The distribution of fitness effects caused by single-nucleotide substitutions in an RNA virus

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 101, Issue 22, 2004, Pages 8396-8401

  Sanjuán, Rafael ^a   Moya, Andrés ^a   Elena, Santiago F ^b  

^a UNIVERSITY OF VALENCIA   (Spain)

^b Universitat Politècnica de València   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPLEMENTARY DNA; RNA;

ALLELE; ARTICLE; GENE MUTATION; MODEL; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; RNA VIRUS; SITE DIRECTED MUTAGENESIS; VIRUS GENOME; VIRUS MUTATION;

ANIMALS; EVOLUTION; GENETICS, POPULATION; MUTAGENESIS, SITE-DIRECTED; POINT MUTATION; VARIATION (GENETICS); VESICULAR STOMATITIS-INDIANA VIRUS;

RNA VIRUSES; VESICULAR STOMATITIS VIRUS;

EID: 2942565781     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0400146101     Document Type: Article

References (54)

1. Muller, H. J. (1932) Am. Nat. 8, 118-138.
2. Kondrashov, A. S. (1993) J. Hered. 84, 372-387.
3. Charlesworth, D. & Charlesworth, B. (1998) Genetica 102/103, 3-19.
4. Barton, N. H. & Turelli, M. (1989) Annu. Rev. Genet. 23, 337-370.
5. Barton, N. H. & Keightley, P. D. (2002) Nat. Rev. Genet. 3, 11-21.
6. Keightley, P. D. & Lynch, M. (2003) Evolution 57, 683-685.
7. Fernández, J. & López-Fanjul, C. (1996) Genetics 143, 829-837.
8. Lyman, R. F., Lawrence, F., Nuzhdin, S. V. & Mackay, T. F. C. (1996) Genetics 143, 277-292.
9. Keightley, P. D. & Caballero, A. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 3823-3827.
10. Elena, S. F., Ekunwe, L., Hajela, N., Oden, S. A. & Lenski, R. E. (1998) Genetica 102/103, 349-358.
11. Domingo, E. & Holland, J. J. (1998) Annu. Rev. Microbiol. 51, 151-178.
12. Domingo, E. (2000) Virology 270, 251-253.
13. Eigen, M., McCaskill, J. & Schuster, P. (1988) J. Phys. Chem. 92, 6881-6891.
14. Jenkins, G. M., Worobey, M., Woelk, C. H. & Holmes, E. C. (2001) Mol. Biol. Evol. 18, 987-994.
15. Elena, S. F. & Moya, A. (1999) J. Evol. Biol. 12, 1078-1088.
16. Duarte, E. A., Clarke, D. K., Moya, A., Domingo, E, & Holland, J. J. (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 6015-6019.
17. Clarke, D. K., Duarte, E. A., Moya, A., Elena, S. F., Domingo, E. & Holland, J. J. (1993) J. Virol. 67, 222-228.
18. Lázaro, E., Escarmís, C., Pérez-Mercader, J., Manrubia, S. C. & Domingo, E. (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 10830-10835.
19. Novella, I. S., Hershey, C. L., Escarmis, C., Domingo, E. & Holland, J. J. (1999) J. Mol. Biol. 287, 459-465.
20. Cuevas, J. M., Elena, S. F. & Moya, A. (2002) Genetics 162, 533-542.
21. Novella, I. S. (2003) Curr. Opin. Microbiol. 6, 399-405.
22. Bisel, P. A. & Nichol, S. T. (1990) J. Virol. 64, 4873-4883.
23. Rodriguez, L. L., Bunch, T. A., Fraire, M. & Llewellyn, Z. N. (2000) Virology 271, 171-181.
24. Gopalakrishna, Y. & Lenard, J. (1985) J. Virol. 56, 655-659.
25. Morita, K., Vanderoef, R. & Lenard, J. (1987) J. Virol. 61, 256-263.
26. Nickels, M. S. & Hunt, D. M. (1994) J. Gen. Virol. 75, 3591-3595.
27. DePolo, N. J., Giachetto, C. & Holland, J. J. (1987) J. Virol. 61, 454-464.
28. Gallione, C. J., Greene, J. R., Iverson, L. E. & Rose, J. K. (1981) J. Virol. 39, 529-535.
29. Schubert, M., Harmison, G. G. & Meier, E. (1984) J. Virol. 51, 505-514.
30. Hudson, L. D., Condra, C. & Lazzarini, R. A. (1986) J. Gen. Virol. 67, 1571-1579.
31. Whelan, S. P. J., Ball, L. A., Barr, J. N. & Wertz, G. T. W. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 8388-8392.
32. Bracho, A., Moya, A. & Barrio, E. (1998) J. Gen. Virol. 79, 2921-2928.
33. Vanderpol, S. B., Lefrancois, L. & Holland, J. J. (1986) Virology 148, 312-325.
34. Akaike, H. (1974) IEEE Trans. Autom. Contr. 19, 716-723.
35. Miralles, R., Moya, A. & Elena, S. F. (2000) J. Virol. 78, 3566-3571.
36. Mukai, T., Chigusa, S. I., Mettler, L. E. & Crow, J. F. (1972) Genetics 72, 335-355.
37. Imhof, M. & Schlötterer, C. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 1113-1117.
38. Rozen, D. E., de Visser, J. A. G. M. & Gerrish, P. J. (2002) Curr. Biol. 12, 1040-1045.
39. Orr, H. A. (2003) Genetics 163, 1519-1526.
40. Keightley, P. D. (1994) Genetics 138, 1315-1322.
41. Domingo, E., Mateu, M. G., Escarmís, C., Martínez-Salas, E., Andreu, D., Gíralt, E., Verdaguer, N. & Fita, I. (1995) Virus Genes 11, 197-207.
42. Escarmís, C., Dávila, M., Charpentier, N., Bracho, A., Moya, A. & Domingo, E. (1996) J. Mol. Biol. 264, 255-267.
43. Miralles, R., Gerrish, P. J., Moya, A. & Elena, S. F. (1999) Science 285, 1745-1747.
44. Wilke, C. O. & Novella, I. S. (2003) BMC Microbiol. 3, 1-10.
45. Elena, S. F. & de Visser, J. A. G. M. (2003) J. Biol., 10.1186/1475-4924-2-12.
46. Keightley, P. D. & Bataillon, T. M. (2000) Genetics 154, 1193-1201.
47. Keightley, P. D. (1996) Genetics 144, 1993-1999.
48. García-Dorado, A. (1997) Evolution 51, 1130-1139.
49. Seager, R. D. & Ayala, F. J. (1982) Genetics 102, 467-483.
50. Limbert, E., Stahel, W. A. & Abbt, M. (2001) Bioscience 51, 341-352.
51. Simmonds, P. & Smith, D. B. (1999) J. Virol. 73, 5787-8794.
52. Yang, Z., Nielsen, R., Goldman, N., Pedersen, A. M. K. (2000) Genetics 155, 431-449.
53. Fares, M. A. & Holmes, E. C. (2002) J. Mol. Evol. 54, 807-814.
54. Lynch, M. & Gabriel, W. (1990) Evolution 44, 1725-1737.