Denatured-state ensemble and the early-stage folding of the G29A mutant of the B-Domain of protein A

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 109, Issue 18, 2005, Pages 9073-9081

  Chowdhury, Shibasish ^a   Lei, Hongxing ^a   Duan, Yong ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BORN CONTINUUM SOLVENT MODEL; CHAIN CONFORMATIONS; FOLDING MECHANISM; MUTANTS;

COMPUTER SIMULATION; CONDENSATION; CONFORMATIONS; FLUORESCENCE; HYDROPHOBICITY; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; NUCLEATION; PH EFFECTS; REACTION KINETICS; SOLVENTS;

PROTEINS;

STAPHYLOCOCCUS PROTEIN A;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; CLUSTER ANALYSIS; GENETICS; HYDROGEN BOND; MUTATION; PROTEIN DENATURATION;

CLUSTER ANALYSIS; HYDROGEN BONDING; MODELS, MOLECULAR; MUTATION; PROTEIN DENATURATION; STAPHYLOCOCCAL PROTEIN A;

EID: 19944382195     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0449814     Document Type: Article

References (49)

1. Neri, D.; Billeter, M.; Wider, G.; Wuthrich, K. Science 1992, 257, 1559.
2. Blanco, F. J.; Serrano, L.; Forman-Kay, J. D. J. Mol. Biol. 1998, 284, 1153.
3. Zhang, O.; Formankay, J. D. Biochemistry 1995, 34, 6784.
4. Kortemme, T.; Kelly, M. J. S.; Kay, L. E.; Forman-Kay, J.; Serrano, L. J. Mol. Biol. 2000, 297, 1217.
5. Zagrovic, B.; Snow, C. D.; Khaliq, S.; Shirts, M. R.; Pande, V. S. J. Mol. Biol. 2002, 323, 153.
6. Gouda, H.; Torigoe, H.; Saito, A.; Sato, M.; Arata, Y.; Shimada, I. Biochemistry 1992, 31, 9665.
7. Myers, J. K.; Oas, T. G. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 552.
8. Arora, P.; Oas, T. G.; Myers, J. K. Protein Sci. 2004, 13, 847.
9. Dimitriadis, G.; Drysdale, A.; Myers, J. K.; Arora, P.; Radford, S. E.; Oas, T. G.; Smith, D. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 3809.
10. Vu, D. M.; Myers, J. K.; Oas, T. G.; Dyer, R. B. Biochemistry 2004, 43, 3582.
11. Vu, D. M.; Peterson, E. S.; Dyer, R. B. J. Am. Chem. Soc., in press.
12. Sato, S.; Religa, T. L.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 6952.
13. Kolinski, A.; Skolnick, J. Proteins 1994, 18, 353.
14. Zhou, Y.; Karplus, M. Nature 1999, 401, 400.
15. Shea, J. E.; Onuchic, J. N.; Brooks, C. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 12512.
16. Alonso, D. O. V.; Daggett, V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000 97, 133.
17. Guo, Z. Y.; Brooks, C. L.; Boczko, E. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10161.
18. Garcia, A. E.; Onuchic, J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 13898.
19. Jang, S.; Kim, E.; Shin, S.; Pak, Y. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125 14841.
20. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
21. Tsui, V.; Case, D. A. Biopolymers 2000, 56, 275.
22. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999.
23. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Ferguson, D. M.; Radmer, R. J.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 7; University of California, San Francisco: San Francisco, CA, 2002.
24. Onufriev, A.; Bashford, D.; Case, D. A. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 3712.
25. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
26. Bashford, D.; Case, D. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 51, 129.
27. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Comput. Phys. 1984, 81, 3684.
28. Chowdhury, S.; Zhang, W.; Wu, C.; Xiong, G.; Duan, Y. Biopolymers 2003, 68, 63.
29. Duan, Y.; Kollman, P. A. Science 1998, 282, 740.
30. Kabsch, W. Acta Crystallogr. 1976, A32, 922.
31. Bai, Y.; Karimi, A.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Protein Sci. 1997, 6, 1449.
32. Pace, C. N.; Scholtz, J. M. Biophys. J. 1998, 75, 422.
33. Torigoe, H.; Shimada, I.; Saito, A.; Sato, M.; Arata, Y. Biochemistry 1990, 29, 8787.
34. Plaxco, K. W.; Simons, K. T.; Baker, D. J. Mol. Biol. 1998, 277, 985.
35. Langone, J. J. Adv. Immunol. 1982, 32, 157.
36. Sjodahl, J. Eur. J. Biochem. 1977, 78, 471.
37. Sjodahl, J. Eur. J. Biochem. 1977, 73, 343.
38. Moks, T.; Abrahmsen, L.; Nilsson, B.; Hellman, U.; Sjoquist, J.; Uhlen, M. Eur. J. Biochem. 1986, 156, 637.
39. Starovasnik, M. A.; Braisted, A. C.; Wells, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10080.
40. Tashiro, M.; Tejero, R.; Zimmerman, D. E.; Celda, B.; Nilsson, B.; Montelione, G. T. J. Mol. Biol. 1997, 272, 573.
41. Jendeberg, L.; Tashiro, M.; Tejero, R.; Lyons, B. A.; Uhlen, M.; Montelione, G. T.; Nilsson, B. Biochemistry 1996, 35, 22.
42. Deisenhofer, J. Biochemistry 1981, 20, 2361.
43. Gouda, H.; Shiraishi, M.; Takahashi, H.; Kato, K.; Torigoe, H.; Arata, Y.; Shimada, I. Biochemistry 1998, 37, 129.
44. Bai, Y. W.; Karimi, A.; Dyson, H. J.; Wright, P. E. Protein Sci. 1997, 6, 1449.
45. Snow, C. D.; Nguyen, H.; Pande, V. S.; Gruebele, M. Nature 2002, 420, 102.
46. Snow, C. D.; Qiu, L.; Du, D.; Gai, F.; Hagen, S. J.; Pande, V. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 4077.
47. Mayor, U.; Guydosh, N. R.; Johnson, C. M.; Grossmann, J. G.; Sato, S.; Jas, G. S.; Freund, S. M.; Alonso, D. O.; Daggett, V.; Fersht, A. R. Nature 2003, 427, 863.
48. Burton, R. E.; Huang, G. S.; Daugherty, M. A.; Calderone, T. L.; Oas, T. G. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 305.
49. Wu, N.; Mo, Y. R.; Gao, J. L.; Pai, E. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 2017.