Technical problems and practical operations in plant metabolomics

Journal of Pesticide Science

Volumn 31, Issue 3, 2006, Pages 300-304

  Bamba, Takeshi ^a   Fukusaki, Eiichiro ^a  

^a OSAKA UNIVERSITY   (Japan)

Author keywords

Chemometrics; Mass spectrometry; Metabolic fingerprinting; Metabolite profiling; Metabolome; Metabolomics

Indexed keywords

EID: 33747817029     PISSN: 1348589X     EISSN: 1348589X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1584/jpestics.31.300     Document Type: Review

References (49)

1. O. Fiehn: Plant. Mol. Biol. 48, 155-171 (2002).
2. R. Hall, M. Beale, O. Fiehn, N. Hardy, L. Sumner and R. Bino: Plant Cell 14, 1437-1440 (2002).
3. W. Weckwerth: Annu. Rev. Plant. Biol. 54, 669-689 (2003).
4. L. W. Sumner, P. Mendes and R. A. Dixon: Phytochemistry 62, 817-836 (2003).
5. R. J. Bino, R. D. Hall, O. Fiehn, J. Kopka, K. Saito, J. Draper, B. J. Nikolau, P. Mendes, U. Roessner-Tunali, M. H. Beale, R. N. Trethewey, B. M. Lange, E. S. Wurtele and L. W. Sumner: Trends Plant Sci. 9, 418-425 (2004).
6. S. Landini, M. Y. Graham and T. L. Graham: Phytochemistry 62, 865-874 (2003).
7. J. Burns, P. D. Fraser and P. M. Bramley: Phytochemistry 62, 939-947 (2003).
8. M. Stobiecki, I. Matysiak-Kata, R. Franski, J. Skala and J. Szopa: Phytochemistry 62, 959-969 (2003).
9. M. Y. Hirai, M. Yano, D. B. Goodenowe, S. Kanaya, T. Kimura, M. Awazuhara, M. Arita, T. Fujiwara and K. Saito: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 10205-10210 (2004).
10. G. S. Catchpole, M. Beckmann, D. P. Enot, M. Mondhe, B. Zywicki, J. Taylor, N. Hardy, A. Smith, R. D. King, D. B. Kell, O. Fiehn and J. Draper: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 14458-14462 (2005).
11. T. Soga, R. Baran, M. Suematsu, Y. Ueno, S. Ikeda, T. Sakurakawa, Y. Kakazu, T. Ishikawa, M. Robert, T. Nishioka and M. Tomita: J. Biol. Chem. 281, 16768-16776 (2006)
12. R. Goodacre, E. V. York, J. K. Heald and I. M. Scott: Phytochemistry 62, 859-863 (2003).
13. H. E. Johnson, D. Broadhurst, R. Goodacre and A. R. Smith: Phytochemistry 62, 919-928 (2003).
14. J. L. Ward, C. Harris, J. Lewis and M. H. Beale: Phytochemistry 62, 949-957 (2003).
15. S. G. Villas-Boas, S. Mas, M. Akesson, J. Smedsgaard and J. Nielsen: Mass Spectrom. Rev. 24, 613-646 (2005).
16. C. Wagner, M. Sefkow and J. Kopka: Phytochemistry 62, 887-900 (2003).
17. O. Fiehn, J. Kopka, P. Dormann, T. Altmann, R. N. Trethewey and L. Willmitzer: Nat. Biotechnol. 18, 1157-1161 (2000).
18. J. Lopez-Cervantes, D. I. Sanchez-Machado and J. A. Rosas-Rodriguez: J. Chromatogr. A 1105, 106-110 (2006).
19. K. Blau: "Handbook of Derivatives for Chromatography," ed. by K. Blau and J. M. Hanlket, 2nd ed., John Wiley & Sons Inc., Great Britain, 1993.
20. J. Gullberg, P. Jonsson, A. Nordstrom, M. Sjostrom and T. Moritz: Anal. Biochem. 331, 283-295 (2004).
21. E. Gidman, R. Goodacre, B. Emmett, A. R. Smith and D. Gwynn-Jones: Phytochemistry 63, 705-710 (2003).
22. H. E. Johnson, D. Broadhurst, D. B. Kell, M. K. Theodorou, R. J. Merry and G. W. Griffith: Appl. Environ. Microbiol. 70, 1583-1592 (2004).
23. N. J. Bailey, M. Oven, E. Holmes, J. K. Nicholson and M. H. Zenk: Phytochemistry 62, 851-858 (2003).
24. K. H. Ott, N. Aranibar, B. Singh and G. W. Stockton: Phytochemistry 62, 971-985 (2003).
25. T. Bamba, E. Fukusaki, Y. Nakazawa and A. Kobayashi: Planta 215, 934-939 (2002).
26. R. King, R. Bonfiglio, C. Fernandez-Metzler, C. Miller-Stein and T. Olah: J. Am. Soc. Mass Spectrom. 11, 942-950 (2000).
27. C. Mueller, P. Schaefer, M. Stoertzel, S. Vogt and W. Weinmann: J. Chromatogr. B 773, 47-52 (2002).
28. V. V. Tolstikov and O. Fiehn: Anal. Biochem. 301, 298-307 (2002).
29. V. V. Tolstikov, A. Lommen, K. Nakanishi, N. Tanaka and O. Fiehn: Anal. Chem. 75, 6737-6740 (2003).
30. I. D. Wilson, R. Plumb, J. Granger, H. Major, R. Williams and E. M. Lenz: J. Chromatogr. B 817, 67-76 (2005).
31. N. Tanaka, H. Kobayashi, K. Nakanishi, H. Minakuchi and N. Ishizuka: Anal. Chem. 73, 420A-429A (2001).
32. N. Tanaka, H. Kobayashi, N. Ishizuka, H. Minakuchi, K. Nakanishi, K. Hosoya and T. Ikegami: J. Chromatogr. A 965, 35-49 (2002).
33. T. Bamba, E. Fukusaki, Y. Nakazawa and A. Kobayashi: J. Sep. Sci. 27, 293-296 (2004).
34. T. Bamba, E. Fukusaki, H. Minakuchi, Y. Nakazawa and A. Kobayashi: J. Lipid Res. 46, 2295-2298 (2005).
35. N. Tanaka, H. Kimura, D. Tokuda, K. Hosoya, T. Ikegami, N. Ishizuka, H. Minakuchi, K. Nakanishi, Y. Shintani, M. Furuno and K. Cabrera: Anal. Chem. 76, 1273-1281 (2004).
36. T. Ikegami, T. Hara, H. Kimura, H. Kobayashi, K. Hosoya, K. Cabrera, N. Tanaka: J. Chromatogr. A 1106, 112-117 (2006).
37. D. K. Han, J. Eng, H. Zhou and R. Aebersold: Nat. Biotechnol. 19, 946-951 (2001).
38. E. Fukusaki, K. Harada, T. Bamba and A. Kobayashi: J. Biosci. Bioeng. 99, 75-77 (2005).
39. J. K. Kim, K. Harada, T. Bamba, E. Fukusaki and A. Kobayashi: Biosci. Biotech. Biochem. 69, 1331-1340 (2005).
40. A. Nordstrom, G. O'Maille, C. Qin and G. Siuzdak: Anal. Chem. 78, 3289-3295 (2006).
41. T. Soga, Y. Ohashi, Y. Ueno, H. Naraoka, M. Tomita and T. Nishioka: J. Proteome Res. 2, 488-494 (2003).
42. E. Fukusaki, K. Jumtee, T. Bamba, T. Yamaji and A. Kobayashi: Z. Naturforsch. 61c, 267-272 (2006).
43. P. Jonsson, J. Gullberg, A. Nordstrom, M. Kusano, M. Kowalczyk, M. Sjostrom and T. Moritz: Anal. Chem. 76, 1738-1745 (2004).
44. P. Jonsson, A. I. Johansson, J. Gullberg, J. Trygg, J. A. B. Grung, S. Marklund, M. Sjostrom, H. Antti and T. Moritz: Anal. Chem. 77, 5635-5642 (2005).
45. P. Jonsson, E. S. Johansson, A. Wuolikainen, J. Lindberg, I. Schuppe-Koistinen, M. Kusano, M. Sjostrom, J. Trygg, T. Moritz and H. Antti: J. Proteome Res. 5, 1407-1414 (2006).
46. MSFACTs, http://www.noble.org/PlantBio/MS/MSFACTs/MSFACTs.html
47. metAlign, http://www.metalign.nl
48. MZmine, http://mzmine.sourceforge.net/
49. L. M. Raamsdonk, B. Teusink, D. Broadhurst, N. Zhang, A. Hayes, M. C. Walsh, J. A. Berden, K. M. Brindle, D. B. Kell, J. J. Rowland, H. V. Westerhoff, K. van Dam and S. G. Oliver: Nat. Biotechnol. 19, 45-50 (2001).