Toward an understanding of the drug-DNA recognition mechanism. Hydrogen-bond strength in netropsin-DNA complexes

Journal of Physical Chemistry

Volumn 100, Issue 27, 1996, Pages 11480-11487

  Alemán, Carlos ^a   Vega, M Cristina ^b   Tabernero, Lydia ^c   Bella, Jordi ^d  

^a UNIVERSITAT POLITÈCNICA DE CATALUNYA   (Spain)

^b DEPT OF ENVIRONMENTAL CHEMISTRY   (Spain)

^c RUTGERS UNIVERSITY   (United States)

^d RUTGERS UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33748469341     PISSN: 00223654     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp960126b     Document Type: Article

References (59)

1. Brown, D. G.; Sanderson, M. R.; Skelly, J. V.; Jenkins, T. C.; Brown, T.; Garman, E.; Stuart, D. I.; Neidle, S. EMBO J. 1990, 9, 1329.
2. Brown, D. G.; Sanderson, M. R.; Garman, E.; Neidle, S. J. Mol. Biol. 1992, 226, 481.
3. Coll, M.; Frederick, C. A.; Wang, A. H.-J.; Rich, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 8385.
4. Coll, M.; Aymami, J.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Rich, A.; Wang, A. H.-J. Biochemistry 1989, 28, 310.
5. Larsen, T. A.; Goodsell, D. S.; Cascio, D.; Grzeskowiak, K.; Dickerson, R. E. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 7, 477.
6. Kennard, O.; Hunter, W. N. Quart. Rev. Biophys. 1989, 22, 327.
7. Kopka, M. L.; Yoon, C.; Goodsell, D.; Pjura, P.; Dickerson, R. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1985, 82, 1376.
8. Nunn, C. M.; Jenkins, T. C.; Neidle, S. Biochemistry 1993, 32, 13838.
9. Pjura, P. E.; Grzeskoviak, K.; Dickerson, R. E. J. Mol. Biol. 1987, 197, 257.
10. Quintana, J. R.; Lipanov, A. A.; Dickerson, R. E. Biochemistry 1991, 30, 10294.
11. Sriram, M.; van der Marel, G. A.; Roelen, H. L. P. F.; van Boom, J. H.; Wang, A. H.-J. EMBO J. 1992, 11, 225.
12. Tabernero, L.; Verdaguer, N.; Coll, M.; Fita, I.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Rich, A.; Aymami, J. Biochemistry 1993, 32, 8403.
13. Teng, M.; Usmann, N.; Frederick, C. A.; Wang, A. H.-J. Nucleics Acids Res. 1988, 16, 2671.
14. Vega, M. C.; García-Sáez, I.; Aymamí, J.; Eritja, R.; van der Marel, G. A.; van Boom, J. H.; Rich, A.; Coll, M. Eur. J. Biochem. 1994, 222, 721.
15. Jenkins, T. C.; Lane, A. N.; Neidle, S.; Brown, D. G. Eur. J. Biochem. 1993, 213, 1175.
16. Lane, A. N.; Jenkins, T. C.; Brown, T.; Neidle, S. Biochemistry 1991, 30, 1372.
17. Klevit, R. E.; Wemmer, D. E.; Reid, B. R. Biochemistry 1986, 25, 3296.
18. Liquier, J.; Mchami, A.; Taillandier, E. J. Biomol. Struct. Dyn. 1989, 7, 119.
19. Patel, D. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1982, 79, 6424.
20. Portugal, J.; Waring, M. J. Eur. J. Biochem. 1987, 167, 281.
21. Taylor, J. S.; Schultz, P. G.; Dervan, P. B. Tetrahedrom 1984, 40, 457.
22. Berman, H. M.; Neidle, S.; Zimmer, C.; Thurm, H. Biochem. Biophys. Acta 1979, 561, 124.
23. Caldwell, J.; Kollman, P. A. Biopolymers 1986, 25, 249.
24. Wartell, R. M.; Larson, J. E.; wells, R. D. J. Biol. Chem. 1974, 249, 6719.
25. Zakrzewska, K.; Lavery, R.; Pullman, B. Nucleic Acids. Res. 1984, 11, 8825.
26. Zimmer, Ch. In Progress in nucleic acids research and molecular biology, Cohn, W. E., Ed.; Academic Press: New York, 1975; p 285.
27. Baguley, B. C. Mol. Cel. Biochem. 1982, 43, 167.
28. Braithwaite, A. W.; Baguley, B. C. Biochemistry 1980, 19, 1011.
29. Momany, F. A. J. Phys.Chem. 1978, 82, 592.
30. Hariharam, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 203.
31. Connolly, M. QCPE Bull. 1981, 1, 75.
32. Binkely, J. S.; Pople, J. A.; Hehre, W. J. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 939.
33. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
34. Miertus, S.; Scrocco, E.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1981, 55, 117.
35. Miertus, S.; Tomasi, J. Chem. Phys. 1982, 65, 239.
36. Luque, F. J.; Negre, M.; Orozco, M. J. Phys. Chem. 1993, 97, 4386.
37. Orozco, M.; Jorgensen, W. L.; Luque, F. J. J. Comp. Chem. 1993, 14, 1498.
38. Pierotti, R. A. Chem. Rev. 1976, 76, 717.
39. Floris, F. M.; Tomasi, J.; Pascual-Ahuir, J. L. J. Comp. Chem. 1991, 12, 784.
40. Negre, M.; Orozco, M.; Luque, F. J. Chem. Phys. Lett. 1992, 196, 27.
41. Pascual-Ahuir, J. L.; Silla, E.; Tomasi, J.; Bonaccorsi, R. J. Comp. Chem. 1987, 8, 778.
42. Gao, J.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Chem. Phys 1993, 98, 2975.
43. Bachs, M.; Luque, F. J.; Orozco, M. J. Comp. Chem. 1994, 15, 446.
44. Berman, H. M.; Olson, W. K.; Beveridge, D. L.; Westbrook, J.; Gelbin, A.; Demeny, T.; Hsieh, S.-H.; Srinivasan, A. R.; Scheneider, B. Biophys. J. 1992, 65, 751.
45. Sack, J. S. J. Mol. Graphics 1988, 6, 244.
46. Frisch, M.; Trucks, G. W.; Head-Gordon, M.; Gill, P. M. W.; Wong, M. W.; Foresman, J. B.; Johnson, B. G.; Schlegel, H. B.; Robb, M. A.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Andres, J. L.; Raghavachari, K.; Binkley, J. S.; González, C.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. J. P.; Pople, J. A. Gaussian-92, Revision F.4, Gaussian Inc., Pittsburgh, PA, 1992.
47. Cammi, R.; Bonaccorsi, R.; Tomasi, J. 1987. Modified version of MonsterGauss. Peterson, M.; Poirier, R. University of Toronto, Ontario, Canada.
48. Stewart, J. J. P. QCPE Bull. 1983, 4, 109.
49. Luque, F. J.; Orozco, M. MOPAC/CMS computer program. University of Barcelona, 1992.
50. Orozco, M.; Luque, F. J. MOPETE/MOPFIT computer programs. University of Barcelona, 1992.
51. Brünger, A. T.; Kuriyan, J.; Karplus, M. Science 1987, 235, 458.
52. Jenkins, T. C.; Parrick, J.; Porssa, M. Anti-Cancer Drug Des. 1994, 9, 477.
53. Hrouda, V.; Floriani, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1993, 97, 1542.
54. Gould, I. R.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 2493.
55. Neusheuser, T.; Hess, B. A.; Reutel, C.; Weber, E. J. Phys. Chem. 1994, 98, 6459.
56. Novoa, J. J.; Planas, M.; Whangbo, M.-H. Chem. Phys. Lett. 1994, 225, 240.
57. Sponer, J.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 709.
58. Orozco, M.; Luque, F. J. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 1378.
59. Alemán, C.; Navarro, E.; Puiggalí, J. J. Org. Chem. 1995, 60, 6135.