Bona fide predictions of protein secondary structure using transparent analyses of multiple sequence alignments

Chemical Reviews

Volumn 97, Issue 8, 1997, Pages 2725-2843

  Benner, Steven A ^a   Cannarozzi, Gina ^a   Gerloff, Dietlind ^a   Turcotte, Marcel ^a   Chelvanayagam, Gareth ^a  

^a University of Florida ^*  (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 1842624559     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr940469a     Document Type: Article

References (351)

1. Fleischmann, R. D.; Adams, M. D.; White, O.; Clayton, R. A.; Kirkness, E. F.; Kerlavage, A. R.; Bult, C. J.; Tomb, J. F.; Dougherty, B. A.; Merrick, J. M.; et al. Science 1995, 269, 496-512.
2. Fraser, C. M.; Gocayne, J. D.; White, O.; Adams, M. D.; Clayton, R. A.; Fleischmann, R. D.; Bult, C. J.; Kerlavage, A. R.; Sutton, G.; Kelley, J. M.; et al. Science 1995, 270, 397-403.
3. Bult, C. J.; White, O.; Olsen, G. J.; Zhou, L.; Fleischmann, R. D.; Sutton, G. G.; Blake, J. A.; FitzGerald, L. M.; Clayton, R. A.; Gocayne, J. D.; Kerlavage, A. R.; Dougherty, B. A.; Tomb, J. F.; Adams, M. D.; Reich, C. I.; Overbeek, R.; Kirkness, E. F.; Weinstock, K. G.; Merrick, J. M.; Glodek, A.; Scott, J. L.; Geoghagen, N. S. M.; Weidman, J. F.; Fuhrmann, J. L.; Venter, J. C.; et al. Science 1996, 273, 1058-73.
4. Williams, N. Science 1996, 272, 481.
5. Sulston, J.; Du, Z.; Thomas, K.; Wilson, R.; Hillier, L.; Staden, R.; Halloran, N.; Green, P.; Thierry-Mieg, J.; Qiu, L.; et al. Nature 1992, 356, 37-41.
6. Ramachandran, G. N.; Sasisekharan, V. Adv. Protein Chem. 1968, 23, 283-438.
7. Saunders, M.; Houk, K. N.; Wu, W.-D.; Still, W. C.; Lipton M.; Chang, G.; Guida, W. C. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 1419-1420.
8. Vasquez, M.; Nementhy, G.; Scheraga, H. A. Chem. Rev. 1994, 94, 2183-2239.
9. Evans, J. S.; Mathiowetz, A. M.; Chan, S. I.; Goddard, W. A. Protein Sci. 1995, 4, 1203-1216.
10. Levitt, M. J. Mol. Biol. 1992, 226, 507-33.
11. Schiffer, C. A.; Caldwell, J. W.; Stroud, R. M.; Kollman, P. A. Protein Sci. 1992, 1, 396-400.
12. Park, B.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1996, 258, 367-92.
13. Hao, M. H.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 4984-9.
14. Fraternali, F.; Van Gunsteren, W. F. J. Mol. Biol. 1996, 256, 939-48.
15. Benner, S. A. Adv. Enzyme Regul. 1989, 28, 219-36.
16. Pascarella, S.; Argos, P. Protein Eng. 1994, 7, 185-93.
17. Wako, H.; Blundell, T. L. J. Mol. Biol. 1994, 238, 693-708.
18. Wako, H.; Blundell, T. L. J. Mol. Biol. 1994, 238, 682-92.
19. Rost, B.; Sander, C. Proteins 1994, 19, 55-72.
20. Taylor, W. R. Protein Eng. 1993, 6, 593-604.
21. Zvelebil, M. J.; Barton, G. J.; Taylor, W. R.; Sternberg, M. J. J. Mol. Biol. 1987, 195, 957-61.
22. Rossman, M. G.; Liljas, A.; Branden, C. I.; Banaszak, L. J. Enzymes 1975, 11, 61.
23. Chothia, C.; Lesk, A. M. EMBO J. 1986, 5, 823-6.
24. Sternberg, M. J.; Cohen, F. E. Int. J. Biol. Macromol. 1982, 4, 137-144.
25. Maxfield, F. R.; Scheraga, H. A. Biochemistry 1979, 18, 697-704.
26. Lenstra, J. A.; Hofsteenge, J.; Beintema, J. J. J. Mol. Biol. 1977, 109, 185-93.
27. Crawford, I. P.; Niermann, T.; Kirschner, K. Proteins 1987, 2, 118-29.
28. Bowie, J. U.; Luethy, R.; Eisenberg, D. Science 1991, 253, 164-70.
29. Shortle, D. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 91-3.
30. Gray, P. M. D.; Kemp, G. J. L.; Rawlings, C. J.; Brown, N. P.; Sander, C.; Thornton, J. M.; Orengo, C. M.; Wodak, S. J.; Richelle, J. Trends Biochem. Sci. 1996, 21, 251-256.
31. Feng, D. F.; Johnson, M. S.; Doolittle, R. F. J. Mol. Evol. 1984, 21, 112-25.
32. Smith, T. F.; Waterman, M. S.; Fitch, W. M. J. Mol. Evol. 1981, 18, 38-46.
33. Taubes, G. Science 1996, 273, 588-590.
34. Woese, C. R. Microbiol. Rev. 1987, 51, 221-271.
35. Benner, S. A.; Ellington, A. D. Bioorg. Chem. Front. 1990, 1, 1-70.
36. Adey, N. B.; Tollefsbol, T. O.; Sparks, A. B.; Edgell, M. H.; Hutchison, C. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 1569-73.
37. Malcolm, B. A.; Wilson, K. P.; Matthews, B. W.; Kirsch, J. F.; Wilson, A. C. Nature 1990, 345, 86-9.
38. Stackhouse, J.; Presnell, S. R.; McGeehan, G. M.; Nambiar, K. P.; Benner, S. A. FEBS Lett. 1990, 262, 104-6.
39. Jermann, T. M.; Opitz, J. G.; Stackhouse, J.; Benner, S. A. Nature 1995, 374, 57-9.
40. Friesner, R. A.; Gunn, J. R. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1996, 25, 315-342.
41. Pedersen, J. T.; Moult, J. Curr. Opin. Struct. Biol. 1996, 6, 227-31.
42. Eisenhaber, F.; Persson, B.; Argos, P. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1995, 30, 1-94.
43. Bohm, G. Biophys. Chem. 1996, 59, 1-32.
44. Rost, B.; Sander, C. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1996, 25, 113-136.
45. Benner, S. A.; Gerloff, D. L. FEBS Lett. 1993, 325, 29-33.
46. Benner, S. A.; Gerloff, D. L.; Jenny, T. F. Science 1994, 265, 1642-4.
47. Barton, G. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 372-6.
48. Lattman, E. E. Proteins 1995, 23, R1.
49. Moult, J. Curr. Opin. Biotechnol. 1996, 7, 422-7.
50. Genuine. Websters New International Dictionary, 3rd ed.; Simon and Schuster: New York, 1981; definition 3.
51. Toulmin, S. E. Foresight and understanding; an enquiry into the aims of science; Harper & Row: New York, 1963.
52. Hunt, T.; Purton, M. Trends Biochem. Sci. 1992, 17.
53. Schulz, G. E.; Schirmer, R. H. Principles of Protein Structure; Springer-Verlag: New York, 1979.
54. Schulz, G. E.; Barry, C. D.; Friedman, J.; Chou, P. Y.; Fasman, G. D.; Finkelstein, A. V.; Lim, V. I.; Pititsyn, O. B.; Kabat, E. A.; Wu, T. T.; Levitt, M.; Robson, B.; Nagano, K. Nature 1974, 250, 140-2.
55. Matthews, B. W. Biochim. Biophys. Acta 1975, 405, 442-51.
56. Kabsch, W.; Sander, C. FEBS Lett. 1983, 155, 179-82.
57. Rees, D. C. In Current Research in Protein Chemistry; Villafranca, J., Ed.; Academic Press: New York, 1990.
58. Sippl, M. J.; Flockner, H. Structure 1996, 4, 15-19.
59. Thornton, J. M.; Flores, T. P.; Jones, D. T.; Swindells, M. B. Nature 1991, 354, 105-6.
60. Russell, R. B.; Sternberg, M. J. Curr. Biol. 1995, 5, 488-90.
61. Lesk, A. M.; Boswell, D. R. Bioessays 1992, 14, 407-10.
62. Defay, T.; Cohen, F. E. Proteins 1995, 23, 431-45.
63. Fasman, G. D. Prediction of Protein Structure and the Principles of Protein Conformation; Plenum: New York, 1989.
64. Gamier, J.; Robson, B. In Prediction of Protein Structure and the Principles of Protein Conformation; Fasman, G. D., Ed.; Plenum: New York, 1989.
65. Robson, B.; Gamier, J. Nature 1993, 361, 506.
66. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577-637.
67. Schiffer, M.; Edmundson, A. B. Biophys. J. 1967, 7, 121-35.
68. Colloc'h, N.; Etchebest, C.; Thoreau, E.; Henrissat, B.; Mornon, J. P. Protein Eng. 1993, 6, 377-82.
69. Sklenar, H.; Etchebest, C.; Lavery, R. Proteins 1989, 6, 46-60.
70. Richards, F. M.; Kundrot, C. E. Proteins 1988, 3, 71-84.
71. Booker, G. W.; Gout, I.; Downing, A. K.; Driscoll, P. C.; Boyd, J.; Waterfield, M. D.; Campbell, I. D. Cell 1993, 73, 813-22.
72. Koyama, S.; Yu, H.; Dalgarno, D. C.; Shin, T. B.; Zydowsky, L. D.; Schreiber, S. L. Cell 1993, 72, 945-52.
73. Gerloff, D. L.; Jenny, T. F.; Knecht, L. J.; Gonnet, G. H.; Benner, S. A. FEBS Lett. 1993, 318, 118-24.
74. Russell, R. B.; Barton, G. J. J. Mol. Biol. 1993, 234, 951-7.
75. Rost, B.; Sander, C.; Schneider, R. J. Mol. Biol. 1994, 235, 13-26.
76. Yu, H.; Rosen, M. K.; Shin, T. B.; Seidel-Dugan, C.; Brugge, J. S.; Schreiber, S. L. Science 1992, 258, 1665-8.
77. Summers, N. L.; Carlson, W. D.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1987, 196, 175-98.
78. Jenny, T. F.; Benner, S. A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1994, 200, 149-55.
79. Benner, S. A.; Gerloff, D.; Chelvanayagam, G. Proteins 1995, 23, 446-53.
80. Wiesmann, C.; Beste, G.; Hengstenberg, W.; Schulz, G. E. Structure 1995, 3, 961-8.
81. Salamov, A. A.; Solovyev, V. V. J. Mol. Biol. 1995, 247, 11-5.
82. Mehta, P. K.; Heringa, J.; Argos, P. Protein Sci. 1995, 4, 2517-25.
83. Geourjon, C.; Deléage, G. CABIOS 1995, 11, 681-684.
84. Chandonia, J. M.; Karplus, M. Protein Sci. 1996, 5, 768-74.
85. Musacchio, A.; Noble, M.; Pauptit, R.; Wierenga, R.; Saraste, M. Nature 1992, 359, 851-5.
86. Koyama, S.; Yu, H.; Dalgarno, D. C.; Shin, T. B.; Zydowsky, L. D.; Schreiber, S. L. FEBS Lett. 1993, 324, 93-8.
87. Kohda, D.; Hatanaka, H.; Odaka, M.; Mandiyan, V.; Ullrich, A.; Schlessinger, J.; Inagaki, F. Cell 1993, 72, 953-60.
88. Frishman, D.; Argos, P. Proteins 1995, 23, 566-79.
89. Benner, S. A.; Cohen, M. A.; Gonnet, G. H. J. Mol. Biol. 1993, 229, 1065-82.
90. Gerloff, D. L.; Jenny, T. F.; Knecht, L. J.; Benner, S. A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1993, 194, 560-5.
91. Benner, S. A.; Gerloff, D. Adv. Enzyme Regul. 1991, 37, 121-81.
92. Benner, S. A.; Cohen, M. A.; Gonnet, G. H.; Berkowitz, D. B.; Johnsson, K. In The RNA World; Gesteland, R., Atkins, J., Eds.; Cold Spring Harbor: New York, 1993.
93. Fischer, D.; Eisenberg, D. Protein Sd. 1996, 5, 947-955.
94. Hopp, T. P.; Woods, K. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1981, 78, 3824-8.
95. Hopp, T. P. Pept. Res. 1993, 6, 183-90.
96. Jenny, T. F.; Gerloff, D. L.; Cohen, M. A.; Benner, S. A. Proteins 1995, 21, 1-10.
97. Scheraga, H. A. J. Am. Chem. Soc. 1960, 82, 3847-3852.
98. Anfinsen, C. B.; Haber, E.; Sela, M.; White, F. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1961, 47, 1309-1314.
99. Hartl, D. U. Nature 1996, 381, 571-9.
100. Baker, D.; Agard, D. A. Biochemistry 1994, 33, 7505-9.
101. Dodge, R. W.; Laity, J. H.; Rothwarf, D. M.; Shimotakahara, S.; Scheraga, H. A. J. Protein Chem. 1994, 13, 409-21.
102. Guzzo, A. V. Biophys. J. 1965, 5, 809-822.
103. Burgess, A. W.; Scheraga, H. A. J. Theor. Biol. 1975, 53, 403-20.
104. Chou, P. Y.; Fasman, G. D. Adv. Enzymol. Relat. Areas Mol. Biol. 1978, 47, 45-148.
105. Gamier, J.; Osguthorpe, D. J.; Robson, B. J. Mol. Biol. 1978, 120, 97-120.
106. King, R. D.; Sternberg, M. J. E. Protein Sci. 1996, 5, 2298-2310.
107. Ellis, L. B.; Milius, R. P. Comput. Appl. Biosci. 1994, 10, 341-8.
108. Jones, D. T.; Moody, C. M.; Uppenbrink, J.; Viles, J. H.; Doyle, P. M.; Harris, C. J.; Pearl, L. H.; Sadler, P. J.; Thornton, J. M. Proteins 1996, 24, 502-513.
109. Kabsch, W.; Sander, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1984, 81, 1075-8.
110. Argos, P. J. Mol. Biol. 1987, 197, 331-48.
111. Cohen, B. I.; Presnell, S. R.; Cohen, F. E. Protein Sci. 1993, 2, 2134-45.
112. Rooman, M. J.; Wodak, S. J. Biochemistry 1992, 31, 10239-49.
113. Rooman, M. J.; Kocher, J. P.; Wodak, S. J. Biochemistry 1992, 31, 10226-38.
114. Orengo, C. A.; Jones, D. T.; Thornton, J. M. Nature 1994, 372, 631-4.
115. Niermann, T.; Kirschner, K. Protein Eng. 1991, 4, 359-70.
116. Benner, S. A.; Cohen, M. A.; Gerloff, D. Nature 1992, 359, 781.
117. Fauchere, J. L.; Charton, M.; Kier, L. B.; Verloop, A.; Pliska, V. Int. J. Pept. Protein Res. 1988, 32, 269-78.
118. Rose, G. D. Nature 1978, 272, 586-90.
119. Luque, I.; Mayorga, O. L.; Freire, E. Biochemistry 1996, 35, 13681-13688.
120. Lim, V. I. J. Mol. Biol. 1974, 88, 873-94.
121. Eisenberg, D.; Wesson, M.; Wilcox, W. In Prediction of Protein Structure and the Principles of Protein Conformation; Fasman, G., Ed.; Plenum: New York, 1989.
122. Matthews, B. W.; Nicholson, H.; Becktel, W. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 6663-7.
123. Alber, T. In Prediction of Protein Structure and the Principles of Protein Conformation; Fasman, G., Ed.; Plenum: New York, 1989.
124. McCammon, J. A.; Wong, C. F.; Lybrand, T. P. In Prediction of Protein Structure and the Principles of Protein Conformation; Fasman, G., Ed.; Plenum: New York, 1989.
125. Mackay, D. H. J.; Cross, A. J.; Hagler, A. T. In Prediction of Protein Structure and the Principles of Protein Conformation; Fasman, G., Ed.; Plenum: New York, 1989.
126. Bohm, G.; Jaenicke, R. Protein Sci. 1992, 1, 1269-78.
127. Gibson, T. J.; Postma, J. P.; Brown, R. S.; Argos, P. Protein Eng. 1988, 2, 209-18.
128. Kolinski, A.; Skolnick, J. Proteins 1994, 18, 353-66.
129. Srinivasan, R.; Rose, G. D. Proteins 1995, 22, 81-99.
130. Dunbrack, R. L.; Gerloff, D. L.; Bower, M.; Chen, X. W.; Lichtarge, O.; Cohen, F. E. Folding Des. 1997, 2, R27-R42.
131. Doolittle, R. F. Protein Sci. 1992, 1, 1563-77.
132. Levin, J.; Garnier, J. Biochim. Biophys. Acta 1988, 955, 1177-1192.
133. Donnelly, D.; Overington, J. P.; Blundell, T. L. Protein Eng. 1994, 7, 645-53.
134. Nishikawa, K.; Ooi, T. Biochim. Biophys. Acta 1986, 871, 45-54.
135. Benner, S. A.; Ellington, A. D. CRC Crit. Rev. Biochem. 1988, 23, 369-426.
136. Sali, A. Curr. Opin. Biotechnol. 1995, 6, 437-51.
137. May, A. C. W.; Blundell, T. L. Curr. Opin. Biotechnol. 1995, 5, 355-360.
138. Brown, W. J.; North, A. C. T.; Phillips, D. C.; Brew, K.; Vanaman, T. C.; Hill, R. L. J. Mol. Biol. 1969, 42, 65-86.
139. Rossmann, M. G.; Argos, P. J. Mol. Biol. 1976, 105, 75-95.
140. Greer, J. J. Mol. Biol. 1981, 153, 1027-42.
141. Blundell, T. L. Food Chem. Toxicol. 1995, 33, 979-85.
142. Johnson, M. S.; Srinivasan, N.; Sowdhamini, R.; Blundell, T. L. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 1994, 29, 1-68.
143. Crippen, G. M. Proteins 1996, 26, 167-171.
144. Schiffer, C. A.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Stroud, R. M. Proteins 1990, 8, 30-43.
145. Ponder, J. W.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1987, 193, 775-91.
146. Laughton, C. A. J. Mol. Biol. 1994, 235, 1088-97.
147. Harrison, R. W.; Chatterjee, D.; Weber, I. T. Proteins 1995, 23, 463-71.
148. Moult, J.; Pedersen, J. T.; Judson, R.; Fidelis, K. Proteins 1995, 23, ii-v
149. Doolittle, R. F. Of urfs and orfs: A primer on how to analyze derived amino acid sequences; University Science Books: Mill Valley, 1986.
150. Benner, S. A.; Cohen, M. A.; Gonnet, G. H. Protein Eng. 1994, 7, 1323-32.
151. Vogt, G.; Etzold, T.; Argos, P. J. Mol. Biol. 1995, 249, 816-31.
152. Argos, P. Curr. Opin. Biotechnol. 1995, 5, 361-371.
153. Bowie, J. U.; Eisenberg, D. Curr. Opin. Struct. Biol. 1993, 3, 437-444.
154. Bryant, S. H.; Altschul, S. F. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 236-44.
155. Gribskov, M.; McLachlan, A. D.; Eisenberg, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 4355-8.
156. Gribskov, M.; Luethy, R.; Eisenberg, D. Meth. Enzymol. 1990, 183, 146-59.
157. Overington, J.; Donnelly, D.; Johnson, M. S.; Sali, A.; Blundell, T. L. Protein Sci. 1992, 1, 216-26.
158. Bryant, S. H.; Lawrence, C. E. Proteins 1993, 16, 92-112.
159. Jones, D. T.; Taylor, W. R.; Thornton, J. M. Nature 1992, 358, 86-9.
160. Sippl, M. J. J. Comput.-Aided Mol. Des. 1993, 7, 473-501.
161. Miyazawa, S.; Jernigan, R. L. Macromolecules 1985, 18, 534-552.
162. Eddy, S. R. Curr. Opin. Struct. Biol. 1996, 6, 361-365.
163. Miller, R. T.; Jones, D. T.; Thornton, J. M. FASEB J. 1996, 10, 171-8.
164. Westhead, D. R.; Collura, V. P.; Eldridge, M. D.; Firth, M. A.; Li, J.; Murray, C. W. Protein Eng. 1995, 8, 1197-1204.
165. Bryant, S. H. Proteins 1996, 26, 172-185.
166. Madej, T.; Gibrat, J. F.; Bryant, S. H. Proteins 1995, 23, 356-69.
167. Jones, D. T.; Miller, R. T.; Thornton, J. M. Proteins 1995, 23, 387-97.
168. Lemer, C. M.; Rooman, M. J.; Wodak, S. J. Proteins 1995, 23, 337-55.
169. Defay, T. R.; Cohen, F. E. J. Mol. Biol. 1996, 262, 314-323.
170. Jones, D. T.; Thornton, J. M. Curr. Opin. Struct. Biol. 1996, 6, 210-6.
171. Madej, T.; Boguski, M. S.; Bryant, S. H. FEBS Lett. 1995, 373, 13-8.
172. Baumann, H.: Morella, K. K.; White, D. W.; Dembskj, M.; Bailon, P. S.; Kim, H.; Lai, C. F.; Tartaglia, L. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8374-8.
173. Zhang, F. M.; Basinski, M. B.; Beals, J. M.; Briggs, S. L.; Churgay, L. M.; Clawson, D. K.; DiMarchi, R. D.; Furman, T. C.; Hale, J. E.; et al. Nature 1997, 387, 206-209.
174. Lesk, A. M. Proteins Struct. Funct. Genet. 1997, 30, 1-16.
175. Wodak, S. J.; Rooman, M. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 1993, 3, 247-259.
176. Rost, B.; Schneider, R.; Sander, C. Trends Biochem. Sci. 1993, 18, 120-3.
177. Burgess, A. W.; Scheraga, H. A. J. Theor. Biol. 1975, 53, 403-420.
178. Levin, J. M.; Pascarella, S.; Argos, P.; Gamier, J. Protein Eng. 1993, 6, 849-54.
179. Di Francesco, V.; Garnier, J.; Munson, P. J. Protein Sci. 1996, 5, 106-13.
180. DeGrado, W. F.; Wasserman, Z. R.; Chowdhry, V. Nature 1982, 300, 379-81.
181. Bewley, T. A.; Levine, H. L.; Wetzel, R. Int. J. Pept. Protein Res. 1982, 20, 93-6.
182. Senda, T.; Shimazu, T.; Matsuda, S.; Kawano, G.; Shimizu, H.; Nakamura, K. T.; Mitsui, Y. EMBO J. 1992, 11, 3193-201.
183. Murgolo, N. J.; Windsor, W. T.; Hruza, A.; Reichert, P.; Tsarbopoulos, A.; Baldwin, S.; Huang, E.; Pramanik, B.; Ealick, S.; Trotta, P. P. Proteins 1993, 17, 62-74.
184. Mowbray, S. L.; Foster, D. L.; Koshland, D. E., Jr. J. Biol. Chem. 1985, 260, 11711-8.
185. Milburn, M. V.; Prive, G. G.; Milligan, D. L.; Scott, W. G.; Yeh, J.; Jancarik, J.; Koshland, D. E., Jr.; Kim, S. H. Science 1991, 254, 1342-7.
186. Moe, G. R.; Koshland, J. D. E. In Microbial Energy Transduction, Genetics, Structure and Function of Membrane Proteins; Youvan, D. C., Daldal, F., Eds.; Cold Spring Harbor Press: New York, 1986.
187. Taylor, W. R.; Geisow, M. J. Protein Eng. 1987, 1, 183-7.
188. Barton, G. J.; Newman, R. H.; Freemont, P. S.; Crumpton, M. J. Eur. J. Biochem. 1991, 198, 749-760.
189. Pearl, L. H.; Taylor, W. R. Nature 1987, 329, 351-4.
190. Bazan, J. F.; Fletterick, R. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1988, 85, 7872-6.
191. Hyde, C. C.; Ahmed, S. A.; Padlan, E. A.; Miles, E. W.; Davies, D. R. J. Biol. Chem. 1988,263, 17857-17871.
192. Kyte, J.; Doolittle, R. F. J. Mol. Biol. 1982, 157, 105-32.
193. Karplus, P. A.; Schulz, G. E. Naturwissenschaften 1985, 72, 212-213.
194. Farber, G. K.; Petsko, G. A. Trends Biochem. Sci. 1990, 15, 228-34.
195. Niermann, T.; Kirschner, K. Meth. Enzymol. 1991, 202, 45-59.
196. Hurle, M. R.; Matthews, C. R.; Cohen, F. E.; Kuntz, I. D.; Toumadje, A.; Johnson, J., W. C. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1987, 2, 210-224.
197. Niermann, T.; Kirschner, K. Protein Eng. 1995, 8, 535-42.
198. Tesmer, J. G.; Klem, T. J.; Deras, M. L.; Davisson, V. J.; Smith, J. L. Nature Struct. Biol. 1996, 3, 74-86.
199. Chen, A.; Kroon, P. A.; Poulter, C. D. Protein Sci. 1994, 3, 600-7.
200. Tarshis, L. C.; Yan, M.; Poulter, C. D.; Sacchettini, J. C. Biochemistry 1994, 33, 10871-7.
201. Bazan, J. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 6934-8.
202. de Vos, A. M.; Ultsch, M.; Kossiakoff, A. A. Science 1992, 255, 306-12.
203. Hubbard, T.; Park, J. Trends Biochem. Sci. 1996, 27, 279-281.
204. Bazan, J. F. Proteins 1996, 24, 1-17.
205. Qian, N.; Sejnowski, T. J. J. Mol. Biol. 1988, 202, 865-84.
206. Holley, L. H.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 152-6.
207. Hirst, J. D.; Sternberg, M. J. Biochemistry 1992, 31, 7211-8.
208. Rost, B.; Sander, C. J. Mol. Biol. 1993, 232, 584-99.
209. Salzberg, S.; Cost, S. J. Mol. Biol. 1992, 227, 371-4.
210. Benner, S. A. J. Mol. Recog. 1995, 8, 9-28.
211. Rost, B.; Sander, C. Nature 1992, 360, 540.
212. Gomis-Ruth, F. X.; Kress, L. F.; Bode, W. EMBO J. 1993, 12, 4151-7.
213. Zhang, D.; Botos, I.; Gomis-Ruth, F. X.; Doll, R.; Blood, C.; Njoroge, F. G.; Fox, J. W.; Bode, W.; Meyer, E. F. Proc. Ntal. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 8447-51.
214. Bode, W.; Kress, L. F.; Meyer, E. F.; Gomis-Ruth, F. X. Braz. J. Med. Biol. Res. 1994, 27, 2049-68.
215. Gomis-Ruth, F. X.; Kress, L. F.; Kellermann, J.; Mayr, I.; Lee, X.; Huber, R.; Bode, W. J. Mol. Biol. 1994, 239, 513-44.
216. Hubbard, T. J.; Park, J. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 23, 398-402.
217. Jabri, E.; Carr, M. B.; Hausinger, R. P.; Karplus, P. A. Science 1995, 268, 998-1004.
218. Rost, B.; Sander, C.; Schneider, R. Comput. Appl. Biosci. 1994, 10, 53-60.
219. Hodgkin, E. E.; Gillman, I. C.; Gilbert, R. J. Protein Sci. 1994, 3, 984-6.
220. Gonnet, G. H.; Cohen, M. A.; Benner, S. A. Science 1992, 256, 1443-5.
221. Zuckerkandl, E. Sci. Am. 1965, 212, 110-118.
222. Molecular Evolution, Computer Analysis of Protein and Nucleic Acid Sequences; Doolittle, R. F., Ed.; Academic Press: New York, 1990.
223. King, J. L.; Jukes, T. H. Science 1969, 164, 788-98.
224. Kimura, M. In Molecular Evolution, Protein Polymorphism, and the Neutral Theory; Kimura, M., Ed.; Springer-Verlag: Berlin, 1982; pp 3-56.
225. Dayhoff, M. O.; Schwartz, R. M.; Orcutt, B. C. In Atlas of Protein Sequence and Structure; Dayhoff, M. O., Ed.; National Biomedical Research Foundation: Washington, DC, 1978; Vol. 5.
226. Jones, D. T.; Taylor, W. R.; Thornton, J. M. Comput. Appl. Biosci. 1992, 8, 275-82.
227. Perutz, M. F.; Lehmann, H. Nature 1968, 219, 902-9.
228. Go, M.; Miyazawa, S. Int. J. Pept. Protein Res. 1980, 15, 211-24.
229. Lim, W. A.; Sauer, R. T. Nature 1989, 339, 31-6.
230. Hubbard, T. J.; Blundell, T. L. Protein Eng. 1987, 1, 159-71.
231. Patthy, L. Acta Biochim. Biophys. Hung. 1989, 24, 3-13.
232. Overington, J. P.; Johnson, M. S.; Sali, A.; Blundell, T. L. Proc. R. Soc. London B. 1990, 241, 132-145.
233. Bowie, J. U.; Reidhaar-Olson, J. F.; Lim, W. A.; Sauer, R. T. Science 1990, 247, 1306-10.
234. Benner, S. A.; Badcoe, I.; Cohen, M. A.; Gerloff, D. L. J. Mol. Biol. 1994, 235, 926-58.
235. Cohen, M. A.; Benner, S. A.; Gonnet, G. H. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1994, 199, 489-496.
236. Cohen, F. E.; Abarbanel, R. M.; Kuntz, I. D.; Fletterick, R. J. Biochemistry 1983, 22, 4894-904.
237. Pascarella, S.; Argos, P. J. Mol. Biol. 1992, 224, 461-71.
238. Needleman, S. B.; Wunsch, C. D. J. Mol. Biol. 1970, 48, 443-53.
239. Smith, T. F.; Waterman, M. S. J. Mol. Biol. 1981, 147, 195-7.
240. Flory, P. A. Principles of Polymer Chemistry; Cornell Univ. Press: Ithaca, New York, 1953.
241. Brant, D. A.; Flory, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1965, 87, 2788-2791.
242. Cohen, F. E.; Abarbanel, R. M.; Kuntz, I. D.; Fletterick, R. J. Biochemistry 1986, 25, 266-75.
243. Brown, R. S.; Argos, P. Nature 1986, 324, 215.
244. Kimura, M. Molecular Evolution, Protein Polymporphism and the Neutral Theory; Springer-Verlag: Berlin, 1982; pp 3-56.
245. Benner, S. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 1992, 2, 402-412.
246. McClure, M. A.; Vasi, T. K.; Fitch, W. M. Mol. Biol. Evol. 1994, 11, 571-92.
247. Knighton, D. R.; Zheng, J. H.; Ten Eyck, L. F.; Ashford, V. A.; Xuong, N. H.; Taylor, S. S.; Sowadski, J. M. Science 1991, 253, 407-14.
248. Benner, S. A.; Jenny, T. F.; Cohen, M. A.; Gonnet, G. H. Adv. Enzyme Regul. 1994, 34, 269-353.
249. Riddihough, G. Nat. Struct. Biol. 1994, 1, 265-266.
250. Wentrup, C. Reactive Molecules; Wiley: New York, 1984.
251. Tauer, A.; Benner, S. A. Proc. Nat. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 53-58.
252. Fry, D. C.; Kuby, S. A.; Mildvan, A. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 907-11.
253. Shoji, S.; Ericsson, L. H.; Walsh, K, A.; Fischer, E. H.; Titani, K. Biochemistry 1983, 22, 3702-9.
254. Taylor, S. S.; Buechler, J. A.; Slice, L. W.; Knighton, D. K.; Durgerian, S.; Ringheim, G. E.; Neitzel, J. J.; Yonemoto, W. M,; Sowadski, J. M.; Dospmann, W. Cold Spring Harbor Symp. Quant. Biol. 1988, 53, 121-30.
255. Taylor, S. S. J. Biol. Chem. 1989, 264, 8443-6.
256. Sternberg, M. J. E.; Taylor, W. R. FEBS Lett. 1984, 175, 387-92.
257. Bork, P. Current Opin. Struct. Biol. 1992, 2, 413-421.
258. Gonnet, G. H.; Benner, S. A. "Computational biochemistry research at ETH," E. T. H. Department Informatik, 1991.
259. Kim, J.; Rees, D. C. Nature 1992, 360, 553-560.
260. Benner, S. A.; Cohen, M. A.; Gerloff, D. J. Mol. Biol. 1993, 229, 295-305.
261. Noble, M. E. M.; Musacchio, A.; Saraste, M.; Courtneidge, S. A.; Wierenga, R. K. EMBO J. 1993, 12, 2617-2624.
262. Biou, V.; Gibrat, J. F.; Levin, J. M.; Robson, B.; Garnier, J. Protein Eng. 1988, 2, 185-91.
263. Musacchio, A.; Gibson, T.; Lehto, V. P.; Saraste, M. FEBS Lett. 1992, 307, 55-61.
264. Panayotou, G.; Bax, B.; Gout, I.; Federwisch, M.; Wroblowski, B.; Dhand, R.; Fry, M. J.; Blundell, T. L.; Wollmer, A.; Waterfleld, M. D. EMBO J. 1992, 11, 4261-72.
265. Russell, R. B.; Breed, J.; Barton, G. J. FEBS Lett. 1992, 304, 15-20.
266. Waksman, G.; Kominos, D.; Robertson, S. C.; Pant, N.; Baltimore, D.; Birge, R. B.; Cowburn, D.; Hanafusa, H.; Mayer, B. J.; Overduin, M.; et al. Nature 1992, 358, 646-53.
267. Musacchio, A.; Gibson, T.; Rice, P.; Thompson, J.; Saraste, M. Trends Biochem. Sci. 1993,18, 343-8.
268. Jenny, T. F.; Benner, S. A. Proteins 1994, 20, 1-3.
269. Haslam, R. J.; Koide, H. B.; Hemmings, B. A. Nature 1993, 363, 309-10.
270. Mayer, B. J.; Ren, R.; Clark, K. L.; Baltimore, D. Cell 1993, 73, 629-30.
271. Yoon, H. S.; Hajduk, P. J.; Petros, A. M.; Olejniczak, E. T.; Meadows, R. P.; Fesik, S. W. Nature 1994, 369, 672-5.
272. Macias, M. J.; Musacchio, A.; Ponstingl, H.; Nilges, M.; Saraste, M.; Oschkinat, H. Nature 1994, 369, 675-7.
273. Gerloff, D. L.; Cohen, F. E. Proteins 1996, 24, 18-34.
274. Jeffrey, P. D.; Russo, A. A.; Polyak, K.; Gibbs, E.; Hurwitz, J.; Massague, J.; Pavletich, N. P. Nature 1995, 376, 313-20.
275. Gibson, T. J.; Thompson, J. D.; Blocker, A.; Kouzarides, T. Nucl. Acids Res. 1994, 22, 946-52.
276. Lees, E. M.; Harlow, E. Mol. Cell. Biol. 1993, 13, 1194-201.
277. Bazan, J. F. Science 1992, 257, 410-3.
278. Roach, P. L.; Clifton, I. J.; Fulop, V.; Harlos, K.; Barton, G. J.; Hajdu, J.; Andersson, I.; Schofield, C. J.; Baldwin, J. E. Nature 1995, 375, 700-4.
279. Yee, V. C.; Pedersen, L. C.; Le Trong, I.; Bishop, P. D.; Stenkamp, R. E.; Teller, D. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 7296-300.
280. Takahashi, N.; Takahashi, Y.; Putnam, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1986, 83, 8019-23.
281. Livingstone, C. D.; Barton, G. J. Int. J. Pept. Protein Res. 1994, 44, 239-44.
282. Edwards, Y. J.; Perkins, S. J. FEBS Lett. 1995, 358, 283-6.
283. Johnson, M. S.; Overington, J. P.; Blundell, T. L. J. Mol. Biol. 1993, 231, 735-52.
284. Lee, J. O.; Rieu, P.; Arnaout, M. A.; Liddington, R. Cell 1995, 80, 631-8.
285. Barford, D.; Flint, A. J.; Tonks, N. K. Science 1994, 263, 1397-404.
286. Barton, G. J.; Cohen, P. T.; Barford, D. Eur. J. Biochem. 1994, 220, 225-37.
287. Griffith, J. P.; Kim, J. L.; Kim, E. E.; Sintchak, M. D.; Thomson, J. A.; Fitzgibbon, M. J.; Fleming, M. A.; Caron, P. R.; Hsiao, K.; Navia, M. A. Cell 1995, 82, 507-22.
288. Barford, D.; Jia, Z.; Tonks, N. K. Nature Struct. Biol. 1995, 2, 1043-1053.
289. Lupas, A.; Koster, A. J.; Walz, J.; Baumeister, W. FEBS Lett. 1994, 354, 45-9.
290. Cohen, B. I.; Presnell, S. R.; Cohen, F. E. Meth. Enzymol. 1991, 202, 252-68.
291. Loewe, J.; Stock, D.; Jap, B.; Zwickl, P.; Baumeister, W.; Huber, R. Science 1995, 268, 533-9.
292. Gerloff, D. L.; Benner, S. A. Proteins 1995, 21, 273-81.
293. Leng, B.; Buchanan, B. G.; Nicholas, H. B. J. Comp. Biol. 1994, 1, 25-38.
294. Rost, B.; Sander, C. Proteins 1995, 23, 295-300.
295. Munson, P. J.; Di Francesco, V.; Porrelli, R. 27th Anual Hawaii International Conference on Systems Science 1994, 5, 375-384.
296. Harris, G. W.; Jenkins, J. A.; Connerton, I.; Pickersgill, R. W. Acta Crystallogr. D. 1996, 52, 393-401.
297. Gerloff, D. L.; Chelvanayagam, G.; Benner, S. A. Proteins 1995, 22, 299-310.
298. Sutton, R. B.; Davletov, B. A.; Berghuis, A. M.; Sudhof, T. C.; Sprang, S. R. Cell 1995, 80, 929-38.
299. Floeckner, H.; Braxenthaler, M.; Lackner, P.; Jaritz, M.; Ortner, M.; Sippl, M. J. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1995, 23, 376-86.
300. Woolfson, D. N.; Evans, P. A.; Hutchinson, E. G.; Thornton, J. M. Protein Eng. 1993, 6, 461-70.
301. Bycroft, M.; Proctor, M.; Freund, S. M.; St Johnston, D. FEBS Lett. 1995, 362, 333-6.
302. Zanotti, G.; Berni, R.; Monaco, H. L. J. Biol. Chem. 1993, 268, 10728-38.
303. Petratos, K.; Banner, D. W.; Beppu, T.; Wilson, K. S.; Tsernoglou, D. FEBS Lett. 1987, 218, 209-14.
304. Davies, C.; White, S. W.; Ramakrishnan, V. Structure 1996, 4, 55-66.
305. Gallagher, D. T.; Gilliland, G. L.; Wang, L.; Bryan, P. Structure 1995, 3, 907-914.
306. Pai, K. S.; Bussiere, D. E.; Wang, F.; Hutchison, C. A., III; White, S. W.; Bastia, D. EMBO J. 1996, 15, 3164-3173.
307. Pellequer, J. L.; Westhof, E.; Van Regenmortel, M. H. Immunol. Lett. 1993, 36, 83-99.
308. Weinhold, E. G.; Glasfeld, A.; Ellington, A. D.; Benner, S. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 8420-4.
309. Bairoch, A. Nucleic Acids Res. 1991, 19, 2241-5.
310. Taylor, W. R. Comput. Chem. 1993, 17, 117.
311. Russell, R. B.; Copley, R. R.; Barton, G. J. J. Mol. Biol. 1996, 259, 349-65.
312. Monge, A.; Friesner, R. A.; Honig, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 5027-9.
313. Neher, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 98-102.
314. Taylor, W. R.; Hatrick, K. Protein Eng. 1994, 7, 341-8.
315. Shindyalov, I. N.; Kolchanov, N. A.; Sander, C. Protein Eng. 1994, 7, 349-58.
316. Gobel, U.; Sander, C.; Schneider, R.; Valencia, A. Proteins 1994, 18, 309-17.
317. Cohen, F. E.; Sternberg, M. J.; Taylor, W. R. Nature 1980, 285, 378-82.
318. Valencia, A.; Hubbard, T. J.; Muga, A.; Banuelos, S.; Llorca, O.; Carrascosa, J. L.; Valpuesta, J. M. Proteins 1995, 22, 199-209.
319. Hunt, J. F.; Weaver, A. J.; Landry, S. J.; Gierasch, L.; Deisenfoger, J. Nature 1996, 379, 37-45.
320. Lesk, A. J. Mol. Graphics 1995, 13, 159-164.
321. Bouaziz, S. V., C.; Huet, J C.; Pernollet, J C.; Guittet, E. Biochemistry 1994, 33, 8188-8197.
322. Hutchinson, E. G.; Thornton, J. M. Proteins 1990, 8, 203-212.
323. Solovyev, V. V.; Salamov, A. A. Comput. Appl. Biosci. 1994, 10, 661-9.
324. Gallagher, T. Personal communication, 1997.
325. Subramanian, A. R. Prog. Nucleic Acid Res. Mol. Biol. 1981, 28, 101-142.
326. Giorginis, S.; Subramanian, A. R. J. Mol. Biol. 1983, 141, 393-408.
327. Régnier, P.; Grunberg-Manago, M.; Portier, C. J. Biol. Chem. 1987, 262, 63-68.
328. Gribskov, M. Gene 1992, 119, 107-111.
329. Bycroft, M.; Hubbard, T. J.; Proctor, M.; Freund, S. M.; Murzin, A. G. Cell 1997, 88, 235-242.
330. Gerloff, D. L.; Cohen, F. E.; Benner, S. A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1997, 27, 279-289.
331. Yee, V.; Teller, D. C. Structure 1997, 5, 125-138.
332. Beamer, L. J.; Carroll, S. F.; Eisenberg, D. Science 1997, 276, 1861-1864.
333. Gerloff, D. L. C.; Fred, E.; Korostensky, C.; Turcotte, M.; Gonnet, G. H.; Benner, S. A Proteins: Struct., Funct., Genet. 1997, 27, 450-458.
334. Wigley, D. B.; Davies, G. J.; Dodson, E. J.; Maxwell, A.; Dodson, G. Nature 1991, 351, 624-629.
335. Jakob, U.; Scheibel, T.; Böse, S.; Reinstem, J.; Buchner, J. J. Biol. Chem. 1996, 277, 10035-10041.
336. Henikoff, S.; Henikoff, J. G. Proteins 1993, 17, 49-61.
337. Prodromou, C.; Roe, S. M.; Piper, P. W.; Pearl, L. H. Nature Struct. Biol. 1997, 4 (6), 477-82.
338. Groves, M. R.; Taylor, M. A. J.; Scott, M.; Cummings, N. J.; Pickersgill, R. W.; Jenkins, J. A. Structure 1996, 4, 1193-1203.
339. Shrive, A. K.; Polikarpov, I.; Krell, T.; Coulson, A.; Hawkins, A.; Sawyer, L. Nat. Struct. Biol. 1997, submitted.
340. Hofmann, E.; Wrench, P. M.; Sharples, F. P.; Hiller, R. G.; Welte, W.; Diederichs, K. Science 1996, 272, 1788-1791.
341. Al-Karadaghi, S.; Hansson, M.; Nikonov, S.; Jonsson, B.; Hederstedt, L. EMBO J. 1997, submitted.
342. Seemann, J. E.; Schulz, G. E. J. Mol. Biol. 1997, 273, 256-268.
343. Holliger, P.; Riechmann, L. Structure 1997, 5, 265-275.
344. Vath, G. M.; Earhart, C. A.; Rago, J. V.; Kim, M. H.; Bohach, G. A.; Schlievert, P. M.; Ohlendort, D. H. Biochemistry 1997, 36, 1559-1566.
345. Boissy, G.; de La Fortelle, E.; Kahn, R.; Huet, J. C.; Bricogne, G.; Pernollet, J. C.; Brunie, S. Structure 1996, 4, 1429-1439.
346. Carugo, K. D.; Banuellos, S.; Saraste, M. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 175-179.
347. Johnson, P. E.; Joshi, M. D.; Tomme, P.; Kilburn, D. G.; McIntosh, L. P. Biochemistry 1996, 35, 14381-14394.
348. Liepinsh, E.; Andersson, M.; Ruysschaert, J. M.; Otting, G. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 793-795.
349. Taylor, W. R.; Jones, D. T.; Green, N. M. Proteins 1994, 28, 281-94.
350. Rees, D. C.; DeAntonio, L.; Eisenberg, D. Science 1989, 245, 510-3.
351. Chothia, C. Nature 1992, 357, 543-544.