Chromatin loop domain organization within the 4q35 locus in facioscapulohumeral dystropny patients versus normal human myoblasts

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 103, Issue 18, 2006, Pages 6982-6987

  Petrov, Andrei ^a   Pirozhkova, Iryna ^a   Carnac, Gilles ^b   Laoudj, Dalila ^b   Lipinski, Marc ^a   Vassetzky, Yegor S ^a  

^a CNRS   (France)

^b Centre National de la Recherche Scientifique   (France)

Author keywords

D4Z4; Heterochromatin; Nuclear matrix; Transcription

Indexed keywords

ARTICLE; AUTOSOMAL DOMINANT DISORDER; CELL NUCLEUS MATRIX; CHROMATIN; CHROMOSOME 4Q; CONTROLLED STUDY; FACIOSCAPULOHUMERAL MUSCULAR DYSTROPHY; GENE CLUSTER; GENE DELETION; GENE EXPRESSION; GENE LOCATION; GENE MAPPING; GENETIC TRANSCRIPTION; HETEROCHROMATIN; HUMAN; HUMAN CELL; MYOBLAST; PATHOGENESIS; PRIORITY JOURNAL;

ANIMALS; CHROMATIN; CHROMOSOME MAPPING; CHROMOSOMES, HUMAN, PAIR 4; HELA CELLS; HUMANS; IN SITU HYBRIDIZATION, FLUORESCENCE; MICE; MUSCULAR DYSTROPHY, FACIOSCAPULOHUMERAL; MYOBLASTS; NUCLEAR MATRIX; NUCLEIC ACID CONFORMATION; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; RECOMBINATION, GENETIC;

MURINAE;

EID: 33646485687     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0511235103     Document Type: Article

References (52)

1. Lunt, P. W. & Harper, P. S. (1991) J. Med. Genet. 28, 655-664.
2. Wijmenga, C., Padberg, G. W., Moerer, P., Wiegant, J., Liem, L., Brouwer, O. F., Milner, E. C., Weber, J. L., van Ommen, G. B., Sandkuyl, L. A., et al. (1991) Genomics 9, 570-575.
3. van Deutekom, J. C., Wijmenga, C., van Tienhoven, E. A., Gruter, A. M., Hewitt, J. E., Padberg, G. W., van Ommen, G. J., Hofker, M. H. & Frants, R. R. (1993) Hum. Mol. Genet. 2, 2037-2042.
4. Wijmenga, C., Hewitt, J. E., Sandkuijl, L. A., Clark, L. N., Wright, T. J., Dauwerse, H. G., Gruter, A. M., Hofker, M. H., Moerer, P., Williamson, R., et al. (1992) Nat. Genet. 2, 26-30.
5. Tawil, R. & van der Maarel, S. (February 6, 2006) Muscle Nerve, 10.1002/mus.20522
6. Hewitt, J. E., Lyle, R., Clark, L. N., Valleley, E. M., Wright, T. J., Wijmenga, C., van Deutekom, J. C., Francis, F., Sharpe, P. T., Hofker, M, et al. (1994) Hum. Mol. Genet. 3, 1287-1295.
7. van Geel, M., Heather, L. J., Lyle, R., Hewitt, J. E., Frants, R. R. & de Jong, P. J. (1999) Genomics 61, 55-65.
8. Tupler, R., Perini, G., Pellegrino, M. A. & Green, M. R. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 12650-12654.
9. Winokur, S. T., Chen, Y. W., Masny, P. S., Martin, J. H., Ehmsen, J. T., Tapscott, S. J., Van Der Maarel, S. M., Hayashi, Y. & Flanigan, K. M. (2003) Hum. Mol. Genet. 12, 2895-2907.
10. Wohlgemuth, M., Lemmers, R. J., Van Der Kooi, E. L., Van Der Wielen, M. J., Van Overveld, P. G., Dauwerse, H., Bakker, E., Frants, R. R., Padberg, G. W. & Van Der Maarel, S. M. (2003) Neurology 61, 909-913.
11. Gabellini, D., Green, M. R. & Tupler, R. (2002) Cell 110, 339-348.
12. Laoudj-Chenivesse, D., Carnac, G., Bisbal, C., Hugon, G., Bouillot, S., Desnuelle, C., Vassetzky, Y. & Fernandez, A. (2005) J. Mol. Med. 83, 216-224.
13. Rijkers, T., Deidda, G., van Koningsbruggen, S., van Geel, M., Lemmers, R. J., van Deutekom, J. C., Figlewicz, D., Hewitt, J. E., Padberg, G. W., Frants, R. R. & van der Maarel, S. M. (2004) J. Med. Genet. 41, 826-836.
14. Gabellini, D., D'Antona, G., Moggio, M., Prelle, A., Zecca, C., Adami, R., Angeletti, B., Ciscato, P., Pellegrino, M. A., Bottinelli, R., Green, M. R. & Tupler, R. (2005) Nature 439, 973-977.
15. van Overveld, P. G., Lemmers, R. J., Sandkuijl, L. A., Enthoven, L., Winokur, S. T., Bakels, F., Padberg, G. W., van Ommen, G. J., Frants, R. R. & van der Maarel, S. M. (2003) Nat. Genet. 35, 315-317.
16. Jiang, G., Yang, F., van Overveld, P. G., Vedanarayanan, V., van der Maarel, S. & Ehrlich, M. (2003) Hum. Mol. Genet. 12, 2909-2921.
17. Yang, F., Shao, C., Vedanarayanan, V. & Ehrlich, M. (2004) Chromosoma 112 , 350-359.
18. Tam, R., Smith, K. P. & Lawrence, J. B. (2004) J. Cell Biol. 167, 269-279.
19. Winokur, S. T., Bengtsson, U., Feddersen, J., Mathews, K. D., Weiffenbach, B., Bailey, H., Markovich, R. P., Murray, J. C., Wasmuth, J. J., Altherr, M. R., et al. (1994) Chromosome Res. 2, 225-234.
20. Prioleau, M. N., Nony, P., Simpson, M. & Felsenfeld, G. (1999) EMBO J. 18, 4035-4048.
21. Buongiorno-Nardelli, M., Micheli, G., Carri, M. T. & Marilley, M. (1982) Nature 298, 100-102.
22. Cockerill, P. N. & Garrard, W. T. (1986) Cell 44, 273-282.
23. Mirkovitch, J., Mirault, M. E. & Laemmli, U. K. (1984) Cell 39, 223-232.
24. Vassetzky, Y., Lemaitre, J. M. & Mechali, M. (2000) Crit. Rev. Eukaryotic Gene Expression 10, 31-38.
25. Vassetzky, Y., Hair, A. & Mechali, M. (2000) Genes Dev. 14, 1541-1552.
26. Gasser, S. M. & Vassetzky, Y. S. (1998) in Chromatin: A Practical Approach, ed. Gould, H. (Oxford Univ. Press, Oxford), pp. 111-124.
27. Lyle, R., Wright, T. J., Clark, L. N. & Hewitt, J. E. (1995) Genomics 28, 389-397.
28. Cockerill, P. N. & Garrard, W. T. (1986) FEBS Lett. 204, 5-7.
29. Girard-Reydet, C., Gregoire, D., Vassetzky, Y. & Mechali, M. (2004) Gene 332, 129-138.
30. Clark, L. N., Koehler, U., Ward, D. C., Wienberg, J. & Hewitt, J. E. (1996) Chromosome 105, 180-189.
31. Gromova, I. I., Thomsen, B. & Razin, S. V. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 102-106.
32. Ioudinkova, E., Petrov, A., Razin, S. V. & Vassetzky, Y. S. (2005) Genomics 85, 143-151.
33. Vogelstein, B., Pardoll, D. M. & Coffey, D. S. (1980) Cell 22, 79-85.
34. Bickmore, W. (1996) Exp. Cell Res. 229, 198-200.
35. Byrd, K. & Corces, G. (2003) J. Cell Biol. 162, 565-574.
36. Iarovaia, O. V., Bystritskiy, A., Ravcheev, D., Hancock, R. & Razin, S. V. (2004) Nucleic Acids Res. 32, 2079-2086.
37. Kikyo, N., Wade, P. A., Guschin, D., Ge, H. & Wolffe, A. P. (2000) Science 289, 2360-2363.
38. Ratsch, A., Joos, S., Kioschis, P. & Lichter, P. (2002) Exp. Cell Res. 273, 12-20.
39. Petrov, A. P., Laoudj, D. & Vassetzky, Y. S. (2003) Genetics 39, 147-151.
40. Heng, H. H., Goetze, S., Ye, C. J., Liu, G., Stevens, J. B., Bremer, S. W., Wykes, S. M., Bode, J. & Krawetz, S. A. (2004) J. Cell Sci. 117, 999-1008.
41. Lemmers, R. J., de Kievit, P., Sandkuijl, L., Padberg, G. W., van Ommen, G. J., Frants, R. R. & van der Maarel, S. M. (2002) Nat. Genet. 32, 235-236.
42. Lemmers, R. J., Wohlgemuth, M., Frants, R. R., Padberg, G. W., Morava, E. & van der Maarel, S. M. (2004) Am. J. Hum. Genet. 75, 1124-1130.
43. van Overveld, P. G., Lemmers, R. J., Deidda, G., Sandkuijl, L., Padberg, G. W., Frants, R. R. & van der Maarel, S. M. (2000) Hum. Mol. Genet. 9, 2879-2884.
44. van Geel, M., Dickson, M. C., Beck, A. F., Holland, D. J., Frants, R. R., van der Maarel, S. M., de Jong, P. J. & Hewitt, J. E. (2002) Genomics 79, 210-217.
45. Lemmers, R. J., van der Maarel, S. M., van Deutekom, J. C., van der Wielen, M. J., Deidda, G., Dauwerse, H. G., Hewitt, J., Hofker, M., Bakker, E., Padberg, G. W. & Frants, R. R. (1998) Hum. Mol. Genet. 7, 1207-1214.
46. Bode, J., Benham, C., Ernst, E., Knopp, A., Marschalek, R., Strick, R. & Strissel, P. (2000) J. Cell. Biochem. 35, Suppl., 3-22.
47. Bystritskiy, A. A. & Razin, S. V. (2004) Crit. Rev. Eukaryotic Gene Expression 14, 65-77.
48. Podgornaya, O. I., Voronin, A. P., Enukashvily, N. I., Matveev, I. V. & Lobov, I. B. (2003) Int. Rev. Cytol. 224, 227-296.
49. Allen, G. C., Spiker, S. & Thompson, W. F. (2000) Plant Mol. Biol. 43, 361-376.
50. Greally, J. M., Gray, T. A., Gabriel, J. M., Song, L., Zemel, S. & Nicholls, R. D. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 14430-14435.
51. Gabriels, J., Beckers, M. C., Ding, H., De Vriése, A., Plaisance, S., van der Maarel, S. M., Padberg, G. W., Frants, R. R., Hewitt, J. E., Collen, D. & Belayew, A. (1999) Gene 236, 25-32.
52. Cai, S. & Kohwi-Shigematsu, T. (1999) Methods 19, 394-402.