Homology modeling and molecular dynamics simulations of the Gla domains of human coagulation factor IX and its G[12]A mutant

Journal of Physical Chemistry

Volumn 100, Issue 7, 1996, Pages 2475-2479

  Li, Leping ^a   Darden, Tom ^b   Hiskey, Richard ^a   Pedersen, Lee ^a,b  

^a UNIVERSITY OF NORTH CAROLINA   (United States)

^b NATIONAL INSTITUTE OF ENVIRONMENTAL HEALTH SCIENCES   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0343034508     PISSN: 00223654     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp952190j     Document Type: Article

References (52)

1. Smit, P. E.; Pettitt, M. B. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 6029.
2. Schreiber, H.; Steinhauser, O. Biochemistry 1992, 31, 5856.
3. Bader, J. S.; Chandler, D. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6423.
4. Kitson, D. H.; Avbelj, F.; Moult, J.; Nguyen, D. T.; Mertz, J. E.; Hadzi, D.; Hagler, A. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1993, 90, 8920.
5. York, D. M.; Darden, T. A.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1993, 99, 8345.
6. York, D. M.; Wlodawer, A.; Pedersen, L. G.; Darden, T. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91, 8715.
7. Steinback, P. J.; Brooks, B. R. J. Comput. Chem. 1994, 15, 667.
8. Auffinger, P.; Beveridge. D. L. Chem. Phys. Lett. 1995, 234, 413.
9. Cheatham, T. E., III; Miller, J. T.; Fox, T.; Darden, T. A.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 4193.
10. Perera, L.; Essmann, U.; Berkowitz, M. L. J. Chem. Phys. 1995, 102, 450.
11. York, D. M.; Yang, W.; Pedersen, L. G. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5001.
12. Hamaguchi, N.; Charifson, P.; Darden, T.; Xiao, L.; Padmanabhan, K.; Tulinsky, A.; Hiskey, R.; Pedersen, L. Biochemistry 1992, 31, 8840.
13. Furie, B.; Furie, B. C. Cell 1988, 53, 505.
14. Davie, E. W.; Fujikawa, K.; Kisiel, W. Biochemistry 1991, 30, 10363.
15. Yoshitake, S.; Schach, B. G.; Foster, D. C.; Davie, E. W.; Kurachi, K. Biochemistry 1985, 24, 3736.
16. Freedman, S. J.; Furie, B. C.; Furie, B.; Baleja, J. D. J. Biol. Chem. 1995, 270, 7980.
17. Sunnerhagen, M.; Forsén, S.; Hoffrén, A.-M.; Drakenberg, T.; Teleman, O.; Stenflo, J. Nature Struct. Biol. 1995, 2, 504.
18. Church, W. R.; Messier, T.; Howard, P. R.; Amiral, J.; Meyer, D.; Mann, K. G. J. Biol. Chem. 1988, 263, 6259.
19. Church, W. R.; Boulanger, L. L.; Messier, T. L.; Mann, K. G. J. Biol. Chem. 1989, 264, 17882.
20. Schwalbe, R. A.; Ryan, J.; Stern, D. M.; Kisiel, W.; Dahlbäck, B.; Nelsestuen, G. L. J. Biol. Chem. 1989, 264, 20288.
21. Toomey, J. R.; Smith, K. J.; Roberts, H. R.; Stafford, D. W. Biochemistry 1992, 31, 1806.
22. Ahmad, S. S.; Rawala-Sheikh, R.; Cheung, W. F.; Jameson, B. A.; Stafford, D. W.; Walsh, P. N. Biochemistry 1994, 33, 12048.
23. Geng, J. P.; Christiansen, W. T.; Plow, E. F.; Castellino, F. J. Biochemistry 1995, 34, 8449.
24. Soriano-Garcia, M.; Padmanabhan, K.; de Vos, A. M.; Tulinsky, A. Biochemistry 1992, 31, 2554.
25. Medved, L. V.; Vysotchin, A.; Ingham, K. C. Biochemistry 1994, 33, 478.
26. Jacobs, M.; Freedman, S. J.; Furie, B. C.; Furie, B. J. Biol. Chem. 1994, 209, 25494.
27. Colpitts, T. L.; Castellino, F. J. Biochemistry 1994, 33, 3501.
28. Hughes, P. E.; Handford, P. A.; Austen, D. E. G.; Brownlee, G. G. Protein Eng. 1994, 7, 1121.
29. Christiansen, W. T.; Geng, J. P.; Castellino, F. J. Biochemistry 1995, 34, 8082.
30. Giannelli, F.; Green, P. M.; Sommer, S. S.; Lillicrap, D. P.; Ludwig, M.; Schwaab, R.; Reitsma, P. H.; Goossens, M.; Yoshioka, A.; Brownlee, G. G. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 3534.
31. Li, L.; Darden, T.; Foley, C.; Hiskey, R.; Pedersen, L. Protein Sci. 1995, 4, 2341.
32. Blundell, T. L.; Sibanda, M. J. E.; Sternberg, M. J. E.; Thornton, J. M. Nature 1987, 326, 347.
33. Koeberl, D. D.; Bottema, C. D. K.; Buerstedde, J. M.; Sommer, S. S. Am. J. Hum. Genet. 1989, 45, 448.
34. Rao, Z.; Handford, P.; Mayhew, M.; Knott, V.; Brownlee, G. G.; Stuart, D. Cell 1995, 82, 131.
35. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
36. Maynard, A. T.; Eastman, E. A.; Darden, T.; Deerfield, D. W.; Hiskey, R. G.; Pedersen, L. G. Int. J. Pept. Protein Res. 1988, 31, 137.
37. Charifson, P. S.; Darden, T.; Tulinsky, A.; Hughey, J.; Hiskey, R. G.; Pedersen, L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1991, 88, 424.
38. Cheung, W. -F.; Hamaguchi, N.; Smith, K. J.; Stafford, D. W. J. Biol. Chem. 1992, 267, 20529.
39. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577.
40. Ami, R. K.; Padmanabhan, K.; Padmanabhan, K. P.; Wu, T.-P.; Tulinsky, A. Chem. Phys. Lipids 1994, 67/68, 59.
41. Zhang, L.; Castellino, F. J. J. Biol. Chem. 1994, 209, 3590.
42. Welsch, D. J.; Nelsestuen, G. L. Biochemistry 1988, 27, 4939.
43. Martin, D. M. A.; O'Brien, D. P.; Tuddenham, E. G. D.; Byfield, P. G. H. Biochemistry 1993, 32, 13949.
44. Jones, M. E.; Griffith, M J.; Monroe, D. M.; Roberts, H. R.; Lentz, B. R. Biochemistry 1985, 24, 8064.
45. Straight, D. L.; Sherrill, G. B.; Noyes, C. M.; Trapp, H. G.; Wright, S. F.; Roberts, H. R.; Hiskey, R. G.; Griffith, M. J. J. Biol. Chem. 1985, 260, 2890.
46. Ratcliffe, J. V.; Furie, B.; Furie, B. C. J. Biol. Chem. 1993, 268, 24339.
47. Zhang L.; Jhingan, A.; Castellino, F. J. Blood 1992, 80, 942.
48. Chen, S. H.; Thompson, A. R.; Zhang, M.; Scott, C. R. J. Clin. Invest. 1989, 84, 113.
49. Wang, N. S.; Zhang, M.; Thompson, A. R.; Chen, S. H. Thromb. Haemostasis 1990, 63, 24.
50. Lim, T. K.; Bloomfield, V. A.; Nelsestuen G. L. Biochemistry 1977, 16, 4177.
51. Mutucumarana, V. P.; Duffy, E. J.; Lollar, P.; Johnson, A. E. J. Biol. Chem. 1992, 267, 17012.
52. Yu, S.; Zhang, L.; Jhingan, A.; Christiansen, W. T.; Castellino, F. J. Biochemistry 1994, 33, 823.