Structure of the α-homo-DNA:RNA duplex and the function of twist and slide to catalogue nucleic acid duplexes

Chemistry - A European Journal

Volumn 13, Issue 1, 2007, Pages 90-98

  Nauwelaerts, Koen ^a   Lescrinier, Eveline ^a   Herdewijn, Piet ^a  

^a REGA INSTITUTE FOR MEDICAL RESEARCH   (Belgium)

Author keywords

homo DNA; Duplex; Helical structures; NMR spectroscopy; RNA

Indexed keywords

GEOMETRICAL MODEL; HELICAL STRUCTURES; NUCLEIC ACID DUPLEXES; DUPLEX; GEOMETRICAL MODELING; HELICAL PITCH; HELIX STRUCTURES; HIGH RESOLUTION; PARALLEL ORIENTED; RNA DUPLEXES;

MATHEMATICAL MODELS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; RNA; DNA;

DNA; NUCLEIC ACIDS;

ALPHA HOMO DNA; ALPHA-HOMO-DNA; OLIGONUCLEOTIDE; RNA; UNCLASSIFIED DRUG;

ARTICLE; CHEMISTRY; CONFORMATION; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY;

MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; NUCLEIC ACID CONFORMATION; OLIGONUCLEOTIDES; RNA;

EID: 33845948585     PISSN: 09476539     EISSN: 15213765     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/chem.200600363     Document Type: Article

References (44)

1. F. Morvan, B. Rayner, J. L. Imbach, M. Lee, J. A. Hartley, D. K. Chang, J. W. Lown, Nucleic Acids Res. 1987, 15, 7027-7044.
2. N. T. Thuong, U. Asseline, V. Roig, M. Takasugi, C. Hélène, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1987, 84, 5129-5133.
3. C. Boiziau, R. Kurfurst, C. Cazenave, V. Roig, N. T. Thuong, J. J. Toulmé, Nucleic Adds Res. 1991, 19, 1113-1119.
4. M. Froeyen, E. Lescrinier, L. Kerremans, H. Rosemeyer, F. Seela, B. Verbeure, I. Lagoja, J. Rozenski, A. Van Aerschot, R. Busson, P. Herdewijn, Chem. Eur. J. 2001, 7, 5183-5194.
5. P. Plateau, M. Gueron. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 7310-7311.
6. M. Piotto, V. Saudek, V. Sklenar, J. Biomol. NMR 1992, 2, 661-665.
7. M. Rance, O. W. Sorensen, G. Bodenhausen, G. Wagner, R. R. Ernst, K. Wüthrich, Biochem. Biophys. Res. Commun. 1983, 117, 479-485.
8. A. Bax, D. G. Davis, J. Magn. Reson. Ser. A 1985, 65, 355-360.
9. J. Jeener, B. H. Meier, P. Bachmann, R. R. Ernst, J. Chem. Phys. 1979, 77, 4546-4553.
10. C. Griesinger, G. Otting, K. Wüthrich, R. R. Ernst, J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 7870-7872.
11. V. Sklenar, H. Miyashiro, G. Zon, H. T. Miles, A. Bax, Febs Lett. 1986, 208, 94-98.
12. J. Schleucher, M. Schwendinger, M. Sattler, P. Schmidt, O. Schedletzky, S. J. Glaser, O. W. Sorensen, C. Griesinger. J. Biomol. NMR 1994, 4, 301-306.
13. C. D. Schwieters, J. J. Kuszewski, N. Tjandra, G. M. Clore, J. Magn. Reson. 2003, 160, 65-73.
14. E. G. Stein, L. M. Rice, A. T. Brunger, J. Magn. Reson. 1997, 124, 154-164.
15. X. J. Lu, W. K. Olson, Nucleic Acids Res. 2003, 31, 5108-5121.
16. R. M. Esnouf, J. Mol. Graphics Modell. 1997, 15, 132-134.
17. S. S. Wijmenga, M. M. W. Mooren, C. W. Hilbers in NMR of Macromolecules: A Practical Approach (Ed.: G. C. K. Roberts), Oxford University Press, Oxford, 1993.
18. A. Eschenmoser, M. Dobler, Helv. Chim. Acta 1992, 75, 218-259.
19. L. van Dam, M. H. Levitt, J. Mol. Biol. 2000, 304, 541-561.
20. R. Declercq, A. Van Aerschot, R. J. Read, P. Herdewijn, L. van Meervelt, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 928-933.
21. G. Otting, M. Billeter, K. Wüthrich, H. J. Roth, C. Leumann, A. Eschenmoser, Helv. Chim. Acta 1993, 76, 2701-2756.
22. E. Lescrinier, M. Froeyen, P. Herdewijn, Nucleic Acids Res. 2003, 31, 2978-2989.
23. M. J. Packer, C. A. Hunter, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 7399-7406.
24. M. J. Packer, C. A. Hunter, J. Mol. Biol. 1998, 280, 407-420.
25. M. J. Packer, M. P. Dauncey, C. A. Hunter, J. Mol. Biol. 2000, 295. 85-103.
26. M. J. Packer M. P. Dauncey, C. A. Hunter, J. Mol. Biol. 2000, 295, 71-83.
27. G. Otting, M. Billeter, K. Wüthrich, H. J. Roth, C. Leumann, A. Eschenmoser, Helv. Chim. Acta 1993, 76, 2701-2756.
28. K. Groebke, J. Hunziker, W. Fraser, L. Peng, U. Diederichsen, K. Zimmermann, A. Holzner, C. Leumann, A. Eschenmoser, Helv. Chim. Acta 1998, 81, 375-474.
29. R. Micura, R. Kudick, S. Pitsch, A. Eschenmoser, Angew. Chem. 1999, 111, 715-718;
30. Angew. Chem. Int. Ed. 1999, 38, 680-683.
31. S. Pitsch, S. Wendeborn, B. Jaun, A. Eschenmoser, Helv. Chim. Acta 1993, 76, 2161-2183.
32. S. Pitsch, R. Krishnamurthy, M. Bolli, S. Wendeborn, A. Holzner, M. Minton, C. Lesueur, I. Schlonvogt, B. Jaun, A. Eschenmoser, Helv. Chim. Acta 1995, 78, 1621-1635.
33. H. B. Liu, S. R. Lynch, E. T. Kool, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 6900-6905.
34. H. Rasmussen, J. Sandholm, Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 98-101.
35. V. Menchise, G. De Simone, T. Tedeschi, R. Corradini, S. Sforza, R. Marchelli, D. Capasso, M. Saviano, C. Pedone, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 12021-12026.
36. V. Menchise, G. De Simone, R. Corradini, S. Sforza, N. Sorrentino, A. Romanelli, M. Saviano, C. Pedone, Acta Crystallogr. Sect. D 2002, 58, 553-555.
37. E. Lescrinier, R. M. Esnouf, J. Schraml, R. Busson, P. Herdewijn, Helv. Chim. Acta 2000, 83, 1291-1310.
38. E. Lescrinier, R. Esnouf, J. Schraml, R. Busson, H. A. Heus, C. W. Hilbers, P. Herdewijn, Chem. Biol. 2000, 7, 719-731.
39. S. Sforza, G. Haaima, R. Marchelli, P. E. Nielsen, Eur. J. Org. Chem. 1999, 197-204.
40. M. Egholm, O. Buchardt, L. Christensen, C. Behrens, S. M. Freier, D. A. Driver, R. H. Berg, S. K. Kim, B. Norden, P. E. Nielsen, Nature 1993, 365, 566-568.
41. S. C. Brown, S. A. Thomson, J. M. Veal, D. G. Davis, Science 1994, 265, 777-780.
42. L. Kerremans, G. Schepers, J. Rozenski, R. Busson, A. Van Aerschot, P. Herdewijn, Org. Lett. 2001, 3, 4129-4132.
43. M. Petersen, K. Bondensgaard, J. Wengel, J. P. Jacobsen, J. Am. Chem. Soc. 2002 124, 5974-5982.
44. V. Menchise, G. De Simone, R. Corradini, S. Sforza, N. Sorrentino, A. Romanelli, M. Saviano, C. Pedone, Acta Crystallogr. Sect. D 2002 58, 553-555.