Electrostatic contributions to cyanine dye aggregation on peptide nucleic acid templates

Langmuir

Volumn 19, Issue 16, 2003, Pages 6449-6455

  Wang, Miaomiao ^a   Dilek, Isil ^a   Armitage, Bruce A ^a  

^a CARNEGIE MELLON UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

HELICAL MORPHOLOGY;

AGGLOMERATION; DYES; ELECTROSTATICS; NEGATIVE IONS; SPECTROSCOPIC ANALYSIS; VARIATIONAL TECHNIQUES;

NUCLEIC ACIDS;

EID: 0042069985     PISSN: 07437463     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/la0342161     Document Type: Article

References (43)

1. Nielsen, P. E.; Egholm, M.; Berg, R. H.; Buchardt, O. Science 1991, 254, 1498-1500.
2. Nielsen, P. E. Pure Appl. Chem. 1998, 70, 105-110.
3. Uhlmann, E.; Peyman, A.; Breipohl, G.; Will, D. W. Angew. Chem., Int. Ed. 1998, 37, 2796-2823.
4. Corey, D. R. Trends Biotechnol. 1997, 15, 224-229.
5. Nielsen, P. E.; Haaima, G. Chem. Soc. Rev. 1997, 26, 73-78.
6. Egholm, M.; Buchardt, O.; Christensen, L.; Behrens, C.; Freier, S. M.; Driver, D. A.; Berg, R. H.; Kim, S. K.; Nordén, B.; Nielsen, P. E. Nature 1993, 365, 566-568.
7. Wittung, P.; Nielsen, P. E.; Buchardt, O.; Egholm, M.; Nordén, B. Nature 1994, 368, 561-563.
8. Tomac, S.; Sarkar, M.; Ratilainen, T.; Wittung, P.; Nielsen, P. E.; Nordén, B.; Gräslund, A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 5544-5552.
9. Ratilainen, T.; Holmén, A.; Tuite, E.; Haaima, G.; Christensen, L.; Nielsen, P. E.; Nordén, B. Biochemistry 1998, 37, 12331-12342.
10. Ratilainen, T.; Holmén, A.; Tuite, E.; Nielsen, P. E.; Nordén, B. Biochemistry 2000, 39, 7781-7791.
11. Erikkson, M.; Nielsen, P. E. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 410-413.
12. Rasmussen, H.; Kastrup, J. S.; Nielsen, J. N.; Nielsen, J. M.; Nielsen, P. E. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 98-101.
13. Hanvey, J. C.; Peffer, N. J.; Bisi, J. E.; Thomson, S. A.; Cadilla, R.; Josey, J. A.; Ricca, D. J.; Hassman, C. F.; Bonham, M. A.; Au, K. G.; Carter, S. G.; Bruckenstein, D. A.; Boyd, A. L.; Noble, S. A.; Babiss, L. E. Science 1992, 258, 1481-1485.
14. Good, L.; Nielsen, P. E. Antisense Nucleic Acid Drug Dev. 1997, 7, 431-437.
15. Good, L.; Awasthi, S. K.; Dryselius, R.; Larsson, O.; Nielsen, P. E. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 360-364.
16. Nielsen, P. E.; Egholm, M. Peptide Nucleic Acids. Protocols and Applications; Nielsen, P. E., Egholm, M., Eds.; Horizon Scientific Press: Norfolk, 1999.
17. Wittung, P.; Kim, S. K.; Buchardt, O.; Nielsen, P. E.; Nordén, B. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 5371-5377.
18. Wilson, W. D. Reversible Interactions of Nucleic Acids with Small Molecules. In Nucleic Acids in Chemistry and Biology; Blackburn, G. M., Gait, M. J., Eds.; Oxford University Press: Oxford, 1996; pp 329-374.
19. Mountzouris, J. A.; Hurley, L. H. Small Molecule-DNA Interactions. In Bioorganic Chemistry: Nucleic Acids; Hecht, S. M., Ed.; Oxford University Press: New York, 1996; pp 288-323.
20. Smith, J. O.; Olson, D. A.; Armitage, B. A. J. Am. Chem. Soc. 1989, 121, 2686-2695.
21. Kushon, S. A.; Jordan, J. P.; Seifert, J. L.; Nielsen, P. E.; Nielsen, H.; Armitage, B. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 10805-10813.
22. Datta, B.; Armitage, B. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9612-9619.
23. Wilhelmsson, L. M.; Nordén, B.; Mukherjee, K.; Dulay, M. T.; Zare, R. N. Nucleic Acids Res. 2002, 30, e3.
24. Komiyama, M.; Ye, S.; Liang, X.; Yamamoto, Y.; Tomita, T.; Zhou, J.-M.; Aburatani, H. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 3758-3762.
25. Seifert, J. L.; Connor, R. E.; Kushon, S. A.; Wang, M.; Armitage, B. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2987-2995.
26. Wang, M.; Silva, G. L.; Armitage, B. A. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9977-9986.
27. Cao, R.; Venezia, C. F.; Armitage, B. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 2001, 18, 844-856.
28. Christensen, L.; Fitzpatrick, R.; Gildea, B.; Petersen, K. H.; Hansen, H. F.; Koch, T.; Egholm, M.; Buchardt, O.; Nielsen, P. E.; Coull, J.; Berg, R. H. J. Pept. Sci. 1998, 3, 175-183.
29. Koch, T.; Hansen, H. F.; Andersen, P.; Larsen, T.; Batz, H. G.; Otteson, K.; Ørum, H. J. Pept. Res. 1997, 49, 80-88.
30. Southwick, P. L.; Ernst, L. A.; Tauriello, E. W.; Parker, S. R.; Mujumdar, R. B.; Mujumdar, S. R.; Clever, H. A.; Waggoner, A. S. Cytometry 1990, 11, 418.
31. West, W.; Pearce, S. J. Phys. Chem. 1965, 69, 1894-1903.
32. Herz, A. H. Photogr. Sci. Eng. 1974, 18, 323-335.
33. Job, P. Ann. Chim. (Paris) 1928, 9, 113-203.
34. Wittung, P.; Erikkson, M.; Lyng, R.; Nielsen, P. E.; Nordén, B. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 10167-10173.
35. Lagriffoule, P.; Wittung, P.; Erikkson, M.; Jensen, K. K.; Norden, B.; Buchardt, O.; Nielsen, P. E. Chem.-Eur. J. 1897, 3, 912-919.
36. Nakanishi, K.; Berova, N.; Woody, R. W. Circular Dichroism:Principles and Applications; VCH: New York, 1994.
37. Cao, Y. C.; Jin, R.; Mirkin, C. A. Science 2002, 297, 1536-1539.
38. Haack, T.; Peczuh, M. W.; Salvatella, X.; Sanchez-Quesada, J.; de Mendoza, J.; Hamilton, A. D.; Giralt, E. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11813-11820
39. Kennan, A. J.; Haridas, V.; Severin, K.; Lee, D. H.; Ghadiri, M. R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 1797-1803.
40. Hendsch, Z. S.; Nohaile, M. J.; Sauer, R. T.; Tidor, B. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 1264-1265.
41. Zhai, L.; McCullough, R. D. Adv. Mater. 2002, 14, 901-905.
42. Haaima, G.; Lohse, A.; Buchardt, O.; Nielsen, P. E. Angew. Chem., Int. Ed. Engl. 1996, 35, 1939-1942.
43. Sforza, S.; Corradini, R.; Ghirardi, S.; Dossena, A.; Marchelli, R. Eur. J. Org. Chem. 2000, 2905-2913.