Ab initio molecular dynamics with discrete variable representation basis sets: Techniques and application to liquid water

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 110, Issue 16, 2006, Pages 5549-5560

  Lee, Hee Seung ^a   Tuckerman, Mark E ^b  

^a NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

^b NEW YORK UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ALGORITHMS; COMPUTER SIMULATION; CONVERGENCE OF NUMERICAL METHODS; ELECTRONIC STRUCTURE; MOLECULAR VIBRATIONS;

CHEMICALLY ACTIVE SYSTEMS; DISCRETE VARIABLE REPRESENTATION (DVR); LIQUID WATER; NUMERICAL ALGORITHMS;

MOLECULAR DYNAMICS;

EID: 33646432225     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0570770     Document Type: Article

References (70)

1. Payne, M. C.; King-Smith, R. D.; Lin, J.-S.; Joannopoulos, J. D. Rev. Mod. Phys. 1992, 64, 1045.
2. Parrinello, M. Solid State Commun. 1997, 102, 107.
3. Marx, D.; Hutter, J. In Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry, NIC series; Grotendorst, J., Ed.; John von Neuman Institut für Computing, Forschungszentrum: Jülich, 2000; Vol. 1, pp 301-449.
4. Tuckerman, M. E. J. Phys. Condens. Matter 2002, 14, R1297.
5. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
6. Hartke, B.; Carter, E. A. Chem. Phys. Lett. 1992, 189, 358.
7. Schlegel, H. B.; et al. J. Chem. Phys. 2001, 114, 9758.
8. Lippert, G.; Hutter, J.; Parrinello, M. Mol. Phys. 1997, 92, 477.
9. Chelikowsky, J. R.; Jing, X.; Wu, K.; Saad, Y. Phys. Rev. B 1996, 53, 12071.
10. Briggs, E. L.; Sullivan, D. J.; Bernholc, J. Phys. Rev. B 1996, 54, 14362.
11. Goedecker, S. Rev. Mod. Phys. 1999, 71, 1085.
12. Beck, T. L. Rev. Mod. Phys. 2000, 72, 1041.
13. Varga, K.; Zhang, Z.; Pantelides, S. T. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 176403.
14. Yang, W. Phys. Rev. Lett. 1991, 66, 1438.
15. Li, X.-P.; Nunes, R. W.; Vanderbilt, D. Phys. Rev. B 1993, 47, 10891.
16. Mauri, F.; Galli, G.; Car, R. Phys. Rev. B 1993, 47, 9973.
17. Ordejón, P.; Drabold, D. A.; Martin, R. M.; Grumbach, M. P. Phys. Rev. B 1995, 51, 1456.
18. Hernández, E.; Gillan, M. J.; Goringe, C. M. Phys. Rev. B 1996, 53, 7147.
19. Chelikowsky, J. R.; Troullier, N.; Saad, Y. Phys. Rev. Lett. 1994, 72, 1240.
20. Tsuchida, E.; Tsukada, M. Phys. Rev. B 1995, 52, 1995.
21. Skylaris, C.-K.; Haynes, P. D.; Mostofi, A. A.; Payne, M. C. J. Chem. Phys. 2005, 122, 084119.
22. Brandt, A.; McCormick, S. F.; Ruge, J. W. SIAM J. Sci. Stat. Comput. 1983, 4, 244.
23. Hackbusch, W. Multi-Grid Methods and Applications; Springer-Verlag: Berlin, 1985.
24. Alemany, M. M. G.; Jain, M.; Kronik, L.; Chelikowsky, J. R. Phys. Rev. B 2004, 69, 075101.
25. Schmid, R. J. Comput. Chem. 2004, 25, 799.
26. Fattebert, J.-L.; Gygi, F. Comput. Phys. Comm. 2004, 162, 24.
27. Tangney, P. J. Chem. Phys. 2006, 124, 044111.
28. Light, J. C.; Hamilton, I. P.; Lill, J. V. J. Chem. Phys. 1985, 82, 1400.
29. Light, J. C.; Carrington, T. Adv. Chem. Phys. 2000, 114, 263.
30. Liu, Y.; Yarne, D. A.; Tuckerman, M. E. Phys. Rev. B 2003, 68, 125110.
31. Becke, A. D. Phys. Rev. A 1988, 38, 3098.
32. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
33. Asthagiri, D.; Pratt, L. R.; Kress, J. D. Phys. Rev. E 2003, 68, 041505.
34. Grossman, J. G.; et al. J. Chem. Phys. 2004, 120, 300.
35. Schwegler, E.; Grossman, J. C.; Gygi, F.; Galli, G. J. Chem. Phys. 2004, 121, 5400.
36. Kuo, I. W.; et al. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 12990.
37. Fernández-Serra, M. V.; Artacho, E. J. Chem. Phys. 2004, 121, 11136.
38. VandeVondele, J.; et al. J. Chem. Phys. 2005, 122, 014515.
39. Sit, P. H.-L.; Marzari, N. J. Chem. Phys. 2005, 122, 204510.
40. Mantz, Y. A.; Chen, B.; Martyna, G. J. Chem. Phys. Lett. 2005, 405, 294.
41. Mantz, Y. A.; Chen, B.; Martyna, J. G. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3540.
42. Fernández-Serra, M. V.; Artacho, E. Mol. Sim. 2005, 31, 361.
43. Tuckerman, M. E.; et al. Comput. Phys. Comm. 2000, 128, 333.
44. Colbert, D. T.; Miller, W. H. J. Chem. Phys. 1992, 96, 1982.
45. Martyna, G. J.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 1992, 110, 2810.
46. Minary, P.; Tuckerman, M. E.; Pihakari, K. A.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 2002, 116, 5351.
47. Minary, P.; et al. J. Chem. Phys. 2004, 121, 11949.
48. White, J. A.; Bird, D. M. Phys. Rev. B 1994, 50, 4954.
49. Kleinman, L.; Bylander, D. M. Phys. Rev. Lett. 1982, 48, 1452.
50. Beck, T. L. J. Comput. Chem. 1999, 20, 1731.
51. Ono, T.; Hirose, K. Phys. Rev. Lett. 1999, 82, 5016.
52. Briggs, E. L.; Sullivan, D. J.; Bernholc, J. Phys. Rev. B 1995, 52, R5471.
53. Troullier, N.; Martins, J. L. Phys. Rev. B 1991, 43, 1993.
54. Tuckerman, M. E.; Berne, B. J.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1991, 94, 6811.
55. Watanabe, M.; Reinhardt, W. P. Phys. Rev. Lett. 1990, 65, 3301.
56. Lee, H.-S.; Tuckerman, M. E.; Martyna, G. J. ChemPhysChem 2005, 6, 1827.
57. Press, W. H.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T.; Flannery, B. P. Numerical Recipies; Cambridge University Press: Cambridge, U.K., 1989.
58. Tuckerman, M. E.; Laasonen, K.; Sprik, M.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 1995, 103, 150.
59. Marx, D.; Tuckerman, M. E.; Hutter, J.; Parrinello, M. Nature 1999, 397, 601.
60. Martyna, G. J.; Klein, M. L.; Tuckerman, M. E. J. Chem. Phys. 1992, 97, 2635.
61. Soper, A. K.; Bruni, F.; Ricci, M. A. J. Chem. Phys. 1997, 106, 247.
62. Soper, A. K. Chem. Phys. 2000, 258, 121.
63. Hura, G.; Sorenson, J. M.; Glaeser, R. M.; Head-Gordon, T. J. Chem. Phys. 2000, 113, 9140.
64. Hura, G.; Sorenson, J. M.; Glaeser, R. M.; Head-Gordon, T. J. Chem. Phys. 2000, 113, 9148.
65. Hamann, D. R. Phys. Rev. B 1989, 40, 2980.
66. Perdew, J. P.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865.
67. Liu, S.; Perez-Jorda, J. M.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2000, 112, 1634.
68. Fattebert, J.-L.; Bernholc, J. Phys. Rev. B 2000, 62, 1713.
69. Essmann, U.; et al. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577.
70. Vadali, R. V.; Shi, Y.; Kumar, S.; Kale, L. V.; Tuckerman, M. E.; Martyna, G. J. J. Comp. Chem. 2004, 25, 2006.