Car-parrinello molecular dynamics study of anharmonic systems: A Mannich base in solution

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 19, 2007, Pages 5243-5248

  Jezierska, Aneta ^a   Panek, Jarosław ^a   Borštnik, Urban ^b   Mavri, Janez ^b   Janežič, Dušanka ^b  

^a UNIVERSITY OF WROC AW   (Poland)

^b NATIONAL INSTITUTE OF CHEMISTRY   (Slovenia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTATIONAL METHODS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; HYDROGEN BONDS; MOLECULAR DYNAMICS; VIBRATIONAL SPECTRA;

ANHARMONIC SYSTEMS; ENZYME ACTIVE CENTERS; QUANTUM EFFECTS;

PHENOLS;

EID: 34249797308     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp068676p     Document Type: Article

References (69)

1. Desiraju, G. R.; Steiner, T. The Weak Hydrogen Bond In Structural Chemistry and Biology; Oxford University Press: New York, 2001.
2. Computational Molecular Biology; Leszczynski, J, Ed.; Elsevier Science: Amsterdam, 1999.
3. Supramolecular Assembly via Hydrogen Bonds 1; Mingos, D. M. P., Ed.; Springer-Verlag: Berlin, 2004.
4. Supramolecular Assembly via Hydrogen Bonds II; Mingos, D. M. P., Ed.; Springer-Verlag: Berlin, 2004.
5. Sauer, J.; Doebler, J. ChemPhysChem. 2005, 6, 1706-1710.
6. Kuo, I.-F. W.; Mundy, C. J.; McGrath, M. J.; Siepmann, J. I.; VandeVondele, J.; Sprik, M.; Hutter, J.; Chen, B.; Klein, M. L.; Mohamed, F.; Krack, M.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 12990-12998.
7. Silvestrelli, P. L.; Bernasconi, M.; Parrinello, M. Chem. Phys. Lett. 1997, 277, 478-482.
8. Geissler, P. L.; Dellago, C.; Chandler, D.; Hutter, J.; Parrinello, M. Chem. Phys. Lett. 2000, 321, 225-230.
9. Vuilleumier, R.; Sprik, M.; Alavi. A. J. Mol. Struct. THEOCHEM 2000, 506, 343-353.
10. Hydrogen-Transfer Reactions; Hynes, J. T., Klinman, J. P., Limbach, H.-H., Schowen, R. L., Eds.; Wiley-VCH: New York, 2006.
11. Lee, Y. S.; Hodošček, M.; Brooks, B. R.; Kador, P. F. Biophys. Chem. 1998, 70, 203-216.
12. Wong, S.; Bernacki, K.; Jacobson, M. P. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5249-5258.
13. Matanović, I.; Došlić, N. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 4185-4194.
14. Bakó, I.; Hutter, J.; Pálinkás, G. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 2188-2194.
15. Olsson, M. H. M.; Mavri, J.; Warshel, A. Philos. Trans. R. Soc., B 2006, 361, 1417-1432.
16. Pantano, S.; Alber, F.; Carloni, P. J. Mol. Struct. THEOCHEM 2000, 550, 177-181.
17. Frigyes, D.; Alber, F.; Pongor, S.; Carloni, P. J. Mol. Struct. THEOCHEM 2001, 574, 39-45.
18. Voth, G. A. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 143-150.
19. Bala, P.; Grochowski, P.; Lesyng, B.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2535-2545.
20. Rozas, I.; Alkorta, I.; Elguero, J. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 4236-4244.
21. Shubina, E. S.; Belkova, N. V.; Epstein, L. M. J. Organomet. Chem. 1997, 536-537, 17-29.
22. Chamberlain, A. K.; Bowie, J. U. J. Mol. Biol. 2002, 522, 497-503.
23. McMorrow, D.; Kasha, M. J. Phys. Chem. 1984, 88, 2235-2243.
24. Mordziński, A.; Grabowska, A.; Kühnle, W.; Krówczyński, A. Chem. Phys. Lett. 1983, 101, 291-296.
25. Mordziński, A.; Grabowska, A. Chem. Phys. Lett. 1982, 90, 122-127.
26. Grabowska, A.; Kownacki, K.; Karpiuk, J.; Dobrin, S.; Kaczmarek, L. Chem. Phys. Lett. 1997, 267, 132-140.
27. Sekikawa, T.; Kobayashi, T.; Inabe, T. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 644-649.
28. Filarowski, A.; Szemik-Hojniak, A.; Głowiak, T.; Koll, A. J. Mol. Struct. 1997, 404, 67-74.
29. Koll, A.; Parasuk, V.; Parasuk, W.; Karpfen, A.; Wolschann, P. J. Mol. Struct. 2004, 690, 165-174.
30. Filarowski, A.; Koll, A. Vib. Spectrosc. 1996, 12, 15-24.
31. Koll, A.; Wolschann, P. Monatsh. Chem. 1999, 130, 983-1001.
32. Koll, A.; Melikova, S. M.; Karpfen, A.; Wolschann, P. J. Mol. Struct. 2001, 559, 127-145.
33. Handgraaf, J.-W.; van Erp, T. S.; Meijer, E. J. Chem. Phys. Lett. 2003, 367, 617-624.
34. Morrone, J. A.; Haslinger, K. E.; Tuckerman, M. E. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3712-3720.
35. Sillanpää, A. J.; Simon, C.; Klein, M. L.; Laasonen, K. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 11315-11322.
36. Marx, D.; Tuckerman, M. E.; Martyna, G. J. Comput. Phys. Commun. 1999, 118, 166-184.
37. Benoit, M.; Marx, D. ChemPhysChem 2005, 6, 1738-1741.
38. Ramirez, R.; Lopez-Ciudad, T.; Kumar, P.; Marx, D. J. Chem. Phys. 2004, 121, 3973-3983.
39. Pejov, L.; Spångberg, D.; Hermansson, R. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 5144-5152.
40. Bouř, P. Chem. Phys. Lett. 2002, 365, 82-88.
41. Wolf, K; Mikenda, W.; Nusterer, E.; Schwarz, K. J. Mol. Struct. 1998, 448, 201-207.
42. Berendsen, H. J. C.; Mavri, J. J. Phys. Chem. 1993, 97, 13464-13468.
43. Tully, J. C.; Preston, R. K. J. Chem. Phys. 1971, 55, 562-572.
44. Cao, J.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 1993, 99, 10070-10073.
45. Cao, J.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 1994, 100, 5106-5117.
46. Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1996, 104, 2018-2027.
47. Cao, J.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1996, 104, 2028-2035.
48. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471-2474.
49. Hohenberg, P.; Kohn, W. Phys. Rev. 1964, 136, B864-B871.
50. CPMD Copyright IBM Corp. 1990-2004, Copyright MPI fuer Festkoerperforschung Stuttgart 1997-2001.
51. Borštnik, U.; Hodošček, M.; Janežič, D. J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2004, 44, 359-364.
52. Andreoni, W.; Curioni, A. Parallel Computing 2000, 26, 819-842.
53. Hutter, J.; Curioni, A. ChemPhysChem 2005, 6, 1788-1793.
54. Perdew, J. P.; Burke, R.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865-3868.
55. Ireta, J.; Neugebauer, J.; Scheffler, M. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5692-5698.
56. Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1990, 41, 7892-7895.
57. Schlegel, H. B. Theor. Chim. Acta 1984, 66, 333-340.
58. Panek, J.; Stare, J.; Hadži, D. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 7417-7423.
59. Stare, J.; Mavri, J. Comput. Phys. Commun. 2002, 143, 222-240.
60. Isotope Effects in Chemistry and Biology; Kohen, A., Limbach, H.-H., Eds.; CRC Press: New York, 2005.
61. Pavon, J. A.; Fitzpatrick, P. F. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 16414-16415.
62. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38.
63. Steiner, T.; Majerz, I.; Wilson, C. C. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 2651-2654.
64. Egorov, S. A.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 1996, 105, 7047-7058.
65. Egorov, S. A.; Rabani, E.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1997, 108, 1407-1422.
66. Egorov, S. A.; Rabani, E.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1998, 110, 5238-5248.
67. Lawrence, C. P.; Nakayama, A.; Makri, N.; Skinner, J. L. J. Chem. Phys. 2004, 120, 6621-6624.
68. Poulsen, J. A.; Nyman, G.; Rossky, P. J. PNAS 2005, 102, 6709-6714.
69. Rey, R.; Hynes, I. T. J. Chem. Phys. 1996, 104, 2356-2368.