The future of post-genomic biology at the proteomic level: An outlook

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 8, Issue 8, 2005, Pages 807-810

  Crameri, Reto ^a   Schulz Knappe, Peter ^b   Zucht, Hans Dieter ^b  

^a SWISS INSTITUTE OF ALLERGY AND ASTHMA RESEARCH SIAF   (Switzerland)

^b BioVisioN AG   (Germany)

Author keywords

Bioinformatics; Peptidomics; Proteomics; Trends

Indexed keywords

POLYPEPTIDE;

ARTICLE; COMPLEX FORMATION; GEL ELECTROPHORESIS; GENE FUNCTION; GENOME; MASS SPECTROMETRY; METABOLITE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN FUNCTION; PROTEOMICS; SIGNAL TRANSDUCTION; TECHNOLOGY; VALIDATION PROCESS;

AGED; ALZHEIMER DISEASE; AMINO ACID SEQUENCE; BIOLOGICAL MARKERS; FEMALE; GENE EXPRESSION; HUMANS; MALE; MIDDLE AGED; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PEPTIDE LIBRARY; PEPTIDES; PSYCHIATRIC STATUS RATING SCALES;

EID: 28844477985     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/138620705774962409     Document Type: Article

References (48)

1. Venter, J.C.; Adams, M.D.; Myers, E.W.; Li, P.W.; Mural, R.J.; Sutton, G.G.; Smith, H.O.; Yandell, M.; Evans, C.A.; Holt, R.A.; Gocayne, J.D.; Amanatides, P.; Ballew, R.M.; Huson, D.H.; Wortman, J.R.; Zhang, Q.; Kodira, C.D.; Zheng, X.H.; Chen, L.; Skupski, M.; Subramanian, G.; Thomas, P.D.; Zhang J.; Gabor Miklos, G.L.; Nelson, C.; Broder, S.; Clark, A.G.; Nadeau, J.; McKusick, V.A.; Zinder, N.; Levine, A.J.; Roberts, R.J.; Simon, M.; Slayman, C.; Hunkapiller, M.; Bolanos, R.; Delcher, A.; Dew, I.; Fasulo, D.; Flanigan, M.; Florea, L.; Halpern, A.; Hannenhalli, S.; Kravitz, S.; Levy, S.; Mobarry, C.; Reinert, K.; Remington, K.; Abu-Threideh, J.; Beasley, E.; Biddick, K.; Bonazzi, V.; Brandon, R.; Cargill, M.; Chandramouliswaran, I.; Charlab, R.; Chaturvedi, K.; Deng, Z.; Di Francesco, V.; Dunn, P.; Eilbeck, K.; Evangelista, C.; Gabrielian, A.E.; Gan, W.; Ge, W.; Gong, F.; Gu, Z.; Guan, P.; Heiman, T.J.; Higgins, M.E.; Ji, R.R.; Ke, Z.; Ketchum, K.A.; Lai, Z.; Lei, Y.; Li, Z.; Li, J.; Liang, Y.; Lin, X.; Lu, F.; Merkulov, G.V.; Milshina, N.; Moore, H.M.; Naik, A.K.; Narayan, V.A.; Neelam, B.; Nusskern, D.; Rusch, D.B.; Salzberg, S.; Shao, W.; Shue, B.; Sun, J.; Wang, Z.; Wang, A.; Wang, X.; Wang, J.; Wei, M.; Wides, R.; Xiao, C.; Yan, C.; Yao, A.; Ye, J.; Zhan, M.; Zhang, W.; Zhang, H.; Zhao, Q.; Zheng, L.; Zhong, F.; Zhong, W.; Zhu, S.; Zhao, S.; Gilbert, D.; Baumhueter, S.; Spier, G.; Carter, C.; Cravchik, A.; Woodage, T.; Ali, F.; An, H.; Awe, A.; Baldwin, D.; Baden, H.; Barnstead, M.; Barrow, I.; Beeson, K.; Busam, D.; Carver, A.; Center, A.; Cheng, M.L.; Curry, L.; Danaher, S.; Davenport, L.; Desilets, R.; Dietz, S.; Dodson, K.; Doup, L.; Ferriera, S.; Garg, N.; Gluecksmann, A.; Hart, B.; Haynes, J.; Haynes, C.; Heiner, C.; Hladun, S.; Hostin, D.; Houck, J.; Howland, T.; Ibegwam, C; Johnson, J.; Kalush, F.; Kline, L.; Koduru, S.; Love, A.; Mann, F.; May, D.; McCawley, S.; McIntosh, T.; McMullen, I.; Moy, M.; Moy, L.; Murphy, B.; Nelson, K.; Pfannkoch, C.; Pratts, E.; Puri, V.; Qureshi, H.; Reardon, M.; Rodriguez, R.; Rogers, Y.H.; Romblad, D.; Ruhfel, B.; Scott, R.; Sitter, C.; Smallwood, M.; Stewart, E.; Strong, R.; Suh, E.; Thomas, R.; Tint, N.N.; Tse, S.; Vech, C.; Wang, G.; Wetter, J.; Williams, S.; Williams, M.; Windsor, S.; Winn-Deen, E.; Wolfe, K.; Zaveri, J.; Zaveri, K.; Abril, J.F.; Guigo, R.; Campbell, M.J.; Sjolander, K.V.; Karlak, B.; Kejariwal, A.; Mi, H.; Lazareva, B.; Hatton, T.; Narechania, A.; Diemer, K.; Muruganujan, A.; Guo, N.; Sato, S.; Bafna, V.; Istrail, S.; Lippert, R.; Schwartz, R.; Walenz, B.; Yooseph, S.; Allen, D.; Basu, A.; Baxendale, J.; Blick, L.; Caminha, M.; Carnes-Stine, J.; Caulk, P.; Chiang, Y.H.; Coyne, M.; Dahlke, C.; Mays, A.; Dombroski, M.; Donnelly, M.; Ely, D.; Esparham, S.; Fosler, C.; Gire, H.; Glanowski, S.; Classer, K.; Glodek, A.; Gorokhov, M.; Graham, K.; Gropman, B.; Harris, M. Heil, J.; Henderson, S.; Hoover, J.; Jennings, D.; Jordan, C. Jordan, J.; Kasha, J.; Kagan, L.; Kraft, C.; Levitsky, A.; Lewis M.; Liu, X.; Lopez, J.; Ma, D.; Majoros, W.; McDaniel, J. Murphy, S.; Newman, M.; Nguyen, T.; Nguyen, N.; Nodell, M. Pan, S.; Peck, J.; Peterson, M.; Rowe, W.; Sanders, R.; Scott, J. Simpson, M.; Smith, T.; Sprague, A.; Stockwell, T.; Turner, R. Venter, E.; Wang, M.; Wen, M.; Wu, D.; Wu, M.; Xia, A. Zandieh, A.; Zhu, X. Science 2001, 291, 1304.
2. Lander, E.S.; Linton, L.M.; Birren, B.; Nusbaum, C.; Zody, M.C. Baldwin, J.; Devon, K.; Dewar, K.; Doyle, M.; FitzHugh, W. Funke, R.; Gage, D.; Harris, K.; Heaford, A.; Howland, J.; Kann L.; Lehoczky, J.; LeVine, R.; McEwan, P.; McKernan, K. Meldrim, J.; Mesirov, J.P.; Miranda, C.; Morris, W.; Naylor, J. Raymond, C.; Rosetti, M.; Santos, R.; Sheridan, A.; Sougnez, C. Stange-Thomann, N.; Stojanovic, N.; Subramanian, A.; Wyman D.; Rogers, J.; Sulston, J.; Ainscough, R.; Beck, S.; Bentley, D. Burton, J.; Clee, C.; Carter, N.; Coulson, A.; Deadman, R. Deloukas, P.; Dunham, A.; Dunham, I.; Durbin, R.; French, L. Grafham, D.; Gregory, S.; Hubbard, T.; Humphray, S.; Hunt, A. Jones, M.; Lloyd, C.; McMurray, A.; Matthews, L.; Mercer, S. Milne, S.; Mullikin, J.C.; Mungall, A.; Plumb, R.; Ross, M. Shownkeen, R.; Sims, S.; Waterston, R.H.; Wilson, R.K.; Hillier L.W.; McPherson, J.D.; Marra, M.A.; Mardis, E.R.; Fulton, L.A. Chinwalla, A.T.; Pepin, K.H.; Gish, W.R.; Chissoe, S.L.; Wendl M.C.; Delehaunty, K.D.; Miner, T.L.; Delehaunty, A.; Kramer J.B.; Cook, L.L.; Fulton, R.S.; Johnson, D.L.; Minx, P.J.; Clifton S.W.; Hawkins, T.; Branscomb, E.; Predki, P.; Richardson, P. Wenning, S.; Slezak, T.; Doggett, N.; Cheng, J.F.; Olsen, A. Lucas, S.; Elkin, C.; Uberbacher, E.; Frazier, M.; Gibbs, R.A. Muzny, D.M.; Scherer, S.E.; Bouck, J.B.; Sodergren, E.J.; Worley K.C.; Rives, C.M.; Gorrell, J.H.; Metzker, M.L.; Naylor, S.L. Kucherlapati, R.S.; Nelson, D.L.; Weinstock, G.M.; Sakaki, Y. Fujiyama, A.; Hattori, M.; Yada, T.; Toyoda, A.; Itoh, T. Kawagoe, C.; Watanabe, H.; Totoki, Y.; Taylor, T.; Weissenbach J.; Heilig, R.; Saurin, W.; Artiguenave, F.; Brottier, P.; Bruls, T. Pelletier, E.; Robert, C.; Wincker, P.; Smith, D.R.; Doucette-Stamm, L.; Rubenfield, M.; Weinstock, K.; Lee, H.M.; Dubois, J. Rosenthal, A.; Platzer, M.; Nyakatura, G.; Taudien, S.; Rump, A. Yang, H.; Yu, J.; Wang, J.; Huang, G.; Gu, J.; Hood, L.; Rowen L.; Madan, A.; Qin, S.; Davis, R.W.; Federsptel, N.A.; Abola A.P.; Proctor, M.J.; Myers, R.M.; Schmutz, J.; Dickson, M. Grimwood, J.; Cox, D.R.; Olson, M.V.; Kaul, R.; Raymond, C. Shimizu, N.; Kawasaki, K.; Minoshima, S.; Evans, G.A. Athanasiou, M.; Schultz, R.; Roe, B.A.; Chen, F.; Pan, H.; Ramser J.; Lehrach, H.; Reinhardt, R.; McCombie, W.R.; de, la, Bastide M.; Dedhia, N.; Blocker, H.; Hornischer, K.; Nordsiek, G. Agarwala, R.; Aravind, L.; Bailey, J.A.; Bateman, A.; Batzoglou S.; Birney, E.; Bork, P.; Brown, D.G.; Burge, C.B.; Cerutti, L. Chen, H.C.; Church, D.; Clamp, M.; Copley, R.R.; Doerks, T. Eddy, S.R.; Eichler, E.E.; Furey, T.S.; Galagan, J.; Gilbert, J.G. Harmon, C.; Hayashizaki, Y.; Haussler, D.; Hermjakob, H. Hokamp, K.; Jang, W.; Johnson, L.S.; Jones, T.A.; Kasif, S. Kaspryzk, A.; Kennedy, S.; Kent, W.J.; Kitts, P.; Koonin, E.V. Korf, L; Kulp, D.; Lancet, D.; Lowe, T.M.; McLysaght, A. Mikkelsen, T.; Moran, J.V.; Mulder, N.; Pollara, V.J.; Ponting C.P.; Schuler, G.; Schultz, J.; Slater, G.; Smit, A.F.; Stupka, E. Szustakowski, J.; Thierry-Mieg, D.; Thierry-Mieg, J.; Wagner, L. Wallis, J.; Wheeler, R.; Williams, A.; Wolf, Y.I.; Wolfe, K.H. Yang, S.P.; Yeh, R.F.; Collins, F.; Guyer, M.S.; Peterson, J. Felsenfeld, A.; Wetterstrand, K.A.; Patrinos, A.; Morgan, M.J.; de Jong, P.; Catanese, J.J.; Osoegawa, K.; Shizuya, H.; Choi, S. Chen, Y.J; International, Human, Genome, Sequencing Consortium. Nature 2001, 409, 860.
3. Schmutz, J.; Wheeler, J.; Grimwood, J.; Dickson, M.; Yang, J. Caoile, C.; Bajorek, E.; Black, S.; Chan, Y.M.; Denys, M. Escobar, J.; Flowers, D.; Fotopulos, D.; Garcia, C.; Gomez, M. Gonzales, E.; Haydu, L.; Lopez, F.; Ramirez, L.; Retterer, J. Rodriguez, A.; Rogers, S.; Salazar, A.; Tsai, M.; Myers, R.M. Nature 2004, 429, 365.
4. Hood, L.; Glas, D. Nature. 2003, 421, 444.
5. Taylor, J. G.; Choi, E. H.; Forster, C. B.; Chanock, S. J. Trends Mol. Med. 2001, 7, 507.
6. Mundle, S. D.; Saberwal, G. FASEB J. 2003, 17, 569.
7. Rehfeld, J. F.; Goetze, J. P. Curr. Mol. Med. 2003, 3, 25.
8. Seo, J.; Lee, K. J. J. Biochem. Mol. Biol. 2004, 37, 35.
9. Huber, S. C.; Hardin, S. C. Curr. Opin. Plant Biol. 2004, 7, 318.
10. Eisen, M. B.; Spelman, P. T.; Brown, P. O.; Botstein, D. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 14863.
11. Butte, A. J.; Tamayo, P.; Slonim, D.; Goub, T. R.; Kohane, J. S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 12182.
12. Lamerz, J.; Selle, H.; Scapozza, L.; Crameri, R.; Schulz-Knappe, P.; Mohring, K.; Khamenia, V.; Zucht, H. D. Proteomics 2005 (in press).
13. Gharib, T. G.; Chen, G.; Huang, C. C.; Misek, D. E.; Iannettoni, M. D.; Hanash, S. M.; Orringer, B. B., Beer, D. G. Clin. Lung Cancer 2004, 5, 307.
14. Aebersold, R. J. Am. Soc. Mass. Spectrom. 2003, 14, 685.
15. rd; Jones, M.; Paweletz, C. P.; Ardekani, A. M.; Fusaro, V. A.; Ross, S.; Liotta, L.A. Ann. N. Y. Acad. Sci. 2002, 979, 211.
16. rd. Curr. Opin. Mol. Ther. 2003, 5, 302.
17. Aldres, S.; Grant, M. M.; Griffiths, H. R. Clin. Biochem. 2004, 37, 943.
18. Ong, S. E.; Pandey, A. Biomol. Eng. 2001, 18, 195.
19. rd. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 262.
20. Church, S. Biochem. Soc. Trans. 2004, 32, 511.
21. Jung, E.; Hoogland, C.; Chiappe, D.; Sanchez, J. C.; Hochstrasser, D. F. Electrophoresis 2000, 21, 3483.
22. Ha, G. H.; Lee, S. U.; Kang, D. G.; Ha, N. Y.; Kim, S. H.; Kim, J.; Bae, J. M.; Kim, J. W.; Lee, C. W. Electrophoresis 2002, 23, 2515.
23. Hoogland, C.; Mostaguir, K.; Sanchez, J. C.; Hochstrasser, D. F.; Appel, R. D. Proteomics 2004, 4, 2352.
24. Issaq, H. J.; Conrads, T. P.; Janini, G. M.; Veenstra, T. D. Electrophoresis 2002, 23, 2048.
25. Fu, H., Huang, X.; Jin, W.; Zou, H. Curr. Opin. Biotechnol. 2003, 14, 96.
26. Schulz-Knappe, P.; Schrader, M.; Standker, L.; Richter, R.; Hess, R.; Jürgens, M.; Forssmann W. G. J. Chromatogr. A. 1997, 776, 125.
27. Krull, I. S.; Sebag, A.; Stevenson, R. J. Chromatogr. A. 2000, 887, 137.
28. Liu, X.; Plasenicia, M.; Ragg, S.; Valentine, S. J.; Clemmer, D. E. Brief. Fund. Genomic Proteomic 2004, 3, 177.
29. Schulz-Knappe, P.; Zucht, H. D.; Heine, G.; Jürgens, M.; Hess, R.; Schrader, M. Combin. Chem. & High Throughput Screen. 2001, 4, 207.
30. Baggerman, G.; Verleyen, P.; Clynen, E.; Hubrechts, J.; DeLoof, A.; Schoofs, L. Chromatogr. B. Analyt. Technol. Biomed. Life Sci. 2004, 803, 3.
31. Ramstrom, M.; Bergquist, J. FEBS Lett. 2004, 567, 92.
32. Li, J.; Steen, H.; Gygi, S. P. Mol. Cell Proteomics 2003, 11, 1198.
33. Liu, Z.; Wu, R.; Zon, H. Electrophoresis 2002, 23, 3954.
34. Schmitt-Kopplin, P.; Frommberger, M. Electrophoresis 2003, 24, 3837.
35. Ivanov, V. T.; Blishechenko, E. Y.; Sazonova, O. V.; Karelin, A. A. J. Pept. Sci. 2003, 9, 553.
36. Fenn, J. B. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2003, 42, 3871.
37. Tanaka, K. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 2003, 42, 3860.
38. Piper, R.; Su, Q.; Gatlin, C. L.; Huang, S. T.; Anderson, N. L.; Steiner, S. Proteomics 2003, 3, 422.
39. Tyers, M.; Mann, M. Nature 2003, 422, 193.
40. Aebersold, M.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198.
41. Huang, S. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 471.
42. Patterson, S. D. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 221.
43. Stanislaus, R.; Jiang, L. H.; Swartz, M.; Arthur, J.; Almeida, J. S. BMC Bioinformatics 2004, 5, 9.
44. Lee, K. R.; Lin, X.; Park, D. C.; Eslava, S. Proteomics 2003, 3, 1680.
45. Lee, M. L.; Whitmore, G. A. Stat. Med. 2002, 21, 3543.
46. Yang, M. C.; Yang, J. J.; Mclndoe, R. A.; She, J. X. Physiol. Genomics 2003, 16, 24.
47. Petricoin, E. E.; Paweletz, C. P.; Liotta, L. A. J Mammary Gland Biol. Neoplasia 2002, 7, 433.
48. Diamandis, E. P. Expert Rev. Mol. Diagn. 2004, 4, 575.