Folding transition-state and denatured-state ensembles of FSD-1 from folding and unfolding simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 43, 2006, Pages 22001-22008

  Lei, Hongxing ^a   Dastidar, Shubhra Ghosh ^a   Duan, Yong ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; ENTROPY; FREE ENERGY; MOLECULAR DYNAMICS;

EARLY-STAGE FOLDING; ENSEMBLE STRUCTURES; NON-NATIVE INTERACTIONS;

PROTEINS;

EID: 33751287348     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp063716a     Document Type: Article

References (45)

1. Lindorff-Larsen, K.; Rogen, P.; Paci, E.; Vendryscolo, M.; Dobson, C. M. Trends Biochem. Sci. 2005, 30, 13.
2. Vendruscolo, M.; Dokholyan, N. V.; Paci, E.; Karplus, M. Phys. Rev. E 2002, 65, 061910.
3. Day, R.; Bennion, B. J.; Ham, S.; Daggett, V. J. Mol. Biol. 2002, 322, 189.
4. Li, A.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 10430.
5. Li, A.; Daggett, V. J. Mol. Biol. 1996, 257, 412.
6. Levitt, M. J. Mol. Biol. 1983, 168, 621.
7. Dastidar, S. G.; Mukhopadhyay, C. Phys. Rev. E 2005, 72, 051928.
8. Sosnick, T. R.; Dothager, R. S.; Krantz, B. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17377.
9. Anil, B.; Sato, S.; Cho, J. H.; Raleigh, D. P. J. Mol. Biol. 2005, 354, 693.
10. Jemth, P.; Day, R.; Gianni, S.; Khan, F.; Allen, M.; Daggett, V.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 2005, 350, 363.
11. Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 1525.
12. Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17327.
13. Fersht, A. R.; Sato, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 7976.
14. Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14338.
15. Mayor, U.; Guydosh, N. R.; Johnson, C. M.; Grossmann, J. G.; Sato, S.; Jas, G. S.; Freund, S. M. V.; Alonso, D. O. V.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Nature 2003, 421, 863.
16. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.
17. Dinner, A. R.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1999, 292, 403.
18. Neri, D.; Billeter, M.; Wider, G.; Wuthrich, K. Science 1992, 257, 1559.
19. Zhang, O.; Formankay, J. D. Biochemistry 1995, 34, 6784.
20. Farrow, N. A.; Zhang, O. W.; Formankay, J. D.; Kay, L. E. Biochemistry 1995, 34, 868.
21. Zhang, O. W.; FormanKay, J. D. Biochemistry 1997, 36, 3959.
22. Kortemme, T.; Kelly, M. J. S.; Kay, L. E.; Forman-Kay, J.; Serrano, L. J. Mol. Biol. 2000, 297, 1217.
23. Zagrovic, B.; Snow, C. D.; Khaliq, S.; Shirts, M. R.; Pande, V. S. J. Mol. Biol. 2002, 323, 153.
24. Dahiyat, B. I.; Mayo, S. L. Science 1997, 278, 82.
25. Dahiyat, B. I.; Sarisky, C. A.; Mayo, S. L. J. Mol. Biol. 1997, 273, 789.
26. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, W. R.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
27. Case, D. A.; Darden, T. A.; T. E. Cheatham, I.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Wang, B.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister, C.; Caldwell, J. W.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 8; University of California: San Francisco, 2004.
28. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999.
29. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T. A.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577.
30. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
31. Onufriev, A.; Case, D. A.; Bashford, D. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1297.
32. Bashford, D.; Case, D. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 129.
33. Lei, H.; Duan, Y. J. Chem. Phys. 2004, 121, 12104.
34. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011.
35. Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1339.
36. Chou, P. Y.; Fasman, G. D. Biochemistry 1974, 13, 211.
37. Sarakatsannis, J. N.; Duan, Y. Proteins 2005, 60, 732.
38. Sarisky, C. A.; Mayo, S. L. J. Mol. Biol. 2001, 307, 1411.
39. Kim, P. S.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biochem. 1982, 59, 631.
40. Ptitsyn, O. B. J. Protein Chem. 1987, 6, 273.
41. Kim, P. S.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biochem. 1990, 59, 631.
42. Plaxco, K. W.; Simons, K. T.; Baker, D. J. Mol. Biol. 1998, 277, 985.
43. Makarov, D. E.; Keller, C. A.; Plaxco, K. W.; Metiu, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 3535.
44. Makarov, D. E.; Plaxco, K. W. Protein Sci. 2003, 12, 17.
45. Weikl, T. R.; Dill, K. A. J. Mol. Biol. 2003, 329, 585.