-
3
-
-
85057259375
-
-
Normal mode analysis: Theory and applications to biological and chemical systems; Cui, Q., Bahar, I., Eds.; CRC Press: 2005.
-
Normal mode analysis: Theory and applications to biological and chemical systems; Cui, Q., Bahar, I., Eds.; CRC Press: 2005.
-
-
-
-
4
-
-
0000885331
-
-
Brooks, B. R.; Janežič, D.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1522-1542.
-
(1995)
J. Comput. Chem
, vol.16
, pp. 1522-1542
-
-
Brooks, B.R.1
Janežič, D.2
Karplus, M.3
-
8
-
-
0028454915
-
-
Durand, P.; Trinquier, G.; Sanejouand, Y.-H. Biopolymers 1994, 34, 759-771.
-
(1994)
Biopolymers
, vol.34
, pp. 759-771
-
-
Durand, P.1
Trinquier, G.2
Sanejouand, Y.-H.3
-
9
-
-
0000985075
-
-
Austin, R. H.; Hong, M. K.; Moser, C.; Plombon, J. Chem. Phys. 1991, 158, 473-486.
-
(1991)
Chem. Phys
, vol.158
, pp. 473-486
-
-
Austin, R.H.1
Hong, M.K.2
Moser, C.3
Plombon, J.4
-
10
-
-
0000895446
-
-
Beratan, D. N.; Betts, J. N.; Onuchic, J. N. J. Phys. Chem. 1992, 96, 2852-2855.
-
(1992)
J. Phys. Chem
, vol.96
, pp. 2852-2855
-
-
Beratan, D.N.1
Betts, J.N.2
Onuchic, J.N.3
-
12
-
-
0000251181
-
-
Noid, D. W.; Fukui, K.; Sumpter, B. G.; Yang, C.; Tuzun, R. E. Chem. Phys. Lett. 2000, 316, 285-296.
-
(2000)
Chem. Phys. Lett
, vol.316
, pp. 285-296
-
-
Noid, D.W.1
Fukui, K.2
Sumpter, B.G.3
Yang, C.4
Tuzun, R.E.5
-
13
-
-
0034745888
-
-
Fukui, K.; Sumpter, B. G.; Noid, D. W.; Yang, C.; Tuzun, R. E. Comput. Theor. Polym. Sci. 2001, 11, 191-196.
-
(2001)
Comput. Theor. Polym. Sci
, vol.11
, pp. 191-196
-
-
Fukui, K.1
Sumpter, B.G.2
Noid, D.W.3
Yang, C.4
Tuzun, R.E.5
-
14
-
-
0347616606
-
-
Fukui, K.; Sumpter, B. G.; Noid, D. W.; Yang, C.; Tuzun, R. E. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 526-531.
-
(2000)
J. Phys. Chem. B
, vol.104
, pp. 526-531
-
-
Fukui, K.1
Sumpter, B.G.2
Noid, D.W.3
Yang, C.4
Tuzun, R.E.5
-
15
-
-
33846319108
-
-
private communication
-
Noid, D. W. private communication.
-
-
-
Noid, D.W.1
-
17
-
-
0035827786
-
-
Filippone, F.; Meloni, S.; Parrinello, M. J. Chem. Phys. 2001, 115, 636-642.
-
(2001)
J. Chem. Phys
, vol.115
, pp. 636-642
-
-
Filippone, F.1
Meloni, S.2
Parrinello, M.3
-
18
-
-
0033438191
-
-
Anglada, J. P.; Besalù E.; Bofill, J. M.; Rubio, J. J. Math. Chem. 1999, 25, 85-92.
-
(1999)
J. Math. Chem
, vol.25
, pp. 85-92
-
-
Anglada, J.P.1
Besalù, E.2
Bofill, J.M.3
Rubio, J.4
-
19
-
-
0036106832
-
-
Prat-Resina, X.; Garcia-Viloca, M.; Monard, G.; Gonzalez A.; Lluch, J. M.; Bofill, J. M.; Anglada, J. M. Theor. Chem. Acc. 2002, 107, 147-153.
-
(2002)
Theor. Chem. Acc
, vol.107
, pp. 147-153
-
-
Prat-Resina, X.1
Garcia-Viloca, M.2
Monard, G.3
Gonzalez, A.4
Lluch, J.M.5
Bofill, J.M.6
Anglada, J.M.7
-
26
-
-
0000169271
-
-
Pick, R. M.; Cohen, M. H.; Martin, R. M. Phys. Rev. B 1970, 1, 910.
-
(1970)
Phys. Rev. B
, vol.1
, pp. 910
-
-
Pick, R.M.1
Cohen, M.H.2
Martin, R.M.3
-
28
-
-
4243654070
-
-
Baroni, S.; Giannozzi, P.; Testa, A. Phys. Rev. Lett. 1987, 59, 2662.
-
(1987)
Phys. Rev. Lett
, vol.59
, pp. 2662
-
-
Baroni, S.1
Giannozzi, P.2
Testa, A.3
-
31
-
-
28144442178
-
-
Murray, C. W.; Racine, S. C.; Davidson, E. R. J. Comput. Phys. 1992, 103, 382-389.
-
(1992)
J. Comput. Phys
, vol.103
, pp. 382-389
-
-
Murray, C.W.1
Racine, S.C.2
Davidson, E.R.3
-
32
-
-
0035478776
-
-
Leininger, M. L.; Sherrill, C. D.; Allen, W. D.; Schaefer, H. F., III J. Comput. Chem. 2001, 22, 1574-1589.
-
(2001)
J. Comput. Chem
, vol.22
, pp. 1574-1589
-
-
Leininger, M.L.1
Sherrill, C.D.2
Allen, W.D.3
Schaefer III, H.F.4
-
33
-
-
33846280584
-
-
Liu, B. Numerical Algorithms in Chemistry: Algebraic Methods; Moler, C., Shavitt, I., Eds.; LBL-8158; Lawrence Berkeley Laboratory: Berkeley, CA, 1978.
-
Liu, B. Numerical Algorithms in Chemistry: Algebraic Methods; Moler, C., Shavitt, I., Eds.; LBL-8158; Lawrence Berkeley Laboratory: Berkeley, CA, 1978.
-
-
-
-
35
-
-
0000522446
-
-
Knyazev, A. V. Electron. Trans. Num. Anal. 1998, 7, 104-123.
-
Knyazev, A. V. Electron. Trans. Num. Anal. 1998, 7, 104-123.
-
-
-
-
44
-
-
0011785161
-
-
Bofill, J. M.; Moreira, I. D. P. R.; Anglada, J. M.; Illas, F. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1375-1386.
-
(2000)
J. Comput. Chem
, vol.21
, pp. 1375-1386
-
-
Bofill, J.M.1
Moreira, I.D.P.R.2
Anglada, J.M.3
Illas, F.4
-
47
-
-
84960309951
-
-
Fujisaki, H.; Bu, L.; Straub, J. E. Adv. Chem. Phys. 2005, 130, 179-203.
-
(2005)
Adv. Chem. Phys
, vol.130
, pp. 179-203
-
-
Fujisaki, H.1
Bu, L.2
Straub, J.E.3
-
48
-
-
33846306807
-
-
Ponder, J. TINKER Software Tools for Molecular Design, Version 4.2, Washington University School of Medicine, June 2004, available from
-
Ponder, J. TINKER Software Tools for Molecular Design, Version 4.2, Washington University School of Medicine, June 2004, available from http:/dasher.wustl.edu/tinker.
-
-
-
-
49
-
-
0036264492
-
-
Neidigh, J. W.; Fesinmeyer, R. M.; Andersen, N. H. Nature Struct. Biol. 2002, 9, 425-430.
-
(2002)
Nature Struct. Biol
, vol.9
, pp. 425-430
-
-
Neidigh, J.W.1
Fesinmeyer, R.M.2
Andersen, N.H.3
-
50
-
-
0032922174
-
-
Cheatham, T. E., III; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 845-862.
-
(1999)
J. Biomol. Struct. Dyn
, vol.16
, pp. 845-862
-
-
Cheatham III, T.E.1
Cieplak, P.2
Kollman, P.A.3
-
51
-
-
0029011701
-
-
Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
-
(1995)
J. Am. Chem. Soc
, vol.117
, pp. 5179-5197
-
-
Cornell, W.D.1
Cieplak, P.2
Bayly, C.I.3
Gould, I.R.4
Merz Jr., K.M.5
Ferguson, D.M.6
Spellmeyer, D.C.7
Fox, T.8
Caldwell, J.W.9
Kollman, P.A.10
-
53
-
-
0032228252
-
-
Ben-Nun, M.; Molnar, F.; Lu, H.; Phillips, J. C.; Martinez, T. J.; Schulten, K. Faraday Discuss. 1998, 110, 447-462.
-
(1998)
Faraday Discuss
, vol.110
, pp. 447-462
-
-
Ben-Nun, M.1
Molnar, F.2
Lu, H.3
Phillips, J.C.4
Martinez, T.J.5
Schulten, K.6
-
54
-
-
0027491027
-
-
Ferrand, M.; Dianoux, A. J.; Petry, W.; Zaccai, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 9668-9672.
-
(1993)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A
, vol.90
, pp. 9668-9672
-
-
Ferrand, M.1
Dianoux, A.J.2
Petry, W.3
Zaccai, G.4
-
55
-
-
0001513332
-
-
Humphrey, W.; Xu, D.; Sheves, M.; Schulten, K. J. Phys. Chem. 1995, 99, 14549-14560.
-
(1995)
J. Phys. Chem
, vol.99
, pp. 14549-14560
-
-
Humphrey, W.1
Xu, D.2
Sheves, M.3
Schulten, K.4
-
56
-
-
0030058834
-
-
Xu, D.; Martin, C.; Schulten, K. Biophys. J. 1996, 70, 453-460.
-
(1996)
Biophys. J
, vol.70
, pp. 453-460
-
-
Xu, D.1
Martin, C.2
Schulten, K.3
-
57
-
-
0028845662
-
-
Xu, D.; Sheves, M.; Schulten, K. Biophys. J. 1995, 69, 2745-2760.
-
(1995)
Biophys. J
, vol.69
, pp. 2745-2760
-
-
Xu, D.1
Sheves, M.2
Schulten, K.3
-
58
-
-
0029757992
-
-
Roux, B.; Nina, M.; Pomes, R.; Smith, J. C. Biophys. J. 1996, 71, 670-681.
-
(1996)
Biophys. J
, vol.71
, pp. 670-681
-
-
Roux, B.1
Nina, M.2
Pomes, R.3
Smith, J.C.4
-
59
-
-
0027220385
-
-
Ferrand, M.; Zaccai, G.; Nina, M.; Smith, J. C.; Etchebest, C.; Roux, B. FEBS. Lett. 1993, 327, 256-260.
-
(1993)
FEBS. Lett
, vol.327
, pp. 256-260
-
-
Ferrand, M.1
Zaccai, G.2
Nina, M.3
Smith, J.C.4
Etchebest, C.5
Roux, B.6
-
60
-
-
0034595671
-
-
Zaccai, G. Science 2000, 288, 1604-1607.
-
(2000)
Science
, vol.288
, pp. 1604-1607
-
-
Zaccai, G.1
-
61
-
-
0041843665
-
-
Whitmire, S. E.; Wolpert, D.; Markelz, A. G.; Hillbrecht, J. R.; Galan, J.; Birge, R. R. Biophys. J. 2003, 85, 1269-1277.
-
(2003)
Biophys. J
, vol.85
, pp. 1269-1277
-
-
Whitmire, S.E.1
Wolpert, D.2
Markelz, A.G.3
Hillbrecht, J.R.4
Galan, J.5
Birge, R.R.6
-
63
-
-
0034607683
-
-
Alexiev, U.; Mollaaghababa, R.; Khorana, H. G.; Heyn, M. P. J. Biol. Chem. 2000, 275, 13431-13440.
-
(2000)
J. Biol. Chem
, vol.275
, pp. 13431-13440
-
-
Alexiev, U.1
Mollaaghababa, R.2
Khorana, H.G.3
Heyn, M.P.4
-
64
-
-
0033609904
-
-
Luecke, H.; Schobert, B.; Richter, H. T.; Cartailler, J. P.; Lanyi, J. K. J. Mol. Biol. 1999, 291, 899-911.
-
(1999)
J. Mol. Biol
, vol.291
, pp. 899-911
-
-
Luecke, H.1
Schobert, B.2
Richter, H.T.3
Cartailler, J.P.4
Lanyi, J.K.5
-
65
-
-
0041784950
-
-
MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stole, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
-
MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stole, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616.
-
-
-
-
67
-
-
0005538815
-
-
Cho, M.; Fleming, G. R.; Saito, S.; Ohmine, I.; Stratt, R. M. J. Chem. Phys. 1994, 100, 6672-6683.
-
(1994)
J. Chem. Phys
, vol.100
, pp. 6672-6683
-
-
Cho, M.1
Fleming, G.R.2
Saito, S.3
Ohmine, I.4
Stratt, R.M.5
-
68
-
-
33846279106
-
-
DeLano Scientific LLC, San Carlos, CA
-
DeLano, W. L. The PyMOL Molecular Graphics System, DeLano Scientific LLC, San Carlos, CA. http://www.pymol.org.
-
-
-
DeLano, W.L.1
-
72
-
-
3042730827
-
-
Jang, H.; Crozier, P. S.; Stevens, M. J.; Woolf, T. B. Biophys. J. 2004, 87, 129-145.
-
(2004)
Biophys. J
, vol.87
, pp. 129-145
-
-
Jang, H.1
Crozier, P.S.2
Stevens, M.J.3
Woolf, T.B.4
-
73
-
-
2942511344
-
-
Cui, Q.; Li, G.; Ma, J.; Karplus. M. J. Mol Biol. 2004, 340, 345-372.
-
(2004)
J. Mol Biol
, vol.340
, pp. 345-372
-
-
Cui, Q.1
Li, G.2
Ma, J.3
Karplus, M.4
|