Potential energy surface and molecular dynamics of MbNO: Existence of an unsuspected FeON minimum

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 109, Issue 44, 2005, Pages 21118-21125

  Nutt, David R ^a   Karplus, Martin ^b,c   Meuwly, Markus ^a  

^a UNIVERSITY OF BASEL   (Switzerland)

^b UNIVERSITÉ LOUIS PASTEUR   (France)

^c HARVARD UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HEMES; MYOGLOBIN; PICOSECONDS; POTENTIAL ENERGY SURFACES;

CARBON MONOXIDE; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; IRON COMPOUNDS; NITROGEN OXIDES; POTENTIAL ENERGY; SPECTROSCOPIC ANALYSIS; TOPOLOGY;

MOLECULAR DYNAMICS;

IRON; LIGAND; MYOGLOBIN; MYOGLOBIN NITROXIDE;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; TEMPERATURE;

IRON; LIGANDS; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; MYOGLOBIN; TEMPERATURE;

EID: 28144439868     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0523975     Document Type: Article

References (57)

1. Austin, R.; Beeson, K.; Eisenstein, L.; Frauenfelder, H.; Gunsalus, I. Biochemistry 1975, 14, 5355.
2. McCammon, J. A.; Harvey, S. C. Dynamics of Proteins and Nucleic Acids; Cambridge University Press: Cambridge, U.K., 1987.
3. Brunori, M.; Gibson, Q. H. EMBO Rep. 2001, 2, 674.
4. Henry, E. R.; Levitt, M.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. 1985, 82, 2034.
5. Elber, R.; Karplus, M. Science 1987, 255, 318.
6. Meuwly, M.; Becker, O. M.; Stote, R.; Karplus, M. Biophys. Chem. 2002, 98, 183.
7. Richter-Addo, G. B.; Legzdins, P.; Burstyn, J. Chem. Rev. 2002, 102, 857.
8. Brunori, M. Biochemistry 2000, 30, 221.
9. Frauenfelder, H.; McMahon, B. H.; Fenimore, P. W. Proc. Natl. Acad. Sci. 2003, 100, 8615.
10. Vitkup, D.; Petsko, G. A.; Karplus, M. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 202.
11. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. J. Chem. Phys. 1995, 102, 4355.
12. Nutt, D. R.; Meuwly, M. Biophys. J. 2003, 85, 3612.
13. Nutt, D. R.; Meuwly, M. Proc. Natl. Acad. Sci. 2004, 101, 5998.
14. Petrich, J. W.; Lambry, J.-C.; Kuczera, K.; Karplus, M.; Poyart, C.; Martin, J.-L. Biochemistry 1991, 30, 3975.
15. Kim, S.; Jin, G.; Lim, M. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 20366.
16. Li, H.; Elber, R.; Straub, J. J. Biol. Chem. 1993, 268, 17908.
17. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
18. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S., Jr.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765.
19. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
20. Peng, C. Y.; Schlegel, H. B. Isr. J. Chem. 1993, 33, 449.
21. Wondimagegn, T.; Ghosh, A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5680.
22. Law, M. M.; Hutson, J. M. Comput. Phys. Commun. 1997, 102, 252.
23. Stone, A. J. The Theory of Intermolecular Forces; Clarendon Press: Oxford, U.K., 1996.
24. Huffaker, J. N. J. Chem. Phys. 1976, 64, 3175.
25. Huber, K. P.; Herzberg, G. Constants of Diatomic Molecules; Van Nostrand: Princeton, NJ, 1962.
26. MacKerell, A. D., Jr.; et al. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
27. McQuarrie, D. A. Statistical Mechanics; University Science Books: Sausalito, CA, 2000.
28. Thomas, M. R.; Brown, D.; Franzen, S.; Boxer, S. G. Biochemistry 2001, 40, 15047.
29. Harvey, J. N. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12401.
30. Gibson, Q. H.; Roughton, F. J. W. J. Physiol. 1957, 136, 507.
31. Keyes, M. H.; Falley, M.; Lumry, R. J. Am. Chem. Soc. 1971, 93, 2035.
32. Wyllie, G. R. A.; Schulz, C. E.; Scheidt, W. R. Inorg. Chem. 2003, 42, 5722.
33. Coyle, C. M.; Vogel, K. M.; Rush, T. S., III; Kozlowski, P. M.; Williams, R.; Spiro, T. G.; Dou, Y.; Ikeda-Saito, M.; Olson, J. S.; Zgierski, M. Z. Biochemistry 2003, 42, 4896.
34. Brucker, E. A.; Olson, J. S.; Ikeda-Saito, M.; G. N. Phillips, J. Proteins: Struct., Funct., Genom. 1998, 30, 352.
35. Kondrashov, D. A.; Roberts, S. A.; Weichsel, A.; Montfort, W. R. Biochemistry 2004, 43, 13637.
36. Meuwly, M.; Hutson, J. M. J. Chem. Phys. 1999, 110, 8338.
37. Linder, D. P.; Rodgers, K. R.; Banister, J.; Wyllie, G. R. A.; Ellison, M. K.; Scheidt, W. R. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 14136.
38. Ascenzi, P.; Nardini, M.; Bolognesi, M.; Montfort, W. R. Biochem. Mol. Biol. Educ. 2002, 30, 68.
39. Ascenzi, P.; Brunori, M. Biochem. Mol. Biol. Educ. 2001, 29, 183.
40. Buchs, M.; Daul, C. A.; Manoharan, P. T.; Schläpfer, C. W. Int. J. Quantum Chem. 2003, 91, 418.
41. Tomita, T.; Hirota, S.; Ogura, T.; Olson, J. S.; Kitagawa, T. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 7044.
42. Park, E. S.; Thomas, M. R.; Boxer, S. G. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12297.
43. Cheng, L.; Novozhilova, I.; Kim, C.; Kovalevsky, A.; Bagley, K. A.; Coppens, P.; Richter-Addo, G. B. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 7142.
44. Lee, J.; Kovalevsky, A. Y.; Novozhilova, I. V.; Bagley, K. A.; Coppens, P.; Richter-Addo, G. B. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7180.
45. McCleverty, J. A. Chem. Rev. 2004, 104, 403.
46. Rovira, C.; Kunc, K.; Hutter, J.; Ballone, P.; Parrinello, M. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 8914.
47. Chen, O.; Grob, S.; Liechty, A.; Ridge, D. P. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11910.
48. Shreve, A. P.; Franzen, S.; Simpson, M. C.; Dyer, R. B. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 7969.
49. Chacón Villalba, M. E.; Güida, J. A.; Varetti, E. L.; Aymonino, P. J. Inorg. Chem. 2003, 42, 2622.
50. Upmacis, R. K.; Hajjar, D. P.; Chait, B. T.; Mirza, U. A. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 10424.
51. Hoshino, M.; Maeda, M.; Konishi, R.; Seki, H.; Ford, P. C. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 5702.
52. Hori, H.; Ikeda-Saito, M.; Yonetani, T. J. Biol. Chem. 1981, 256, 7849.
53. Kim, S.; Jin, G.; Lim, M. Bull. Korean Chem. Soc. 2003, 24, 1470.
54. Ye, X.; Demidoy, A.; Champion, P. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5914.
55. Zemojtel, T.; Rini, M.; Heyne, K.; Dandekar, T.; Nibbering, E. T. J.; Kozlowski, P. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1930.
56. Miller, L. M.; Pedraza, A. J.; Chance, M. R. Biochemistry 1997, 36, 12199.
57. Koradi, R.; Billeter, M.; Wuethrich, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 51.