Thermodynamics of hydrogen bonding in hydrophilic and hydrophobic media

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 9, 2006, Pages 4393-4398

  Van Der Spoel, David ^a   Van Maaren, Paul J ^a   Larsson, Per ^b   Tîmneanu, Nicuşor ^a  

^a UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

^b STOCKHOLM UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AGGREGATES; ALCOHOLS; ENTHALPY; ENTROPY; HYDROPHILICITY; HYDROPHOBICITY; MOLECULAR DYNAMICS; PROTEINS; RAMAN SPECTROSCOPY; THERMODYNAMICS;

ENTROPIC BARRIER; EQUILIBRIUM THERMODYNAMICS; VAN'T HOFF RELATION;

HYDROGEN BONDS;

EID: 33645678321     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0572535     Document Type: Article

References (52)

1. 2O A biography of water; Weidenfeld and Nicolson: London, 1999.
2. Barron, L. D.; Hecht, L.; Wilson, G. Biochemistry 1997, 36, 13143-13147.
3. Real, V.; Dunn, R.; Ferrand, M.; Finney, J. L.; Daniel, P. M.; Smith, J. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 9961-9966.
4. Xu, F.; Cross, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9057-9061.
5. Dixit, S.; Crain, J.; Poon, W. C. K.; Finney, J. L.; Soper, A. K. Nature 2002, 416, 829-832.
6. Dougan, L.; Bates, S. P.; Hargreaves, R.; Fox, J. P.; Crain, J.; Finney, J. L.; Réat, V.; Soper, A. K. J. Chem. Phys. 2004, 121, 6456-6462.
7. Wensink, E. J. W.; Hoffmann, A. C.; van Maaren, P. J.; van der Spoel, D. J. Chem. Phys. 2003, 119, 7308-7317.
8. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236.
9. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
10. Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.: Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8592.
11. Yonetani, Y. Chem. Phys. Lett. 2005, 406, 49-53.
12. van der Spoel, D.; van Maaren, P. J. J. Chem. Theory Comput. 2006, 1, 1-11.
13. Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56.
14. Lindahl, E.; Hess, B. A.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317.
15. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718.
16. Mahoney, M. W.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Phys. 2000, 112, 8910-8922.
17. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; D. Reidel Publishing Company: Dordrecht, 1981; pp 331-342.
18. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269-6271.
19. Starr, F. W.; Nielsen, J. K.; Stanley, H. E. Phys. Rev. E 2000, 62, 579-587.
20. Xu, H. F.; Stern, H. A.; Berne, B. J. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 2054-2060.
21. Modig, K.; Pfrommer, B. G.; Halle, B. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 075502.
22. Modig, K.; Halle, B. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12031-12041.
23. Soper, A. K. Chem. Phys. 2000, 258, 121-137.
24. Luzar, A. J. Chem. Phys. 2000, 113, 10663-10675.
25. Luzar, A.; Chandler, D. Nature 1996, 379, 55-57.
26. Carey, D. M.; Korenowski, G. M. J. Chem. Phys. 1998, 108, 2669-2675.
27. Walrafen, G. E. J. Chem. Phys. 2004, 120, 4868-4876.
28. Edwards, H. G. M.; Farwell, D. W.; Jones, A. Spectrochim. Acta, Part A 1989, 45, 1165-1171.
29. Edwards, H. G. M.; Farwell, D. W. J. Mol. Struct. 1990, 220, 217-226.
30. Hiejima, Y.; Yao, M. J. Chem. Phys. 2003, 119, 7931-7942.
31. Sun, L.; Wick, C. D.; Siepmann, J. I.; Schure, M. R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15118-15125.
32. Noskov, S. Y.; Lamoureux, G.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6705-6713.
33. van Maaren, P. J.; van der Spoel, D. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 2618-2626.
34. Lamoureux, G.; MacKerell, A. D.; Roux, B. J. Phys. Chem. A 2004, 119, 5185-5197.
35. Vorobyov, I. V.; Anisimov, V. M.; MacKerell, A. D., Jr. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 18988-18999.
36. Hoffmann, M. M.; Conradi, M. S. J. Phys. Chem. B 1998, 108, 263-271.
37. Lalanne, P.; Andanson, J. M.; Soetens, J.-C.; Tassaing, T.; Danten, Y.; Besnard, M. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 3902-3909.
38. Hess, B. J. Chem. Phys. 2002, 116, 209-217.
39. Hoffmann, M. M.; Conradi, M. S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 263-271.
40. Sciortino, F.; Fornili, S. L. J. Chem. Phys. 1989, 90, 2786-2792.
41. Ohmine, I.; Tanaka, H. Chem. Rev. 1993, 93, 2545-2566.
42. Luzar, A. Faraday Discuss. 1996, 103, 29-40.
43. Starr, F. W.; Nielsen, J. K.; Stanley, H. E. Phys. Rev. Lett. 1999, 2294-2297.
44. Agmon, N. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1072-1080.
45. Schreiner, E.; Nicolini, C.; Ludolph, B.; Ravindra, R.; Qtte, N.; Kohlmeyer, A.; Rousseau, R.; Winter, R.; Marx, D. Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 148101.
46. van der Spoel, D.; van Maaren, P. J.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1998, 108, 10220-10230.
47. Sheu, S. Y.; Yang, D. Y.; Selzle, H. L.; Schlag, E. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 12683-12687.
48. Efimov, A. V.; Brazhnikov, E. V. FEBS Lett. 2003, 554, 389-393.
49. Dill, K. A. Biochemistry 1990, 29, 7133-7155.
50. Pace, C. N. Biochemistry 2001, 40, 310-313.
51. Takano, K.; Scholtz, J. M.; Sacchettini, J. C.; Pace, C. N. J. Biol. Chem. 2003, 278, 31790-31795.
52. Privalov, P. L. In Protein Folding; Creighton, T. E., Ed.; Freeman: New York, 1992; pp 83-126.