New Approach to Oligonucleotide Microarrays Using Zirconium Phosphonate-Modified Surfaces

Journal of the American Chemical Society

Volumn 126, Issue 5, 2004, Pages 1497-1502

  Nonglaton, Guillaume ^a   Benitez, Isa O ^b   Guisle, Isabelle ^c   Pipelier, Muriel ^a   Léger, Jean ^c   Dubreuil, Didier ^a   Tellier, Charles ^d   Talham, Daniel R ^b   Bujoli, Bruno ^a  

^a Centre National de la Recherche Scientifique   (France)

^b University of Florida ^*  (United States)

^c INSERM   (France)

^d CNRS   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DEPOSITION; FLUORESCENCE; MONOLAYERS; ZIRCONIUM COMPOUNDS;

HYBRIDIZATION; OLIGONUCLEOTIDE MICROARRAYS;

OLIGOMERS;

BOVINE SERUM ALBUMIN; OLIGOMER; OLIGONUCLEOTIDE; PHOSPHONIC ACID DERIVATIVE; ZIRCONIUM DERIVATIVE;

ARTICLE; BINDING AFFINITY; DNA MICROARRAY; DNA PROBE; FLUORESCENCE; HYBRIDIZATION; SIGNAL NOISE RATIO;

GLASS; OLIGONUCLEOTIDE ARRAY SEQUENCE ANALYSIS; OLIGONUCLEOTIDE PROBES; PHOSPHONIC ACIDS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SUBSTRATE SPECIFICITY; SURFACE PROPERTIES; ZIRCONIUM;

EID: 1042276600     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja039072r     Document Type: Article

References (64)

1. Wang, J. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 3011-3016.
2. Nat. Genet. 2000, 21, 1-60.
3. Shoemaker, D. D.; Schadt, E. E.; Armour, C. D.; He, Y. D.; Garrett-Engele, P.; McDonagh, P. D.; Loerch, P. M.; Leonardson, A.; Lum, P. Y.; Cavet, G.; Wu, L. F.; Altschuler, S. J.; Edwards, S.; King, J.; Tsang, J. S.; Schimmack, G.; Schelter, J. M.; Koch, J.; Ziman, M.; Marton, M. J.; Li, B.; Cundiff, P.; Ward, T.; Castle, J.; Krolewski, M.; Meyer, M. R.; Mao, M.; Burchard, J.; Kidd, M. J.; Dai, H.; Phillips, J. W.; Linsley, P. S.; Stoughton, R.; Scherer, S.; Boguski, M. S. Nature 2001, 409, 922-927.
4. DeRisi, J.; Penland, L.; Brown, P. O.; Bittner, M. L.; Meltzer, P. S.; Ray, M.; Chen, Y. D.; Su, Y. A.; Trent, J. M. Nat. Genet. 1996, 14, 457-460.
5. Marshall, A.; Hodgson, J. Nat. Biotechnol. 1998, 16, 27-31.
6. Ramsay, G. Nat. Biotechnol. 1998, 16, 40-44.
7. Niemeyer, C. M.; Blohm, D. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1999, 38, 2865-2869.
8. Pirrung, M. C. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 1276-1289.
9. Milner, N.; Mir, K. U.; Southern, E. M. Nat. Biotechnol. 1997, 15, 537-541.
10. Shchepinov, M. S.; CaseGreen, S. C.; Southern, E. M. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 1155-1161.
11. Southern, E. M.; Casegreen, S. C.; Elder, J. K.; Johnson, M.; Mir, K. U. ; Wang, L.; Williams, J. C. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 1368-1373.
12. Weiler, J.; Hoheisel, J. D. Anal. Biochem. 1996, 243, 218-227.
13. Matson, R. S.; Rampal, J. B.; Coassin, P. J. Anal. Biochem. 1994, 217, 306-310.
14. Fodor, S. P. A.; Read, J. L.; Pirrung, M. C.; Stryer, L.; Lu, A. T.; Solas, D. Science 1991, 251, 767-773.
15. Sheldon, E. L.; Briggs, J.; Bryan, R.; Cronin, M.; Oval, M.; McGall, G.; Gentalen, E.; Miyada, C. G.; Masino, R.; Modlin, D.; Pease, A.; Solas, D.; Fodor, S. P. A. Clin. Chem. 1993, 39, 718-719.
16. Lockhart, D. J.; Dong, H. L.; Byrne, M. C.; Follettie, M. T.; Gallo, M. V.; Chee, M. S.; Mittmann, M.; Wang, C. W.; Kobayashi, M.; Horton, H.; Brown, E. L. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 1675-1680.
17. Eisen, M. B.; Brown, P. O. Methods Enzymol. 1999, 303, 179-205.
18. Burns, N. L.; Vanalstine, J. M.; Harris, J. M. Langmuir 1995, 11, 2768-2776.
19. Mielewczyk, S.; Patterson, B. C.; Abrams, E. S.; Zhang, T. Patent WO0116372, 2001.
20. Beier, M.; Hoheisel, J. D. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 1970-1977.
21. Demers, L. M.; Park, S. J.; Taton, T. A.; Li, Z.; Mirkin, C. A. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 3071-3073.
22. Guschin, D.; Yershov, G.; Zaslavsky, A.; Gemmell, A.; Shick, V.; Proudnikov, D.; Arenkov, P.; Mirzabekov, A. Anal. Biochem. 1997, 250, 203-211.
23. Melnyck, O.; Olivier, C.; Ollivier, N.; Hot, D.; Hout, L.; Lemoine, Y.; Wolowczuk, I.; Huynh-Dinh, T.; Gouyette, C.; Gras-Masse, H. Patent WO0142495, 2001.
24. For the same approach developed with proteins, see: MacBeath, G.; Schreiber, S. L. Science 2000, 289, 1760-1763.
25. Osborne, M. A.; Barnes, C. L.; Balasubramanian, S.; Klenerman, D. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 3120-3126.
26. Wennmalm, S.; Edman, L.; Rigler, R. Chem. Phys. 1999, 247, 61-67.
27. Wennmalm, S.; Rigler, R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 2516-2519.
28. Gilles, P. N.; Wu, D. J.; Foster, C. B.; Dillon, P. J.; Chanock, S. J. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 365-370.
29. James, P. Biotechniques 2002, 4-13.
30. Herne, T. M.; Tarlov, M. J. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 8916-8920.
31. Levicky, R.; Herne, T. M.; Tarlov, M. J.; Satija, S. K. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9787-9792.
32. Brockman, J. M.; Frutos, A. G.; Corn, R. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8044-8051.
33. Georgiadis, R.; Peterlinz, K. P.; Peterson, A. W. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3166-3173.
34. Byrd, H.; Pike, J. K.; Talham, D. R. Chem. Mater. 1993, 5, 709-715.
35. Byrd, H.; Whipps, S.; Pike, J. K.; Ma, J.; Nagler, S. E.; Talham, D. R. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 295-301.
36. Petruska, M. A.; Fanucci, G. E.; Talham, D. R. Chem. Mater. 1998, 10, 177-189.
37. Nixon, C. M.; Claire, K. L.; Odobel, F.; Bujoli, B.; Talham, D. R. Chem. Mater. 1999, 11, 965-976.
38. Wu, A.; Talham, D. R. Langmuir 2000, 16, 7449-7456.
39. Benitez, I. O.; Bujoli, B.; Camus, L. J.; Lee, C. M.; Odobel, F.; Talham, D. R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4363-4370.
40. Katz, H. E.; Schilling, M. L.; Chidsey, C. E. D.; Putvinski, T. M.; Hutton, R. S. Chem. Mater. 1991, 3, 699-703.
41. Standford Microarray Database [http://genome-www4.stanford.edu/MicroArray].
42. Byrd, H.; Suponeva, E. P.; Bocarsly, A. B.; Thompson, M. E. Nature 1996, 380, 610-612.
43. Lee, H.; Kepley, L. J.; Hong, H.-G.; Akhter, S.; Mallouk, T. E. J. Phys. Chem. 1988, 92, 2597-2601.
44. Lee, H.; Kepley, L. J.; Hong, H.-G.; Mallouk, T. E. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 618-620.
45. Putvinski, T. M.; Schilling, M. L.; Katz, H. E.; Chidsey, C. E. D.; Mujsce, A. M.; Emerson, A. B. Langmuir 1990, 6.
46. Thompson, M. E. Chem. Mater. 1994, 6, 1168-1175.
47. Snover, J. L.; Byrd, H.; Suponeva, E. P.; Vicenzi, E.; Thompson, M. E. Chem. Mater. 1996, 8, 1490-1499.
48. Horne, J. C.; Blanchard, G. J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12788-12795.
49. Horne, J. C.; Huang, Y.; Liu, G.-Y.; Blanchard, G. J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 4419-4426.
50. Neff, G. A.; Helfrich, M. R.; Clifton, M. C.; Page, C. J. Chem. Mater. 2000, 12, 2363-2371.
51. Hong, H. G.; Sackett, D. D.; Mallouk, T. E. Chem. Mater. 1991, 3, 521-527.
52. Katz, H. E.; Schilling, M. L. Chem. Mater. 1993, 5, 1162-1166.
53. Keller, S. W.; Kim, H.-N.; Mallouk, T. E. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 8817-8818.
54. Kaschak, D. M.; Lean, J. T.; Waraksa, C. C.; Saupe, G. B.; Usami, H.; Mallouk, T. E. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 3435-3445.
55. Xu, X. H.; Yang, H. C.; Mallouk, T. E.; Bard, A. J. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 8386-8387.
56. Guo, Z.; Guilfoyle, R. A.; Thiel, A. J.; Wang, R.; Smith, L. M. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 5456-5465.
57. Thiel, A. J.; Frutos, A. G.; Jordan, C. E.; Corn, R. M.; Smith, L. M. Anal. Chem. 1997, 69, 4948-4956.
58. Aboulela, F.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J. Nature 1992, 360, 280-282.
59. Cheong, C. J.; Moore, P. B. Biochemistry 1992, 31, 8406-8414.
60. Kang, C.; Zhang, X. H.; Ratliff, R.; Moyzis, R.; Rich, A. Nature 1992, 356, 126-131.
61. Aboulela, F.; Murchie, A. I. H.; Norman, D. G.; Lilley, D. M. J. J. Mol. Biol. 1994, 243, 458-471.
62. Laughlan, G.; Murchie, A. I. H.; Norman, D. G.; Moore, M. H.; Moody, P. C. E.; Lilley, D. M. J.; Luisi, B. Science 1994, 265, 520-524.
63. Smith, F. W.; Feigon, J. Biochemistry 1993, 32, 8682-8692.
64. Phillips, K.; Dauter, Z.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J.; Luisi, B. J. Mol. Biol. 1997, 273, 171-182.