Towards high-throughput characterization of small molecule mechanisms of action

Molecular BioSystems

Volumn 2, Issue 12, 2006, Pages 609-620

  Luesch, Hendrik ^a  

^a UNIVERSITY OF FLORIDA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANIMAL; DRUG SCREENING; GENE EXPRESSION PROFILING; GENETICS; GENOME; GENOMICS; HUMAN; METABOLISM; PROTEIN MICROARRAY; PROTEOMICS; REVIEW; YEAST;

ANIMALS; DRUG EVALUATION, PRECLINICAL; GENE EXPRESSION PROFILING; GENOME; GENOMICS; HUMANS; PROTEIN ARRAY ANALYSIS; PROTEOMICS; YEASTS;

MAMMALIA;

EID: 33751107177     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b609384a     Document Type: Review

References (70)

1. T. R. Hughes Funct. Integr. Genomics 2002 2 199 211
2. A. B. Parsons R. Geyer T. R. Hughes C. Boone Prog. Cell Cycle Res. 2003 5 159 166
3. L. Burdine T. Kodadek Chem. Biol. 2004 11 593 597
4. S. L. Forsburg Nat. Rev. Genet. 2001 2 659 668
5. G. Giaever D. D. Shoemaker T. W. Jones H. Liang E. A. Winzeler A. Astromoff R. W. Davis Nat. Genet. 1999 21 278 283
6. P. Y. Lum C. D. Armour S. B. Stepaniants G. Cavet M. K. Wolf J. S. Butler J. C. Hinshaw P. Garnier G. D. Prestwich A. Leonardson P. Garrett-Engele C. M. Rush M. Bard G. Schimmack J. W. Phillips C. J. Roberts D. D. Shoemaker Cell 2004 116 121 137
7. G. Giaever P. Flaherty J. Kumm M. Proctor C. Nislow D. F. Jaramillo A. M. Chu M. I. Jordan A. P. Arkin R. W. Davis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 793 798
8. T. R. Hughes M. J. Marton A. R. Jones C. J. Roberts R. Stoughton C. D. Armour H. A. Bennett E. Coffey H. Dai Y. D. He M. J. Kidd A. M. King M. R. Meyer D. Slade P. Y. Lum S. B. Stepaniants D. D. Shoemaker D. Gachotte K. Chakraburtty J. Simon M. Bard S. H. Friend Cell 2000 102 109 126
9. C. M. H. Watanabe L. Supekova P. G. Schultz Chem. Biol. 2002 9 245 251
10. S. L. Ooi D. D. Shoemaker J. D. Boeke Nat. Genet. 2003 35 277 286
11. A. H. Y. Tong M. Evangelista A. B. Parsons H. Xu G. D. Bader N. Pagé M. Robinson S. Raghibizadeh C. W. V. Hogue H. Bussey B. Andrews M. Tyers C. Boone Science 2001 294 2364 2368
12. A. B. Parsons R. L. Brost H. Ding Z. Li C. Zhang B. Sheikh G. W. Brown P. M. Kane T. R. Hughes C. Boone Nat. Biotechnol. 2004 22 62 69
13. J. Rine W. Hansen E. Hardeman R. W. Davis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1983 80 6750 6754
14. H. Launhardt A. Hinnen T. Munder Yeast 1998 14 935 942
15. H. F. Vahlensieck L. Pridzun H. Reichenbach A. Hinnen Curr. Genet. 1994 25 95 100
16. R. A. Butcher B. S. Bhullar E. O. Perlstein G. Marsischky J. LaBaer S. L. Schreiber Nat. Chem. Biol. 2006 2 103 109
17. H. Luesch T. Y. H. Wu P. Ren N. S. Gray P. G. Schultz F. Supek Chem. Biol. 2005 12 55 63
18. A. L. Hopkins C. R. Groom Nat. Rev. Drug Discovery 2002 1 727 730
19. D. T. Ross U. Scherf M. B. Eisen C. M. Perou C. Rees P. Spellman V. Iyer S. S. Jeffrey M. Van de Rijn M. Waltham A. Pergamenschikov J. C. F. Lee D. Lashkari D. Shalon T. G. Myers J. N. Weinstein D. Botstein P. O. Brown Nat. Genet. 2000 24 227 235
20. U. Scherf D. T. Ross M. Waltham L. H. Smith J. K. Lee L. Tanabe K. W. Kohn W. C. Reinhold T. G. Myers D. T. Andrews D. A. Scudiero M. B. Eisen E. A. Sausville Y. Pommier D. Botstein P. O. Brown J. N. Weinstein Nat. Genet. 2000 24 236 244
21. J. Ziauddin D. M. Sabatini Nature 2001 411 107 110
22. F. Michiels H. van Es L. van Rompaey P. Merchiers B. Francken K. Pittois J. van der Schueren R. Brys J. Vandersmissen F. Beirinckx S. Herman K. Dokic H. Klaassen E. Narinx A. Hagers W. Laenen I. Priest H. Pavliska Y. Rombout E. Langemeijer L. Ma C. Schipper M. De Raeymaeker S. Schweicher M. Jans K. van Beeck I.-R. Tsang O. van de Stolpe P. Tomme Nat. Biotechnol. 2002 20 1154 1157
23. A. Matsuda Y. Suzuki G. Honda S. Muramatsu O. Matsuzaki Y. Nagano T. Doi K. Shimotohno T. Harada E. Nishida H. Hayashi S. Sugano Oncogene 2003 22 3307 3318
24. S. K. Chanda S. White A. P. Orth R. Reisdorph L. Miraglia R. S. Thomas P. DeJesus D. E. Mason Q. Huang R. Vega D.-H. Yu C. G. Nelson B. M. Smith R. Terry A. S. Linford Y. Yu G. Chirn C. Song M. A. Labow D. Cohen F. J. King E. C. Peters P. G. Schultz P. K. Vogt J. B. Hogenesch J. S. Caldwell Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 12153 12158
25. M. D. Conkright G. Canettieri R. Screaton E. Guzman L. Miraglia J. B. Hogenesch M. Montminy Mol. Cell 2003 12 413 423
26. V. Iourgenko W. Zhang C. Mickanin I. Daly C. Jiang J. M. Hexham A. P. Orth L. Miraglia J. Meltzer D. Garza G.-W. Chirn E. McWhinnie D. Cohen J. Skelton R. Terry Y. Yu D. Bodian F. P. Buxton J. Zhu C. Song M. A. Labow Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 12147 12152
27. Q. Huang A. Raya P. DeJesus S.-H. Chao K. C. Quon J. S. Caldwell S. K. Chanda J. C. Izpisua-Belmonte P. G. Schultz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 3456 3461
28. M. Fiscella J. W. Perry B. Teng M. Bloom C. Zhang K. Leung L. Pukac K. Florence A. Concepcion B. Liu Y. Meng C. Chen E. C. Elgin P. Kanakaraj T. E. Kaufmann J. Porter R. Cibotti Y. Mei J. Zhou G. Chen V. Roschke G. Komatsoulis B. Mansfield S. Ruben I. Sanyal T.-S. Migone Nat. Biotechnol. 2003 21 302 307
29. C. Chen K. J. Grzegorzewski S. Barash Q. Zhao H. Schneider Q. Wang M. Singh L. Pukac A. C. Bell R. Duan T. Coleman A. Duttaroy S. Cheng J. Hirsch L. Zhang Y. Lazard C. Fischer M. C. Barber Z.-D. Ma Y.-Q. Zhang P. Reavey L. Zhong B. Teng I. Sanyal S. M. Ruben O. Blondel C. E. Birse Nat. Biotechnol. 2003 21 294 301
30. D. Wan Y. Gong W. Qin P. Zhang J. Li L. Wei X. Zhou H. Li X. Qiu F. Zhong L. He J. Yu G. Yao H. Jiang L. Qian Y. Yu H. Shu X. Chen H. Xu M. Guo Z. Pan Y. Chen C. Ge S. Yang J. Gu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 15724 15729
31. J. Liu A. G. Bang C. Kintner A. P. Orth S. K. Chanda S. Ding P. G. Schultz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 1927 1932
32. J. N. Harada K. E. Bower A. P. Orth S. Callaway C. G. Nelson C. Laris J. B. Hogenesch P. K. Vogt S. K. Chanda Genome Res. 2005 15 1136 1144
33. C. Y. Cho S.-H. Koo Y. Wang S. Callaway S. Hedrick P. A. Mak A. P. Orth E. C. Peters E. Saez M. Montminy P. G. Schultz S. K. Chanda Cell Metab. 2006 3 367 378
34. P. Aza-Blanc C. L. Cooper K. Wagner S. Batalov Q. L. Deveraux M. P. Cooke Mol. Cell 2003 12 627 637
35. A. C. Hsieh R. Bo J. Manola F. Vazquez O. Bare A. Khvorova S. Scaringe W. R. Sellers Nucleic Acids Res. 2004 32 893 901
36. P. J. Paddison J. M. Silva D. S. Conklin M. Schlabach M. Li S. Aruleba V. Balija A. O'Shaughnessy L. Gnoj K. Scobie K. Chang T. Westbrook M. Cleary R. Sachidanandam W. R. McCombie S. J. Elledge G. J. Hannon Nature 2004 428 427 431
37. K. Berns E. M. Hijmans J. Mullenders T. R. Brummelkamp A. Velds M. Heimerikx R. M. Kerkhoven M. Madiredjo W. Nijkamp B. Weigelt R. Agami W. Ge G. Cavet P. S. Linsley R. L. Beijersbergen R. Bernards Nature 2004 428 431 437
38. R. Kittler G. Putz L. Pelletier I. Poser A. K. Heninger D. Drechsel S. Fischer I. Konstantinova B. Habermann H. Grabner M. L. Yaspo H. Himmelbauer B. Korn K. Neugebauer M. T. Pisabarro F. Buchholz Nature 2004 432 1036 1040
39. L. Zheng J. Liu S. Batalov D. Zhou A. Orth S. Ding P. G. Schultz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 135 140
40. J. P. MacKeigan L. O. Murphy J. Blenis Nat. Cell Biol. 2005 7 591 600
41. T. F. Westbrook E. S. Martin M. R. Schlabach Y. Leng A. C. Liang B. Feng J. J. Zhao T. M. Roberts G. Mandel G. J. Hannon R. A. Depinho L. Chin S. J. Elledge Cell 2005 121 837 848
42. I. G. Kolfschoten B. van Leeuwen K. Berns J. Mullenders R. L. Beijersbergen R. Bernards P. M. Voorhoeve R. Agami Cell 2005 121 849 858
43. C. S. Collins J. Hong L. Sapinosa Y. Zhou Z. Liu K. Micklash P. G. Schultz G. M. Hampton Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 3775 3780
44. V. N. Ngo R. E. Davis L. Lamy X. Yu H. Zhao G. Lenz L. T. Lam S. Dave L. Yang J. Powell L. M. Staudt Nature 2006 441 106 110
45. R. T. Schimke J. Biol. Chem. 1988 263 5989 5992
46. B. K. Choy G. A. McClarty A. K. Chan L. Thelander J. A. Wright Cancer Res. 1988 48 2029 2035
47. H. Luesch S. K. Chanda R. M. Raya P. D. DeJesus A. P. Orth J. R. Walker J. C. Izpisúa Belmonte P. G. Schultz Nat. Chem. Biol. 2006 2 158 167
48. T. R. Brummelkamp A. M. W. Fabius J. Mullender M. Madiredjo A. Velds R. M. Kerkhoven R. Bernards R. L. Beijersbergen Nat. Chem. Biol. 2006 2 202 206
49. E. J. Kunkel M. Dea A. Ebens E. Hytopoulos J. Melrose D. Nguyen K. S. Ota I. Plavec Y. Wang S. R. Watson E. C. Butcher E. L. Berg FASEB J. 2004 18 1279 1281
50. H. Towbin K. W. Blair J. A. DeCaprio M. J. Eck S. Kim F. R. Kinder A. Morollo D. R. Mueller P. Schindler H. K. Song J. van Oostrum R. W. Versace H. Voshol J. Wood S. Zabludoff P. E. Phillips J. Biol. Chem. 2003 52 52964 52971
51. A. R. Salomon S. B. Ficarro L. M. Brill A. Brinker Q. T. Phung C. Ericson K. Sauer A. Brock D. M. Horn P. G. Schultz E. C. Peters Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 443 448
52. S. B. Ficarro A. R. Salomon L. M. Brill D. E. Mason M. Stettler-Gill A. Brock E. C. Peters Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005 19 57 71
53. T. Kaletta M. O. Hengartner Nat. Rev. Drug Discovery 2006 5 387 399
54. R. Ranganathan E. R. Sawin C. Trent H. R. Horvitz J. Neurosci. 2001 21 5871 5884
55. T. C. Y. Kwok N. Ricker R. Fraser A. W. Chan A. Burns E. F. Stanley P. McCourt S. R. Cutler P. J. Roy Nature 2006 441 91 95
56. J. Taunton C. A. Hassig S. L. Schreiber Science 1996 272 408 411
57. S. Ding T. Y. H. Wu A. Brinker E. C. Peters W. Hur N. S. Gray P. G. Schultz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 7632 7637
58. M. Knockaert N. Gray E. Damiens Y.-T. Chang P. Grellier K. Grant D. Fergusson J. Mottram M. Soete J.-F. Dubremetz K. Le Roch C. Doerig P. G. Schultz L. Meijer Chem. Biol. 2000 7 411 422
59. Y. Wan W. Hur C. Y. Cho Y. Liu F. J. Adrian O. Lozach S. Bach T. Mayer D. Fabbro L. Meijer N. S. Gray Chem. Biol. 2004 11 247 259
60. P. P. Sche K. M. McKenzie J. D. White D. J. Austin Chem. Biol. 1999 6 707 716
61. D. J. Rodi R. W. Janes H. J. Sanganee R. A. Holton B. A. Wallace L. Makowski J. Mol. Biol. 1999 285 197 203
62. Y. Oda T. Owa T. Sato B. Boucher S. Daniels H. Yamanaka Y. Shinohara A. Yokoi J. Kuromitsu T. Nagasu Anal. Chem. 2003 75 2159 2165
63. H. Tanaka N. Ohshima H. Hidaka Mol. Pharmacol. 1999 55 356 363
64. J. K. Chen J. Taipale M. K. Cooper P. A. Beachy Genes Dev. 2002 16 2743 2748
65. E. J. Licitra J. O. Liu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 12817 12821
66. F. Becker K. Murthi C. Smith J. Come N. Costa-Roldán C. Kaufmann U. Hanke C. Degenhart S. Baumann W. Wallner A. Huber S. Dedier S. Dill D. Kinsman M. Hediger N. Bockovich S. Meier-Ewert A. F. Kluge N. Kley Chem. Biol. 2004 11 211 223
67. G. MacBeath S. L. Schreiber Science 2000 289 1760 1763
68. H. Zhu M. Bilgin R. Bangham D. Hall A. Casamayor P. Bertone N. Lan R. Jansen S. Bidlingmaier T. Houfek T. Mitchell P. Miller R. A. Dean M. Gerstein M. Snyder Science 293 2101 2105
69. L. M. Raamsdonk B. Teusink D. Broadhurst N. Zhang A. Hayes M. C. Walsh J. A. Berden K. M. Brindle D. B. Kell J. J. Rowland H. V. Westerhoff K. van Dam S. G. Oliver Nat. Biotechnol. 2001 19 45 50
70. S. M. Watkins P. R. Reifsnyder H. J. Pan J. B. German E. H. Leiter J. Lipid Res. 2002 43 1809 1817