Can the replacement of a single atom in the enzyme horseradish peroxidase convert it into a monoxygenase? A density functional study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 42, 2006, Pages 20759-20761

  De Visser, Sam P ^a  

^a UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MOLECULAR STRUCTURE; NITROGEN; PHOSPHORUS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION;

BIOENGINEERING; HORSERADISH PEROXIDASE; LIGANDS;

ENZYMES;

EID: 33751265225     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp065660q     Document Type: Article

References (28)

1. See, e.g., (a) Kadish, K. M., Smith, K. M., Guilard, R., Eds.; The Porphyrin Handbook', Academic Press: San Diego, 2000.
2. (b) Meunier, B. In Comprehensive Coordination Chemistry II.; McClaverty, J., Meyer, T. L., Eds.; Elsevier: New York, 2003, Vol. 8, pp 261-280.
3. (a) Berglund, G. I.; Carlsson, G. H.; Smith, A. T.; Szöke, H.; Henriksen, A.; Hajdu, J. Nature (London) 2002, 417, 463-468.
4. (b) Goodin, D. B.; McRee, D. E. Biochemistry 1993, 32, 3313-3324.
5. (a) Sono, M.; Roach, M. P.; Coulter, E. D.; Dawson, J. H. Chem. Rev. 1996, 96, 2841-2887.
6. (b) Woggon, W.-D. Top. Curr. Chem. 1996, 184, 39-96.
7. (c) Groves, J. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3569-3574.
8. (d) Ortiz de Montellano, P. R., Ed. Cytochrome P450: Structure, Mechanism and Biochemistry. 3rd ed.; Kluwer Academic/Plenum Publishers: New York, 2004.
9. (a) Dawson, J. H.; Holm, R. H.; Trudell, J. R.; Barth, G.; Under, R. E.; Bunnenberg, E.; Djerassi, C.; Tang, S. C. J. Am. Chem. Soc., 1976, 98, 3707-3709.
10. (b) Poulos, T. L. J. Biol Inorg. Chem. 1996, 1, 356-359.
11. (c) Shaik, S.; Kumar, D.; de Visser, S. P.; Altun, A.; Thiel, W. Chem. Rev. 2005, 105, 2279-2328.
12. (a) Green, M. T. J. Am. Chem. Soc.. 2000, 122, 9495-9499.
13. (b) de Visser, S. P.; Shaik, S.; Sharma, P. K.; Kumar, D.; Thiel, W. J. Am. Chem. Soc.. 2003, 125, 15779-15788.
14. (a) de Visser, S. P.; Kumar, D.; Cohen, S.; Shacham, R.; Shaik, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 8362-8363.
15. (b) Kumar, D.; de Visser, S. P.; Sharma, P. K.; Hirao, H.; Shaik, S. Biochemistry 2005, 44, 8148-8158.
16. (c) De Visser, S. P. J. Biol. Inorg. Chem. 2006, 11, 168-178.
17. Choudhury, K.; Sundaramoorthy, M.; Hickman, A.; Yonetani, T.; Woehl, E.; Dunn, M. F.; Poulos, T. L. J. Biol. Chem. 1994, 269, 20239-20249.
18. Grundy, J.; Donnadieu, B.; Mathey, F. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 7718-7719.
19. Rosa, P.; Mézailles, N.; Ricard, L.; Mathey, F.; Le Floch, P. Angew. Chem., Int. Ed. 2000, 39, 1823-1826.
20. Jaguar 5.5, Schrödinger, LLC, Portland OR, 2003.
21. (a) Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
22. (b) Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
23. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 299-310.
24. Reed, A. E.; Curtiss, L. A.; Weinhold, F. Chem. Rev. 1988, 88, 899-926.
25. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V. Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A. Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J. Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C. Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J. Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K. Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A. Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W. Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
26. (a) Green, M. T. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10772-10773.
27. (b) Shaik, S.; de Visser, S. P.; Ogliaro, F.; Schwarz, H.; Schröder, D. Curr. Opin. Chem. Biol. 2002, 6, 556-567.
28. Ogliaro, F.; de Visser, S. P.; Groves, J. T.; Shaik, S. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 2874-2878.