Molecular Design of Fluorine-Containing Peptide Mimetics

ACS Symposium Series

Volumn 639, Issue , 1996, Pages 143-156

  Cieplak, Piotr ^a   Kollman, Peter A ^b   Radomski, Jan P ^c  

^a UNIVERSITY OF WARSAW   (Poland)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^c UNIVERSITY OF WARSAW   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 1842473746     PISSN: 00976156     EISSN: None     Source Type: Book Series    
DOI: 10.1021/bk-1996-0639.ch011     Document Type: Article

References (37)

1. Bash, P. A.; Singh, U. C.; Langridge, R.; Kollman, P. A. Science 236, 564, (1987).
2. Beveridge, D. L.; DiCapua, F. M. In Computer Simulation of Biomolecular Systems, Theoretical and Experimental Applications; van Gunsteren, W. F., Weiner, P. K. Eds.; ESCOM: Leiden, 1989; p.1.
3. Pearlman, D. A. J. Comp. Chem. 1994, 15, 105.
4. Cieplak, P.; Pearlman, D. A.; Kollman, P. A. J. Chem. Phys. 1994, 101, 627.
5. Johnson, M. I.; Hoth, D. F. Science 1993, 260, 1286.
6. Roberts, N. A.; Martin, J. A.; Kinchington, D.; Broadhurst, A. V.; Craig, J. C.; Duncan, I. B.; Galpin, S. A.; Handa, B. K.; Kay, J.; Krohn, A.; Lambert, R. W.; Merrett, J. H.; Mills, J. S.; Parkes, K. E. B.; Redshaw, S.; Ritchie, A. J.; Taylor, D. L.; Thomas, G. J.; Machin, P. J. Science 1990, 248, 358.
7. McCarrick, M. A.; Kollman, P. A. In Methods in Enzymology 1994, 241, 370.
8. Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comp.-Aided Mol. Design 1993, 7, 291.
9. Swein, A. L.; Miller, M. M.; Green, J.; Rich, D. H.; Schneider, J.; Kent, S. B. H.; Wlodawer, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 8805.
10. Miller, M. M.; Schneider, J.; Sathyanarayanam, B. K.; Toth, M. V.; Marshall, G. R.; Clawson, L.; Selk, L.; Kent, S. B. H.; Wlodawer, A. Science 1989, 246, 1149.
11. Jaskolski, M.; Tomasselli, A. G.; Sawyer, T. K.; Staples, D. G.; Heinrikson, R. L.; Schneider, J.; Kent, S. B. H.; Wlodawer, A. Biochemistry 1991, 30, 1600.
12. Holloway, M. K.; Wai, J. M.; Halgren, T. A.; Fitzgerald, P. M. D.; Vacca, J. P.; Dorsey, B. D.; Levin, R. B.; Thompson, W. J.; Chen, L. J.; deSolms, S. J.; Gaffin, N.; Ghosh, A. K.; Giuliani, E. A.; Graham, S. L.; Guare, J. P.; Hungate, R. W.; Lyle, T. A.; Sanders, W. M.; Tucker, T. J.; Wiggins, M.; Wiscount, C. M.; Woltersdorf, O. W.; Young, S. D.; Darke, P. L.; Zugay, J. A. J. Med. Chem. 1995, 38, 30.
13. Schechter, I.; Gerger, A. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1967, 27, 157.
14. Farmer, P. S. In Drug Design: Ariens, E. J. Ed.; Academic Press: New York, 1980; Vol X, pp 119-143.
15. Moore, G. J. TIPS, 1994, 15, 124.
16. Olson, G. L.; D.R. Bolin, D. R.; Bonner, M. P.; Bös, M.; Cook, C. M.; Fry, D. C.; Graves, B. J.; Hatada, M.; Hill, D. E.; Kahn, M.; Madison, V. S.; Rusiecki, V. K.; Sarabu, R.; Sepinwall, J.; Vincent, G. P.; Voss, M. E. J. Med. Chem. 1993, 36, 3039.
17. Boros, L G.; DeCorte, B.; Gimi, R. H.; Welch, J. T.; Wu, Y.; Handschumacher, R. E. Tetrahedron Lett. 1994, 35, 6033.
18. Abraham, R. J.; Ellison, S. L. R.; Schonholzer, P.; Thomas, W. A. Tetrahedron, 1986, 42, 2101.
19. Hann, M. M.; Sammes, P. G. J. Chem. Soc., Chem. Comm. 1980, 234.
20. Cox, M. T.; Heaton, D. W.; Horbury, J. J. Chem. Soc., Chem. Comm. 1980, 799.
21. Cox, M. T.; Gormley, J. J.; Hayward, C. F.; Petter, N. N. J. Chem. Soc., Chem. Comm. 1980, 800.
22. Hann, M. M.; Sammes, P. G.; Kennewell, P. D.; Taylor, J. B. J. Chem. Soc., Perkin I, 1982, 307.
23. Sham, H. L.; Betebenner, D. A.; Wideburg, N. E.; Saldivar, A. C.; Kohlbrenner, W. E.; Craig-Kennard, A.; Vasavanonda, S.; Kempf, D. J.; Clement, J. J.; Erickson, J. E.; Plattner, J. J.; Norbeck, D. W. FEBS Lett. 1993, 329, 144.
24. Keenan, R. M.; Eppley, D. F.; Tomaszek, Jr., Th. A. Tetrahedron Lett. 1995, 36, 819.
25. Allen, M. P.; Tildesley, D. J. Computer Simulation of Liquids; Clarendon Press: Oxford, 1987.
26. AMBER version 4.0, (1991): Pearlman, D. A.; Case, D. A. Caldwell, J.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P.; Kollman, P. A. Department of Pharmaceutical Chemistry, University of California, San Francisco.
27. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Nguyen, D. T.; Case, D. J. Comput. Chem. 1986, 7, 230.
28. Cornell, W.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I.; Merz, Jr., K. M.; Ferguson, D.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
29. Kollman, P. A. Chem.Rev., 1993, 93, 2395.
30. Chen, X.; Tropsha, A. J. Med. Chem. 1995, 38, 42048.
31. Radomski, J. P.; Cieplak, P. "Conformational states of JG-365 in water solution", in preparation.
32. Karpen, M. E.; Tobias, D. J.; Brooks, C. L. Biochemistry, 1993, 32, 412.
33. Murcko, M. A.; Rao, B. G. J. Comp. Chem. 1993, 14, 1446.
34. Bayly, C.; Cieplak, P.; Cornell, W.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
35. W. Cornell, P. Cieplak, C. Bayly, P.A. Kollman J. Am. Chem. Soc., 115, 9620, (1993).
36. Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Mol. Recognition 1995, in press.
37. Y.-P. Pang, Y.-P.; P.A. Kollman, P. A. In Perspectives in Drug Discovery and Design; Muller, K.; Ed.; ESCOM: Leiden, 1995; Vol. 3, pp. 106-122.