Nucleobase pair analogues 2-pyridone-uracil, 2-pyridone-thymine, and 2-pyridone-5-fluorouracil: Hydrogen-bond strengths and intermolecular vibrations

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 108, Issue 29, 2004, Pages 6156-6164

  Müller, Andreas ^a   Leutwyler, Samuel ^a  

^a UNIVERSITY OF BERN   (Switzerland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; CHROMOPHORES; DISSOCIATION; HYDROGEN BONDS; INFRARED RADIATION; ISOMERIZATION; NATURAL FREQUENCIES; ULTRAVIOLET RADIATION;

GAS-PHASE DIMERIZATION; INTERMOLECULAR VIBRATIONS; LOW-FREQUENCY DYNAMICS;

DNA;

EID: 3342894992     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp049033h     Document Type: Article

References (66)

1. Chen, Y. Z.; Prohofsky, E. W. J. Chem. Phys. 1984, 80, 6291.
2. Chen, Y. Z.; Prohofsky, E. W. J. Chem. Phys. 1991, 94, 4665.
3. Cocco, S.; Monasson, R. J. Chem. Phys. 2000, 112, 10017.
4. Urabe, H.; Hayashi, H.; Tominaga, Y.; Nishimura, Y.; Kubota, K.; Tsuboi, M. J. Chem. Phys. 1985, 82, 531.
5. Urabe, H.; Sugawara, Y.; Tsukakoshi, M.; Kasuya, T. J. Chem. Phys. 1991, 95, 5519.
6. Nir, E.; Brauer, B.; Grace, L.; de Vries, M. S. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4896.
7. Nir, E.; Imhof, P.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. J. Am. Chem. Soc. 2000, 722, 8091.
8. Nir, E.; Imhof, P.: Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Nature (London) 2000, 408, 949.
9. Nir, E.; Janzen, C.; Imhof, P.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. J. Chem. Phys. 2001, 115, 4604.
10. Plützer, C.; Nir, E.; de Vries, M. S.; Kleinermanns, K. Phys. Chem. Chem. Phys. 2001, 3, 5466.
11. Nir, E.; Janzen, C.; Imhof, P.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 740.
12. Nir, E.; Janzen, C.; Imhof, P.; Kleinermanns, K.; de Vries, M. S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 732.
13. Nir, E.; Müller, M.; Grace, L. I.; de Vries, M. S. Chem. Phys. Lett. 2002, 355, 59.
14. Plützer, C.; Hünig, I.; Kleinermanns, K.; Nir, E.; de Vries, M. Chem. Phys. Chem. 2003, 4, 838.
15. Kim, N. J.; Jeong, G.; Kim, Y. S.; Sung, J.; Kim, S. K.; Park, Y. D. J. Chem. Phys. 2000, 113, 10051.
16. Lührs, D.; Viallon, J.; Fischer, I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 3, 1827.
17. Cech, T. R.; Damberger, S. H.; Guteil, R. R. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 273.
18. Grüene, M.; Pürste, J. P.; Klussmann, S.; Erdmann, V. A.; Brown, L. R. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 2592.
19. Wahl, M. C.; Rao, S. T.; Sundaralingam, M. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 24.
20. Lietzke, S. E.; Barnes, C. L.; Berglund, J. A.; Kundrot, C. E. Structure 1996, 4, 917.
21. Cate, J. H.; Gooding, A. R.; Podell, E.; Zhou, K.; Golden, B. L.; Kundrot, C. E.; Cech, T. R.; Doudna, J. A. Science 1996, 273, 1678.
22. Ban, N.; Nissen, P.; Hansen, J.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Science 2000, 259, 905.
23. Matthews, D. A.; Villafranca, J. E.; Janson, C. A.; Smith, W. W.; Welsh, K.; Freer, S. J. Mol. Biol. 1990, 214, 937.
24. Voet, D.; Voet, J. G. Biochemistry; J. Wiley: New York, 1995.
25. Brady, B. B.; Peteanu, L. A.; Levy, D. H. Chem. Phys. Lett. 1988, 147, 538.
26. Onidas, D.; Markovitsi, D.; Marguet, S.; Sharonov, A.; Gustavsson, T. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 11367.
27. Gustavsson, T.; Sharonov, A.; Markovitsi, D. Chem. Phys. Lett. 2002, 351, 195.
28. Held, A.; Pratt, D. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 8629.
29. Held, A.; Pratt, D. J. Chem. Phys. 1992, 96, 4869.
30. Müller, A.; Talbot, F.; Leutwyler, S. J. Chem. Phys. 2000, 112, 3717.
31. Müller, A.; Talbot, F.; Leutwyler, S. J. Chem. Phys. 2002, 116, 2836.
32. Müller, A.; Losada, M.; Leutwyler, S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 157.
33. Kratochvil, M.; Engkvist, O.; Sponer, J.; Jungwirth, P.; Hobza, P. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6921.
34. Scanlan, M. J.; Millier, I. H. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 3737.
35. Lorentzon, J.; Fülscher, M. P.; Roos, B. O. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 9265.
36. Tian, S. X.; Zhang, C. F.; Zhang, Z. J.; Chen, X. J.; Xu, K. Z. Chem. Phys. 1999, 242, 217.
37. Wolken, J. K.; Turecek, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2000, 11, 1065.
38. Kryachko, E. S.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 1288.
39. Shukla, M. K.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 8642.
40. Marian, C. M.; Schneider, F.; Kleinschmidt, M.; Tatchen, J. Eur. Phys. J. D 2002, 20, 357.
41. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.
42. Valiron, P.; Mayer, I. Chem. Phys. Lett. 1997, 275, 46.
43. Bukowski, R.; Jeziorski, B.; Szalewicz, K. J. Chem. Phys. 1996, 104, 3306.
44. Losada, M.; Müller, A.; Leutwyler, S., to be submitted.
45. Leininger, M. L.; Nielsen, I. M. B.; Colvin, M. E.; Janssen, C. L. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 3850.
46. Leontis, N. B.; Stombaugh, J.; Westhof, E. Nucleic Adds Res. 2002, 30, 3479.
47. Nguyen, M.; Chandra, K.; Zeegers-Huyskens, T. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1998, 94, 1277.
48. Chandra, A. K.; Nguyen, M. T.; Zeegers-Huyskens, T. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 6010.
49. Kurinovich, M. A.; Lee, J. K. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 6258.
50. Jang, Y. H.; Sowers, L. C.; Cagin, T.; Goddard, W. A., III. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 274.
51. Held, A.; Champagne, B. B.; Pratt, D. J. Chem. Phys. 1991, 95, 8732.
52. Coussan, S.; Manca, C.; Tanner, C.; Bach, A.; Leutwyler, S. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3774.
53. Nimlos, M. R.; Kelley, D. F.; Bernstein, E. R. J. Phys. Chem. 1989, 93, 643.
54. Hatherley, L. D.; Brown, R. D.; Godfrey, P. D.; Pierlot, A. P.; Caminati, W.; Damiani, D.; Melandri, S.; Favero, L. B. G. J. Phys. Chem. 1993, 97, 46.
55. Borst, D. R.; Roscioli, J. R.; Pratt, D. W.; Florio, G. M.; Zwier, T. S.; Müller, A.; Leutwyler, S. Chem. Phys. 2002, 283, 341.
56. Maxton, P. M.; Schaeffer, M. W.; Ohline, S. M.; Kim, W.; Venturo, V.; Felker, P. M. J. Chem. Phys. 1994, 101, 8391.
57. Held, A.; Pratt, D. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9708.
58. Held, A.; Pratt, D. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9718.
59. Müller, A.; Talbot, F.; Leutwyler, S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14486.
60. Hager, J.; Wallace, S. J. Phys. Chem. 1985, 89, 3833-3841.
61. Grimme, S.; Waletzke, M. J. Chem. Phys. 1999, 111, 5645.
62. Müller, A.; Talbot, F.; Leutwyler, S. J. Chem. Phys. 2001, 115, 5192.
63. Turro, N. J. Modem Molecular Photochemistry; Benjamin: Menlo Park, 1978.
64. Sobolewski, A. L.; Domcke, W. Phys. Chem. Chem. Phys. 1999, 1, 3065.
65. Sobolewski, A. L.; Domcke, W. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 9275.
66. Sobolewski, A. L.; Domcke, W.; Dedonder-Lardeux, C.; Jouvet, C. Phys. Chem. Chem. Phys. 2002, 4, 1093.