CHEMISTRY; DRUG DESIGN;

AMINO ACIDS; DRUG DESIGN; INDICATORS AND REAGENTS; PEPTIDES;

EID: 34547358188     PISSN: 01928651     EISSN: 1096987X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.20732     Document Type: Article

References (38)

1. Adessi, C.; Soto, C. Curr Med Chem 2002, 9, 963.
2. Venkatesan, N.; Kim, B. H. Curr Med Chem 2002, 9, 2243.
3. Chou, K. C. Curr Med Chem 2004, 11, 2105.
4. Sawyer, T. K. In ACS Professional Reference Book; Reid, R. E., Ed.; ACS Publisher: New York, 2000; Vol. 17, pp. 387-422.
5. Tremblay, C. L.; Kollmann, C.; Giguel, F.; Chou, T. C.; Hirsch, M. S. J Acquir Immune Defic Syndr 2000, 25, 99.
6. Nagashima, K. A.; Thompson, D. A.; Rosenfield, S. I.; Maddon, P. J.; Dragic, T.; Olson, W. C. J Infect Dis 2001, 183, 1121.
7. Althaus, I. W.; Chou, J. J.; Gonzales, A. J.; Diebel, M. R.; Chou, K. C.; Kezdy, F. J.; Romero, D. L.; Aristoff, P. A.; Tarpley, W. G.; Reusser, F. J Biol Chem 1993, 268, 6119.
8. Althaus, I. W.; Gonzales, A. J.; Chou, J. J.; Diebel, M. R.; Chou, K. C.; Kezdy, F. J.; Romero, D. L.; Aristoff, P. A.; Tarpley, W. G.; Reusser, F. J Biol Chem 1993, 268, 14875.
9. Althaus, I. W.; Chou, J. J.; Gonzales, A. J.; Diebel, M. R.; Chou, K. C.; Kezdy, F. J.; Romero, D. L.; Aristoff, P. A.; Tarpley, W. G.; Reusser, F. Biochemistry 1993, 32, 6548.
10. Althaus, I. W.; Chou, J. J.; Gonzales, A. J.; Diebel, M. R.; Chou, K. C.; Kezdy, F. J.; Romero, D. L.; Aristoff, P. A.; Tarpley, W. G.; Reusser, F. Experientia 1994, 50, 23.
11. Althaus, I. W.; Chou, J. J.; Gonzales, A. J.; Diebel, M. R.; Chou, K. C.; Kezdy, F. J.; Romero, D. L.; Thomas, R. C.; Aristoff, P. A.; Tarpley, W. G.; Reusser, F. Biochem Pharmacol 1994, 47, 2017.
12. Althaus, I. W.; Chou, K. C.; Franks, K. M.; Diebel, M. R.; Kezdy, F. J.; Romero, D. L.; Thomas, R. C.; Aristoff, P. A.; Tarpley, W. G.; Reusser, F. Biochem Pharmacol 1996, 51, 743.
13. Chou, K. C. Anal Biochem 1996, 233, 1.
14. Chou, K. C.; Kezdy, F. J.; Reusser, F. Anal Biochem 1994, 221, 217.
15. Bewley, C. A.; Louis, J. M.; Ghirlando, R.; Clore, G. M. J Biol Chem 2002, 277, 14238.
16. Eckert, D. M.; Kim, P. S. Proc Natl Acad Sci USA 2001, 98, 11187.
17. Root, M. J.; Kay, M. S.; Kim, P. S. Science 2001, 291, 884.
18. Doms, R. W.; Moore, J. P. J Cell Biol 2000, 151, F9.
19. Doms, R. W. Aids 2001, 15 Suppl 1, S34.
20. Chen, J.; Skehel, J. J.; Wiley, D. C. Proc Natl Acad Sci USA 1999, 96, 8967.
21. Chou, K. C. J. Biol. Chem. 1993, 268, 16938-16948.
22. Du, Q. S.; Li, D. P.; He, W. Z.; Chou, K. C. J Comput Chem 2006, 27, 685.
23. Du, Q. S.; Mezey, P. G.; Chou, K. C. J Comput Chem 2005, 26, 461.
24. Du, Q. S.; Liu, P. J.; Mezey, P. G. J Chem Inf Model 2005, 45, 347.
25. Du, Q.; Mezey, P. G. J Comput Aided Mol Des 1998, 12, 451.
26. Du, Q.; Arteca, G. A.; Mezey, P. G. J Comput Aided Mol Des 1997, 11, 503.
27. Du, Q.; Arteca, G. A. J Comput Aided Mol Des 1996, 10, 133.
28. Fan, K.; Ma, L.; Han, X.; Liang, H.; Wei, P.; Liu, Y.; Lai, L. Biochem Biophys Res Commun 2005, 329, 934.
29. Anand, K.; Ziebuhr, J.; Wadhwani, P.; Mesters, J. R.; Hilgenfeld, R. Science 2003, 300, 1763.
30. Yang, H.; Yang, M.; Ding, Y.; Liu, Y.; Lou, Z.; Zhou, Z.; Sun, L.; Mo, L.; Ye, S.; Pang, H.; Gao, G. F.; Anand, K.; Bartlam, M.; Hilgenfeld, R.; Rao, Z. Proc Natl Acad Sci USA 2003, 100, 13190.
31. Chou, K. C.; Wei, D. Q.; Zhong, W. Z. Biochem Biophys Res Comm 2003, 308, 148.
32. Du, Q. S.; Wang, S. Q.; Wei, D. Q.; Zhu, Y.; Guo, H.; Sirois, S.; Chou, K. C. Peptides 2004, 25, 1857.
33. Du, Q. S.; Wang, S.; Wei, D. Q.; Sirois, S.; Chou, K. C. Anal Biochem 2005, 337, 262.
34. Du, Q. S.; Wang, S. Q.; Jiang, Z. Q.; Gao, W. N.; Li, Y. D.; Wei, D. Q.; Chou, K. C. Med Chem 2005, 1, 209.
35. Chou, K. C.; Zhang, C. T. Crit Rev Biochem Mol Biol 1995, 30, 275.
36. Garcia, K. C. Immunol Rev 1999, 172, 73.
37. Jardetzky, T. S.; Lane, W. S.; Robinson, R. A.; Madden, D. R.; Wiley, D. C. Nature 1991, 353, 326.
38. Parkhurst, M. R.; Salgaller, M. L.; Southwood, S.; Robbins, P. F.; Sette, A.; Rosenberg, S. A.; Kawakami, Y. J Immunol 1996, 157, 2539.