Catalytic reaction mechanism of oxalate oxidase (Germin). A hybrid DFT study

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 1, Issue 4, 2005, Pages 686-693

  Borowski, Tomasz ^a   Bassan, Arianna ^a   Richards, Nigel G J ^b   Siegbahn, Per E M ^a  

^a STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

^b University of Florida ^*  (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33748260905     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct050041r     Document Type: Article

References (33)

1. Lane, B.; Dunwell, J.; Ray, J.; Schmitt, M.; Cuming, A. J. Biol. Chem. 1993, 268, 12239-12242.
2. Svedruzic, D.; Jonsson, S.; Toyota, C. G.; Reinhardt, L. A.; Ricagno, S.; Lindqvist, Y.; Richards, N. G. J. Arch. Biochem. Biophys. 2005, 433, 176-192.
3. Woo, E.-J.; Dunwell, J. M.; Goodenough, P. W.; Pickersgill, R. W. FEBS Lett. 1998, 437, 87-90.
4. Requena, L.; Bornemann, S. Biochem. J. 1999, 343 Pt 1, 185-190.
5. Kotsira, V.; Clonis, Y. Arch. Biochem. Biophys. 1997, 340, 239-249.
6. Whittaker, M. M.; Whittaker, J. W. J. Biol. Inorg. Chem. 2002, 7, 136-145.
7. Tanner, A.; Bowater, L.; Fairhurst, S.; Bornemann, S. J. Biol. Chem. 2001, 276, 43627-43634.
8. Woo, E.; Dunwell, J.; Goodenough, P.; Marvier, A.; Pickersgill, R. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 1036-1040.
9. Dunwell, J. M.; Purvis, A.; Khuri, S. Phytochemistry 2004, 65, 7-17.
10. Schwarzenbacher, R. et al. Proteins 2004, 56, 392-395.
11. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
12. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. 1988, B37, 785-789.
13. Frisch, M. J. et al. Gaussian 03, Revision B.03, Gaussian Inc., Pittsburgh, PA, 2003.
14. Schrödinger, Inc., Portland, Oregon JAGUAR 4.0, 2000.
15. Tannor, D. J.; Marten, B.; Murphy, R.; Friesner, R. A.; Sitkoff, D.; Nicholls, A.; Ringnalda, M.; Goddard III, W. A.; Honig, B. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11875-11882.
16. Marten, B.; Kim, K.; Cortis, C.; Friesner, R. A.; Murphy, R.; Ringnalda, M.; Sitkoff, D.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1996, 100, 11775-11788.
17. Harvey, J. N.; Aschi, M.; Schwarz, H.; Koch, W. Theor. Chem. Acc. 1998, 99, 95-99.
18. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K.; Su, S.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347-1363.
19. Koseki, S.; Schmidt, M. W.; Gordon, M. S. J. Phys. Chem. 1992, 96, 10768-10772.
20. Koseki, S.; Gordon, M. S.; Schmidt, M. W.; Matsunaga, N. J. Phys. Chem. 1995, 99, 12764-12772.
21. Nakamura, H. J. Chem. Phys. 1987, 87, 4031-4041.
22. Mouesca, J. M.; Chen, J. L.; Noodleman, L.; Bashford, D.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11898-11914.
23. Ciofini, I.; A., D. C. Coord. Chem. Rev. 2003, 238-239, 187-209.
24. Siegbahn, P. E. M.; Blomberg, M. R. A. Chem. Rev. 2000, 100, 421-437.
25. Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 9375-9386.
26. Siegbahn, P. E. M. Q. Rev. Biophys. 2003, 36, 91-145.
27. Jensen, K. P.; Ryde, U. J. Biol. Chem. 2004, 279, 14561-14569.
28. Lundberg, M.; Siegbahn, P. Chem. Phys. Lett. 2005, 401, 347-351.
29. Bassan, A.; Borowski, T.; Siegbahn, P. E. M. Dalton Trans. 2004, 20, 3153-3162.
30. Hashimoto, K.; Nagatomo, S.; Fujinami, S.; Furutachi, H.; Ogo, S.; Suzuki, M.; Uehara, A.; Maeda, Y.; Watanabe, Y.; Kitagawa, T. Angew. Chem. 2002, 114, 1250-1253.
31. Borowski, T.; Bassan, A.; Siegbahn, P. E. M. Biochemistry 2004, 43, 12331-12342.
32. Borowski, T.; Bassan, A.; Siegbahn, P. E. M. Chem. Eur. J. 2004, 10, 1031-1041.
33. Borowski, T.; Bassan, A.; Siegbahn, P. E. M. Inorg. Chem. 2004, 43, 3277-3291.