Understanding the structural and binding properties of collagen: A theoretical perspective

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 28, 2004, Pages 10101-10112

  Bronco, Simona ^a,b   Cappelli, Chiara ^a,b   Monti, Susanna ^a,b  

^a UNIVERSITY OF PISA   (Italy)

^b AREA DELLA RICERCA   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; BIOCHEMISTRY; CHEMICAL BONDS; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; ELECTROSTATICS; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR STRUCTURE; PHENOLS; STRUCTURAL ANALYSIS;

EXTRACELLULAR MATRICES; GALLIC ACID; HYDROTHERMAL STABILITY; MODIFYING AGENTS;

COLLAGEN;

EID: 3442890860     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp049172z     Document Type: Article

References (54)

1. Covington, A. D. Chem. Soc. Rev. 1997, 26, 111-126.
2. (a) Tang, H. R.; Covington, A. D.; Hancock, R. A. Biopolymers 2003, 70, 403-413.
3. (b) Tang, H. R.; Covington, A. D.; Hancock, R. A. J. Agric. Food Chem. 2003, 51, 6652-6656.
4. Gomes, C. A.; Girão da Cruz, T.; Andrade, J. L.; Milhazes, N.; Borges, F.; Marques, M. P. M. J. Med. Chem. 2003, 46, 5395-5401.
5. Edelmann, A.; Lendl, B. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14741-14747.
6. Privalov, P. L. Adv. Protein Chem. 1982, 35, 1-104.
7. pin Liao, X.; bing Lu, Z.; Shi, B. Ind. Eng. Chem. Res. 2003, 42, 3397-3402.
8. Hagerman, A. E.; Butler, L. G. J. Biol. Chem. 1981, 256, 4494-4497.
9. Baxter, N. J.; Lilley, T. H.; Haslam, E.; Davies, A. P.; Williamson, M. P. Biochemistry 1997, 36, 5566-5577.
10. Charlton, A. J.; Baxter, N. J.; Khan, M. L.; Moir, A. J. G.; Haslam, E.; Davies, A. P.; Williamson, M. P. J. Agric. Food Chem. 2002, 50, 1593-1601.
11. Giudici, C.; Viola, M.; Tira, M. E.; Forlino, A.; Tenni, R. FEBS Lett. 2003, 547, 170-176.
12. Madhan, B.; Dhathathreyan, A.; Subramanian, V.; Ramasami, T. Proc. Indian Acad. Sci. (Chem. Sci.) 2003, 115, 751-766.
13. (a) Madhan, B.; Fathima, N. N.; Raghava Rao, J.; Subramanian, V.; Nair, B. U.; Ramasami, T. J. Am. Leather Chem. Assoc. 2003, 98, 263-272.
14. (b) Madhan, B.; Subramanian, V.; Raghava Rao, J.; Nair, B. U.; Ramasami, T. J. Am. Leather Chem. Assoc. 2003, 98, 273-278.
15. Madhan, B.; Thanikaivelan, P.; Subramanian, V.; Raghava Rao, J.; Nair, B. U.; Ramasami, T. Chem. Phys. Lett. 2001, 346, 334-340.
16. Madhan, B.; Parthasarathi, R.; Subramanian, V.; Raghava Rao, J.; Nair, B. U.; Ramasami, T. Chem. Phys. Lett. 2003, 369, 131-138.
17. Madhan, B.; Muralidharan, C.; Jayakumar, R. Biomaterials 2002
18. Arqués, D. G.; Fallot, J.-P.; Michel, C. J. Int. J. Biol. Macromol. 1996, 19, 131-138.
19. (a)Wess, T. J.; Hammersley, A. P.; Wess, L.; Miller, A. J. Struct. Biol. 1998, 122, 92-100.
20. (b)Wess, T. J.; Hammersley, A. P.; Wess, L.; Miller, A. J. Mol. Biol. 1998, 275, 255-267.
21. (a) Ottani, V.; Martini, D.; Franchi, M.; Ruggeri, A.; Raspanti, M. Micron 2002, 33, 587-596;
22. (b)Ottani, V.; Raspanti, M.; Ruggeri, A. Micron 2001, 32, 251-260.
23. Orgel, J. P. R. O.; Miller, A.; Irving, T. C.; Fischetti, R. F.; Hammersley, A. P.; Wess, T. J. Structure 2001, 9, 1061-1069.
24. Klein, T. E.; Huang, C. C. Biopolymers 1999, 49, 167-183.
25. Jenkins, C. L.; Bretscher, L. E.; Guzei, I. A.; Raines, R. T. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6422-6427.
26. (a) Chopra, R. K.; Ananthanarayanan, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 7180-7184.
27. (b) Berg, R. A.; Prockop, D. J. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1973, 52, 115-120.
28. Benzi, C.; Improta, R.; Scalmani, O.; Barone, V. J. Comput. Chem. 2002, 23, 341-350.
29. Mooney, S. D.; Kollman, P. A.; Klein. T. E. Biopolymers 2002, 64, 63-71.
30. (a) Holmgren, S. K.; Bretscher, L. E.; Taylor, K. M.; Raines, R. T. Chem. Biol. 1999, 6, 63-70.
31. (b) Bretscher, L. E.; Jenkins, C. L.; Taylor, K. M.; DeRider, M. L.; Raines, L. T. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 777-778.
32. Vitagliano, L.; Berisio, M.; Mazzarella, L.; Zagari, A. Biopolymers 2001, 58, 459-464.
33. DeRider, M. L.; Wilkens, S. J.; Waddell, M. J.; Bretscher, L. E.; Weinhold, F.; Raines, R. T.; Markley, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 2497-2505.
34. Buevich, A. V.; Baum, J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 7156-7162.
35. Smith, J. W. Nature 1968, 219, 157-158.
36. Fraser, R. D. B.; MacRae, T. P.; Miller, A.; Suzuki, E. J. Mol. Biol. 1983, 167, 497-521.
37. Piez, K. A.; Trus, B. L. Biosci. Rep. 1981, 1, 801-810.
38. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
39. (a) King, G.; Brown, E. M.; Chen, J. M. Protein Eng. 1996, 9, 43-49.
40. (b) Brown, E. M.; Dudley, R. L.; Elsetinow, A. R. J. Am. Leather Chem. Assoc.1997, 62, 225-233.
41. (c) Qi, P. X.; Brown, E. M. J. Am. Leather Chem. Assoc. 2002, 97, 235-342.
42. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Wang, J.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crouley, M.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Radmer, R. J.; Duan, Y.; Pitera, J.; Massova, I.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 7; University of California: San Francisco, 2002.
43. Martell, A. E.; Smith, R. M. Critical Stability Constants; Plenum: New York, 1989; Vol. 3.
44. Walser, R.; Hünenberger, P. H.; van Gunsteren W. F. Proteins: Struct., Fund., and Genet. 2001, 44, 509-519.
45. Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1981, 103, 335-350.
46. (a) Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1357-1377.
47. (b) Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280.
48. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision A.1; Gaussian, Inc.; Pittsburgh, PA, 2003.
49. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; vanGunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Comput. Phys. 1984, 81, 3684-3690.
50. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
51. Forrest, L. R.; Tieleman, D. P.; Sansom, M. S. P. Biophys. J. 1999, 76, 1886-1896.
52. Hobza, P.; Kabelác, M.; Sponer, J.; Mejzlík, P.; Vondrásek, R. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1136-1150.
53. Alagona, G.; Ghio, C.; Giolitti, A.; Monti, S. Theor. Chem. Acc. 1999, 101, 143-150.
54. Alagona, G.; Ghio, C.; Monti, S. Int. J. Quantum Chem. 2002, 88, 133-146.