Experiments in searching small proteins in unannotated large eukaryotic genomes

Journal of Proteome Research

Volumn 4, Issue 1, 2005, Pages 167-174

  Colinge, Jacques ^a   Cusin, Isabelle ^a   Reffas, Samia ^a   Mahé, Eve ^a   Niknejad, Anne ^a   Rey, Pierre Antoine ^a   Mattou, Hassan ^a   Moniatte, Marc ^a   Bougueleret, Lydie ^a  

^a Geneva Proteomics Inc   (Switzerland)

Author keywords

Bioinformatics; Eukaryote; Exon; Genome; Identification; Intron; Ion trap; Small protein

Indexed keywords

PEPTIDE; PROTEIN;

ACCURACY; AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; AUTOANALYSIS; AUTOMATION; EUKARYOTE; EXON; EXPERIMENT; GENE STRUCTURE; GENOME; GENOME ANALYSIS; HUMAN GENOME; INTRON; ION TRAP MASS SPECTROMETRY; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PEPTIDE ANALYSIS; PREDICTION; PRIORITY JOURNAL; PROTEOMICS; STRUCTURE ANALYSIS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ADULT; AMINO ACID SEQUENCE; DATABASES, PROTEIN; EXONS; FEMALE; GENOMICS; HUMANS; INTRONS; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES; PREGNANCY; PROTEOMICS;

EUKARYOTA;

EID: 14844329057     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr049811i     Document Type: Article

References (26)

1. Balogh, M. P. LCGC North America 2004, 22, www.chromatog-raphyonline.com.
2. Yamada, K.; Lim, J.; Dale, J. M.; Chen, H.; Shinn, P.; Palm, C. J.; Southwick, A. M.; Wu, H. C.; Kim, C.; Nguyen, M.; Pham, P.; Cheuk, R.; Karlin-Newmann, G.; Liu, S. X.; Lam, B.; Sakano, H.; Wu, T.; Yu, G.; Miranda, M.; Quach, H. L.; Tripp, M.; Chang, C. H.; Lee, J. M.; Toriumi, M.; Chan, M. M.; Tang, C. C.; Onodera, C. S.; Deng, J. M.; Akiyama, K.; Ansari, Y.; Arakawa, T.; Banh, J.; Banno, F.; Bowser, L.; Brooks, S.; Carninci, P.; Chao, Q.; Choy, N.; Enju, A.; Goldsmith, A. D.; Gurjal, M.; Hansen, N. F.; Hayashizaki, Y.; Johnson-Hopson, C.; Hsuan, V. W.; Iida, K.; Karnes, M.; Khan, S.; Koesema, E.; Ishida, J.; Jiang, P. X.; Jones, T.; Kawai, J.; Kamiya, A.; Meyers, C.; Nakajima, M.; Narusaka, M.; Seki, M.; Sakurai, T.; Satou, M.; Tamse, R.; Vaysberg, M.; Wallender, E. K.; Wong, C.; Yamamura, Y.; Yuan, S.; Shinozaki, K.; Davis, R. W.; Theologis, A.; Ecker, J. R. Science 2003, 302, 842-46.
3. Kuster, B.; Mortensen, P.; Andersen, J. S.; Mann, M. Proteomics. 2001, 1, 641-50.
4. Jaffe, J. D.; Berg, H. C.; Church, G. M. Proteomics. 2004, 4, 59-77.
5. Giddings, M. C.; Shah, A. A.; Gesteland, R.; Moore, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2003, 100, 20-25.
6. Arthur, J. W.; Wilkins, M. R. J. Proteome Res. 2004, 3, 393-402.
7. Choudhary, J. S.; Blackstock, W. P.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Proteomics 2001, 1, 651-67.
8. Allet, N.; Barrillat, N.; Baussant, T.; Boiteau, C.; Botti, P.; Bougueleret, L.; Budin, N.; Canet, D.; Carraud, S.; Chiappe, D.; Christmann, N.; Colinge, J.; Cusin, I.; Dafflon, N.; Depresle, B.; Fasso, I.; Frauchiger, P.; Gaertner, H.; Gleizes, A.; Gonzalez-Couto, E.; Jeandenans, C.; Karmime, A.; Kowall, T.; Lagache, S.; Mahe, E.; Masselot, A.; Mattou, H.; Moniatte, M.; Niknejad, A.; Paolini, M.; Perret, F.; Pinaud, N.; Ranno, F.; Raimondi, S.; Reffas, S.; Regamey, P. O.; Rey, P. A.; Rodriguez-Tome, P.; Rose, K.; Rossellat, G.; Saudrais, C.; Schmidt, C.; Villain, M.; Zwahlen, C. Proteomics 2004, 4, 2333-51.
9. Boeckmann, B.; Bairoch, A.; Apweiler, R.; Blatter, M. C.; Estreicher, A.; Gasteiger, E.; Martin, M. J.; Michoud, K.; O'Donovan, C.; Phan, I.; Pilbout, S.; Schneider, M. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 365-70.
10. Burge, C.; Karlin, S. J. Mol. Biol. 1997, 268, 78-94.
11. Colinge, J.; Masselot, A.; Giron, M.; Dessingy, T.; Magnin, J. Proteomics 2003, 3, 1454-63.
12. Colinge, J.; Masselot, A.; Magnin, J. 3rd Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI) Proceedings; Springer; New York, 2003 25-38.
13. Colinge, J.; Masselot, A.; Cusin, I.; Mahe, E.; Niknejad, A.; Argoud-Puy, G.; Reffas, S.; Bederr, N.; Gleizes, A.; Rey, P.-A.; Bougueleret, L Proteomics 2004, 4, 1977-84.
14. Colinge, J.; Masselot, A. DDT: TARGETS 2004, 3, S50-S55.
15. Gobom, J.; Mueller, M.; Egelhofer, V.; Theiss, D.; Lehrach, H.; Nordhoff, E. Anal. Chem. 2002, 74, 3915-23.
16. Birney, E.; Andrews, T. D.; Bevan, P.; Caccamo, M.; Chen, Y.; Clarke, L.; Coates, G.; Cuff, J.; Curwen, V.; Cutts, T.; Down, T.; Eyras, E.; Fernandez-Suarez, X. M.; Gane, P.; Gibbins, B.; Gilbert, J.; Hammond, M.; Hotz, H. R.; Iyer, V.; Jekosch, K.; Kahari, A.; Kasprzyk, A.; Keefe, D.; Keenan, S.; Lehvaslaiho, H.; McVicker, G.; Melsopp, C.; Meidl, P.; Mongin, E.; Pettett, R.; Potter, S.; Proctor, G.; Rae, M.; Searle, S.; Slater, G.; Smedley, D.; Smith, J.; Spooner, W.; Stabenau, A.; Stalker, J.; Storey, R.; Ureta-Vidal, A.; Woodwark, K. C.; Cameron, G.; Durbin, R.; Cox, A.; Hubbard, T.; Clamp, M. Genome Res. 2004.
17. Olsen, J. V.; Ong, S. E.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics. 2004, 3, 608-14.
18. Craig, R.; Beavis, R. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 2310-16.
19. Nielsen, H.; Brunak, S.; Von Heijne, G. Protein Eng 1999, 12, 3-9.
20. Chen, T. Proceedings of the Fifth Annual International Conference on Computational Biology; ACM., 2001, 87-94.
21. Burge, C. Computational Methods in Molecular Biology, Salzberg, S. L., Searls, D. B., Kasif, S., Eds.; Elsevier Sciences: New York, 1998; Chapter 8.
22. Krogh, A. Proc. Int. Conf. Intell. Syst. Mol. Biol. 1997, 5, 179-186.
23. Dancik, V.; Addona, T. A.; Clauser, K. R.; Vath, J. E.; Pevzner, P. A. J. Comput. Biol. 1999, 6, 327-342.
24. Lu, B.; Chen, T. Bioinformatics 2003, 79 Suppl 2, II113-II121.
25. Tabb, D. L.; Saraf, A.; Yates, J. R., III Anal. Chem. 2003, 75, 66415-6421.
26. Ma, B.; Zhang, K.; Hendrie, C.; Liang, C.; Li, M.; Doherty-Kirby, A.; Lajoie, G. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 2337-2342.