Reconstruction of a genetic network from gene perturbation data

Journal of the Korean Physical Society

Volumn 48, Issue SUPPL. 2, 2006, Pages

  Son, Seung Woo ^a   Jeong, Hawoong ^a  

^a Korea Advanced Institute of Science and Technology (KAIST)   (South Korea)

Author keywords

Gene perturbation; Regulatory network; Scale free network

Indexed keywords

EID: 33644894198     PISSN: 03744884     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Conference Paper

References (17)

1. E. S. Lander, Nature Genet. 21, 3 (1999).
2. D. Gerhold, T. Rushmore and C. T. Caskey, Trends Biochem. Sci. 24, 168 (1999).
3. M. B. Eisen, P. T. Spellman, P. O. Brown and D. Botstein, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 14863 (1998).
4. P. Tamayo, D. Slonim, J. Mesirov, Q. Zhu, S. Kitareewan, E. Dmitrovsky, E. S. Lander and T. R. Golub, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 2907 (1999).
5. S. Tavazoie, J. D. Hughes, M. J. Campbell, R. J. Cho and G. M. Church, Nature Genet. 22, 281 (1999).
6. U. Alon, N. Barkai, D. A. Notterman, K. Gish, S. Ybarra, D. Mack and A. J. Levine, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 6745 (1999).
7. A. J. Buttle, P. Tamayo, D. Slonim, T. R. Golub and I. S. Kohane, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 12182 (2000).
8. K. Rho, H. Jeong and B. Kahng, e-print condmat/0301110 (2003).
9. T. R. Hughes, M. J. Marton, A. R. Jones, C. J. Roberts, R. Stoughton, C. D. Armour, H. A. Bennett, E. Coffey, H. Dai, Y. D. He, M. J. Kidd, A. M. King, M. R. Meyer, D. Slade, P. Y. Lum, S. B. Stepaniants, D. D. Shoemaker, D. Gachotte, K. Chakraburtty, J. Simon, M. Bard and S. H. Friend, Cell 102, 109 (2000).
10. S.-W. Son, D.-H. Kim, Y.-Y. Ahn and H. Jeong, J. Korean Phys. Soc. 44, 628 (2004).
11. A. Wagner, Bioinformatics 17, 1183 (2001).
12. K. Kyoda, K. Baba, S. Onami and H. Kitano, Bioinformatics 20, 2662 (2004).
13. S. G. Tringe, A. Wagner and S. W. Ruby, Genome Biology 5, R29 (2004).
14. T. I. Lee, N. J. Rinaldi, F. Robert, D. T. Odom, Z. Bar-Joseph, G. K. Gerber, N. M. Hannett, C. T. Harbison, C. M. Thompson, I. Simon, J. Zeitlinger, E. G. Jennings, H. L. Murray, D. B. Gordon, B. Ren, J. J. Wyrick, J.-B. Tagne, T. L. Volkert, E. Fraenkel, D. K. Gifford and R. A. Young, Science 298, 799 (2002).
15. R. Milo, S. Shen-Orr, S. Itzkovitz, N. Kashtan, D. Chklovskii and U. Alon, Science 298, 8247 (2002).
16. J. B. Kruskal, Proc. Amer. Math. Soc. 7, 48 (1956).
17. D.-H. Kim and H. Jeong, J. Korean Phys. Soc. 44, 624 (2004).