Flexible effective fragment QM/MM method: Validation through the challenging tests

Journal of Computational Chemistry

Volumn 24, Issue 12, 2003, Pages 1410-1420

  Nemukhin, A V ^a   Grigorenko, B L ^a   Topol, I A ^b   Burt, S K ^b  

^a MOSCOW STATE UNIVERSITY   (Russian Federation)

^b SAIC FREDERICK INC   (United States)

Author keywords

Potentials of internal rotation; QM MM methods

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CHEMICAL BONDS; HAMILTONIANS; MOLECULES;

EFFECTIVE FRAGMENT POTENTIAL; HISTIDINE DIPEPTIDE; MOLECULAR MECHANICAL METHOD; MOLECULAR SYSTEMS; POTENTIALS OF INTERNAL ROTATION;

QUANTUM THEORY;

EID: 0041559813     PISSN: 01928651     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jcc.10309     Document Type: Article

References (44)

1. Warshel, A.; Levitt, M. J Mol Biol 1976, 103, 227.
2. Singh, U. C.; Kollman, P. A. J Comput Chem 1986, 7, 718.
3. Bash, P. A.; Field, M. J.; Karplus, M. J Am Chem Soc 1987, 109, 8092.
4. Stanton, R. V.; Hartsough, D. S.; Merz, K. M. J Comput Chem 1995, 16, 113.
5. Assfeld, X.; Rivail, J.-L. Chem Phys Lett 1996, 263, 100.
6. Harrison, M. J.; Burton, N. A.; Hillier, I. H. J Am Chem Soc 1997, 119, 12285.
7. Gao, J.; Amara, P.; Alhambra, C.; Field, M. J. J Phys Chem A 1998, 102, 4714.
8. Philipp, D. M.; Friesner, R. A. J Comput Chem 1999, 14, 1468.
9. Antes, I.; Thiel, W. J Phys Chem A 1999, 103, 9290.
10. Murphy, R. B.; Philipp, D. M.; Friesner, R. A. J Comput Chem 2000, 21, 1442.
11. Zhang, Y.; Lee, T.-S.; Yang, W. J Chem Phys 1999, 110, 46.
12. Zhang, Y.; Liu, H.; Yang, W. J Chem Phys 2000, 112, 3483.
13. Gogonea, V.; Westerhoff, L. M.; Merz, K. M. J Chem Phys 2000, 113, 5604.
14. Hall, R. J.; Hindle, S. A.; Burton, N. A.; Hillier, I. H. J Comput Chem 2000, 21, 1433.
15. Sauer, J.; Siekka, M. J Comput Chem 2000, 21, 1470.
16. Reuter, N.; Dejaegere, A.; Maigret, B.; Karplus, M. J Phys Chem A 2000, 104, 1720.
17. Cui, Q.; Karplus, M. J Chem Phys 2000, 112, 1133.
18. Hayashi, S.; Ohmine, I. J Phys Chem B 2000, 104, 10678.
19. Houjou, H.; Inoue, Y.; Sakurai, M. J Phys Chem A 2001, 105, 867.
20. Cui, Q.; Elstner, M.; Kaxiras, E.; Frauenheim, T.; Karplus, M. J Phys Chem B 2001, 105, 569.
21. Laio, A.; Vondele, J. V.; Rothlisberger, U. J Chem Phys 2002, 116, 6941.
22. DiLabio, A. A.; Hurley, M. M.; Christiansen, P. A. J Chem Phys 2002, 116, 9578.
23. Wadkowski, B. D.; Krauss, M.; Stevens, W. J. J Am Chem Soc 1995, 117, 10537.
24. Krauss, M. Comput Chem 1996, 19, 199.
25. Day, P. N.; Jensen, J. H.; Gordon, M. S.; Webb, S. P.; Stevens, W. J.; Krauss, M.; Garmer, D.; Basch, H.; Cohen, D. J Chem Phys 1996, 105, 1968.
26. Gordon, M. S.; Freitag, M. A.; Bandyopadhyay, P.; Jensen, J. H.; Kairys, V.; Stevens, W. J. J Phys Chem A 2001, 105, 293.
27. Nemukhin, A. V.; Grigorenko, B. L.; Bochenkova, A. V.; Topol, I. A.; Burt, S. K. J Mol Struct (Theochem) 2002, 581, 167.
28. Grigorenko, B. L.; Nemukhin, A. V.; Topol, I. A.; Burt, S. K. J Phys Chem A 2002, 106, 10663.
29. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J Comput Chem 1993, 14, 1347.
30. Chen, W.; Gordon, M. S. J Chem Phys 1996, 105, 11081.
31. Krauss, M.; Webb, S. P. J Chem Phys 1997, 107, 5771.
32. Day, P. N.; Pachter, R.; Gordon, M. S.; Merrill, G. N. J Chem Phys 2000, 112, 2063.
33. Nemukhin, A. V.; Topol, I. A.; Grigorenko, B. L.; Burt, S. K. J Phys Chem B 2002, 106, 1734.
34. Krauss, M.; Wadkowski, B. D. Int J Quantum Chem 1998, 69, 11.
35. Worthington, S. E.; Krauss, M. Comput Chem 2000, 24, 275.
36. Roitberg, A. E.; Worthington, S. E.; Holden, M. J.; Mayhew, M. P.; Krauss, M. J Am Chem Soc 2000, 122, 7312.
37. Worthington, S. E.; Roitberg, A. E.; Krauss, M. J Phys Chem B 2001, 105, 7087.
38. Worthington, S. E.; Krauss, M. J Phys Chem B 2001, 105, 7096.
39. Kairys, V.; Jensen, J. H. J Phys Chem A 2000, 104, 6656.
40. Manikis, R. M.; Kairys, V.; Jensen, J. H. J Phys Chem A 2001, 105, 3829.
41. Li, H.; Hains, A. V.; Everts, J. E.; Robertson, A. D.; Jensen, J. H. J Phys Chem B 2002, 106, 3486.
42. Stevens, W. REPGEN for Optimizing Effective Fragment Repulsive Potentials; CARB, 1991.
43. Granovsky, A. A. PC Gamess, http://lcc.chem.msu.ru/gran/gamess/index.html.
44. Ponder, J. W. TINKER, http://dasher.wustl.edu/tinker.