Characterizing the structures and folding of free proteins using 2-D gas-phase separations: Observation of multiple unfolded conformers

Analytical Chemistry

Volumn 78, Issue 10, 2006, Pages 3304-3315

  Shvartsburg, Alexandre A ^a   Li, Fumin ^a   Tang, Keqi ^a   Smith, Richard D ^a  

^a PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CYTOCHROMES; FIELD ASYMMETRIC WAVEFORM IMS (FAIMS); FUNNEL TRAP;

CHARACTERIZATION; HEATING; IONIZATION; IONS; MASS SPECTROMETRY; PHASE SEPARATION;

PROTEINS;

CYTOCHROME C; UBIQUITIN;

ARTICLE; CONFORMATIONAL TRANSITION; ELECTROSPRAY MASS SPECTROMETRY; GAS; HEATING; ION MOBILITY SPECTROMETRY; ISOMER; MACROMOLECULE; MOLECULAR DYNAMICS; PHASE SEPARATION; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE; PROTEIN VARIANT; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; TWO DIMENSIONAL GEL ELECTROPHORESIS; WAVEFORM;

CYTOCHROMES C; IMAGE PROCESSING, COMPUTER-ASSISTED; IONS; MASS SPECTROMETRY; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; UBIQUITIN;

EID: 33646801627     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac060283z     Document Type: Article

References (74)

1. Petsko, G. A.; Ringe, D. Protein Structure and Function; Primers in Biology; Sinauer: Sunderland, MA, 2003.
2. Kirkitadze, M. D.; Bitan, G.; Teplow, D. B. J. Neurosci. Res. 2002, 69, 567.
3. Serpell, L. C.; Berriman, J.; Jakes, R.; Goedert, M.; Crowther, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 4897.
4. Johnson, R. T.; Gibbs, C. J. N. Engl. J. Med. 1998, 339, 1994.
5. Will, R. G.; Ironside, J. W.; Zeidler, M.; Cousens, S. N.; Estibeiro, K.; Alperovitch, A.; Poser, S.; Pocchiari, M.; Hofman, A.; Smith, P. G. Lancet 1996, 347, 921.
6. Scott, M. R.; Will, R.; Ironside, J.; Nguyen, H. B.; Tremblay, P.; DeArmond, S. J.; Prusiner, S. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 15137.
7. Prusiner, S. B. Science 1997, 278, 245.
8. Lopez Garcia, F.; Zahn, R.; Riek, R.; Wuthrich, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 8334.
9. Zarembinski, T. I.; Hung, L. W.; Mueller-Dieckmann, H. J.; Kim, K. K.; Yokota, H.; Kim, R.; Kim, S. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 15189.
10. Badman, E. R.; Hoaglund-Hyzer, C. S.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrum. 2002, 13, 719.
11. Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10141.
12. von Helden, G.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T. Science 1995, 267, 1483.
13. Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1997, 8, 954.
14. Li, J.; Taraszka, J. A.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 185/186/187, 37.
15. Myung, S.; Badman, E. R.; Lee, Y. J.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 9976.
16. Wyttenbach, T.; Kemper, P. R.; Bowers, M. T. M. J. Mass Spectrom. 2001, 212, 13.
17. Valentine, S. J.; Anderson, J. G.; Ellington, A. D.; Clemmer, D. E. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 3891.
18. Shelimov, K. B.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 10313.
19. Shelimov, K. B.; Clemmer, D. E.; Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2240.
20. Hudgins, R. R.; Woenckhaus, J.; Jarrold, M. F. Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes 1997, 165/166, 497.
21. Shelimov, K. B.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2987.
22. Bernstein, S. L.; Wyttenbach, T.; Baumketner, A.; Shea, J. E.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2075.
23. Bernstein, S. L.; Liu, D.; Wyttenbach, T.; Bowers, M. T.; Lee, J. C.; Gray, H. B.; Winkler, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1435.
24. Hoaglund, C. S.; Liu, Y.; Ellington, A. D.; Pagel, M.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 9051.
25. Gidden, J.; Bushnell, J. E.; Bowers, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5610.
26. Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 1490.
27. Hartings, M. R.; Kinnear, B. S.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3941.
28. Purves, R. W.; Barnett, D. A.; Guevremont, R. Int. J. Mass Spectrom. 2000, 197, 163.
29. Purves, R. W.; Barnett, D. A.; Ells, B.; Guevremont, R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 738.
30. Purves, R. W.; Barnett, D. A.; Ells, B.; Guevremont, R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 894.
31. Robinson, E. W.; Williams, E. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1427.
32. Borysik, A. J. H.; Read, P.; Little, D. R.; Bateman, R. H.; Radford, S. E.; Ashcroft, A. E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2229.
33. Mason, E. A.; McDaniel, E. W. Transport Properties of Ions in Gases; Wiley: New York, 1988.
34. von Helden, G.; Hsu, M. T.; Gotts, N.; Bowers, M. T. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8182.
35. Shvartsburg, A. A.; Jarrold, M. F. Chem. Phys. Lett. 1996, 261, 86.
36. Mesleh, M. F.; Hunter, J. M.; Shvartsburg, A. A.; Schatz, G. C.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. 1996, 100, 16082.
37. Shvartsburg, A. A.; Schatz, G. C.; Jarrold, M. F. J. Chem. Phys. 1998, 108, 2416.
38. Shvartsburg, A. A.; Liu, B.; Siu, K. W. M.; Ho, K. M. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6152.
39. Jackson, K. A.; Horoi, M.; Chaudhuri, I.; Frauenheim, T.; Shvartsburg, A. A. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 013401.
40. Purves, R. W.; Guevremont, R.; Day, S.; Pipich, C. W.; Matyjaszczyk, M. S. Rev. Sci. Instrum. 1998, 69, 4094.
41. Purves, R. W.; Guevremont, R. Anal. Chem. 1999, 71, 2346.
42. Srebalus, C. A.; Li, J.; Marshall, W. S.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1999, 71, 3918.
43. Asbury, G. R.; Hill, H. H. J. Microcolumn. Sep. 2000, 12, 172.
44. Shen, Y. F.; Zhang, R.; Moore, R. J.; Kim, J.; Metz, T. O.; Hixson, K. K.; Zhao, R.; Livesay, E. A.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2005, 77, 3090.
45. Ruotolo, B. T.; Gillig, K. J.; Stone, E. G.; Russell, D. H. J. Chromatogr., B 2002, 782, 385.
46. Shvartsburg, A. A.; Siu, K. W. M.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 885.
47. Badman, E. R.; Hoaglund-Hyzer, C. S.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 2001, 73, 6000.
48. Badman, E. R.; Myung, S.; Clemmer, D. E. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1493.
49. Shvartsburg, A. A.; Tang, K.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 2.
50. Guevremont, R.; Barnett, D. A.; Purves, R. W.; Vandermey, J. Anal. Chem. 2000, 72, 4577.
51. Tang, K.; Li, F.; Shvartsburg, A. A.; Strittmatter, E. F.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2005, 77, 6381.
52. Cassady, C. J.; Carr, S. R. J. Mass Spectrom. 1996, 31, 247.
53. Freitas, M. A.; Hendrickson, C. L.; Emmett, M. R.; Marshall, A. G. Int. J. Mass Spectrom. 1999, 185/186/187, 565.
54. Evans, S. E.; Lueck, N.; Marzluff, E. M. Int. J. Mass Spectrom. 2003, 222, 175.
55. Geller, O.; Lifschitz, C. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 2217.
56. Breuker, K.; Oh, H.; Horn, D. M.; Cerda, B. A.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6407.
57. Guevremont, R. J. Chromatogr., A 2004, 1058, 3.
58. Guevremont, R.; Thekkadath, G.; Hilton, C. K. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 948.
59. Kim, T.; Tang K.; Udseth, H. R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2001, 73, 4162.
60. Smith, R. D.; Tang, K.; Shvartsburg, A. A. U.S. Patent 6,818,890, 2004.
61. Tang, K.; Shvartsburg, A. A.; Lee, H. N.; Prior, D. C.; Buschbach, M. A.; Li, F.; Tolmachev, A. V.; Anderson, G. A.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2005, 77, 3330.
62. Kim, T.; Tolmachev, A. V.; Harkewicz, R.; Prior, D. C.; Anderson, G. A.; Udseth, H. R.; Smith, R. D.; Bailey, T. H.; Rakov, S.; Futrell, J. H. Anal. Chem. 2000, 72, 2247.
63. Rokushika, S.; Hatano, H.; Baim, M. A.; Hill, H. H., Jr. Anal. Chem. 1985, 57, 1902.
64. Shvartsburg, A. A.; Tang, K.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1487.
65. Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 3558.
66. Sysoev, A.; Adamov, A.; Viidanoja, A.; Ketola, R. A.; Kostiainen, R.; Kotiaho, T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 3131.
67. Shvartsburg, A. A.; Tang, K.; Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005, 16, 1447.
68. Mao, Y.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 10017.
69. Jarrold, M. F. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 179.
70. Suckau, D.; Shi, Y.; Beu, S. C.; Senko, M. W.; Quinn, J. P.; Wampler, F. M.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 790.
71. Wood, T. D.; Chorush, R. A.; Wampler, F. M.; Little, D. P.; O'Connor, P. B.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 2451.
72. McLafferty, F. W.; Guan, Z.; Haupts, U.; Wood, T. D.; Kelleher, N. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4732.
73. Mao, Y.; Ratner, M. A.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6503.
74. Fromherz, R.; Gantefor, G.; Shvartsburg, A. A. Phys. Rev. Lett. 2002, 89, 083001.