Structural Basis of the Action of Thermolysin and Related Zinc Peptidases

Accounts of Chemical Research

Volumn 21, Issue 9, 1988, Pages 333-340

  Matthews, Brian W ^a  

^a UNIVERSITY OF OREGON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33845280830     PISSN: 00014842     EISSN: 15204898     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ar00153a003     Document Type: Article

References (64)

1. Endo, S. J. Ferment. Technol. 1962, 40, 346.
2. Titani, K.; Hermodson, M. A.; Ericsson, L. H.; Walsh, K. A.; Neurath, H. Nature (London), New Biol. 1972, 238, 35.
3. Matthews, B. W.; Jansonius, J. N.; Colman, P. M.; Schoenborn, B. P.; Dupourque, D. Nature (London), New Biol. 1972, 238, 37. Matthews, B. W.; Colman, P. M.; Jansonius, J. N.; Titani, K.; Walsh, K. A.; Neurath, H. Nature (London), New Biol. 1972, 238, 41. Colman, P. M.; Jansonius, J. N.; Matthews, B. W. J. Mol. Biol. 1972, 70, 701.
4. Matthews, B. W.; Weaver, L. H.; Kester, W. R. J. Biol. Chem. 1974, 249. 8030.
5. Holmes, M. A.; Matthews, B. W. J. Mol. Biol. 1982, 160, 623.
6. Yang, M. Y.; Ferrari, E.; Henner, D. J. J. Bacteriol. 1984, 160, 15. Takagi, M.; Imanaka, T.; Aiba, S. J. Bacteriol. 1985, 163, 824. Vasantha, N.; Thompson, L. D.; Rhodes, C.; Banner, C.; Nagle, J.; Filpula, D. J. Bacteriol. 1984, 159, 811. Sidler, W.; Niederer, E.; Suter, F.; Zuber, H. Biol. Chem. Hoppe-Seyler 1986, 367, 643.
7. Pauptit, R. A.; Karlsson, R.; Picot, D.; Jenkins, J. A.; NiklausReimer, A. S.; Jansonius, J. N. J. Mol. Biol. 1988, 199, 525.
8. Powers, J. C.; Harper, J. W. Am. Rev. Respir. Dis. 1986, 134, 1092. Benchetrit, T.; Bissery, V.; Mornon, J. P.; Devault, A.; Crine, P.; Roques,. B. P. Biochemistry 1988, 27, 592. Fricker, L. D.; Evans, C. J.; Esch, F. S.; Herbert, E. Nature (London) 1986, 323, 461. Bond, J.; Beynon, R. J. Int. J. Biochem. 1985, 17, 565. Mookhtiar, K. A.; Wang, F.; Van Wart, H. E. Arch. Biochem. Biophys. 1986. 246. 645.
9. Feder, J.; Garrett, L. R.; Wildi, B. S. Biochemistry 1971, 10, 4552.
10. Roche, R. S.; Voordouw, G. CRC Crit. Rev. Biochem. 1978, 6, 1. Corbett, J. T.; Roche, R. S. Biopolymers 1983, 22, 101.
11. Fassina, G.; Vita, C.; Dalzoppo, D.; Zamai, M.; Zambonin, M.; Fontana, A. Eur. J. Biochem. 1986, 156, 221.
12. Voordouw, G.; Roche, R. S. Biochemistry 1974, 13, 5017. Dahlquist, F. W.; Long, J. W.; Bigbee, W. L. Biochemistry 1976, 15, 1103.
13. Weaver, L. H.; Kester, W. R.; Ten Eyck, L. F.; Matthews, B. W. Symposium on Enzymes and Proteins from Thermophilic Microorganisms, Zuber, H., Ed.; Experientia Suppl. 1976, 26, 31.
14. Vita, C.; Dalzoppo, D.; Fontana, A. Biochemistry 1985. 24. 1798.
15. Fontana, A.; Fassina, G.; Vita, C.; Dalzoppo, D.; Zamai, M.; Zambonin, M. Biochemistry 1986. 25. 1847.
16. Kester, W. R.; Matthews, B. W. Biochemistry 1977, 16, 2506.
17. Holmauist. B.: Vallee. B. L. J. Biol. Chem. 1974. 249. 4601.
18. Feder, J.; Auferheide, N.; Wildi, B. S. In Enzymes and Proteins from Thermophilic Microorganisms; Zuber, H., Ed.; Birkhauser Verlag: Basel. Switzerland. 1976: p 31.
19. Holden, H. M.; Matthews, B. W. J. Biol. Chem. 1987, 26, 8553.
20. Suda, H.; Aoyagi, T.; Takeuchi, T.; Umezawa, H. J. Antiobiot. 1973, 26, 621. Komiyama, T.; Suda, H.; Aoyagi, T.; Takeuchi, T.; Umezawa, H.; Fujimoto, K.; Umezawa, S. Arch. Biochem. Biophys. 1975, 171, 727.
21. Weaver, L. H.; Kester, W. R.; Matthews, B. W. J. Mol. Biol. 1977, 114, 119.
22. Tronrud, D. E.; Monzingo, A. F.; Matthews, B. W. Eur. J. Biochem. 1986, 157, 261.
23. Kam, C. M.; Nishino, N.; Powers, J. C. Biochemistry 1979, 18, 3032.
24. Bartlett, P. A.; Marlowe, C. K. Biochemistry 1987, 26, 8553.
25. Holden, H. M.; Tronrud, D. E.; Monzingo, A. F.; Weaver, L. H.; Matthews, B. W. Biochemistry 1987, 26, 8542.
26. Bartlett, P. A.; Marlowe, C. K. Science (Washington, D. C.) 1987, 235, 569.
27. Tronrud, D. E.; Holden, H. M.; Matthews, B. W. Science (Washington, D. C.) 1987, 235, 571.
28. Nishino, N.; Powers, J. C. Biochemistry 1979, 18, 4340.
29. Monzingo, A. F.; Matthews, B. W. Biochemistry 1982, 21, 3390.
30. Byers, L. D.; Wolfenden, R. J. Biol. Chem. 1972, 247, 606.
31. Bolognesi, M. C.; Matthews, B. W. J. Biol. Chem. 1979, 254, 634.
32. Maycock, A. L.; DeSousa, D. M.; Payne, L. G.; ten Broeke, J.; Wu, M. T.; Patchett, A. A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1981, 102, 963.
33. Monzingo, A. F.; Matthews, B. W. Biochemistry 1984.,23, 5724.
34. Nishino.,N.; Powers, J. C. Biochemistry 1978, 17, 2846.
35. Holmes, M. A.; Matthews, B. W. Biochemistry 1981, 20, 6912.
36. Rasnick. D.; Powers. J. C. Biochemistry 1978, 17, 4363.
37. Holmes, M. A.; Tronrud, D. E.; Matthews, B. W. Biochemistry 1983. 22. 236.
38. Rossmann, M. G. J. Appl. Crystallogr. 1979, 12, 225. Schmid, M. F.; Weaver, L. H.; Holmes, M. A.; Grutter, M. G.; Ohlendorf, D. H.; Reynolds, R. A.; Remington, S. J.; Matthews, B. W. Acta Crystallogr., Sect. A. 1981. A37. 701.
39. Tronrud, D. E.; Ten Eyck, L. F.; Matthews, B. W. Acta Crystallogr., Sect. A. 1987, A34, 489.
40. Hangauer, D. G.; Monzingo, A. F.; Matthews, B. W. Biochemistry 1984. 23, 5730.
41. Oyama, K.; Kihara, K.; Nonaka, Y. J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2 1981, 356. Wayne, S. I.; Fruton, J. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1983, 80, 3241. Antonov, V. K.; Ginodman, L. M.; Rumsh, L. D.; Kapitannikov, Y. V.; Barshevskaya, T. N.; Yavashev, L. P.; Gurova, A. G.; Volkova, L. I. Eur. J. Biochem. 1981. 117. 195.
42. Kunugi, S.; Hirohara, H.; Ise, N. Eur. J. Biochem. 1982, 124, 157.
43. The identification of subsites is as introduced by: Schechter, I.; Berger A. Biochem, Biophys. Res. Commun. 1967, 27, 157.
44. Argos, P.; Garavito, R. M.; Eventoff, W.; Rossmann, M. G.; Branden, C. I. J. Mol. Biol. 1978, 126, 141.
45. Robertus, J. D.; Kraut.,J.; Alden, R. A.; Birktoft, J. J. Biochemistry 1972, 11, 4293.
46. Pangburn, M. K.; Walsh, K. A. Biochemistry 1975, 14, 4050.
47. Lipscomb, W. N.; Hartsuck, J. A.; Reeke, G. N., Jr.; Quiocho, F. A.; Bethge, P. H.; Ludwig, M. L.; Steitz, T. A.; Muirhead, H.; Coppola, J. C. Brookhaven Symp. Quant. Biol. 1968, 21, 24. Lipscomb, W. N. Acc. Chem. Res. 1982, 15, 232. Lipscomb, W. N. Annu. Rev. Biochem. 1983, 52. 17.
48. Rees, D. C.; Lipscomb, W. N. J. Mol. Biol. 1982, 160, 475.
49. Kester, W. R.; Matthews, B. W. J. Biol. Chem. 1977, 252, 7704.
50. Breslow, R.; Wernick, D. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1977, 74, 1303. Breslow, R.;Chin, J.; Hilvert, D.; Trainor, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1983. 80. 4585.
51. Geoghegan, K. F.; Holmquist, B.; Spilburg, C. A.; Vallee, B. L. Biochemistry 1983, 22, 1847. Galdes, A.; Auld, D. S.; Vallee, B. L. Biochemistry 1986, 25, 646.
52. chlorocinnamoyl)-L-phenyllactate. Makinen, M. W.; Kuo, L. C.; Dymowski, J.; Jaffer, S. J. Biol. Chem. 1979, 254, 356. Kuo, L. C.; Fukuyama, J. M.; Makinen, M. W. J. Mol. Biol. 1983, 163, 63. Kuo, L. C.; Makinen, M. W. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 5255. Sander, M. E.; Witzel, H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1985, 132, 681. Suh, J.; Hong, S. B.; Chung, S. J. Biol. Chem. 1986, 261, 7112.
53. Gardell, S. J.; Craik, C. S.; Hilvert, D.; Urdea, M. S.; Rutter, W. J. Nature (London) 1985. 317. 551.
54. Breslow, R.; Schepartz, A. Chem. Lett. 1987, 1. Schepartz, A.; Breslow. R. J. Am. Chem. Soc. 1987. 109. 1814.
55. Christianson, D. W.; David, P. R.; Lipscomb, W. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1987, 84, 1512.
56. Christianson, D. W.; Lipscomb, W. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1985, 82, 6840. Christianson, D. W.; Lipscomb, W. N. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 4998.
57. Bash, P A.; Singh, U. C.; Brown, F. K.; Langridge, R.; Kollman, P. A. Science (Washington, D. C.) 1987, 235, 574.
58. Creighton, T. E. Biopolymers 1983. 22. 49.
59. Fersht, A. R.; Shi, J. P.; Knill-Jones, J.; Lowe, D. M.; Wilkinson, A. J.; Blow, D. M.; Brick, P.; Carter, P.; Waye, M. M. Y.; Winter, G. Nature (London) 1985. 314. 235.
60. Fersht, A. R. Trends Biol. Sci. 1987, 12, 301.
61. Rich, D. H. J. Med. Chem. 1985, 28, 263.
62. Ondetti, M. A.; Rubin, B.; Cushman, D. W. Science (Washington, D. C.) 1977, 196, 441. Cushman, D. W.; Cheung, H. S.; Sabo, E. F.; Ondetti, M. A. Biochemistry 1977. 16, 5484.
63. Petrillo. E. W., Jr.; Ondetti, M. A. Med. Res. Rev. 1982, 2, 1.
64. Patchett, A. A.; Harris, E.; Tristham, E. W.; Wyvratt, M. J.; Wu, M. T.; Taub, D.; Peterson, E. R.; Ikeler, T. J.; ten Broeke, J.; Payne, L. G.; Ondeyka, D. L.; Thorsett, E. D.; Greenlee, W. J.; Lohr, N. S.; Hoff-sommer, R. D.; Joshua, H.; Ruyle, W. V.; Rothrock, J. W.; Aster, S. D.; Maycock, A. L.; Robinson, F M.; Hirschmann, R. Nature (London) 1980, 288, 280. Patchett, A. A.; Cordes, E. H. Adv. Enzymol. 1985, 57, 1.