Deprotonation of solvated formic acid: Car-parrinello and metadynamics simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 110, Issue 5, 2006, Pages 2325-2331

  Lee, Jung Goo ^a   Asciutto, Eliana ^a   Babin, Volodymyr ^a   Sagui, Celeste ^a   Darden, Thomas ^b   Roland, Christopher ^a  

^a NORTH CAROLINA STATE UNIVERSITY   (United States)

^b NATIONAL INSTITUTE OF ENVIRONMENTAL HEALTH SCIENCES   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CATALYSIS; COMPUTER SIMULATION; FREE ENERGY; MOLECULAR DYNAMICS; OXYGEN; WATER;

DEPROTONATION; FORMIC ACID; METADYNAMICS SIMULATIONS;

CARBOXYLIC ACIDS;

EID: 33644752094     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp055809i     Document Type: Article

References (42)

1. Morrison, R. J.; Boyd, R. N.; Boyd, R. K. Organic Chemistry, 6th edition; Benjamin-Cummings, 1992.
2. Laasonen, K.; Klein, M. L. J. Am. Chem. Soc. 1994, 57, 11620-11621.
3. Laasonen, K.; Klein, M. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 98-102.
4. Kim, D.; Klein, M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11251-11252.
5. Raugei, S.; Klein, M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9484-9485.
6. Ivanov, I.; Klein, M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 13380-13381.
7. Sprik, M. Faraday Discuss 1998, 110, 437-445.
8. Sprik, M. Chem. Phys. 2000, 258, 139-150.
9. Trout, B.; Parrinello, M. Chem. Phys. Lett. 1998, 288, 343-347.
10. Cuma, M.; Schmitt, U. W.; Voth, G. A. Chem. Phys. 2000, 258, 187-199.
11. Davies, J. E.; Doltsinis, N. L.; Kirby, A. J.; Roussev, C. D.; Sprik. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 6594.
12. Patai, S. Chemistry of Carboxylic Acids and Esters (Chemistry of Functional Groups S); John Wiley: 1969.
13. Blakeley, M.; Kalb, A.; Helliwell, J.; Myles, A. Proc. Natl. Acad. Sci. 2004, 101, 16405.
14. Hanson, B. Proc. Natl. Acad. Sci. 2004, 101, 16393-16394.
15. Car, R.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471-2474.
16. Laio, A.; Parrinello, M. Proc. Natl. Acad. Sci. 2002, 99, 12562-12566.
17. Iannuzzi, M.; Laio, A.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2003, 90, 238302-1.
18. Laio, A.; Rodriguez-Fortea, A.; Gervasio, F. L.; Ceccarelli, M.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6714-6721.
19. Ensing, B.; Laio, A.; Gervasio, F. L.; Parrinello, M.; Klein, M. L. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 9492-9493.
20. Churakov, S. V.; lanuzzi, M.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 11567-11574.
21. Gervasio, F.; Laio, A.; Parrinello, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 124, 2600.
22. Ceccarelli, M.; Danelon, C.; Laio, A.; Parrinello, M. Biophys. J. 2004, 87, 58.
23. lannuzzi, M.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 025901.
24. A. Stirling, M. lanuzzi, A. L.; Parrinello, M. ChemPhysChem 2004, 5, 1558-1568.
25. Asciutto, E.; Sagui, C. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 7682-7687.
26. Hutter, J.; al el. CPMD v3.9; Copyright IBM Corp, (1990-2004) and MPI fuer Festkoerperforschung Stuttgart, 1995-2001.
27. Vanderbilt, D. Phys. Rev. B. 1990, 41, 7892-7895.
28. Perdew, J.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1996, 77, 3865.
29. Perdew, J.; Burke, K.; Ernzerhof, M. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 1396.
30. Grossman, J. C.; Schwegler, E.; Draeger, E.; Gygi, F.; Galli, G. J. Chem. Phys. 2004, 120, 300.
31. Kuo, W.; Mundy, C. J.; McGrath, M. J.; Siepmann, J. I.; VandeVondele, J.; Sprik, M.; Hutter, J.; Chen, B.; Klein, M. L.; Mohamed, F.; Krack, M.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 12990.
32. Marwick, P.; Doltsinis, N. L.; Marx, D. J. Chem. Phys. 2005, 122, 054122.
33. Tuckerman, M.; Laasonen, K.; Sprik, M.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. 1995, 99, 5749-5752.
34. Nose, S.; Klein, M. Mol. Phys. 1983, 50, 1055-76.
35. Ensing, B.; Meijer, E.; Bloechl, P.; Baerends, E. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 3300-3310.
36. Ensing, B.; Laio, A.; Parrinello, M.; Klein, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6676-6687.
37. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Kiene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
38. Goddard, J.; Yamaguchi, Y.; Schaefer, H., III J. Chem. Phys. 1992, 96, 1158.
39. Wei, D.; Truchon, J.; Sirois, S.; Salahub, D. J. Chem. Phys. 2002, 116, 6028.
40. Geissler, P.; Dellago, C.; Chandler, D.; Hutter, J.; Parrinello, M. Chem. Phys. Lett. 2000, 321, 225-230.
41. Geissler, P.; Voorhis, T.; Dellago, C. Chem. Phys. Lett. 2000, 324, 149.
42. Loncharich, R. J.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W. Biopolymers 1992, 32, 523-535