Theoretical Approach to the Wear and Tear Mechanism in Triosephoshate Isomerase: A QM/MM Study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 12, 2004, Pages 3925-3934

  Konuklar, F A S ^a   Aviyente, V ^a   Monard, G ^b   Ruiz Lopez, M F ^b  

^a BOGAZICI UNIVERSITY   (Turkey)

^b NANCY UNIVERSITÉ   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CONFORMATIONS; DIFFUSION; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PHOSPHATES; QUANTUM THEORY; SOLUBILITY; SUBSTRATES;

CONFORMATIONAL CHANGES; DENSITY FUNCTIONAL THEORY (DFT);

ENZYMES;

EID: 1842687482     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp037791m     Document Type: Article

References (52)

1. Knowles, J. R. Nature 1991, 350, 121.
2. Blacklow, S. C.; Raines, R. T.; Lim, W. A.; Zamore, P. A.; Knowles, J. R. Biochemistry 1998, 27, 1158.
3. Alberly, W. J.; Knowles, J. R. Biochemistry 1976, 15, 5588-5600.
4. Lollis, E.; Petsko, G. A. Biochemistry 1990, 29, 6619-6625.
5. Wierenga, R. K.; Noble, M. E. M.; Davenport, R. C. J. Mol. Biol. 1992, 224, 1125-1126.
6. Cui, Q.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2284-2290.
7. Cui, Q.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2002, ASAP article.
8. Joseph, D.; Petsko, G. A.; Karplus, M. Science 1990, 249, 1425-1428.
9. Pompliano, D. L.; Peyman, A.; Knowles, J R. Biochemistry 1990, 29, 3186-3194.
10. Schanekerz, K. D.; Kuan, T. K.; Goux, W. J.; Gracy, R. W. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1990, 173, 736-740.
11. Derreumaux, P.; Schlick T. Biophys. J. 1998, 74, 72-81.
12. (a) Bash, P. A.; Field, M. J.; Davenport, R. C.; Petsko, G. A.; Ringe, D.; Karplus, M. Biochemistry 1991, 30, 5826-5832.
13. (b) Karplus, M.; Evanseck, J. D.; Joseph, D.; Bash, P. A.; Field, M. J. Faraday Discuss. 1992, 93, 239-248.
14. Lodi, P. J.; Chang, L. C.; Knowles, J: R.; Komives, E. A. Biochemistry 1994, 33, 2809-2814.
15. Neria, E.; Karplus, M. Chem. Phys. Lett. 1997, 267, 23-30.
16. Wright, H. T. CRC Crit. Rev. Biochem. 1991, 26, 1-52
17. Gracy, R. W.; Yuksel, K. U.; Jacobson, T. M.; Chapman, M. L.; Hevelone, J. C.; Wise, G. E.; Dimitrijevich, S. Gerontology 1991, 37, 113-127.
18. Bischoff, R.; Kolbe, H. V. J. J. Chromatogr., B 1994, 662, 261-278.
19. Robinson, A. B.; Rudd, C. Curr. Top. Cell Regul. 1974, 8, 247-295.
20. Johnson, B. A.; Aswad, D. W. In Deamidation and Isoaspartate Formation in Peptides and Proteins; Aswad D. W., Ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 1995.
21. Tang, C. Y.; Yuksel, K. U.; Jacobson, T. M.; Gracy, R. W. Arch. Biochem. Biophys. 1990, 283, 12-19.
22. Yuan, P. M.; Talent, J. M.; Gracy, R. W. Mech. Ageing Dev. 1981, 17, 151-162.
23. Gracy, K. N.; Yuksel, K. U.; Gracy, R. W. Mech. Ageing Dev. 1990, 56, 179-186.
24. Sun, A-Q.; Yuksel, K. U.; Gracy, R. W. Arch. Biochem. Biophys. 1992, 293, 382-390.
25. Ramos-Garza, G.; Gomez-Poyou, M. T.; Gomez-Poyou, A.; Yuksel, K. U.; Gracy, R. W. Biochemistry 1994, 33, 6960-6965.
26. (a) Sun, A.-Q.; Yuksel, K. U.; Gracy, R. W. J. Biol. Chem. 1995, 522, 361-368.
27. (b) Sun, A.-Q.; Yuksel, K. U.; Rao, G. S. J.; Gracy, R. W. Arch. Biochem. Biophys. 1992, 295, 421-428.
28. (c) Sun, A.-Q.; Yuksel, K. U.; Gracy, R. W. J. Biol. Chem. 1992, 267, 20168-20174.
29. (d) Gracy, R. W.; Talent, J. M.; Zvaigzne, A. I. J. Exp. Zool. 1998, 282, 18-27.
30. Talent, J. M.; Zvaigzne, A. I.; Agrawal, N. Gracy, R. W. Arch. Biochem. Biophys. 1997, 340, 1, 27-35.
31. Capasso, S.; Mazzarella, L.; Sica, F.; Zagon, A. Pept. Res. 1989, 2, 195-197.
32. Capasso, S.; Mazzarella, L.; Sica, F.; Zagari, A.; Salvatori, S. J. Chem. Soc., Perkin. Trans. 1993, 2, 679-682.
33. Gieger, T.; Clarke, S. J. Biol. Chem. 1987, 262, 785-794.
34. Meinwald, C. Y.; Stimson, E. R.; Scherega, H. A. Int. J. Pept. Protein Res. 1986, 28, 79-84.
35. Konuklar (Sungur), F. A.; Aviyente, V. A.; Sen. T. Z.; Bahar, I. J. Mol. Model. 2001, 7, 147-160.
36. Konuklar, F. A.; Aviyente, V. A.; Ruiz-Lopez, M. F. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 11205-11214.
37. Konuklar, F. A. S.; Aviyente, V. A. Org. Biomol. Chem. 2003, 1, 2290-2297.
38. Warshel, A. Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227-249.
39. Monard, G.; Merz, K. M., Jr. Acc. Chem. Res. 1999, 32, 904-911.
40. Thery, V.; Rinaldi, D.; Rivail, J.-L.; Maigret, B.; Ferenczy, G. G. J. Comput. Chem. 1994, 15, 269-282.
41. Monard, G.; Loos, M.; Thery, V.; Banka, K.; Rivail, J.-L. Int. J. Quantum Chem. 1996, 55, 153-159.
42. Assfeld, X.; Rivail, J.-L. Chem. Phys. Lett. 1996, 263, 100-106.
43. Rinaldi, D.; Hoggan, P. E.; Cartier, A.; Banka, K.; Monard, G.; Loos, M.; Mokrane, A.; Dillet, V.; Thery, V. GEOMOP; in press.
44. Antonczak, S.; Monard, G.; Lopez, M. F.; Rivail, J.-L. J. Mol. Model. 2000, 6, 527-538.
45. Reuter, N.; Loos, M.; Monard, G.; Cartier, A.; Maigret, B.; Rivail, J.-L. Mol. Eng. 1997, 7, 349-365.
46. Stewart, J. J. P. J. Comput. Chem. 1989, 10, 209-211.
47. Merz, K. M., Jr.; Dewar, M. J. S. Organometallics 1990, 7, 522-524.
48. Winer, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230-252.
49. Schlegel, H. B. J. Comput. Chem. 1982, 3, 214-218.
50. Gonzales, C.; Schlegel, H. B. J. Phys. Chem. 1990, 90, 2154-2161.
51. Beapark, M. J.; Robb, M. A.; Schlegel, H. B. Chem. Phys. Lett. 1994, 223, 269-272.
52. Mande, S. C.; Mainfold, V.; Kalk, K. H.; Goraj, K.; Maritial, J. A.; Hol, W. G. Protein Sci. 1994, 3, 810-821.