The N-terminal to C-terminal motif in protein folding and function

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 102, Issue 4, 2005, Pages 1053-1058

  Krishna, Mallela M G ^a   Englander, S Walter ^a  

^a UNIVERSITY OF PENNSYLVANIA   (United States)

Author keywords

Loop closure; Stability; Terminal contacts; Turnover

Indexed keywords

AMINO TERMINAL SEQUENCE; ARTICLE; CARBOXY TERMINAL SEQUENCE; KINETICS; PRIORITY JOURNAL; PROBABILITY; PROTEIN DATA BANK; PROTEIN FOLDING; PROTEIN FUNCTION; PROTEIN METABOLISM; PROTEIN MOTIF; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTEIN STABILITY;

AMINO ACID MOTIFS; PROBABILITY; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY;

RUMEX;

EID: 12844284527     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0409114102     Document Type: Article

References (82)

1. Weikl, T. R., Palassini, M. & Dill, K. A. (2004) Protein Sci. 13, 822-829.
2. Thornton, J. M. & Sibanda, B. L. (1983) J. Mol. Biol. 167, 443-460.
3. Christopher, J. A. & Baldwin, T. O. (1996) J. Mol. Biol. 257, 175-187.
4. Berman, H. M., Westbrook, J., Z. Feng, Gilliland, G., Bhat, T. N., Weissig, H., Shindyalov, I. N. & Bourne, P. E. (2000) Nucleic Acids Res. 28, 235-242.
5. Bai, Y., Zhou, H. & Zhou, Y. (2004) Protein Sci. 13, 1173-1181.
6. Galzitskaya, O. V., Garbuzynskiy, S. O., Ivankov, D. N. & Finkelstein, A. V. (2003) Proteins Struct. Funct. Genet. 51, 162-166.
7. Jackson, S. E. (1998) Fold. Des. 3, R81-R91.
8. Plaxco, K. W., Simons, K. T., Ruczinski, I. & Baker, D. (2000) Biochemistry 39, 11177-11183.
9. Sato, S. & Raleigh, D. P. (2002) J. Mol. Biol. 318, 571-582.
10. Jones, K. & Wittung-Stafshede, P. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 9606-9607.
11. Noguchi, T. & Akiyama, Y. (2003) Nucleic Acids Res. 31, 492-493.
12. Andreeva, A., Howorth, D., Brenner, S. E., Hubbard, T. J. P., Chothia, C. & Murzin, A. G. (2004) Nucleic Acids Res. 32, D226-D229.
13. Kabsch, W. & Sander, C. (1983) Biopolymers 22, 2577-2637.
14. Wang, G. & Dunbrack, R. L., Jr. (2003) Bioinformatics 19, 1589-1591.
15. Chamberlain, A. K. & Marqusee, S. (2000) Adv. Protein Chem. 53, 283-328.
16. Englander, S. W. (2000) Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 29, 213-238.
17. Krishna, M. M. G., Lin, Y. & Englander, S. W. (2004) J. Mol. Biol. 343, 1095-1109.
18. Bai, Y., Sosnick, T. R., Mayne, L. & Englander, S. W. (1995) Science 269, 192-197.
19. Rumbley, J., Hoang, L., Mayne, L. & Englander, S. W. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 105-112.
20. Krishna, M. M. G., Lin, Y., Rumbley, J. N. & Englander, S. W. (2003) J. Mol. Biol. 331, 29-36.
21. Maity, H., Maity, M. & Englander, S. W. (2004) J. Mol. Biol. 343, 223-233.
22. Raschke, T. M. & Marqusee, S. (1998) Curr. Opin. Biotechnol. 9, 80-86.
23. Fuentes, E. J. & Wand, A. J. (1998) Biochemistry 37, 9877-9883.
24. Fuentes, E. J. & Wand, A. J. (1998) Biochemistry. 37, 3687-3698.
25. Yan, S., Kennedy, S. D. & Koide, S. (2002) J. Mol. Biol. 323, 363-375.
26. Chu, R., Pei, W., Takei, J. & Bai, Y. (2002) Biochemistry 41, 7998-8003.
27. Silverman, J. A. & Harbury, P. B. (2002) J. Mol. Biol. 324, 1031-1040.
28. Roder, H., Elöve, G. A. & Englander, S. W. (1988) Nature 335, 700-704.
29. Krishna, M. M. G., Lin, Y., Mayne, L. & Englander, S. W. (2003) J. Mol. Biol. 334, 501-513.
30. Colón, W., Elöve, G. A., Wakem, P., Sherman, F. & Roder, H. (1996) Biochemistry 35, 5538-5549.
31. Krantz, B. A., Moran, L. B., Kentsis, A. & Sosnick, T. R. (2000) Nat. Struct. Biol. 7, 62-71.
32. Krantz, B. A., Srivastava, A. K., Nauli, S., Baker, D., Sauer, R. T. & Sosnick, T. R. (2002) Nat. Struct. Biol. 9, 458-463.
33. Hughson, F. M., Wright, P. E. & Baldwin, R. L. (1990) Science 249, 1544-1548.
34. Jennings, P. A. & Wright, P. E. (1993) Science 262, 892-896.
35. Kay, M. S., Ramos, C. H. & Baldwin, R. L. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 2007-2012.
36. Kragelund, B. B., Osmark, P., Neergaard, T. B., Schiødt, J., Kristiansen, K., Knudsen, J. & Poulsen, F. M. (1999) Nat. Struct. Biol. 6, 594-601.
37. Scott, K. A., Randles, L. G. & Clarke, J. (2004) J. Mol. Biol. 344, 207-221.
38. Capaldi, A. P., Kleanthous, C. & Radford, S. E. (2002) Nat. Struct. Biol. 9, 209-216.
39. Friel, C. T., Capaldi, A. P. & Radford, S. E. (2003) J. Mol. Biol. 326, 293-305.
40. Chili, F., Taddei, N., White, P. M., Bucciantini, M., Magherini, F., Stefani, M. & Dobson, C. M. (1999) Nat. Struct. Biol. 6, 1005-1009.
41. Villegas, V., Martinez, J. C., Avilés, F. X. & Serrano, L. (1998) J. Mol. Biol. 283, 1027-1036.
42. Grantcharova, V., Alm, E. J., Baker, D. & Horwich, A. L. (2001) Curr. Opin. Struct. Biol. 11, 70-82.
43. McCallister, E. L., Alm, E. & Baker, D. (2000) Nat. Struct. Biol. 7, 669-673.
44. Cota, E., Steward, A., Fowler, S. B. & Clarke, J. (2001) J. Mol. Biol. 305, 1185-1194.
45. Perl, D., Holtermann, G. & Schmid, F. X. (2001) Biochemistry 40, 15501-15511.
46. Garcia-Mira, M. M., Boehringer, D. & Schmid, F. X. (2004) J. Mol. Biol. 339, 555-569.
47. Itzhaki, L. S., Otzen, D. E. & Fersht, A. R. (1995) J. Mol. Biol. 254, 260-288.
48. Krantz, B. A., Dothager, R. S. & Sosnick, T. R. (2004) J. Mol. Biol. 337, 463-475.
49. Sosnick, T. R., Dothager, R. S. & Krantz, B. A. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101, 17377-17382.
50. Tasayco, M. L. & Carey, J. (1992) Science 255, 594-597.
51. Milla, M. E. & Sauer, R. T. (1995) Biochemistry 34, 3344-3351.
52. Riddle, D. S., Grantcharova, V. P., Santiago, J. V., Alm, E., Ruczinski, I. & Baker, D. (1999) Nat. Struct. Biol. 6, 1016-1024.
53. Martinez, J. C. & Serrano, L. (1999) Nat. Struct. Biol. 6, 1010-1016.
54. Northey, J. G. B., Nardo, A. A. D. & Davidson, A. R. (2002) Nat. Struct. Biol. 9, 126-130.
55. Guerois, R. & Serrano, L. (2000) J. Mol. Biol. 304, 967-982.
56. Lindorff-Larsen, K., Vendruscolo, M., Paci, E. & Dobson, C. M. (2004) Nat. Struct. Mol. Biol. 11, 443-449.
57. Thornton, J. M. & Chakauya, B. L. (1982) Nature 298, 296-297.
58. Aroul-Selvam, R., Hubbard, T. & Sasidharan, R. (2004) J. Mol. Biol. 338, 633-641.
59. Chan, H. S. & Dill, K. A. (1991) Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 20, 447-490.
60. Berezovsky, I. N., Kilosanidze, G. T., Tumanyan, V. G. & Kisselev, L. L. (1999) Protein Eng. 12, 23-30.
61. Pal, D. & Chakrabarti, P. (2000) Biopolymers 53, 467-475.
62. Bhattacharyya, R., Pal, D. & Chakrabarti, P. (2002) Acta Crystallogr. D 58, 1793-1802.
63. Sosnick, T. R., Mayne, L. & Englander, S. W. (1996) Proteins Struct. Funct. Genet. 24, 413-426.
64. Krantz, B. A., Mayne, L., Rumbley, J., Englander, S. W. & Sosnick, T. R. (2002) J. Mol. Biol. 324, 359-371.
65. Plaxco, K. W., Simons, K. T. & Baker, D. (1998) J. Mol. Biol. 277, 985-994.
66. Kamagata, K., Arai, M. & Kuwajima, K. (2004) J. Mol. Biol. 339, 951-965.
67. Sosnick, T. R., Mayne, L., Hiller, R. & Englander, S. W. (1994) Nat. Struct. Biol. 1, 149-156.
68. Sosnick, T. R., Shtilerman, M. D., Mayne, L. & Englander, S. W. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 8545-8550.
69. Anfinsen, C. B. (1956) J. Biol. Chem. 221, 405-412.
70. Taniuchi, H. (1970) J. Biol. Chem. 245, 5459-5468.
71. Taniuchi, H. & Anfinsen, C. B. (1969) J. Biol. Chem. 244, 3864-3875.
72. de Prat Gay, G., Ruiz-Sanz, J., Neira, J. L., Corrales, F. J., Otzen, D. E., Ladurner, A. G. & Fersht, A. R. (1995) J. Mol. Biol. 254, 968-979.
73. Pfuhl, M., Improta, S., Politou, A. S. & Pastore, A. (1997) J. Mol. Biol. 265, 242-256.
74. Hamill, S. J., Meekhof, A. E. & Clarke, J. (1998) Biochemistry 37, 8071-8079.
75. Chen, W.-J., Huang, P.-T., Liu, J. & Liao, T.-H. (2004) Biochemistry 43, 10653-10663.
76. Baldwin, M. R., Bradshaw, M., Johnson, E. A. & Barbieri, J. T. (2004) Protein Expr. Pur. 37, 187-195.
77. Keiler, K. C., Waller, P. R. H. & Sauer, R. T. (1996) Science 271, 990-993.
78. Gottesman, S., Roche, E., Zhou, Y. & Sauer, R. T. (1998) Genes Dev. 12, 1338-1347.
79. Flynn, J. M., Neher, S. B., Kim, Y.-I., Sauer, R. T. & Baker, T. A. (2003) Mol. Cell 11, 671-683.
80. Glickman, M. H. & Ciechanover, A. (2002) Physiol. Rev. 82, 373-428.
81. Varshavsky, A. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 12142-12149.
82. Hochstrasser, M. (1996) Annu. Rev. Genet. 30, 405-439.