DFT study of the electronic properties of DNA - DNA and PNA - DNA double strands

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 106, Issue 15, 2006, Pages 3278-3287

  Natsume, Takayuki ^a   Ishikawa, Yasuyuki ^b   Dedachi, Kenichi ^a   Tsukamoto, Takayuki ^a   Kurita, Noriyuki ^a  

^a TOYOHASHI UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Japan)

^b UNIVERSITY OF PUERTO RICO   (Puerto Rico)

Author keywords

DFT; DNA; PNA

Indexed keywords

BINDING ENERGY; ELECTRONIC PROPERTIES; MOLECULAR STRUCTURE; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; THERMODYNAMIC STABILITY;

DNA SEQUENCING; DOUBLE STRANDS; HIGHEST OCCUPIED MOLECULAR ORBITAL-LOWEST UNOCCUPIED MOLECULAR ORBITAL (HOMO-LUMO);

DNA;

EID: 33750910873     PISSN: 00207608     EISSN: 1097461X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.21168     Document Type: Conference Paper

References (17)

1. Wang, J.; Nielsen, P. E.; Jiang, M.; Cai, X.; Fernandez, J. R.; Grant, D. H.; Ozsoz, M.; Beglieter, A.; Mowat, M. Anal Chem 1997, 69, 5200.
2. Egholm, M.; Buchardt, O.; Christensen, L.; Behrens, C.; Freier, S. M.; Driver, D. A.; Berg, R. H.; Kim, S. K.; Norden, B.; Nielsen, P. E. Nature 1993, 365, 566.
3. Natsume T.; Ishikawa Y.; Dedachi K.; Kurita N. Chem Phys Lett 2005, 418, 239.
4. HyperChem 6.03, Hyper cube: Gainesville, FL, 2000.
5. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J Am Chem Soc 1995, 117, 5179.
6. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, Jr., J. A.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03; Revision B.04; Gaussian: Pittsburgh, PA, 2003.
7. Delley, B. J Chem Phys 1990, 92, 508.
8. Delley, B. J Chem Phys 2000, 113, 7756.
9. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys Rev Lett 1996, 77, 3865.
10. Sen, S.; Nilsson, L. J Am Chem Soc 1998, 120, 619.
11. Eriksson, M.; Nielsen, P. E. Nat Struct Biol 1996, 3, 410.
12. Rasmussen, H.; Kastrup, J. S.; Nielsen, J. N.; Nielsen, J. M.; Nielsen, P. E. Nat Struct Biol 1997, 4, 98.
13. Klamt, A.; Schüürmann, G. J Chem Soc 1993, 2, 799.
14. Besler, B. H.; Merz, K.M.; Kollman, P.A. J Comp Chem 1990, 11, 431.
15. Mulliken, R. S. J Chem Phys 1955, 23, 1833.
16. Hirshfeld, F. L. Theor Chim Acta B 1977, 44, 129.
17. Singh, C. U.; Kollman, P. A. J Comp Chem 1984, 5, 129.