Early events in protein folding explored by rapid mixing methods

Chemical Reviews

Volumn 106, Issue 5, 2006, Pages 1836-1861

  Roder, Heinrich ^a,b   Maki, Kosuke ^a,c   Cheng, Hong ^a  

^a FOX CHASE CANCER CENTER   (United States)

^b UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

^c UNIVERSITY OF TOKYO   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; MIXING; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEINS;

PROTEIN FOLDING; RAPID MIXING;

MOLECULAR DYNAMICS;

FLUORESCENT DYE; PROTEIN;

CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CIRCULAR DICHROISM; ENERGY TRANSFER; FLUORESCENCE; KINETICS; METHODOLOGY; PROTEIN FOLDING; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; RAMAN SPECTROMETRY; REVIEW; THERMODYNAMICS;

CIRCULAR DICHROISM; ENERGY TRANSFER; FLUORESCENCE; FLUORESCENT DYES; KINETICS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; PROTEINS; SPECTRUM ANALYSIS, RAMAN; THERMODYNAMICS;

EID: 33744937937     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr040430y     Document Type: Review

References (266)

1. Tanford, C. Adv. Protein Chem. 1968, 23, 121.
2. Privalov, P. L. Adv. Protein Sci. 1979, 33, 167.
3. Creighton, T. E. Biochem. J. 1990, 270, 1.
4. Ptitsyn, O. B. Adv. Protein Chem. 1995, 47, 83.
5. Kuwajima, K. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1989, 6, 87.
6. Fink, A. L. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1995, 24, 495.
7. Privalov, P. L. J. Mol. Biol. 1996, 258, 707.
8. Dill, K. A.; Bromberg, S.; Yue, K.; Fiebig, K. M.; Yee, D. P.; Thomas, P. D.; Chan, H. S. Protein Sci. 1995, 4, 561.
9. Sali, A.; Shaknovich, E.; Karplus, M. Nature 1994, 369, 248.
10. Roder, H.; Colón, W. Curr. Opin. Struct. Biol. 1997, 7, 15.
11. Clarke, A. R.; Waltho, J. P. Curr. Opin. Biotechnol. 1997, 8, 400.
12. Bilsel, O.; Matthews, C. R. Adv. Protein Chem. 2000, 53, 153.
13. Sanchez, I. E.; Kiefhaber, T. J. Mol. Biol. 2003, 325, 367.
14. Roder, H.; Maki, K.; Latypov, R. F.; Cheng, H.; Shastry, M. C. R. In Protein folding handbook. Part I.; Buchner, J., Kiefhaber, T., Eds.; Wiley-VCH: Weinheim, Germany, 2005.
15. Prusiner, S. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 13363.
16. Kelly, J. W. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 824.
17. Rochet, J. C.; Lansbury, P. T., Jr. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 60.
18. Selkoe, D. J. Nature 2003, 426, 900.
19. Dobson, C. M. Nature 2003, 426, 884.
20. Kuwata, K.; Matumoto, T.; Cheng, H.; Nagayama, K.; James, T. L.; Roder, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 14790.
21. Joerger, A. C.; Ang, H. C.; Veprintsev, D. B.; Blair, C. M.; Fersht, A. R. J. Biol. Chem. 2005, 280, 16030.
22. Betz, S. F.; Raleigh, D. P.; DeGrado, W. F. Curr. Opin. Struct. Biol. 1993, 3, 601.
23. Hill, R. B.; Raleigh, D. P.; Lombardi, A.; DeGrado, W. F. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 745.
24. Spiess, C.; Meyer, A. S.; Reissmann, S.; Frydman, J. Trends Cell. Biol. 2004, 14, 598.
25. Young, J. C.; Agashe, V. R.; Siegers, K.; Hartl, F. U. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 2004, 5, 781.
26. Bryngelson, J. D.; Onuchic, J. N.; Socci, N. D.; Wolynes, P. G. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 21, 167.
27. Dobson, C. M.; Karplus, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 92.
28. Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 70.
29. Gibson, Q. H.; Milnes, L. Biochem. J. 1964, 91, 161.
30. Chance, B. Rapid Mixing and Sampling Techniques in Biochemistry; Academic Press: New York, 1964.
31. Schechter, A. N.; Chen, R. F.; Anfinsen, C. B. Science 1970, 167, 886.
32. Ikai, A.; Tanford, C. Nature 1971, 230, 100.
33. McPhie, P. Biochemistry 1972, 11, 879.
34. Ikai, A.; Fish, W. W.; Tanford, C. J. Mol. Biol. 1973, 73, 165.
35. Ikai, A.; Tanford, C. J. Mol. Biol. 1973, 73, 145.
36. Tanford, C.; Aune, K. C.; Ikai, A. J. Mol. Biol. 1973, 73, 185.
37. Hagerman, P. J.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1976, 15, 1462.
38. Gutfreund, H. Methods Enzymol. 1969, 16, 229.
39. Roder, H.; Wüthrich, K. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1986, 1, 34.
40. Roder, H.; Elöve, G. A.; Englander, S. W. Nature 1988, 335, 700.
41. Udgaonkar, J. B.; Baldwin, R. L. Nature 1988, 335, 694.
42. Schwarz, G.; Seelig, J. Biopolymers 1968, 6, 1263.
43. Gruenwald, B.; Nicola, C. U.; Lustig, A.; Schwarz, G.; Klump, H. Biophys. Chem. 1979, 9, 137.
44. Phillips, C. M.; Mizutani, Y.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 7292.
45. Williams, S.; Causgrove, P.; Gilmanshin, R.; Fang, K. S.; Callender, R. H.; Woodruff, W. H.; Dyer, R. B. Biochemistry 1996, 35, 691.
46. Thompson, P. A.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Biochemistry 1997, 36, 9200.
47. Muñoz, V.; Thompson, P. A.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Nature 1997, 390, 196.
48. Huang, C. Y.; Klemke, J. W.; Getahun, Z.; DeGrado, W. F.; Gai, F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9235.
49. Jones, C. M.; Henry, E. R.; Hu, Y.; Chan, C.-K.; Luck, S. D.; Bhuyan, A.; Roder, H.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 11860.
50. Pascher, T.; Chesick, J. P.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. Science 1996, 271, 1558.
51. Huang, G. S.; Oas, T. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 6878.
52. Spector, S.; Raleigh, D. P. J. Mol. Biol. 1999, 293, 763.
53. Callender, R. H.; Dyer, R. B.; Gilmanshin, R.; Woodruff, W. H. Annu. Rev. Phys. Chem. 1998, 49, 173.
54. Gruebele, M. Annu. Rev. Phys. Chem. 1999, 50, 485.
55. Eaton, W. A.; Munoz, V.; Hagen, S. J.; Jas, G. S.; Lapidus, L. J.; Henry, E. R.; Hofrichter, J. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2000, 29, 327.
56. Kubelka, J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 76.
57. Mayor, U.; Johnson, C. M.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 13518.
58. Qiu, L.; Pabit, S. A.; Roitberg, A. E.; Hagen, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12952.
59. Yang, W. Y.; Gruebele, M. Nature 2003, 423, 193.
60. Kubelka, J.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. J. Mol. Biol. 2003, 329, 625.
61. Mayor, U.; Guydosh, N. R.; Johnson, C. M.; Grossmann, J. G.; Sato, S.; Jas, G. S.; Freund, S. M.; Alonso, D. O.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Nature 2003, 421, 863.
62. Wang, M.; Tang, Y.; Sato, S.; Vugmeyster, L.; McKnight, C. J.; Raleigh, D. P. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6032.
63. Nguyen, H.; Jager, M.; Moretto, A.; Gruebele, M.; Kelly, J. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 3948.
64. Zhu, Y.; Alonso, D. O.; Maki, K.; Huang, C. Y.; Lahr, S. J.; Daggett, V.; Roder, H.; DeGrado, W. F.; Gai, F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15486.
65. Wang, T.; Zhu, Y.; Gai, F. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 3694.
66. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.
67. Snow, C. D.; Nguyen, H.; Pande, V. S.; Gruebele, M. Nature 2002, 420, 102.
68. Snow, C. D.; Sorin, E. J.; Rhee, Y. M.; Pande, V. S. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2005, 34, 43.
69. Daggett, V.; Fersht, A. R. Trends Biochem. Sci. 2003, 28, 18.
70. Regenfuss, P.; Clegg, R. M.; Fulwyler, M. J.; Barrantes, F. J.; Jovin, T. M. Rev. Sci. Instrum. 1985, 56, 283.
71. Takahashi, S.; Yeh, S.-R.; Das, T. K.; Chan, C.-K.; Gottfried, D. S.; Rousseau, D. L. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 44.
72. Shastry, M. C. R.; Luck, S. D.; Roder, H. Biophys. J. 1998, 74, 2714.
73. Pollack, L.; Tate, M. W.; Darnton, N. C.; Knight, J. B.; Gruner, S. M.; Eaton, W. A.; Austin, R. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 10115.
74. Yeh, S.-R.; Takahashi, S.; Fan, B.; Rousseau, D. L. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 51.
75. Chan, C.-K.; Hu, Y.; Takahashi, S.; Rousseau, D. L.; Eaton, W. A.; Hofrichter, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 1779.
76. Shastry, M. C. R.; Roder, H. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 385.
77. Shastry, M. C. R.; Sauder, J. M.; Roder, H. Acc. Chem. Res. 1998, 31, 717.
78. Park, S.-H.; Shastry, M. C. R.; Roder, H. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 943.
79. Akiyama, S.; Takahashi, S.; Ishimori, K.; Morishima, I. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 514.
80. Grigoryants, V. M.; Veselov, A. V.; Scholes, C. P. Biophys. J. 2000, 78, 2702.
81. Capaldi, A. P.; Shastry, R. M. C.; Kleanthous, C.; Roder, H.; Radford, S. E. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 68.
82. Kuwata, K.; Shastry, R.; Cheng, H.; Hoshino, M.; Batt, C. A.; Goto, Y.; Roder, H. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 151.
83. Teilum, K.; Maki, K.; Kragelund, B. B.; Poulsen, F. M.; Roder, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 9807.
84. Akiyama, S.; Takahashi, S.; Kimura, T.; Ishimori, K.; Morishima, I.; Nishikawa, Y.; Fujisawa, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1329.
85. Gianni, S.; Travaglini-Allocatelli, C.; Cutruzzola, F.; Brunori, M.; Shastry, M. C.; Roder, H. J. Mol. Biol. 2003, 330, 1145.
86. Khan, F.; Chuang, J. I.; Gianni, S.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 2003, 333, 169.
87. Maki, K.; Cheng, H.; Dolgikh, D. A.; Shastry, M. C.; Roder, H. J. Mol. Biol. 2004, 338, 383.
88. Welker, E.; Maki, K.; Shastry, M. C.; Juminaga, D.; Bhat, R.; Scheraga, H. A.; Roder, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 17681.
89. Uzawa, T.; Akiyama, S.; Kimura, T.; Takahashi, S.; Ishimori, K.; Morishima, I.; Fujisawa, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 1171.
90. Garcia, P.; Bruix, M.; Rico, M.; Ciofi-Baffoni, S.; Banci, L.; Ramachandra Shastry, M. C.; Roder, H.; de Lumley Woodyear, T.; Johnson, C. M.; Fersht, A. R.; Barker, P. D. J. Mol. Biol. 2005, 346, 331.
91. Bilsel, O.; Kayatekin, C.; Wallace, L. A.; Matthews, C. R. Rev. Sci. Instrum. 2005, 76, No. 014302.
92. Jackson, S. E. Folding Des. 1998, 3, R81.
93. Fersht, A. R.; Matouschek, A.; Serrano, L. J. Mol. Biol. 1992, 224, 771.
94. Tanford, C. Adv. Protein Chem. 1970, 24, 1.
95. Matthews, C. R. Methods Enzymol. 1987, 154, 498.
96. Matouschek, A.; Kellis, J. T., Jr.; Serrano, L.; Fersht, A. R. Nature 1989, 340, 122.
97. Jackson, S. E.; elMasry, N.; Fersht, A. R. Biochemistry 1993, 32, 11270.
98. Matthews, C. R. Annu. Rev. Biochem. 1993, 62, 653.
99. Evans, P. A.; Radford, S. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 100.
100. Baldwin, R. L.; Rose, G. D. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 77.
101. Roder, H.; Elöve, G. A.; Shastry, R. M. C. In Mechanisms of protein folding; Pain, R. H., Ed.; Oxford University Press: New York, 2000.
102. Berger, R. L.; Balko, B.; Chapman, H. F. Rev. Sci. Instrum. 1968, 39, 493.
103. Zeff, B. W.; Lanterman, D. D.; McAllister, R.; Roy, R.; Kostelich, E. J.; Lathrop, D. P. Nature 2003, 421, 146.
104. Knight, J. B.; Vishwanath, A.; Brody, J. P.; Austin, R. H. Phys. Rev. Lett. 1998, 80, 3863.
105. Pabit, S. A.; Hagen, S. J. Biophys. J. 2002, 83, 2872.
106. Pollack, L.; Tate, M. W.; Finnefrock, A. C.; Kalidas, C.; Trotter, S.; Darnton, N. C.; Lurio, L.; Austin, R. H.; Batt, C. A.; Gruner, S. M.; Mochrie, S. G. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 4962.
107. Russell, R.; Millett, I. S.; Tate, M. W.; Kwok, L. W.; Nakatani, B.; Gruner, S. M.; Mochrie, S. G.; Pande, V.; Doniach, S.; Herschlag, D.; Pollack, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 4266.
108. Kim, P. S.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biochem. 1982, 51, 459.
109. Roder, H.; Shastry, M. C. R. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 620.
110. Beechem, J. M.; James, L.; Brand, L. SPIE Proc. 1990, 1204, 686.
111. Jones, B. E.; Beechem, J. M.; Matthews, C. R. Biochemistry 1995, 34, 1867.
112. Balbach, J.; Forge, V.; van Nuland, N. A. J.; Winder, S. L.; Hore, P. J.; Dobson, C. M. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 865.
113. Frieden, C. Biochemistry 2003, 42, 12439.
114. Segel, D. J.; Bachmann, A.; Hofrichter, J.; Hodgson, K. O.; Doniach, S.; Kiefhaber, T. J. Mol. Biol. 1999, 288, 489.
115. Kiefhaber, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 9029.
116. Tonomura, B.; Nakatani, H.; Ohnishi, M.; Yamaguchi-Ito, J.; Hiromi, K. Anal. Biochem. 1978, 84, 370.
117. Brissette, P.; Ballou, D. P.; Massey, V. Anal. Biochem. 1989, 181, 234.
118. Gibson, Q. H.; Antonini, E. In Hemes and Hemeproteins; Chance, B., Estabrook, R. W., Yonetani, T., Eds.; Academic Press: New York, 1966.
119. Hartridge, H.; Roughton, F. J. W. Proc. R. Soc. London, Ser. A 1923, 104, 376.
120. Takahashi, S.; Ching, Y.-c.; Wang, J.; Rousseau, D. L. J. Biol. Chem. 1995, 270, 8405.
121. Paeng, K.; Paeng, I.; Kincaid, J. Anal. Sci. 1994, 10, 157.
122. Peterman, B. F. Anal. Biochem. 1979, 93, 442.
123. Bökenkamp, D.; Desai, A.; Yang, X.; Tai, Y.-C.; Marziuff, E. M.; Mayo, S. L. Anal. Chem. 1998, 70, 232.
124. Marinkovic, N. S.; Adzic, A. R.; Sullivan, M.; Kovacs, K.; Miller, L. M.; Rousseau, D. L.; Yeh, S.; Chance, M. R. Rev. Sci. Instrum. 2000, 71, 4057.
125. Chen, Y.; Barkley, M. D. Biochemistry 1998, 37, 9976.
126. Van Gilst, M.; Tang, C.; Roth, A.; Hudson, B. Fluorescence 1994, 4, 203.
127. Clark, P. L.; Weston, B. F.; Gierasch, L. M. Folding Des. 1998, 3, 401.
128. Shao, X.; Matthews, C. R. Biochemistry 1998, 37, 7850.
129. Khorasanizadeh, S.; Peters, I. D.; Butt, T. R.; Roder, H. Biochemistry 1993, 32, 7054.
130. Eftink, M. R.; Shastry, M. C. R. Methods Enzymol. 1997, 278, 258.
131. Stryer, L. Science 1968, 162, 526.
132. Semisotnov, G. V.; Rodionova, N. A.; Kutyshenko, V. P.; Ebert, B.; Blanck, J.; Ptitsyn, O. B. FEBS Lett. 1987, 224, 9.
133. Engelhard, M.; Evans, P. A. Protein Sci. 1995, 4, 1553.
134. Shi, L.; Palleros, D. R.; Fink, A. L. Biochemistry 1994, 33, 7536.
135. Tsong, T. Y. J. Biol. Chem. 1974, 249, 1988.
136. Colón, W.; Elöve, G. A.; Wakem, L. P.; Sherman, F.; Roder, H. Biochemistry 1996, 35, 5538.
137. Colón, W.; Roder, H. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 1019.
138. Roder, H.; Maki, K.; Cheng, H.; Shastry, M. C. Methods 2004, 34, 15.
139. Woody, R. W. Methods Enzymol. 1995, 246, 34.
140. Greenfield, N. J. Methods Enzymol. 2004, 383, 282.
141. Kuwajima, K. In Circular Dichroism and the Conformational Analysis of Biomolecules; Fasman, G. D., Ed.; Plenum Press: New York, 1996.
142. Woody, R. W. Methods Enzymol. 2004, 380, 242.
143. Kuwajima, K.; Hiraoka, Y.; Ikeguchi, M.; Sugai, S. Biochemistry 1985, 24, 874.
144. Labhardt, A. M. Unfolding and Refolding of Proteins; Academic Press: San Diego, 1986; Vol. 131.
145. Kuwajima, K.; Yamaya, H.; Miwa, S.; Sugai, S.; Nagamura, T. FEBS Lett. 1987, 221, 115.
146. Gilmanshin, R. I.; Ptitsyn, O. B. FEBS Lett. 1987, 223, 327.
147. Kuwajima, K.; Garvey, E. P.; Finn, B. E.; Matthews, C. R.; Sugai, S. Biochemistry 1991, 30, 7693.
148. Elöve, G. A.; Chaffotte, A. F.; Roder, H.; Goldberg, M. E. Biochemistry 1992, 31, 6876.
149. Hamada, D.; Segawa, S.-I.; Goto, Y. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 868.
150. Kuwajima, K.; Yamaya, H.; Sugai, S. J. Mol. Biol. 1996, 264, 806.
151. Surewicz, W. K.; Mantsch, H. H.; Chapman, D. Biochemistry 1993, 32, 389.
152. Walsh, S. T.; Cheng, R. P.; Wright, W. W.; Alonso, D. O.; Daggett, V.; Vanderkooi, J. M.; DeGrado, W. F. Protein Sci. 2003, 12, 520.
153. White, A. J.; Drabble, K.; Wharton, C. W. Biochem. J. 1995, 306 (Part 3), 843.
154. Troullier, A.; Reinstadler, D.; Dupont, Y.; Naumann, D.; Forge, V. Nat. Struct. Biol. 2000, 7, 78.
155. Fabian, H.; Naumann, D. Methods 2004, 34, 28.
156. Kimura, T.; Takahashi, S.; Akiyama, S.; Uzawa, T.; Ishimori, K.; Morishima, I. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11596.
157. Lattman, E. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 1994, 4, 87.
158. Doniach, S.; Bascle, J.; Garel, T.; Orland, H. J. Mol. Biol. 1995, 254, 960.
159. Chen, L.; Wildegger, G.; Kiefhaber, T.; Hodgson, K. O.; Doniach, S. J. Mol. Biol. 1998, 276, 225.
160. Kimura, T.; Akiyama, S.; Uzawa, T.; Ishimori, K.; Morishima, I.; Fujisawa, T.; Takahashi, S. J. Mol. Biol. 2005, 350, 349.
161. Kimura, T.; Uzawa, T.; Ishimori, K.; Morishima, I.; Takahashi, S.; Konno, T.; Akiyama, S.; Fujisawa, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2748.
162. DeWeerd, K.; Grigoryants, V.; Sun, Y.; Fetrow, J. S.; Scholes, C. P. Biochemistry 2001, 40, 15846.
163. Elöve, G. A.; Bhuyan, A. K.; Roder, H. Biochemistry 1994, 33, 6925.
164. Sosnick, T. R.; Mayne, L.; Hiller, R.; Englander, S. W. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 149.
165. Colón, W.; Wakem, L. P.; Sherman, F.; Roder, H. Biochemistry 1997, 36, 12535.
166. Roder, H. Methods Enzymol. 1989, 176, 446.
167. Gladwin, S. T.; Evans, P. A. Folding Des. 1996, 1, 407.
168. Sauder, J. M.; Roder, H. Folding Des. 1998, 3, 293.
169. Kern, G.; Handel, T.; Marqusee, S. Protein Sci. 1998, 7, 2164.
170. Walkenhorst, W. F.; Edwards, J. A.; Markley, J. L.; Roder, H. Protein Sci. 2002, 11, 82.
171. Nishimura, C.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. J. Mol. Biol. 2002, 322, 483.
172. Hoang, L.; Bedard, S.; Krishna, M. M.; Lin, Y.; Englander, S. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12173.
173. Krishna, M. M.; Lin, Y.; Mayne, L.; Englander, S. W. J. Mol. Biol. 2003, 334, 501.
174. Nishimura, C.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 4765.
175. Miranker, A.; Robinson, C. V.; Radford, S. E.; Aplin, R. T.; Dobson, C. M. Science 1993, 262, 896.
176. Zhang, Z.; Smith, D. L. Protein Sci. 1993, 2, 522.
177. Englander, S. W.; Mayne, L. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1992, 21, 243.
178. Scholtz, J. M.; Robertson, A. D. In Methods in Molecular Biology; Shirley, B. A., Ed.; Humana Press: Totowa, NJ, 1995; Vol. 40.
179. Miranker, A.; Robinson, C. V.; Radford, S. E.; Dobson, C. M. FASEB J. 1996, 10, 93.
180. Englander, S. W.; Sosnick, T. R.; Englander, J. J.; Mayne, L. Curr. Opin. Struct. Biol. 1996, 6, 18.
181. Krishna, M. M.; Hoang, L.; Lin, Y.; Englander, S. W. Methods 2004, 34, 51.
182. Lu, J.; Dahlquist, F. W. Biochemistry 1992, 31, 4749.
183. Jennings, P. A.; Wright, P. E. Science 1993, 262, 892.
184. Jacobs, M. D.; Fox, R. O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 449.
185. Kuszewski, J.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M. Protein Sci. 1994, 3, 1945.
186. Bai, Y.; Milne, J. S.; Englander, S. W. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1993, 17, 75.
187. Houry, W. A.; Sauder, J. M.; Roder, H.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 4299.
188. Hvidt, A.; Nielsen, S. O. Adv. Protein Sci. 1966, 21, 287.
189. Roder, H.; Wagner, G.; Wüthrich, K. Biochemistry 1985, 24, 7396.
190. Elöve, G. A.; Roder, H. ACS Symp. Ser. 1991, 470, 50.
191. Udgaonkar, J. B.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 8197.
192. Radford, S. E.; Dobson, C. M.; Evans, P. A. Nature 1992, 358, 302.
193. Bai, Y.; Sosnick, T. R.; Mayne, L.; Englander, S. W. Science 1995, 269, 192.
194. Jones, B. E.; Matthews, C. R. Protein Sci. 1995, 4, 167.
195. Khorasanizadeh, S.; Peters, I. D.; Roder, H. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 193.
196. Raschke, T. M.; Marqusee, S. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 298.
197. Jackson, S. E.; Fersht, A. R. Biochemistry 1991, 30, 10428.
198. Schindler, T.; Herrler, M.; Marahiel, M. A.; Schmid, F. X. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 663.
199. Crisanti, M. M.; Matthews, C. R. Biochemistry 1981, 20, 2700.
200. Parker, M. J.; Spencer, J.; Clarke, A. R. J. Mol. Biol. 1995, 253, 771.
201. Houry, W. A.; Rothwarf, D. M.; Scheraga, H. A. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 495.
202. Brandts, J. F.; Halvorsen, H. R.; Brennan, M. Biochemistry 1975, 14, 4953.
203. Kiefhaber, T.; Kohler, H.; Schmid, F. X. J. Mol. Biol. 1992, 224, 217.
204. Sauder, J. M.; MacKenzie, N. E.; Roder, H. Biochemistry 1996, 35, 16852.
205. Gianni, S.; Travaglini-Allocatelli, C.; Cutruzzola, F.; Bigotti, M. G.; Brunori, M. J. Mol. Biol. 2001, 309, 1177.
206. Walkenhorst, W. F.; Green, S. M.; Roder, H. Biochemistry 1997, 36, 5795.
207. Oliveberg, M.; Tan, Y.-J.; Silow, M.; Fersht, A. R. J. Mol. Biol. 1998, 277, 933.
208. Park, S.-H.; O'Neil, K. T.; Roder, H. Biochemistry 1997, 36, 14277.
209. Gronenborn, A. M.; Filpula, D. R.; Essig, N. Z.; Achari, A.; Whitlow, M.; Wingfield, P. T.; Clore, G. M. Science 1991, 253, 657.
210. Alexander, P.; Orban, J.; Bryan, P. Biochemistry 1992, 31, 7243.
211. Benson, S. W. In Advanced Topics in Chemistry, 1st ed.; McGraw-Hill: New York, 1960.
212. Pogliani, L.; Terenzi, M. J. Chem. Educ. 1992, 69, 278.
213. Krantz, B. A.; Mayne, L.; Rumbley, J.; Englander, S. W.; Sosnick, T. R. J. Mol. Biol. 2002, 324, 359.
214. Krantz, B. A.; Sosnick, T. R. Biochemistry 2000, 39, 11696.
215. Laub, P. B.; Khorasanizadeh, S.; Roder, H. Protein Sci. 1995, 4, 973.
216. Went, H. M.; Benitez-Cardoza, C. G.; Jackson, S. E., FEBS Lett. 2004, 567, 333.
217. Brems, D. N.; Stellwagen, E. J. Biol. Chem. 1983, 258, 3655.
218. Muthukrishnan, K.; Nall, B. T. Biochemistry 1991, 30, 4706.
219. Hammack, B.; Godbole, S.; Bowler, B. E. J. Mol. Biol. 1998, 275, 719.
220. Hagen, S. J.; Hofrichter, J.; Szabo, A.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 11615.
221. Hagen, S. J.; Eaton, W. A. J. Mol. Biol. 2000, 297, 781.
222. Qiu, L.; Zachariah, C.; Hagen, S. J. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, No. 168103.
223. Barrick, D.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1993, 32, 3790.
224. Ballew, R. M.; Sabelko, J.; Gruebele, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 5759.
225. Ballew, R. M.; Sabelko, J.; Gruebele, M. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 923.
226. Eliezer, D.; Jennings, P. A.; Wright, P. E.; Doniach, S.; Hodgson, K. O.; Tsuruta, H. Science 1995, 270, 487.
227. Gilmanshin, R.; Williams, S.; Callender, R. H.; Woodruff, W. H.; Dyer, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 3709.
228. Gulotta, M.; Gilmanshin, R.; Buscher, T. C.; Callender, R. H.; Dyer, R. B. Biochemistry 2001, 40, 5137.
229. Jamin, M.; Yeh, S. R.; Rousseau, D. L.; Baldwin, R. L. J. Mol. Biol. 1999, 292, 731.
230. Tsui, V.; Garcia, C.; Cavagnero, S.; Siuzdak, G.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Protein Sci 1999, 8, 45.
231. Cocco, M. J.; Lecompte, J. T. Protein Sci. 1994, 3, 267.
232. Eliezer, D.; Wright, P. E. J. Mol. Biol. 1996, 263, 531.
233. Roder, H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 1793.
234. Yao, J.; Chung, J.; Eliezer, D.; Wright, P. E.; Dyson, H. J. Biochemistry 2001, 40, 3561.
235. Nishimura, C.; Wright, P. E.; Dyson, H. J. J. Mol. Biol. 2003, 334, 293.
236. Nymeyer, H.; Garcia, A. E.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 5921.
237. Sabelko, J.; Ervin, J.; Gruebele, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6031.
238. Ma, H.; Gruebele, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2283.
239. de Gennes, P. G. J. Phys. (Paris) Lett. 1985, 46, L639.
240. Hagen, S. J. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003, 50, 1.
241. Shortle, D. Adv. Protein Chem. 2002, 62, 1.
242. Tanford, C.; Kawahara, K.; Lapanje, S. J. Am. Chem. Soc. 1967, 89, 729.
243. Agashe, V. R.; Shastry, M. C. R.; Udgaonkar, J. B. Nature 1995, 377, 754.
244. Sosnick, T. R.; Mayne, L.; Englander, S. W. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1996, 24, 413.
245. Sridevi, K.; Udgaonkar, J. B. Biochemistry 2003, 42, 1551.
246. Sosnick, T. R.; Shtilerman, M. D.; Mayne, L.; Englander, S. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 8545.
247. Qi, P. X.; Sosnick, T. R.; Englander, S. W. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 882.
248. Choe, S. E.; Matsudaira, P. T.; Osterhout, J.; Wagner, G.; Shakhnovich, E. I. Biochemistry 1998, 37, 14508.
249. Ferguson, N.; Capaldi, A. P.; James, R.; Kleanthous, C.; Radford, S. E. J. Mol. Biol. 1999, 286, 1597.
250. Gorski, S. A.; Capaldi, A. P.; Kleanthous, C.; Radford, S. E. J. Mol. Biol. 2001, 312, 849.
251. Ivankov, D. N.; Garbuzynskiy, S. O.; Alm, E.; Plaxco, K. W.; Baker, D.; Finkelstein, A. V. Protein Sci. 2003, 12, 2057.
252. Burton, R. E.; Huang, G. S.; Daugherty, M. A.; Fullbright, P. W.; Oas, T. G. J. Mol. Biol. 1996, 263, 311.
253. Wittung-Stafshede, P.; Lee, J. C.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 6587.
254. Jacob, M.; Holtermann, G.; Perl, D.; Reinstein, J.; Schindler, T.; Geeves, M. A.; Schmid, F. X. Biochemistry 1999, 38, 2882.
255. Creighton, T. E. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 135.
256. Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 10869.
257. Roder, H.; Elöve, G. A. In Mechanisms of Protein Folding: Frontiers in Molecular Biology; Pain, R. H., Ed.; Oxford University Press: New York, 1994.
258. Silow, M.; Oliveberg, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 6084.
259. Matouschek, A.; Serrano, L.; Fersht, A. R. In Mechanisms of protein folding: Frontiers in molecular biology; Pain, R. H., Ed.; Oxford University Press: Oxford, U.K., 1994.
260. Raschke, T. M.; Kho, J.; Marqusee, S. Nat. Struct,. Biol. 1999, 6, 825.
261. Heidary, D. K.; Gross, L. A.; Roy, M.; Jennings, P. A. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 725.
262. Jennings, P.; Roy, M.; Heidary, D.; Gross, L. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 11.
263. Capaldi, A. P.; Kleanthous, C.; Radford, S. E. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 209.
264. Plaxco, K. W.; Simons, K. T.; Baker, D. J. Mol. Biol. 1998, 277, 985.
265. Myers, J. K.; Oas, T. G. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 552.
266. Bushnell, G. W.; Louie, G. V.; Brayer, G. D. J. Mol. Biol. 1990, 214, 585.