Small-angle scattering studies of macromolecular solutions

Journal of Applied Crystallography

Volumn 40, Issue SUPPL. 1, 2007, Pages

  Svergun, Dmitri I ^a,b  

^a EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY   (Germany)

^b SHUBNIKOV INSTITUTE OF CRYSTALLOGRAPHY   (Russian Federation)

Author keywords

Ab initio methods; Macromolecular complexes; Quaternary structure; Rigid body modelling; SAS data analysis

Indexed keywords

EID: 34248371607     PISSN: 00218898     EISSN: 16005767     Source Type: Journal    
DOI: 10.1107/S0021889807001409     Document Type: Conference Paper

References (84)

1. Agirrezabala, X.,Martin-Benito, J., Caston, J. R.,Miranda, R., Valpuesta, J. M. & Carrascosa, J. L. (2005). EMBO J. 24, 3820-3829.
2. Akiyama, S., Takahashi, S., Kimura, T., Ishimori, K., Morishima, I., Nishikawa, Y. & Fujisawa, T. (2002). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 99, 1329-1334.
3. Aparicio, R., Fischer, H., Scott, D. J., Verschueren, K. H., Kulminskaya, A. A., Eneiskaya, E. V., Neustroev, K. N., Craievich, A. F., Golubev, A. M. & Polikarpov, I. (2002). Biochemistry, 41, 9370-9375.
4. Armbruster, A., Svergun, D. I., Coskun, U., Juliano, S., Bailer, S. M. & Gruber, G. (2004). FEBS Lett. 570, 119-125.
5. Arndt, M. H., de Oliveira, C. L., Regis, W. C., Torriani, I. L. & Santoro, M. M. (2003). Biopolymers, 69, 470-479.
6. Bada, M., Walther, D., Arcangioli, B., Doniach, S. & Delarue, M. (2000). J. Mol. Biol. 300, 563-574.
7. Boehm, M. K., Woof, J. M., Kerr, M. A. & Perkins, S. J. (1999). J. Mol. Biol. 286, 1421-1447.
8. Bugs, M. R., Forato, L. A., Bortoleto-Bugs, R. K., Fischer, H., Mascarenhas, Y. P., Ward, R. J. & Colnago, L. A. (2004). Eur. Biophys. J. 33, 335-343.
9. Chacon, P., Diaz, J. F., Moran, F. & Andreu, J. M. (2000). J. Mol. Biol. 299, 1289-1302.
10. Chacon, P.,Moran, F., Diaz, J. F., Pantos, E. & Andreu, J. M. (1998). Biophys. J. 74, 2760-2775.
11. Conte, M. R., Gröne, T., Ghuman, J., Kelly, G., Ladas, A., Matthews, S. & Curry, S. (2000). EMBO J. 15, 3132-3141.
12. Dainese, E., Sabatucci, A., van Zadelhoff, G., Angelucci, C. B., Vachette, P., Veldink, G. A., Agro, A. F. & Maccarrone, M. (2005). J. Mol. Biol. 349, 143-152.
13. Davies, J. M., Tsuruta, H., May, A. P. & Weis, W. I. (2005). Structure, 13, 183-195.
14. Dominguez, C., Boelens, R. & Bonvin, A. M. (2003). J. Am. Chem. Soc. 125, 1731-1737.
15. Drory, O., Frolow, F. & Nelson, N. (2004). EMBO Rep. 5, 1148-1152.
16. Durand, D., Cannella, D., Dubosclard, V., Pebay-Peyroula, E., Vachette, P. & Fieschi, F. (2006). Biochemistry, 45, 7185-9713.
17. Egea, P. F., Rochel, N., Birck, C., Vachette, P., Timmins, P. A. & Moras, D. (2001). J. Mol. Biol. 307, 557-576.
18. Engelman, D. M. & Moore, P. B. (1972). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 69, 1997-1999.
19. Fujisawa, T., Kostyukova, A. & Maeda, Y. (2001). FEBS Lett. 498, 67-71.
20. Furtado, P. B., Whitty, P. W., Robertson, A., Eaton, J. T., Almogren, A., Kerr, M. A., Woof, J. M. & Perkins, S. J. (2004). J. Mol. Biol. 338, 921-941.
21. Garcia, P., Ucurum, Z., Bucher, R., Svergun, D. I., Huber, T., Lustig, A., Konarev, P. V., Marino, M. & Mayans, O. (2006). FASEB J. 20, 1142-1151.
22. Gerstein, M., Edwards, A., Arrowsmith, C. H. & Montelione, G. T. (2003). Science, 299, 1663.
23. Gherardi, E., Sandin, S., Petoukhov, M. V., Finch, J., Youles, M. E., Ofverstedt, L. G., Miguel, R. N., Blundell, T. L., Vande Woude, G. F., Skoglund, U. & Svergun, D. I. (2006). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 103, 4046-4051.
24. Glatter, O. (1972). Acta Phys. Austriaca, 36, 307-315.
25. Grishaev, A., Wu, J., Trewhella, J. & Bax, A. (2005). J. Am. Chem. Soc. 127, 16621-16628.
26. Guinier, A. (1939). Ann. Phys. (Paris), 12, 161-237.
27. Guinier, A. & Fournet, G. (1955). Small-angle scattering of X-rays. New York: Wiley.
28. Hammel, M., Walther, M., Prassl, R. & Kuhn, H. (2004). J. Mol. Biol. 343, 917-929.
29. Heller, W. T., Abusamhadneh, E., Finley, N., Rosevear, P. R. & Trewhella, J. (2002). Biochemistry, 41, 15654-15663.
30. Heller, W. T., Finley, N. L., Dong, W. J., Timmins, P., Cheung, H. C., Rosevear, P. R. & Trewhella, J. (2003). Biochemistry, 42, 7790-7800.
31. Hough, M. A., Grossmann, J. G., Antonyuk, S. V., Strange, R. W., Doucette, P. A., Rodriguez, J. A., Whitson, L. J., Hart, P. J., Hayward, L. J., Valentine, J. S. & Hasnain, S. S. (2004). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 101, 5976-5981.
32. Ibel, K. & Stuhrmann, H. B. (1975). J. Mol. Biol. 93, 255-265.
33. Jones, S. & Thornton, J. M. (1997). J. Mol. Biol. 272, 121-132.
34. King, W. A., Stone, D. B., Timmins, P. A., Narayanan, T., von Brasch, A. A., Mendelson, R. A. & Curmi, P. M. (2005). J. Mol. Biol. 345(4), 797-815.
35. Kirkpatrick, S., Gelatt, C. D. Jr & Vecci, M. P. (1983). Science, 220, 671-680.
36. Konarev, P. V., Petoukhov, M. V. & Svergun, D. I. (2001). J. Appl. Cryst. 34, 527-532.
37. Kozin, M. B. & Svergun, D. I. (2000). J. Appl. Cryst. 33, 775-777.
38. Kozin, M. B. & Svergun, D. I. (2001). J. Appl. Cryst. 34, 33-41.
39. Kozin, M. B., Volkov, V. V. & Svergun, D. I. (1997). J. Appl. Cryst. 30, 811-815.
40. Krissinel, E. & Henrick, K. (2005). CompLife 2005, edited by M. R. Berthold, pp. 163-174. Berlin/Heidelberg: Springer-Verlag.
41. Krueger, J. K., Gallagher, S. C., Wang, C. A. & Trewhella, J. (2000). Biochemistry, 39, 3979-3987.
42. Li, C. H., Ma, X. H., Chen, W. Z. & Wang, C. X. (2003). Protein Eng. 16, 265-269.
43. Mattinen, M. L., Paakkonen, K., Ikonen, T., Craven, J., Drakenberg, T., Serimaa, R., Waltho, J. & Annila, A. (2002). Biophys. J. 83, 1177-1183.
44. Muller, Y. A. & Schulz, G. E. (1993). Science, 259, 965-967.
45. Nardini, M., Svergun, D., Konarev, P. V., Spano, S., Fasano, M., Bracco, C., Pesce, A., Donadini, A., Cericola, C., Secundo, F., Luini, A., Corda, D. & Bolognesi, M. (2006). Protein Sci. 15, 1042-5100.
46. Ozerin, A. N., Svergun, D. I., Volkov, V. V., Kuklin, A. I., Gordelyi, V. I., Islamov, A. K., Ozerina, L. A. & Zavorotnyuk, D. S. (2005). J. Appl. Cryst. 38, 996-1003.
47. Pavlov, M. (1985). Dokl. Akad. Nauk SSSR, 281, 458-462.
48. Petoukhov, M. V., Eady, N. A., Brown, K. A. & Svergun, D. I. (2002). Biophys. J. 83, 3113-3125.
49. Petoukhov, M. V., Konarev, P. V., Kikhney, A. G. & Svergun, D. I. (2007). J. Appl. Cryst. 40, s223-s228.
50. Petoukhov,M. V., Monie, T. P., Allain, F. H.,Matthews, S., Curry, S. & Svergun, D. I. (2006). Structure, 14, 1021-1027.
51. Petoukhov, M. V. & Svergun, D. I. (2003). J. Appl. Cryst. 36, 540-544.
52. Petoukhov, M. V. & Svergun, D. I. (2005). Biophys. J. 89, 1237-1250.
53. Petoukhov, M. V. & Svergun, D. I. (2006). Eur. Biophys. J. 35, 567-576.
54. Rosenberg, O. S., Deindl, S., Sung, R. J., Nairn, A. C. & Kuriyan, J. (2005). Cell, 123, 849-860.
55. Scott, D. J., Grossmann, J. G., Tame, J. R., Byron, O., Wilson, K. S. & Otto, B. R. (2002). J. Mol. Biol. 315, 1179-1187.
56. Shi, Y. Y., Hong, X. G. & Wang, C. C. (2005). J. Biol. Chem. 280, 22761-22768.
57. Shtykova, E. V., Shtykova, E. V. Jr, Volkov, V. V., Konarev, P. V., Dembo, A. T., Makhaeva, E. E., Ronova, I. A., Khokhlov, A. R., Reynaers, H. & Svergun, D. I. (2003). J. Appl. Cryst. 36, 669-673.
58. Simpson, P. J., Monie, T. P., Szendroi, A., Davydova, N., Tyzack, J. K., Conte, M. R., Read, C. M., Cary, P. D., Svergun, D. I., Konarev, P. V., Curry, S. & Matthews, S. (2004). Structure, 12, 1631-1643.
59. Solovyova, A. S., Nollmann, M., Mitchell, T. J. & Byron, O. (2004). Biophys. J., 87, 540-52.
60. Stuhrmann, H. B. (1970a). Z.. Phys. Chem. Neue Folge, 72, 177-198.
61. Stuhrmann, H. B. (1970b). Acta Cryst. A26, 297-306.
62. Sun, Z., Reid, K. B. & Perkins, S. J. (2004). J. Mol. Biol. 343, 1327-1343.
63. Svergun, D. I. (1991). J. Appl. Cryst. 24, 485-492.
64. Svergun, D. I. (1994). Acta Cryst., A50, 391-402.
65. Svergun, D. I. (1999). Biophys. J. 76, 2879-2886.
66. Svergun, D. I., Barberato, C. & Koch, M. H. J. (1995). J. Appl. Cryst. 28, 768-773.
67. Svergun, D. I., Feigin, L. A. & Schedrin, B. M. (1982). Acta Cryst. A38, 827-835.
68. Svergun, D. I. & Nierhaus, K. H. (2000). J. Biol. Chem. 275, 14432-14439.
69. Svergun, D. I., Petoukhov, M. V. & Koch, M. H. J. (2001). Biophys. J. 80, 2946-2953.
70. Svergun, D. I., Petoukhov, M. V., Koch, M. H. J. & Koenig, S. (2000). J. Biol. Chem. 275, 297-302.
71. Svergun, D. I., Richard, S., Koch, M. H. J., Sayers, Z., Kuprin, S. & Zaccai, G. (1998). Proc. Natl Acad. Sci. USA, 95, 2267-2272.
72. Svergun, D. I. & Stuhrmann, H. B. (1991). Acta Cryst. A47, 736-744.
73. Svergun, D. I., Volkov, V. V., Kozin, M. B. & Stuhrmann, H. B. (1996). Acta Cryst. A52, 419-426.
74. Svergun, D. I., Volkov, V. V., Kozin, M. B., Stuhrmann, H. B., Barberato, C. & Koch, M. H. J. (1997). J. Appl. Cryst. 30, 798-802.
75. Takahashi, Y., Nishikawa, Y. & Fujisawa, T. (2003). J. Appl. Cryst. 36, 549-552.
76. Tung, C. S., Walsh, D. A. & Trewhella, J. (2002). J. Biol. Chem. 277, 12423-12431.
77. Vestergaard, B., Sanyal, S., Roessle, M., Mora, L., Buckingham, R. H., Kastrup, J. S., Gajhede, M., Svergun, D. I. & Ehrenberg, M. (2005). Mol. Cell, 20, 929-938.
78. Volkov, V. V. & Svergun, D. I. (2003). J. Appl. Cryst. 36, 860-864.
79. Wall, M. E., Gallagher, S. C. & Trewhella, J. (2000). Annu. Rev. Phys. Chem. 51, 355-380.
80. Walther, D., Cohen, F. E. & Doniach, S. (2000). J. Appl. Cryst. 33, 350-363.
81. Wang, R., Lai, L. & Wang, S. (2002). J. Comput. Aided Mol. Des. 16, 11-26.
82. Witty, M., Sanz, C., Shah, A., Grossmann, J. G., Mizuguchi, K., Perham, R. N. & Luisi, B. (2002). EMBO J. 21, 4207-4218.
83. Wriggers, W. & Chacon, P. (2001). J. Appl. Cryst. 34, 773-776.
84. Zipper, P. & Durchschlag, H. (2003). J. Appl. Cryst. 36, 509-514.